Can electromagnetic fields influence the structure and enzymatic digest of proteins? A critical evaluation of microwave-assisted proteomics protocols

AbstractThis study reevaluates the putative advantages of microwave-assisted tryptic digests compared to conventionally heated protocols performed at the same temperature. An initial investigation of enzyme stability in a temperature range of 37–80°C demonstrated that trypsin activity declines sharply at temperatures above 60°C, regardless if microwave dielectric heating or conventional heating is employed. Tryptic digests of three proteins of different size (bovine serum albumin, cytochrome c and β-casein) were thus performed at 37°C and 50°C using both microwave and conventional heating applying accurate internal fiber-optic probe reaction temperature measurements. The impact of the heating method on protein degradation and peptide fragment generation was analyzed by SDS-PAGE and MALDI-TOF-MS. Time-dependent tryptic digestion of the three proteins and subsequent analysis of the corresponding cleavage products by MALDI-TOF provided virtually identical results for both microwave and conventional heating. In addition, the impact of electromagnetic field strength on the tertiary structure of trypsin and BSA was evaluated by molecular mechanics calculations. These simulations revealed that the applied field in a typical laboratory microwave reactor is 3–4 orders of magnitude too low to induce conformational changes in proteins or enzymes

The intuitionism behind statecharts steps

The semantics of Statecharts macro steps, as introduced by Pnueli and Shalev [1991], lacks compositionality. This article first analyzes the compositionality problem and traces it back to the invalidity of the Law of the Excluded Middle. It then characterizes the semantics via a particular class of linear intuitionistic Kripke models. This yields, for the first time in the literature, a simple fully abstract semantics that interprets Pnueli and Shalev's concept of failure naturally. The results not only give insight into the semantic subtleties of Statecharts, but also provide a basis for an implementation, for developing algebraic theories for macro steps, and for comparing different Statecharts variants

Nachrichtendienstpsychologie 3

Der Versuch, nachrichtendienstliche Fragestellungen unter psychologischen Aspekten zu betrachten, ist auf ein positives Interesse gestoßen. In den beiden Bänden Nachrichtendienstpsychologie 1 (Litzcke, 2003) und 2 (Schwan, 2004) der FH Bund erschienen eine Reihe von Aufsätzen, die ein breites Themenspektrum behandeln. Mit Band 1 wurde eine Struktur eingeführt, die sich bewährt hat, und die daher auch für Band 3 beibehalten wird. Die Beiträge des Bandes 3 lassen sich wie folgt zuordnen: 1) Anwendungen vorhandener Konzepte der Psychologie und aus Nachbardisziplinen in den Nachrichtendiensten. Siehe hierzu die Beiträge von Scherer zur Moderation von Qualitätszirkeln im Bundesnachrichtendienst, von Damm und Litzcke zur Akzeptanz des Sicherheitsakteurs „Europa“, von Schwan zur Bedeutung aggressiven Verhaltens für die Arbeit der Nachrichtendienste, von Löhr zum kognitiven Interview und von Wiesen zu den Möglichkeiten einer Gesprächssteuerung. 2) Übertragung psychologischer Methoden auf das Forschungsgebiet Nachrichtendienste zur Gewinnung neuer Ergebnisse / Konzepte. Siehe hierzu die Beiträge von Müller-Enbergs zu den Motiven für eine geheimdienstliche oder nachrichtendienstliche Kooperation bei den inoffiziellen Mitarbeitern der DDR-Staatssicherheit, von Horn zu den Einsatzmöglichkeiten der Operativen Fallanalyse und von Schmalzl zum Konstrukt Einsatzkompetenz. 3) Generierung eigenständiger psychologischer Erkenntnisse und Methoden im Bereich Nachrichtendienste. Dieser Rubrik ist kein Beitrag des Bandes 3 zuzuordnen. Der Abschlussbeitrag von Freitag zur Anwendbarkeit von Täuschungsprinzipien der Zauberkunst in der nachrichtendienstlichen Arbeit entzieht sich dieser Struktur. Der Beitrag ist mit Augenzwinkern geschrieben und soll auch so gelesen werden. Die Themen der Aufsätze sind nicht auf rein nachrichtendienstliche Aufgabenstellungen beschränkt. So werden beispielsweise auch Querschnittsproblematiken behandelt, die nicht nur einem Arbeitsbereich innerhalb der Nachrichtendienste zuzuordnen wären. Damit werden auch Themen behandelt, die ebenso in anderen Behörden und Institutionen von praktischer Relevanz sein können. So ist beispielsweise die Einrichtung von Qualitätszirkeln kein spezifisches Thema der Nachrichtendienste. Da sich aber auch Nachrichtendienste mit der Qualitätssteigerung ihrer Arbeit befassen, ist es angezeigt, entsprechende Ausarbeitungen in die Reihe Nachrichtendienstpsychologie zu integrieren. Auch in Band 3 werden interdisziplinäre Ansätze und Verknüpfungen mit der Polizeipsychologie vorgestellt, auch wenn die dort entwickelten Erkenntnisse und Methoden nicht ungeprüft auf nachrichtendienstliche Aufgabenstellungen übertragen werden können. Gleichwohl können sich aus dem Kontakt zur Polizeipsychologie Anregungen für die Nachrichtendienstpsychologie ergeben

Whole Exome Sequencing reveals NOTCH1 mutations in anaplastic large cell lymphoma and points to Notch both as a key pathway and a potential therapeutic target.

Patients diagnosed with Anaplastic Large Cell Lymphoma (ALCL) are still treated with toxic multi-agent chemotherapy and as many as 25-50% of patients relapse. To understand disease pathology and to uncover novel targets for therapy, Whole-Exome Sequencing (WES) of Anaplastic Lymphoma Kinase (ALK)+ ALCL was performed as well as Gene-Set Enrichment Analysis. This revealed that the T-cell receptor (TCR) and Notch pathways were the most enriched in mutations. In particular, variant T349P of NOTCH1, which confers a growth advantage to cells in which it is expressed, was detected in 12% of ALK+ and ALK- ALCL patient samples. Furthermore, we demonstrate that NPM-ALK promotes NOTCH1 expression through binding of STAT3 upstream of NOTCH1. Moreover, inhibition of NOTCH1 with γ-secretase inhibitors (GSIs) or silencing by shRNA leads to apoptosis; co-treatment in vitro with the ALK inhibitor Crizotinib led to additive/synergistic anti-tumour activity suggesting this may be an appropriate combination therapy for future use in the circumvention of ALK inhibitor resistance. Indeed, Crizotinib-resistant and sensitive ALCL were equally sensitive to GSIs. In conclusion, we show a variant in the extracellular domain of NOTCH1 that provides a growth advantage to cells and confirm the suitability of the Notch pathway as a second-line druggable target in ALK+ ALCL.This work was supported by grants from the Ministry of Science, Kingdom of Saudi Arabia to SDT, AI and SM (grant number 74497) and Bloodwise to SDT (grant number 12065). HL is supported by a Department of Pathology, University of Cambridge Pathology Centenary Fund PhD studentship. SDT, LK, OM, SK, NP, SPD, CGP, WW, CDW and CL are in receipt of funding from a European Union Horizon 2020 Marie Sklodowska-Curie Innovative Training Network (ITN-ETN) Grant, Award No.: 675712. CL is supported by Czech Science Foundation Research Grant No. 19-23424Y and by research infrastructures EATRIS-CZ (LM2015064) and the NCMG (LM2015091) funded by MEYS CR. WK is supported by the KinderkrebsInitiative Buchholz, Holm-Seppensen