Expressao e purificaçao da proteína GInD de Herbaspirillum seropedicae

Orientador : Fabio de Oliveira PedrosaCo-orientadora : Elaine Machado BenelliDissertaçao (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciencias Biológicas, Programa de Pós-Graduaçao em Bioquímica. Defesa: Curitiba, 2005Inclui bibliografiaResumo: O Herbaspirillum seropedicae é um diazotrofo endofítico encontrado dentro de raízes, caules e folhas de diversas gramíneas de interesse agrícola. Essa bactéria é capaz de fixar nitrogênio atmosférico sob condições microaeróbicas e na ausência de amônio. Em H. seropedicae o sistema Ntr participa da regulação da expressão da proteína NifA, ativadora transcricional dos genes responsáveis pela fixação de nitrogênio atmosférico. A proteína GlnD possui um papel chave na regulação do sistema Ntr atuando como um sensor dos níveis de nitrogênio intracelular e controlando o estado de uridililação da proteína GlnB, uma das proteínas envolvidas na cascata de regulação da fixação de nitrogênio. O gene glnD foi amplificado a partir do DNA genômico do H. seropedicae utilizando oligonucleotídeos sintetizados. A seqüência do gene glnD de H. seropedicae foi obtida do Banco de Dados do Projeto de Sequenciamento Genômico do H. seropedicae - GENOPAR (Programa Genoma do Paraná). O fragmento amplificado foi clonado no vetor pGEM-T e subclonado nos vetores de expressão pET28b(+) e pET29a(+) originando os plasmídeos pGH1 e pGH2, capazes de superexpressar a proteína GlnD ligada a uma cauda N-terminal de histidinas (GlnD-His) e na sua forma nativa (GlnD), respectivamente. As condições de expressão das proteínas GlnD e GlnD-His na estirpe duplo-mutante glnB' e glnD' de E. coli RB9065(ÀDE3) foram otimizadas. Para aumentar a quantidade de proteína solúvel foi investigado o efeito de diferentes fatores na composição do tampão de lise das células. A proteína GlnD-His foi purificada por cromatografia de afinidade numa coluna de afinidade (HiTrap- Chelating-Ni+2) em uma única etapa. A proteína GlnD nativa foi parcialmente purificada por cromatografia de troca aniônica (DEAE-Sepharose) em um sistema de FPLC

Mapeamento geoecológico da susceptibilidade à ocorrência de incêndios no maciço da Pedra Branca, município do Rio de Janeiro

The city of Rio de Janeiro has two different relief compartments, the coastal massives and flood plain areas. One of these is the Pedra Branca massif, with 197.27 Km², situated in the western part of the municipality, between 22º 55' and 23º 05' S and 43º 20'and 43º 40' W. Pedra Branca has suffered forest fires frequently over its history, which is one of the main actors of its changing landuse. The aim of this paper is to develop a susceptibility map of fires occurrence in the Pedra Branca massif / RJ, using a geoecological approach. For this purpose, several layers of functional and structures as shape in 1:10.000 scale, Digital Elevation Model (DEM), aspect, geomorphology and solar radiation was introduced through an analytical-integrative approach. All maps were 1:10.000 catastral maps from Pereira Passos Institute - IPP. The landuse was interpreted from 18 orthophotos in the same scale. Two geoecological susceptibility maps of fire, which show the susceptibility areas to fire occurrence in the Pedra Branca Massif have been generated. These maps were validated from the analysis of two burned areas identified, where the best adjusted map recognizes 93.8% of areas to fire. The susceptibility map developed presents susceptible fires areas and is expected to be used in strategic planning to combat wildfires.A cidade do Rio de Janeiro possui dois compartimentos de relevo bem distintos, os maciços litorâneos e as áreas de baixada. Um desses maciços é o da Pedra Branca, que possui uma área de 197,27 Km² e se localiza entre os paralelos 22º 55' e 23º 05' S e os meridianos 43º 20' e 43º 40' W. O maciço da Pedra Branca, ao longo de sua história, tem sofrido constantemente com os incêndios florestais, que se constituem em um dos principais vetores diretos de transformação desta paisagem. O objetivo do trabalho é desenvolver um mapeamento da susceptibilidade à ocorrência de incêndios no maciço da Pedra Branca (RJ), na escala de 1:10.000, utilizando a abordagem geoecológica. Para desenvolver o mapa geoecológico de susceptibilidade, foram utilizadas 18 cartas topográficas e ortofotocartas de 1999, na escala de 1:10.000 do Instituto Pereira Passos/RJ (IPP). Através destes materiais foram elaborados mapas funcionais e estruturais da área de estudo, como mapa de orientação das encostas, mapa de forma das encostas, mapa do total de radiação solar do ano de 1999, uso e cobertura do solo do mesmo ano, além do modelo digital de elevação (MDE). Foram gerados dois mapas geoecológicos de susceptibilidade a ocorrência de incêndios florestais no maciço da Pedra Branca, que apresentam a distribuição das áreas mais e menos susceptíveis à incêndios. Estes mapas foram validados a partir de sua análise em duas áreas de queimadas identificadas, onde foi constatado o melhor mapeamento com índice de acerto 93,8% para áreas de alta susceptibilidade à ocorrência de incêndios. Espera-se que o estudo auxilie na elaboração de estratégias de combate a incêndios florestais

Avaliação da detecção de focos de calor por sensoriamento remoto para o Parque Nacional do Itatiaia

O sensoriamento remoto e, em particular, a detecção de focos de calor por satélite constituem parte importante do sistema de monitoramento de incêndios florestais dos dois principais órgãos federais ligados à prevenção e combate dessas ocorrências, o ICMBio e o IBAMA. Utilizando por base os dados georreferenciados de incêndios registrados pelo Núcleo de Prevenção e Combate a Incêndios do Parque Nacional do Itatiaia do período de 2008 a 2010 e os polígonos dos grandes incêndios que ocorreram no Parque em 2001, 2007 e 2010, obtidas por interpretação de imagens dos satélites LANDSAT 5 e CBERS 2, foi avaliada a efetividade e acurácia dos focos de calor identificados pelo Banco de dados de queimadas (BDQueimadas-INPE) para a área do Parque Nacional do Itatiaia e entorno de 3km. Foram analisadas informações dos satélites AQUA, TERRA, ERS-2, MGS-02 e os das séries NOAA e GOES para a área e período estudados, totalizando 92 focos de calor, cujas informações foram comparadas com as de 101Registros de Ocorrência de Incêndio (ROIs). Observou-se uma omissão de 96% das detecções de focos de calor em relação aos incêndios registrados. Os satélites AQUA e TERRA, que carregam sensores MODIS, apresentaram os melhores resultados, tanto na detecção dos incêndios quanto na acurácia do posicionamento dos focos detectados em relação à área queimada. Palavras-chave: detecção de incêndios florestais; relatório de ocorrência de incêndios; sensoriamento remoto

Avaliação de modelos digitais de elevação para estudos geoecológicos no maciço da Pedra Branca, Rio de Janeiro, Brasil

Geoprocessing tools have been increasingly used to support the integrated study of geoecological variables, once they allow fast and efficient analysis. One of the products generated by geoprocessing of great importance do analysis that considerate the real surface of the terrain is the Digital Elevation Model (DEM). The consideration of the real surface is essential for the correct calculation of volumes, areas and distances, parameters of great importance for geomorfological indicators. There are many kinds of methods to generate this models and no consensus about which method has the best results, once it's precision will depend on characteristics of the study area. This work aims to compare the different DEM generation methods for irregular relief areas, using the Pedra Branca massif, RJ, as study area. It has been generated DEMs by two different interpolation methods and grids: one based in rectangular regular grid (TOPOGRID) and the interpolation method of Delaunay constrained, based in triangular irregular network (TIN), both generated in the software ArcGIS 9.2. For the verification of the quality and altimetric precision of these models, it has been utilized a map of declivities generated from the triangular irregular network model. Results show that the more adequate method for the study area is the TOPOGRID. However, it has been noted that this behavior is unequally distributed along its declivities classes, and it's errors are bigger in the great declivities, where the TIN model has been more efficient.As ferramentas do geoprocessamento têm sido utilizadas com freqüência cada vez maior para o estudo integrado de variáveis geoecológicas, por permitirem análises mais rápidas e eficientes. Um dos produtos gerados pelo geoprocessamento e de grande importância para análises considerando a superfície real do terreno é o Modelo Digital de Elevação (MDE). A consideração da superfície real é essencial para o cálculo correto de volumes, áreas e distâncias, parâmetros cruciais para uma série de indicadores geomorfológicos. Existem diversos métodos para a geração desses modelos e não há consenso sobre qual deles apresenta maior precisão, uma vez que esta vai depender de características relacionadas à área de estudo. Este trabalho tem como objetivo comparar diferentes métodos para geração de MDE em áreas de relevo acidentado, utilizando como área de estudo o maciço da Pedra Branca, RJ. Foram gerados MDEs através de dois métodos de interpolação e tipo de grades diferentes: o método de interpolação com base em grade regular retangular (TOPOGRID) e o método de interpolação de Delaunay com restrições baseado em grade irregular triangular (TIN), ambos gerados no software ArcGIS 9.2. Para verificar a qualidade e a precisão altimétrica desses modelos, utilizou-se um mapa de declividades gerados a partir do modelo da grade irregular triangular. Os resultados mostram que o método mais adequado para a área estudada como um todo é o TOPOGRID. No entanto esse comportamento foi desigualmente distribuído segundo as classes de declividade, sendo seus erros maiores nas altas declividades, onde o modelo TIN se mostrou mais eficiente

a study from ecological theory and social network analysis perspective

The objective of the present study was to analyze and compare the setter's decision-making (DM) in the offensive construction of the side-out (attack from the reception) in high-level men's volleyball. The sample consisted of the analysis of 132 games of the Brazilian men's volleyball Super-League 2021/2022, with 22 games for each team. The results showed that the eigenvector values were higher for setting to position 3, central attacker next to the setter, simple block, and obtaining the attack point. In addition, the setter's DM was similar between teams, suggesting that the game strategies aim to provide subsidies for the setter to make the decisions according to the game context in a flexible way and generate benefits for the attackers about the number of blockers, being that under ideal conditions and due to the lifter's correct choices in distribution, central blockers avoid anticipating the setting, and this fact allows the conditions of a single block or double-broken blocks in most cases. As a practical application, setting for the central attacker in position 3 becomes an interesting option for point acquisition and is capable of influencing the number of blockers, as well as the optimal blocking condition. Another application would be for the central attacker to position themselves close to the setter, a strategy that would enable the use of the "pipe" attack in other areas of the court with lower defensive blocking power.9E1A-F9DD-3EB8 | Filipe Manuel ClementeN/

Inter e intra-variability of the best ranked teams : a network analysis in male high-level volleyball

The present research objective was to analyze the offensive phase from Complex I in highlevel male volleyball teams in a macro- and micro-level view, through the inter e intra-team variability analysis of eight best teams of the 2018 Men’s Volleyball World Championship over the social network analysis and eigenvector centrality. The sample consisted of 22 matches and 2,743 offensive actions, resulting in 8 sub-networks with 368 nodes and 6221 edges. The results showed from macro view the variables that presented highest centrality values were Attack Zone 4 (range 0.56–0.90), Attack Tempo 2 (0.65–0.87), Power Attack (0.62–0.94), No Touch Block (0.61–1), Attack Effect Continuity (0.59–0.94), and Middle Blocker Centralized (0.60–0.95). In a micro view, Reception Effect, Play Position, Reception Zone, and Block Composition showed high variability in each sub-network. The intra- and inter-team variability presented the importance of to respect each team idiosyncrasies and to consider the different approaches to the game and success

Inibição do crescimento de bactérias Gram-negativas em microdiluição por tratamento com Nisina e EDTA

The outer membrane composition of Gram-negative bacteria provides more resistance against the action of antimicrobial agents from the class of bacteriocins, in comparison to Gram-positive bacteria, naturally more susceptible. Aiming the control of proliferation Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa and Salmonella Typhimurium, antimicrobial assays were performed with nisin as biocidal agent (concentrations 123 to 1,111 AU mL-1) and EDTA as chelating agent, compared to a Gram-positive (Staphylococcus aureus ATCC25923). The susceptibility evaluations were performed in broth microdilution with Mueller-Hinton medium and inoculum with 106 CFU mL-1 of indicator bacterium, and the results were obtained by optical density readings (630 nm) at regular intervals during the incubation period. It was observed that EDTA is capable of reducing cell viability of P. aeruginosa. The bacteriocin nisin demonstrated effective antimicrobial action to four indicator bacteria, under different concentrations. The combined treatments of nisin+EDTA obtained high inhibition rates, and the presence of EDTA was significant only to Gram-negative bacteria. Thus, treatments accounted effective strategies to promote inhibition of cell growth during microdilution broth assays.A composição da membrana externa das bactérias Gram-negativas fornece mais resistência à ação dos agentes antimicrobianos da classe das bacteriocinas, em comparação às bactérias Gram-positivas, naturalmente mais suscetíveis. Com o objetivo de controlar a proliferação de Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa e Salmonella Typhimurium, foram realizados ensaios antimicrobianos com nisina como agente biocida (concentrações 123 a 1.111 AU mL-1) e EDTA como agente quelante, comparado a um Gram-positivo (Staphylococcus aureus ATCC25923) . As avaliações de suscetibilidade foram realizadas em microdiluição em caldo com meio Mueller-Hinton e inóculo com 106 UFC-1 de bactéria indicadora, e os resultados foram obtidos por leituras de densidade óptica (630 nm) em intervalos regulares durante o período de incubação. Observou-se que o EDTA é capaz de reduzir a viabilidade celular de P. aeruginosa. A bacteriocina nisina demonstrou ação antimicrobiana eficaz para quatro bactérias indicadoras, sob diferentes concentrações. Os tratamentos combinados de nisina + EDTA obtiveram altas taxas de inibição e a presença de EDTA foi significativa apenas para bactérias Gram-negativas. Assim, os tratamentos representaram estratégias eficazes para promover a inibição do crescimento celular durante ensaios de caldo de microdiluição