Cultura in vitro do Ulmeiro : (Ulmus minor Mill.)

Doutoramento em BiologiaO ulmeiro que predomina em Portugal (Ulmus minor Mill.), é uma árvore de extrema importância como ornamental e como fornecedora de madeira de excelente qualidade. Infelizmente, desde o início do século passado, a grafiose dos ulmeiros ou DED (“Dutch Elm Disease”) está a provocar uma devastadora mortandade tendo o número de ulmeiros diminuído drasticamente por todo o Hemisfério Norte. Esta catástrofe desencadeou uma intensa pesquisa que incidiu na obtenção de híbridos tolerantes à doença e no controlo desta. Os resultados obtidos não recompensaram o investimento realizado. A conservação e a melhoria dos ulmeiros continua assim a ser uma prioridade dada a perda de variabilidade genética que surge como consequência do seu desaparecimento. A cultura in vitro é uma área que permite a concretização destes objectivos, uma vez que possibilita a multiplicação e conservação de genótipos importantes mas também a sua melhoria através, por exemplo, da fusão de protoplastos. Actualmente, defende-se ainda que o estabelecimento de um sistema eficiente de regeneração de plantas é indispensável na recuperação de clones/indivíduos conservados pelo frio, dado que a preservação de colecções de ulmeiros em campo é muito dispendiosa. Protocolos de introdução in vitro foram já desenvolvidos para algumas espécies de Ulmus. No entanto, o ulmeiro exibe uma grande variedade de respostas no que respeita ao seu cultivo in vitro pelo que, para um determinado genótipo, é frequente ser necessário desenvolver um particular sistema de cultura. Por todas estas razões, o estudo sobre a cultura in vitro do ulmeiro existente em Portugal era importante e inadiável. A cultura in vitro de U. minor foi iniciada com o estabelecimento de um protocolo de proliferação de rebentos, a partir de várias árvores, utilizando um meio com a constituição base de DKW. Após uma fase de enraizamento in vitro ou em solo, as plantas aclimatizadas foram transferidas para o campo. Foram também obtidas plantas por produção adventícia de rebentos em calo e folhas. Na presença de 1 mg/l de BAP foram obtidos rebentos via organogénese indirecta em calo e, nas folhas, foram obtidos rebentos por via directa e indirecta. Numa segunda fase, foram isolados protoplastos a partir de folhas e de calo, usando uma série de combinações de enzimas hidrolíticas. Os protoplastos de folha in vitro foram cultivados usando vários métodos, tendo o método de cultura em gotas de agarose promovido a formação de colónias e de microcalos. Pela primeira vez, o meio KM foi usado com sucesso no cultivo de protoplastos de folha de ulmeiro. Finalmente, foram ensaiados protocolos para o estabelecimento de culturas embriogénicas. Sendo a embriogénese somática uma das vias mais lucrativas de regeneração de plantas, esta enquadra-se na estratégia actual adoptada para o ulmeiro como uma inegável mais valia. Uma vez que este tipo de cultura ainda não tinha sido estabelecido a partir de material adulto do género Ulmus, o seu estudo era fundamental e foi abordado com especial interesse e detalhe. O protocolo que se mostrou mais eficiente foi aquele que envolveu o uso de folhas jovens in vitro que foram colocadas em meio MS com 2,4-D e cinetina, no escuro, durante oito semanas. Nestas condições obteve-se um calo embriogénico a partir do qual se formaram as estruturas embriogénicas. Os protocolos de cultura in vitro do ulmeiro, estabelecidos nesta tese, fornecem assim uma imprescindível base de trabalho em futuros programas de conservação e melhoramento da população Portuguesa de ulmeiros.The elm tree that predominates in Portugal (Ulmus minor Miill.) is important both as ornamental and as a timber supplier of excellent quality. Unfortunately, DED (Dutch Elm Disease) has been the cause of a catastrophic drop in the number of elms in all the Northern Hemisphere, since the beginning of the 20th century. This catastrophe has lead an intense research about, in one way, the control of the disease and in another way in the production of tolerant hybrids. Despite this intense research, the results do not reward the performed investment. The goals of elm preservation and improvement remains regarding the genetic losses due to elm disappearance. In vitro culture is an area that allows the concretization of these goals since it permits the multiplication and preservation of important genotypes and also their improvement by, for example, protoplast fusion. Actually, the establishment of an efficient system of plant regeneration is also defended as indispensable in the recuperation of clones/genotypes criopreserved, since the maintenance of elm collections in the field is very expensive. Micropropagation protocols had already been developed for some species of Ulmus. However, there is a great genotypic variety concerning elm’s in vitro culture and often, for one determined genotype, it is necessary to develop a particular system of culture. For these reasons, the study of in vitro culture of the elm from Portugal was very important and undelayable. Ulmus minor in vitro culture was initiated by the establishment of a protocol for proliferation of shoots, from various trees, using a medium with the basal constitution of DKW. After a rooting stage in vitro or in soil, the acclimatized plants were transferred to the field. Plants were also produced by adventitious regeneration of shoots in callus and leaves. In the presence of 1 mg/l of BAP shoots were produced through indirect organogenesis in callus and, in leaves, shoots were produced via direct and indirect organogenesis. In a second phase, protoplasts were isolated from leaves and callus using a series of hydrolytic enzymes combinations. In vitro leaf protoplasts were cultivated following some methods of culture, and the method of culture in agarose droplets promoted the production of colonies and microcalli. For the first time, KM medium was used with success in the culture of elm leaf protoplasts. Finally, protocols for the establishment of embryogenic cultures had been experimented. Since somatic embryogenesis is one of the most advantageous ways of plant regeneration, it fits in the current elm’s strategy as an undeniable value. Until now, this type of culture had not been developed from adult material of any species of the Ulmus genus. Because of this, its study was indispensable and was boarded with special interest and detail. The protocol that showed most efficient involved the use of young in vitro leaves that were placed in MS medium with 2,4-D and kinetin, in the dark, during eight weeks. In these conditions, an embryogenic callus was formed and from this callus embryogenic structures were produced. The elm in vitro culture protocols, established in this thesis, provides an essential work base in future preservation and improvement programs of Portugal elm population

Programa Nacional de Vigilância da Gripe: relatório da época 2017/2018

A vigilância da gripe em Portugal através do Programa Nacional de Vigilância da Gripe permite monitorizar, descrever a atividade gripal, detetar e identificar os vírus da gripe em circulação. O programa integra as componentes de vigilância clínica e laboratorial. A componente clínica possibilita o cálculo de taxas de incidência permitindo descrever a intensidade e evolução da epidemia no tempo. A componente virológica e laboratorial tem por base o diagnóstico laboratorial do vírus da gripe o que permite identificar e caraterizar os vírus da gripe em circulação em cada inverno. Durante o inverno 2017/2018, foi observada uma atividade gripal de intensidade baixa a moderada. O período epidémico ocorreu entre a semana 52/2017 (dezembro) e a semana 7/2018 (fevereiro) e o valor mais elevado da taxa de incidência semanal de síndrome gripal (78,8/105) ocorreu em dezembro, na semana 52/2017. O vírus da gripe foi detetado em co-circulação com os outros vírus respiratórios. O vírus da gripe do tipo B/Yamagata foi o predominante, tal como o observado nos restantes países europeus. Em Portugal foi identificado em 57,4% dos casos de gripe confirmados laboratorialmente. Foram também detetados em circulação, com menor frequência, os vírus da gripe A(H1)pdm09, A(H3) e B/Victoria. A caracterização genética demonstrou que os vírus B/Yamagata pertenciam ao clade 3 (representado pela estirpe vacinal B/Phuket/30173/2013) e os vírus B/Victoria pertenciam ao clade 1A (representados pela estirpe vacinal B/Brisbane/60/2008, presente na vacina trivalente 2017/2018). Cinco dos vírus B/Victoria pertenciam ao novo subgrupo, que se distingue da estirpe vacinal de 2017/2018, apresentando uma deleção dos aminoácidos 162-163 no gene da hemaglutinina. Este novo grupo surgiu em 2015/2016 e atualmente foi já detetado a nível mundial. Os vírus da gripe A(H3) continuam a apresentar uma grande diversidade genética. Na época 2017/2018 os vírus deste subtipo agruparam-se em 2 subgrupos genéticos: 3C.2a1b (A/England/74560298/2017) e 3C.2a2 (A/Norway/4465/2016). Os vírus A(H1)pdm09 pertenciam ao clade 6B.1, semelhantes à estirpe vacinal A/Michigan/45/2015. A avaliação da resistência aos antivirais inibidores da neuraminidase, revelou uma susceptibilidade normal dos vírus influenza A e B ao oseltamivir e zanamivir, com excepção de um vírus do tipo B/Yamagata que apresentou uma redução da susceptibilidade a ambos os inibidores da neuraminidase. Os vírus da gripe com diminuição da susceptibilidade aos antivirais foram detetados esporadicamente a nível europeu e mundial. A percentagem mais elevada de casos de gripe foi verificada nos indivíduos com idade inferior a 15 anos, no entanto devido ao número mais reduzido de casos estudados nesta faixa etária esta informação deverá ser analisada com cuidado. A nível hospitalar, a maior percentagem de casos de gripe foi também detetada no grupo das crianças entre os 5 e os 14 anos. Foi nos doentes com idade superior a 65 anos que se verificou a mais elevada taxa de internamento hospitalar e em unidades de cuidados intensivos. A febre, as cefaleias e a tosse foram os sintomas mais frequentemente associados a casos de gripe confirmados laboratorialmente. Foram estudados os grupos de risco para a maior gravidade da infeção pelo vírus da gripe: doentes crónicos e as mulheres grávidas. Foi nos doentes com obesidade, diabetes e com doença cardiovascular que se observou a maior proporção de casos de gripe confirmada laboratorialmente, seguindose dos indivíduos com doença respiratória crónica e imunodeficiência congénita ou adquirida. A proporção de casos de infeção pelo vírus da gripe foi similar nas mulheres grávidas e nas mulheres do mesmo grupo etário não grávidas. A vacina como a principal forma de prevenção da gripe é fortemente recomendada para pessoas com idade igual ou superior a 60 anos, doentes crónicos e imunodeprimidos, grávidas e profissionais de saúde. A vacinação foi reportada em 17,1% dos casos notificados, valor idêntico ao observado na época 2016/2017. A deteção do vírus da gripe ocorreu em 33,6% dos casos vacinados e sujeitos a diagnóstico laboratorial. A confirmação de gripe em indivíduos vacinados poderá estar relacionada com uma moderada efetividade da vacina antigripal. A pesquisa de outros vírus respiratórios nos casos de SG negativos para o vírus da gripe, veio revelar a circulação e o envolvimento de outros agentes virais respiratórios em casos de SG. Os vírus respiratórios foram detetados durante todo o período de vigilância da gripe, entre a semana 38/2017 e a semana 7/2018. O rinovírus e o coronavírus humano foram os mais frequentemente detetados. A deteção de vírus respiratórios atingiu proporções mais elevadas nas crianças até aos 4 anos e entre os 5-14 anos de idade. As infeções por dois ou mais agentes virais foram detetadas com baixa frequência. A Rede Portuguesa de Laboratórios para o Diagnóstico da Gripe, efetuou o diagnóstico da gripe em 13885 casos de infeção respiratória tendo sido o vírus influenza detetado em 3722 destes casos. Em 55% dos casos de gripe foi detetado o vírus influenza B. Os vírus da gripe A(H3), A(H1)pdm09 e A (não subtipados) foram detetados em 14%, 12% e 19% dos casos de gripe, respetivamente. Em 1909 casos de infeção respiratória foram identificados outros vírus respiratórios sendo o RSV, os picornavírus (hRV, hEV e picornavírus) e os hMPV os mais frequentes e em co-circulação com o vírus da gripe. A grande maioria destes casos foi identificada nas crianças com idade inferior a 4 anos. Durante a época de gripe 2017/2018 observou-se um excesso de mortalidade por todas as causas entre as semanas 52/2017 e 9/2018 de cerca de 3,714 óbitos (15 % superior em relação ao esperado). Este excesso foi observado em ambos os sexos, a partir dos 65 anos de idade, em especial acima dos 85 anos. As regiões do Norte, Centro e Lisboa e Vale do Tejo foram aquelas em que se observaram excessos de mortalidade mais elevado. Durante toda a época, estimaram-se cerca de 3.700 atribuíveis à epidemia de gripe. Noutros países europeus foi igualmente observado um excesso de mortalidade por todas as causas, possivelmente atribuível à epidemia de gripe e à vaga de frio que se fez sentir na europa durante o mês de fevereiro. Na época 2017/2018 participaram na vigilância da gripe em Unidades de Cuidados Intensivos (UCI) 33 UCI pertencentes a 24 hospitais. Durante a época foram reportados 220 casos de gripe. Verificou-se um aumento apreciável da proporção de casos de gripe admitidos em UCI entre as semanas 51 de 2017 e 01 de 2018, em que foi atingido o valor máximo (7,6%). A partir daí o valor decresceu, com algumas flutuações, aproximando-se progressivamente da linha de base até à semana 17 (0%), onde se manteve até ao final da época. Os vírus tipo A e B circularam em proporções semelhantes, tendo sido subtipadas 32,5% das amostras. Mais de metade dos doentes (56%) tinha idade superior a 65 anos, 88% dos quais com doença crónica, sendo a patologia cardiovascular reportada em 44%. A proporção de vacinados contra a gripe sazonal foi de 14% dos doentes, menos de metade do observado na época anterior. Foi prescrito oseltamivir a 92% dos doentes, 74% necessitaram de ventilação mecânica invasiva e 8% teve suporte de oxigenação por membrana extracorporal. O diagnóstico de gripe foi confirmado no próprio dia da admissão em UCI, em 52 % dos casos, sendo já conhecido previamente à admissão, em 21% dos casos. A duração da hospitalização foi inferior a 9 dias em cerca de metade dos doentes com alta para o domicílio e inferior a 8 dias para cerca de metade dos óbitos. A taxa de letalidade foi estimada em 26%, valor semelhante ao das três épocas anteriores. Este sistema de vigilância da gripe sazonal em UCI poderá ser aperfeiçoado nas próximas épocas, reduzindo a subnotificação e melhorando o preenchimento dos campos necessários ao estudo da doença. A época de vigilância da gripe 2017/2018 foi em muitas características comparável ao descrito na maioria dos países europeus. A situação em Portugal destacou-se pelo início do período epidémico mais tardio relativamente ao inverno anterior, mas de duração igualmente prolongada. De forma semelhante aos restantes países europeus o vírus da gripe predominante foi do tipo B/Yamagata associado a uma intensidade da epidemia baixa a moderada. Verificou-se um excesso de mortalidade por todas as causas, essencialmente no grupo dos indivíduos mais fragilizados e com idade acima dos 85 anos. O conhecimento das características da epidemia da gripe, do seu desenvolvimento e dos vírus da gripe circulantes são essenciais para a implementação de medidas de prevenção e de controlo da doença em cada inverno.The National Influenza Surveillance Program ensures influenza epidemiological surveillance in Portugal, integrating clinical and laboratory surveillance components. Clinical component enables the calculation of Influenza like illness (ILI) incidence rates, to describe the intensity of influenza epidemic and evolution over time. Virological component is based on laboratory diagnosis of influenza viruses including detection and characterization of influenza in circulation during each winter. During the 2017/2018 influenza season, the flu activity was considered of low to moderate intensity reaching the maximum value of 78,8 ILI cases per 100 000 inhabitants in week 52/2017. The epidemic period occurred between weeks 52/2017 (December) and 7/2018 (February). Influenza was detected in co circulation with other respiratory viruses. Influenza B/Yamagata viruses predominate, like the observed in many other European countries. In Portugal B/Yamagata was identified in 57,4% of the laboratory confirmed flu cases. The influenza A (H1)pdm09,A(H3) and B/Victoria were also detected in lower numbers. The influenza B/Yamagata viruses belonged to clade 3, from a different lineage compared to the 2017/2018 recommended vaccine strain. The B/Victoria viruses belonged to clade 1A, although 5 of these viruses were from the new variant group that presented 2 amino acid deletions in positions 162-164 of the hemagglutinin gene. Influenza A(H3) viruses showed an increasing genetic diversity, belonged to 2 distinct genetic groups: 3C.2a1 and the majority belonging to the 3C.2a2, distinct from the vaccine strain. The influenza A(H1)pdm09 were similar to the vaccine strain A/Michigan/45/2015. All influenza A and B viruses assessed for antiviral susceptibility showed a normal inhibition for oseltamivir and zanamivir, except one influenza B/Yamagata virus that showed a reduced susceptibility to both neuraminidase inhibitors. The highest proportion of influenza cases was observed in the age group of children under 15 years, however due to small number of cases notified this data should be looked with caution. At hospital level was also in children, between 4 and 15 years, that were detected a higher percentage of flu cases. Was in the elderly ( 65) that was observed the highest hospital admission rate and even in intensive care units. Fever, headache, cough were the most frequent symptoms associated with influenza laboratory confirmed cases. In the group of patients with obesity, diabetes, and cardiovascular disease, that showed higher percentage of influenza cases. In pregnant women, wasobserved a similar proportion of influenza cases compared to non-pregnant women of the same age group. The flu vaccination was reported in 17,1 % of the ILI cases, a similar coverage than in previous season. Among these, 33,6 % was positive for influenza. Confirmation of influenza in vaccinated individuals may be related to moderate influenza vaccine effectiveness in the general population and individuals over 64 years old. The diagnosis of other respiratory viruses has shown the circulation and involvement of other respiratory virus in ILI cases. Respiratory viruses were detected during entire winter between weeks 38/2017 and 7/2018. The hRV, hCoV were detected frequently in addition to influenza virus. Respiratory viruses were more frequent in children under 4 and between 5-14 years old. The Portuguese Laboratory Network for Influenza Diagnosis reported 13885 cases of respiratory infection laboratory tested for influenza; from these were confirmed 3722 influenza cases. Influenza B was detected in 55,0% of the flu confirmed cases. The influenza A(H3), A(H1)pdm09 were detected in low numbers 14% and 12% of the cases, respectivly. In 1909 cases were detected other respiratory viruses being the RSV the predominant one, followed by the picornavirus (hRV, hEV e picornavírus) and the hMPV. The majority of these viruses were detected in children under 4 years old. During the 2017/2018 flu season the number of deaths from "all causes" was above the confidence upper limit to 95% from baseline between week 52/2017 and week 9/2018, corresponding to an excess of 3.714 deaths. Excess mortality was observed in both genders, above 65 years old, especially above 85 years. Higher excess mortality rates were observed at Centro, Norte and Lisboa e Vale do Tejo regions. During the whole season 3.700 deaths associated with influenza epidemic were estimated. This was observed during the influenza epidemic period coincident with the period of extreme low temperatures. Excess mortality was also reported by other European countries. During 2017/2018 were reported 220 influenza confirmed cases in ICU, in higher number between weeks 51/2017 and 01/2018. Influenza A and B was identified in reported cases. More than a half (56%) of the patients had more than 65 years old and 88% had a chronic disease, being the cardiovascular disease, the most frequent reported in 44% of the cases. 14% of the patients were vaccinated for influenza. The mortality rate was 26%, similar to the previous season. The influenza surveillance in ICU could be improved in coming seasons to reduce the sub-notifications and to enhance the completeness of epidemiological data collected for each patient. The 2017/2018 influenza surveillance season was in many features comparable to the observed in most European countries. The situation in Portugal was characterized by a low to moderate intensity influenza activity and the prevalence of influenza B/Yamagata in co circulation with A(H1)pdm09 and A(H3) viruses. The Portuguese situation was characterized by a later beginning of the season, with a long epidemic period. Was observed an excess mortality rate in the elderly aged 85 and above. Knowledge of the influenza epidemic characteristics, its development and circulating influenza viruses are essential for the prevention and control of the flu in each winter.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Efetividade da vacina antigripal entre 2009 e 2015 em Portugal

Objetivo: Este trabalho tem como objetivo apresentar as estimativas da EV da vacina sazonal trivalente observadas em Portugal, em indivíduos de todas as idades, no período entre 2009 e 2015

Suscetibilidade dos vírus da gripe aos antivirais inibidores da neuraminidase em Portugal, 2009-2014

Os antivirais têm também uma longa e extensa história no tratamento e prevenção da gripe, sendo hoje uma importante opção para o tratamento da doença, bem como a medida de prevenção de eleição numa fase inicial de uma pandemia. O reduzido número de medicamentos autorizados para o tratamento da gripe levanta algumas preocupações, particularmente no que diz respeito às resistências aos antivirais, sendo, por isso, fundamental o estudo dos mecanismos de resistência aos antivirais inibidores da neuraminidase. Este é o mais recente estudo retrospetivo sobre a resistência do vírus da gripe aos antivirais, conduzido no âmbito do Programa Nacional de Vigilância da Gripe, depois da pandemia de 2009, e reúne a informação de um elevado número de estirpes do vírus da gripe, detetados em doentes da comunidade e hospitalizados, de todo o território nacional e durante as últimas cinco épocas gripais. Neste trabalho pretendeu-se descrever o perfil de suscetibilidade dos vírus da gripe do tipo A e B aos antivirais inibidores da neuraminidase (NAI), oseltamivir e zanamivir, em doentes com quadro clínico de síndroma gripal (SG), diagnosticados e notificados no âmbito do Programa Nacional de Vigilância da Gripe entre 2009 e 2014. As notificações clínicas dos casos SG e as amostras biológicas foram enviadas ao INSA, entre 2009 e 2014, pela Rede de Médicos Sentinela, Rede de Serviços de Urgência/Obstetrícia, médicos participantes no projeto EuroEva/I-MOVE e Rede Portuguesa de Laboratórios para o Diagnóstico da Gripe, que integram o Programa Nacional de Vigilância da Gripe. A avaliação da suscetibilidade aos NAI foi realizada no Laboratório Nacional de Referência para o Vírus da Gripe e Outros Vírus Respiratórios, aplicando métodos de referência que incluem os testes fenotípicos para a determinação do IC50, ensaio de inibição da neuraminidase, utilizando um substrato fluorescente, [2´-(4-methyllumbelliferyl)-a-D-N-acetylneuraminic acid, (MUNANA)], e testes genotípicos, que incluíram a sequenciação genómica da região codificante do gene da neuraminidase (NA) e a pesquisa da substituição H275Y no gene da NA, no vírus influenza A(H1)pdm09, por RT-PCR em tempo real. Durante o período do estudo foram avaliadas 357 estirpes dos vírus da gripe (206 influenza A e 151 influenza B) pelo ensaio fenotípico para a determinação da suscetibilidade ao oseltamivir e zanamivir. Foram pesquisadas, em 170 estirpes virais, as substituições associadas à resistência aos NAI. Em 643 amostras positivas para o vírus influenza A(H1)pdm09 foi pesquisada a substituição H275Y, por RT-PCR em tempo real. Os vírus estudados refletem a prevalência do tipo/subtipo em cada inverno. Os vírus influenza do tipo A e B apresentam diferente suscetibilidade aos NAI. O vírus influenza A é mais suscetível aos NAI que o influenza B. Influenza A(H3) mais suscetíveis ao oseltamivir. Influenza B e A(H1)pdm09 são mais suscetveis ao zanamivir. Influenza B/Yamagata têm maior suscetibilidade ao oseltamivir que a linhagem B/Victoria. Entre 2009-2014, foram detetados 4 vírus A(H1)pdm09 com elevada redução da suscetibilidade ao oseltamivir (substituição H275Y no gene NA). Resistência ao oseltamivir esteve associada a doentes com terapêutica antiviral, doença imunossupressora e num dos casos verificou-se durante o período de gravidez. Os vírus da gripe do tipo A e B são na sua maioria suscetíveis ao oseltamivir e zanamivir. A percentagem de vírus influenza A(H1)pdm09 com elevada diminuição da suscetibilidade ao oseltamivir é reduzida e encontra-se dentro dos valores observados ao nível Europeu

Influenza season in Portugal (2015/2016): preliminary data

Este estudo pretende divulgar a análise preliminar dos dados da atividade gripal em Portugal na época de 2015/2016 (setembro de 2015 a junho de 2016). Segundo o Programa Nacional de Vigilância da Gripe (PNVG) a atividade gripal foi considerada de baixa intensidade, tendo ocorrido o período epidémico entre as semanas 1/2016 e 9/2016. O valor máximo de incidência foi observado na semana 3/2016 (59,4 casos por 100 000 habitantes). O vírus da gripe foi detetado em 40,7% (449/1.104) dos casos de síndroma gripal (SG) estudados. O vírus da gripe do subtipo A(H1)pdm09 foi detetado em 90,4% (406/449) dos casos de gripe. O vírus A(H1)pdm09 foi o mais frequente em todos os grupos etários, sendo a percentagem mais elevada no grupo etário 65 ou mais anos (97,4%). O vírus da gripe do tipo B (linhagem Victoria) foi detetado com maior frequência nas crianças entre os 5 e os 14 anos de idade (14,3%). Todos os vírus da gripe A(H1)pdm09 isolados e caraterizados antigenicamente foram semelhantes à estirpe vacinal A/California/7/2009, contemplada na vacina antigripal do Hemisfério Norte 2015/2016. Os vírus da gripe do tipo B (linhagem Victoria) caraterizados foram antigénicamente diferentes da estirpe contemplada na vacina antigripal do Hemisfério Norte 2015-2016. Foi detetado em circulação o vírus do subtipo A(H3), semelhante à estirpe selecionada para a composição da vacina antigripal da época de 2016/2017 (A/Hong Kong/4801/2014). Os vírus da gripe A(H1)pdm09 que predominaram em circulação em Portugal durante a época de 2015/2016 foram antigenicamente semelhantes à estirpe que integrou a vacina antigripal para o mesmo inverno.This study aims to disseminate the preliminary data analysis of influenza activity in Portugal, in 2015/2016 season (September 2015 to June 2016). According to data obtained by the National Influenza Surveillance Programme (PNVG), influenza activity was low. The epidemic period occurred between week 1/2016 and 9/2016. The maximum Influenza-like illness (ILI) incidence rate was observed in week 3/2015 (59.4 cases per 100 000 inhabitants). Influenza virus was detected in 40.7% of ILI cases. Influenza A(H1)pdm09 virus was predominant during all season, was found in 90.4% of influenza cases. Influenza A(H1)pdm09 was detected in all age groups, reaching the highest proportion in patients above 65 years of age (97.4%). Influenza B viruses (Victoria lineage) was more frequent in the age group 5-14 years (14.3%). All isolated and characterized A(H1)pdm09 viruses were antigenically similar to the strain A/California/7/2009, included in the influenza vaccine in 2015/2016 (Northern hemisphere). The majority influenza B viruses are dissimilar from the strain included in flu vaccine for the northern hemisphere in 2015/2016. Few A(H3) viruses were detected in circulation, some were similar to the next winter influenza vaccine strain (A/Hong Kong/4801/2014). Predominant A(H1)pdm09 viruses circulating during 2015/2016 season were antigenically similar to the selected vaccine strain for the same winter

Genetic diversity of influenza A(H1)pdm09 viruses, detected in Portugal since the 2009 pandemic

The antigenic drift of circulating influenza viruses requires a continuous monitoring of their antigenic and genetic properties in order to detect any changes that may justify the selection of different vaccine candidates, as well as changes in antiviral recommendations. Since its emergence in 2009, A(H1)pdm09 viruses show a constant antigenic pattern. However, genetically, in the post pandemic seasons these viruses revealed an increasing diversity. From the 2009 pandemic until the end of the 2013/2014 season, the Portuguese NIC has detected 1214 influenza A(H1)pdm09 viruses in the scope of the Portuguese Influenza Surveillance Programme. 416 viruses were isolated and characterised antigenically by HI assays. The HA1 genetic characterisation was performed for 135 viruses. All A(H1)pdm09 revealed no antigenic diversity, being antigenically similar to the vaccine strain A/California/7/2009. In the pandemic season viruses showed a very small genetic diversity belonginig to genetic group 1 (A/Hong Kong/2212/2010). In the 2010/2011 season, Portuguese pandemic viruses showed some genetic diversity, being distributed by 3 genetic groups: 4 (A/Christchurch/16/2010), 5 (A/Astrakhan/1/2011) and 6 (A/St. Petersburg/27/2011). In the following 2011/2012 season, the only one A(H1)pdm09 virus detected, belonged to group 7 (A/St. Petersburg/100/2011). The pandemic viruses circulating in 2012/2013 belonged to this group and to the group 6 (subgroup 6C). Viruses detected in 2013/2014 clustered also into the group 6 (but into the subgroup 6B). Since its emergence in 2009, the majority of pandemic H1 viruses, was antigenically similar to the vaccine strain A/California/7/2009, however, in the studied period, the H1 pandemic viruses revealed an increasing genetic diversity. In Portugal, A(H1)pdm09 viruses represented different genetic groups in circulation over the 5 last seasons. The virological surveillance of influenza A(H1)pdm09 highlights the importance of the genetic characterisation to understand possible pathways of evolution and antigenic drift of these viruses

Performance of surveillance case definitions for respiratory syncytial virus infections through the sentinel influenza surveillance system, Portugal, 2010 to 2018

Background: Well-established influenza surveillance systems (ISS) can be used for respiratory syncytial virus (RSV) surveillance. In Portugal, RSV cases are detected through the ISS using the European Union (EU) influenza-like illness (ILI) case definition. Aim: To investigate clinical predictors for RSV infection and how three case definitions (EU ILI, a modified EU acute respiratory infection, and one respiratory symptom) performed in detecting RSV infections in Portugal. Methods: This observational retrospective study used epidemiological and laboratory surveillance data (October 2010–May 2018). Associations between clinical characteristics and RSV detection were analysed using logistic regression. Accuracy of case definitions was assessed through sensitivity, specificity, and area under the receiver operating characteristic curve (AUC). A 0.05 significance level was accepted. Results: The study involved 6,523 persons, including 190 (2.9%) RSV cases. Among 183 cases with age information, RSV infection was significantly more frequent among individuals < 5 years (n = 23; 12.6%) and ≥ 65 years (n = 45; 24.6%) compared with other age groups (p < 0.0001). Cough (odds ratio (OR): 2.4; 95% confidence interval (CI): 1.2–6.5) was the best RSV-infection predictor considering all age groups, while shortness of breath was particularly associated with RSV-positivity among ≤ 14 year olds (OR: 6.7; 95% CI: 2.6–17.4 for 0–4 year olds and OR: 6.7; 95% CI: 1.5–28.8 for 5–14 year olds). Systemic symptoms were significantly associated with RSV-negative and influenza-positive cases. None of the case definitions were suitable to detect RSV infections (AUC = 0.51). Conclusion: To avoid underestimating the RSV disease burden, RSV surveillance within the Portuguese sentinel ISS would require a more sensitive case definition than ILI and, even a different case definition according to age.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Influenza surveillance during 2015/2016 season in Portugal

Background: The National Influenza Surveillance Program ensures influenza epidemiological surveillance, integrating clinical and laboratory data. The clinical component describes the transmissibility over time, the virological component detects and characterizes influenza virus in circulation. Data is generated through 2 sentinel surveillance structures, the General Practitioner’s Sentinel Network (since 1990) and the Network of Emergency Units (since 1999). Here we provide the evaluation of 2015/2016 influenza season in Portugal. Methods: Influenza-Like illness (ILI) cases were reported to the National Influenza Reference Laboratory and to the Epidemiology Department of the National Institute of Health, in the context of the National Influenza Surveillance Program, from week 39/2015 through week 20/2016. The intensity and duration of the epidemic period were described based on the weekly ILI incidence rates. Nasopharyngeal swabs were collected for influenza and other respiratory viruses (RV: respiratory syncytial virus, adenovirus, rhinovirus, metapneumovirus, coronavirus, parainfluenza virus) for diagnosis and characterization. The detection of influenza and RV was performed by multiplex real-time RT-PCR. Influenza virus isolation, antigenic analysis (hemagglutination inhibition assay) and genetic characterization (HA1 gene segment) were performed. Results: During 2015/2016 season the influenza activity was low and the epidemic period occurred between week 1/2016 and 9/2016 with a maximum of 59.4 ILI cases per 105 inhabitants in week 3/2016. No impact on mortality from all causes was observed in any age group. 1097 nasopharyngeal swabs were tested for influenza and other respiratory viruses, influenza was detected in 444 (41%) and others respiratory viruses were found in 265 (24%). The influenza A(H1)pdm09 was predominant (91% of flu confirmed cases). Influenza B/ Victoria was identified sporadically (7% of flu cases) in late season. A(H1)pdm09 were predominantly detected in adults aged 15-64. Other respiratory viruses were detected in influenza negative cases, being rhinovirus (101; 38%) and coronavirus (78; 29%) found in higher frequencies. The antigenic and genetic analysis of circulating influenza A(H1)pdm09 showed similarity with vaccine strain. The majority of influenza B virus belonged to Victoria lineage and clade 1A, dissimilar from 2015/16 vaccine strain. Although few A(H3) viruses in circulation, almost all were similar to strain recommended for next season, 2016/2017, influenza vaccine. None of the 420 A(H1)pdm09 viruses analysed showed the H275Y substitution, correlated to high reduced susceptibility to oseltamivir. Conclusions: Influenza activity during 2015/2016 flu season was low, that can be linked with a higher influenza activity in last season and exceptional climatic conditions during the winter (higher temperature than usual). A(H1pdm)09 viruses were dominant, although in co-circulation with influenza B/Victoria. Situation that contrasts with European influenza picture, that showed a late peak of influenza B/ Victoria. Influenza A(H1)pdm09 detections reached the highest percentage in adults (15-64 years old). Most influenza detected viruses were similar to the 2015/2016 vaccine strains, although circulating influenza B/Victoria were from a different lineage comparing with vaccine strain. Observed mortality from all causes was within expected values during study period.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Unleashing creativity and cooperation: a qualitative case study on designing digital breakouts for social education degrees

This article examines the implementation of a cooperative training workshop for Spanish undergraduate social educators. The workshop aimed to explore the integration of escape rooms and breakouts in teaching, specifically addressing cyberbullying as a curricular topic. A total of 40 students participated in designing and qualitatively evaluating the training workshop. The findings highlight the workshop’s effectiveness in enhancing social education students’ training, preparing them for future professional careers, and enhancing their learning, teamwork, and proficiency in utilising ICT programs and resources. The study underscores the significance of incorporating these innovative approaches to improve student motivation, interest, and overall skill development