Silicene on Ag(111): domains and local defects of the observed superstructures

L

The GEN-ERA toolbox: unified and reproducible workflows for research in microbial genomics.

peer reviewed[en] BACKGROUND: Microbial culture collections play a key role in taxonomy by studying the diversity of their strains and providing well-characterized biological material to the scientific community for fundamental and applied research. These microbial resource centers thus need to implement new standards in species delineation, including whole-genome sequencing and phylogenomics. In this context, the genomic needs of the Belgian Coordinated Collections of Microorganisms were studied, resulting in the GEN-ERA toolbox. The latter is a unified cluster of bioinformatic workflows dedicated to both bacteria and small eukaryotes (e.g., yeasts). FINDINGS: This public toolbox allows researchers without a specific training in bioinformatics to perform robust phylogenomic analyses. Hence, it facilitates all steps from genome downloading and quality assessment, including genomic contamination estimation, to tree reconstruction. It also offers workflows for average nucleotide identity comparisons and metabolic modeling. TECHNICAL DETAILS: Nextflow workflows are launched by a single command and are available on the GEN-ERA GitHub repository (https://github.com/Lcornet/GENERA). All the workflows are based on Singularity containers to increase reproducibility. TESTING: The toolbox was developed for a diversity of microorganisms, including bacteria and fungi. It was further tested on an empirical dataset of 18 (meta)genomes of early branching Cyanobacteria, providing the most up-to-date phylogenomic analysis of the Gloeobacterales order, the first group to diverge in the evolutionary tree of Cyanobacteria. CONCLUSION: The GEN-ERA toolbox can be used to infer completely reproducible comparative genomic and metabolic analyses on prokaryotes and small eukaryotes. Although designed for routine bioinformatics of culture collections, it can also be used by all researchers interested in microbial taxonomy, as exemplified by our case study on Gloeobacterales

Microorganisms from aphid honeydew attract and enhance the efficacy of natural enemies

Aphids are one of the most serious pests of crops worldwide, causing major yield and economic losses. To control aphids, natural enemies could be an option but their efficacy is sometimes limited by their dispersal in natural environment. Here we report the first isolation of a bacterium from the pea aphid Acyrthosiphon pisum honeydew, Staphylococcus sciuri, which acts as a kairomone enhancing the efficiency of aphid natural enemies. Our findings represent the first case of a host-associated bacterium driving prey location and ovipositional preference for the natural enemy. We show that this bacterium has a key role in tritrophic interactions because it is the direct source of volatiles used to locate prey. Some specific semiochemicals produced by S. sciuri were also identified as significant attractants and ovipositional stimulants. The use of this host-associated bacterium could certainly provide a novel approach to control aphids in field and greenhouse systems

Prospective cohort study of patients with COVID-19 hospitalized in the Internal Medicine ward of Hospital Durand: study protocol

Fil: Melendi, Santiago E. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Pérez, María M. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Salas, Cintia E. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Aguirre, Camila. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Baleta, María L. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Balsano, Facundo J. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Caldano, Mariano G. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Colignon, María G. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Oliveira Brasil, Thayana De. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Wolodimeroff, Nicolás de. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Déramo Aquino, Andrea I. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Fernández de Córdova, Ana G. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Fontan, María B. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Galvagno, Florencia I. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Haedo, Mariana F. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Iturrieta Araya, Noelia S. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Mollinedo Cruz,Volga S. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Olivero, Agustín. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Pestalardo, Ignacio. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Ricciardi, María. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Saltos Navarrete, Jandry D. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Vera Rueda, María L. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Villaverde, María C. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Xavier, Franco B. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Lauko, Marcela. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Ujeda, Carlos. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Leis, Rocío. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.INTRODUCCIÓN: Conocer los predictores de mala evolución en pacientes con Enfermedad por Coronavirus 2019 (COVID-19) permite identificar de forma temprana a los pacientes con peor pronóstico, aportando mejores herramientas a la hora de tomar decisiones clínicas. Se presenta el protocolo de un estudio de cohorte cuyo objetivo principal es identificar factores de riesgo de infección severa, critica y mortalidad en pacientes con COVID-19 internados en el Servicio de Clínica Médica del Hospital Durand (Buenos Aires, Argentina). MÉTODOS: Estudio de cohorte prospectivo con base en un único centro. Se incluirá a todos los pacientes que ingresen al servicio de Clínica Médica con diagnóstico de COVID-19 durante el periodo de estudio. Se recolectarán las características epidemiológicas, clínicas, de laboratorio, radiológicas y los datos de tratamiento, al ingreso y al momento del alta o muerte hospitalaria. El evento final primario es la muerte en la internación; los eventos secundarios son el desarrollo de enfermedad grave y enfermedad crítica, la internación en unidad cerrada y el requerimiento de asistencia respiratoria mecánica

Prospective cohort study of patients with COVID-19 hospitalized in the Internal Medicine ward of Hospital Durand: study protocol

Fil: Melendi, Santiago E. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Pérez, María M. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Salas, Cintia E. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Aguirre, Camila. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Baleta, María L. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Balsano, Facundo J. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Caldano, Mariano G. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Colignon, María G. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Oliveira Brasil, Thayana De. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Wolodimeroff, Nicolás de. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Déramo Aquino, Andrea I. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Fernández de Córdova, Ana G. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Fontan, María B. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Galvagno, Florencia I. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Haedo, Mariana F. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Iturrieta Araya, Noelia S. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Mollinedo Cruz,Volga S. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Olivero, Agustín. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Pestalardo, Ignacio. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Ricciardi, María. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Saltos Navarrete, Jandry D. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Vera Rueda, María L. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Villaverde, María C. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Xavier, Franco B. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Lauko, Marcela. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Ujeda, Carlos. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.Fil: Leis, Rocío. Hospital General de Agudos Carlos G. Durand; Argentina.INTRODUCCIÓN: Conocer los predictores de mala evolución en pacientes con Enfermedad por Coronavirus 2019 (COVID-19) permite identificar de forma temprana a los pacientes con peor pronóstico, aportando mejores herramientas a la hora de tomar decisiones clínicas. Se presenta el protocolo de un estudio de cohorte cuyo objetivo principal es identificar factores de riesgo de infección severa, critica y mortalidad en pacientes con COVID-19 internados en el Servicio de Clínica Médica del Hospital Durand (Buenos Aires, Argentina). MÉTODOS: Estudio de cohorte prospectivo con base en un único centro. Se incluirá a todos los pacientes que ingresen al servicio de Clínica Médica con diagnóstico de COVID-19 durante el periodo de estudio. Se recolectarán las características epidemiológicas, clínicas, de laboratorio, radiológicas y los datos de tratamiento, al ingreso y al momento del alta o muerte hospitalaria. El evento final primario es la muerte en la internación; los eventos secundarios son el desarrollo de enfermedad grave y enfermedad crítica, la internación en unidad cerrada y el requerimiento de asistencia respiratoria mecánica

Étude de l'association des facteurs rhumatoïdes de classe IgA à l'atteinte bronchopulmonaire de la polyarthite

L’atteinte pulmonaire dans la polyarthrite rhumatoïde (PR-PID) représente la deuxième cause de mortalité après l’atteinte cardiovasculaire. Un titre élevé des facteurs rhumatoïdes de classe IgA (FR IgA) est associé à l’activité du rhumatisme, à une progression radiologique plus importante et aux manifestations extra articulaires. L’objectif de notre étude était donc d’étudier le lien entre la présence/les titres des FR IgA, considérés seuls ou en combinaison avec d’autres autoanticorps et l’atteinte bronchopulmonaire de la PR. Patients et Méthodes : Étude observationnelle, rétrospective et monocentrique portant sur l’ensemble des dosages consécutifs des FR IgA réalisés sur les 10 dernières années à partir d’un ELISA maison. Étaient inclus les patients atteints de PR répondant aux critères diagnostiques de l’ACR/EULAR 2010 et classés en deux groupes : FR IgA positif et FR IgA négatif ou douteux. Les données cliniques, biologiques et thérapeutiques étaient recueillies grâce à un suivi standardisé dans notre centre. Le diagnostic de PR-PID était établi après analyse des scanners thoraciques de haute résolution qui faisaient l’objet d’une double lecture par des radiologues spécialisés permettant de classer les lésions en atteinte parenchymateuse et/ou bronchique. Les discordances d’interprétation faisaient l’objet d’une adjudication par un pneumologue expert. L’analyse principale a utilisé un modèle de régression logistique ajusté sur l’âge, le sexe, le tabagisme, l’activité de la maladie, la présence de manifestations extra-articulaires et les FR/anti-CCP.Résultats : L’analyse des 2384 dosages recensés a permis d’inclure,183 patients qui étaient répartis en 75 et 108 PR dans les groupes FR IgA + et FR IgA négatif et douteux respectivement. L’âge moyen était de 61 ±16 ans et 72,1% de la cohorte était des femmes. Les patients FR IgA+ étaient plus fréquemment des hommes fumeurs, avaient des taux plus élevés de FR IgM et d’anti-CCP et recouraient plus souvent à un biomédicament. 20.2% de la population présentait une atteinte pulmonaire globale dont 14,2% avec atteinte parenchymateuse et 8,7% avec atteinte bronchique. Le pattern scanographique le plus fréquent était la pneumopathie interstitielle commune (PIC) avec 55,8% des atteintes. En analyse univariée non ajustée, la positivité des FR IgA tendait à être associée à une atteinte parenchymateuse (p = 0,06) ; l’association était significative pour les FR-IgM, les anti-CCP, les combinaisons FR IgM (ou FR IgA) + anti-CCP. Les titres de chacun de ces autoanticorps étaient faiblement associés à l’atteinte pulmonaire. En revanche, en analyse multivariée ajustée, seuls l’âge et le sexe masculin sont des facteurs associés à l’atteinte pulmonaire globale, et seulement l’âge pour l’atteinte parenchymateuse. Conclusion : Notre étude n’a pas permis de mettre en évidence d’association entre la positivité/les titres des FR IgA et l’atteinte bronchopulmonaire de la PR. Contrairement à d’autres études, en analyse ajustée sur les principaux facteurs de risque, aucun autoanticorps ne semble associé à ce type d’atteinte, ce qui corrobore les données d’une étude récente mettant en exergue la place des anti-protéines carbamylées