XLF and APLF bind Ku80 at two remote sites to ensure DNA repair by non-homologous end joining

International audienceThe Ku70-Ku80 (Ku) heterodimer binds rapidly and tightly to the ends of DNA double-strand breaks and recruits factors of the non-homologous end-joining (NHEJ) repair pathway through molecular interactions that remain unclear. We have determined crystal structures of the Ku-binding motifs (KBM) of the NHEJ proteins APLF (A-KBM) and XLF (X-KBM) bound to a Ku-DNA complex. The two KBM motifs bind remote sites of the Ku80 alpha/beta domain. The X-KBM occupies an internal pocket formed by an unprecedented large outward rotation of the Ku80 alpha/beta domain. We observe independent recruitment of the APLF-interacting protein XRCC4 and of XLF to laser-irradiated sites via binding of A- and X-KBMs, respectively, to Ku80. Finally, we show that mutation of the X-KBM and A-KBM binding sites in Ku80 compromises both the efficiency and accuracy of end joining and cellular radiosensitivity. A- and X-KBMs may represent two initial anchor points to build the intricate interaction network required for NHEJ

Caractérisation de la région T de la souche d'Agrobacterium tumefaciens 82.139

*INRA, centre de Versailles Laboratoire de Biologie cellulaire Diffusion du document : INRA, centre de Versailles Laboratoire de Biologie cellulaire Diplôme : Dr. d'Universit

Oncogene arrangement in a shooty strain of Agrobacterium tumefaciens

International audienc

Comparative analysis of phylogenetic profiles for the enzymatic characterization of fungal group

National audienceWe try to characterize the evolutionary origin of the enzymatic repertoire of different fungal groups. The characteristics for each of the groups studied are determined through the application of data mining method on enzyme profiles previously determined by comparative genomics. Through the presentation of results for taxonomic groups Agaricomycetes and Pezizomycota, we show that the application of supervised learning methods is effective in extracting information from phylogenetic profiles. We extract specific enzyme activities combinations for each taxonomic groups covered by our analysis. Our approach also enables us to highlight the existence of probable horizontal gene transfers

The tightly regulated promoter of the xanA gene of Aspergillus nidulans is included in a helitron.

In Aspergillus nidulans the xanA gene codes for a xanthine alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase, an enzyme only present in the fungal kingdom. The 5' region of this gene, including its putative promoter and the first 54 codons of the open reading frame, together with the first intron is duplicated in the genome. This duplication corresponds to a helitron, a eukaryotic element proposed to transpose replicatively by the rolling circle mechanism. We show that the regulation of xanA conforms to that of other genes of the purine degradation pathway, necessitating the specific UaY transcription factor and the AreA GATA factor. The promoter of the duplicated region is active ectopically and the difficulty in detecting an mRNA from the duplicated region is at least partially due to nonsense-mediated decay. Comparative genomic data are only consistent with the hypothesis that the 5' region of xanA pre-existed the helitron insertion, and that a 'secondary helitron' was generated from an insertion 5' to it and a pre-existing 3' consensus sequence within the open reading frame. It is possible to propose a role of helitrons in promoter shuffling and thus in recruiting new genes into specific regulatory circuits

Quelle médiatisation des enseignements pour favoriser l’apprentissage d’une langue étrangère à l’école primaire ? Une revue systématique

Les classes virtuelles font sans doute partie des nombreux changements que s’est vu imposer l’école primaire au 21e siècle, et notamment dans les cours de langues (Alluin et al., 2010). Le développement des compétences orales et communicatives des élèves en langue seconde nécessite la conception d’un scénario de communication et celui-ci peut effectivement bénéficier des outils mis en place dans les formations en langue médiatisées par les technologies (Cutrim Schmid & Whyte, 2014, 2015, 2014; Guichon & Tellier, 2017; Nissen, 2006). Il s’agit, dans cette étude, réalisée dans le cadre du projet RAVEL, de comprendre le fonctionnement des situations didactiques des formations en langues qui reposent en partie sur les classes virtuelles, pour en relever les spécificités et mettre en évidence les liens avec les apprentissages des élèves. La méthodologie utilisée est celle d’une revue systématique narrative incluant études quantitatives, qualitatives et méthodes mixtes (Grant & Booth, 2009; Macaro et al., 2012) dans laquelle seront recensés les travaux qui étudient les effets des technologies sur le développement de compétences communicatives des élèves. Plusieurs bases de données bibliographiques (e.g., ERIC, MLA International Bibliography) ainsi que différentes revues en lien avec la thématique seront questionnées. Les concepts constitutifs des documents inclus dans la revue de littérature sont les suivants : enseignement d’une langue étrangère, technologies, école primaire et développement des compétences orales. De ces concepts ont été dégagés une série de mots-clés en langues anglaise et française de manière à construire une équation de recherche complète. Le criblage et la sélection des documents inclus dans la revue systématique sera réalisée avec un accord inter-juges pour éviter toute ambiguïté sur le choix des études incluses (Zaugg et al., 2014). Ces deux premières étapes de composition du corpus de documents seront finalisées en mars 2021. Dans un second temps, un inventaire des dispositifs médiatisés sera proposé pour offrir aux acteurs un panel de ce qui existe. Enfin, les outils, les scénarios et les composantes pédagogiques qui favorisent effectivement le développement des pratiques langagières seront dégagés et une synthèse en sera proposée.GTnum RAVEL - Ressources pour l’Apprentissage en classe Virtuelle et l’Enseignement des Langue

Blended foreign language learning in primary schools: A systematic literature review

Virtual classrooms are undoubtedly part of the many changes that have been imposed on elementary school in the 21st century, especially in language classes (Ministry of National Education, 2007). The development of students' oral and communicative skills in a second language requires the design of a communication scenario and this scenario can effectively benefit from the tools implemented in blended language instruction (BLI) (Cutrim Schmid & Whyte, 2014; Guichon & Tellier, 2017; Nissen, 2006; Whyte & Cutrim Schmid, 2018). The aim of this study, carried out as part of the GTNum RAVEL French project, is to understand how the didactic situations of BLIs, which are partly based on virtual classrooms, work, in order to identify their specific features and highlight the links with student language learning. The methodology used is that of a systematic narrative review including quantitative, qualitative and mixed methods studies (Grant & Booth, 2009) in which the works that study the effects of BLI on the development of students' communicative skills will be listed. Several bibliographic databases (e‧g., ERIC, MLA International Bibliography) as well as various journals related to the topic will be questioned. The concepts constituting the documents included in the literature review are the following: foreign language teaching, BLI, elementary school and oral skills development. From these concepts, a series of keywords in English and French were identified in order to construct a complete research equation. The screening and selection of documents included in the systematic review will be carried out with inter-judge agreement to avoid any ambiguity on the choice of studies included (Zaugg et al., 2014). These first two steps in the composition of the corpus will be finalized in March 2021. In a second phase, an inventory of BLIs will be proposed in order to offer teachers and researchers a review of available resources. Finally, the tools, scenarios and pedagogical components that effectively facilitate the development of language practices will be identified and a synthesis will be proposed.Groupe thématique numérique - Projet Ravel (Ressources pour l’Apprentissage en classe Virtuel et l’Enseignement des Langues

Des échanges et jumelages

Marandon Sylvaine, Drevet Marguerite, Broutechoux Christiane, Plantier Renée, Roca Jeanne, Smith Christine, Napier Anne. Des échanges et jumelages. In: Diplômées, n°161, 1992. Le multilinguisme. pp. 57-58

Une revue systématique des technologies éducatives pour la compétence orale. État de l'art.

Cet état de l’art a été conduit dans le cadre du projet GTnum RAVEL (Ressources pour l’Apprentissage en classe Virtuelle et l’Enseignement des Langues). L’objectif du GTnum RAVEL est de co-concevoir, dans le cadre d’un projet de recherche collaboratif, des scénarios pédagogiques pour l’enseignement-apprentissage de la langue anglaise en primaire. Suite à une revue des pratiques, conduite auprès des enseignants du primaire (Whyte, Wigham & Younès, 2021), le choix a été fait de se concentrer sur l’activité langagière de production orale en interaction et de mobiliser les ressources numériques pour ce faire. En vue d’ancrer scientifiquement et objectivement les contributions pédagogiques du projet, un état de l’art de la littérature scientifique a été réalisée sous la forme d’une revue systématique de la littérature. L’objectif était d’identifier les spécificités des situations didactiques médiées par les technologies. Cet état de l’art est publiée en accès ouvert selon le plan de gestion des données du projet (Wigham, Blanchard Rodrigues & Younès, 2022)

Convergent evolution of hydroxylation mechanisms in the fungal kingdom : molybdenum cofactor-independent hydroxylation of xanthine via alpha-ketoglutarate- dependent dioxygenases

International audienceAbstract: The xanthine oxidases and dehydrogenases are among the most conserved enzymes in all living kingdoms. They contain the molybdopterin cofactor Moco. We show here that in the fungi, in addition to xanthine dehydrogenase, a completely different enzyme is able to catalyse the oxidation of xanthine to uric acid. In Aspergillus nidulans this enzyme is coded by the xanA gene. We have cloned the xanA gene and determined its sequence. A deletion of the gene has the same phenotype as the previously known xanA1 miss-sense mutation. Homologues of xanA exist only in the fungal kingdom. We have inactivated the cognate gene of Schizosaccharomyces pombe and this results in strongly impaired xanthine utilization as a nitrogen source. We have shown that the Neurospora crassa homologue is functionally equivalent to xanA. The enzyme coded by xanA is an alpha-ketoglutarate- and Fe(II)-dependent dioxygenase which shares a number of properties with other enzymes of this group. This work shows that only in the fungal kingdom, an alternative mechanism of xanthine oxidation, not involving Moco, has evolved using the dioxygenase scaffold