Comparative Analysis of Tandem Repeats from Hundreds of Species Reveals Unique Insights into Centromere Evolution

Centromeres are essential for chromosome segregation, yet their DNA sequences evolve rapidly. In most animals and plants that have been studied, centromeres contain megabase-scale arrays of tandem repeats. Despite their importance, very little is known about the degree to which centromere tandem repeats share common properties between different species across different phyla. We used bioinformatic methods to identify high-copy tandem repeats from 282 species using publicly available genomic sequence and our own data. The assumption that the most abundant tandem repeat is the centromere DNA was true for most species whose centromeres have been previously characterized, suggesting this is a general property of genomes. Our methods are compatible with all current sequencing technologies. Long Pacific Biosciences sequence reads allowed us to find tandem repeat monomers up to 1,419 bp. High-copy centromere tandem repeats were found in almost all animal and plant genomes, but repeat monomers were highly variable in sequence composition and in length. Furthermore, phylogenetic analysis of sequence homology showed little evidence of sequence conservation beyond ~50 million years of divergence. We find that despite an overall lack of sequence conservation, centromere tandem repeats from diverse species showed similar modes of evolution, including the appearance of higher order repeat structures in which several polymorphic monomers make up a larger repeating unit. While centromere position in most eukaryotes is epigenetically determined, our results indicate that tandem repeats are highly prevalent at centromeres of both animals and plants. This suggests a functional role for such repeats, perhaps in promoting concerted evolution of centromere DNA across chromosomes

Deteksi Pesan Spam pada Forum Daring Menggunakan Metode Naive Bayes

Forum diskusi daring adalah salah satu layanan edukasi yang disediakan oleh pihak Universitas XYZ yang dapat digunakan oleh dosen dan mahasiswa. Forum ini akan dijadikan sarana untuk mengeluarkan pendapat mahasiswa mengenai pelajaran serta sebagai pendataan absensi kehadiran mahasiswa tersebut. Pada prakteknya sering sekali mahasiswa hanya memberikan tanggapan yang seharusnya tidak diunggah pada forum diskusi berupa pesan spam sehingga fungsi utama dari forum daring sebagai media pembelajaran dan sarana untuk mengeluarkan pendapat menjadi terkesampingkan. Pada studi ini akan menerapkan algoritma Naive Bayes Classifier (NBC) untuk melakukan klasifikasi terhadap pesan forum dimana pesan-pesan tersebut akan dikelompokkan menjadi pesan spam dan pesan non-spam. Hasil uji sistem dengan membagi dataset menjadi 80 data training dan 20 data training, menghasilkan kesimpulan bahwa nilai accuracy sistem sebesar 95%, nilai precision sistem sebesar 100%, dan nilai recall sistem sebesar 90%. PenggunaanalgoritmaNBC dapat dijadikan salah satu alternatif dalam mendeteksi pesan spam pada forum

A mention-based system for revision requirements detection

Exploring aspects of sentential meaning that are implicit or underspecified in context is important for sentence understanding. In this paper, we propose a novel architecture based on mentions for revision requirements detection. The goal is to improve understandability, addressing some types of revisions, especially for the Replaced Pronoun type. We show that our mention-based system can predict replaced pronouns well on the mentionlevel. However, our combined sentence-level system does not improve on the sentence-level BERT baseline. We also present additional contrastive systems, and show results for each type of edit

Antoine Vauchez, Public

Substantif ou adjectif, le signifiant « public » se voit offrir un regain d’intérêt ces dernières années. On ne cesse de reparler des « services publics » ou du « public » des arts et de la culture. De son côté, en témoin, le Publictionnaire fait aussi la part belle à la versatilité de réflexions et de domaines que recouvre ce terme. L’ouvrage chroniqué ici s’intéresse à la fois à l’usage politique, juridique et étatique de ce terme, et aux déplacements de sa signification dans ce cadre.Tout..

Cristina Bogdan, Béatrice Fleury, Jacques Walter, dirs, Patrimoine, création, culture. À l’intersection des dispositifs et des publics

On peut prendre sur les institutions culturelles bien des points de vue. Mais ce n’est pas uniquement une affaire de choix de perspectives scientifiques (sociologie, histoire, psychologie...), parfois croisées ou non. C’est aussi le résultat nécessaire des véritables mutations subies par ces institutions ces dernières années, à l’instar des changements sociaux plus globaux. Mutations qui concernent autant le rapport des institutions à elles-mêmes que celui à un public au moins amplifié, sinon..

Karen Akoka, L’asile et l’exil. Une histoire de la distinction réfugiés/migrants

Qu’est-ce qui fait un réfugié ? Est-ce même le juste terme ? Pourquoi pas migrant, sans papier, apatride, demandeur d’asile… ? Telles sont les questions à l’origine de cet ouvrage. Qui choisit tel terme pour désigner telle personne, et ce terme dit-il vraiment quelque chose sur l’individu qu’il est censé désigner ? Questions qui ne sont pas simples à résoudre, lorsqu’il s’agit des étrangers et des crises de leur réception sur le territoire (ici français, mais cela pourrait être étendu). Non s..

Béatrice Fleury, Jacques Walter, dirs, Vies d’objets, souvenirs de guerre

Il y a bien du langage partout, pensait Honoré de Balzac. Tout objet compose une partie du vaste poème qui est le poème de la société s’écrivant elle-même, dans la multitude des signes. Honoré de Balzac déploie alors un programme linguistique et géologique de dégagement des couches et de lecture des objets comme hiéroglyphes ou fossiles exprimant les épaisseurs des mœurs et de l’histoire. Ce n’est sans aucun doute plus de cette manière que les sociologues prennent la question des objets, mais..

Philippe Poirrier, Bertrand Tilier, dirs, Aux confins des arts et de la culture. Approches thématiques et transversales xvie-xxie siècle

À destination des étudiants, les instruments du travail intellectuel – textes réduits, expliqués, commentés, surlignés… – foisonnent, le plus souvent entre réduction des théories au minimum vital pour survivre à un examen et réitération de ce que tout le monde répand dans les manuels les plus divers. L’idéal pédagogique, pour ne pas dire la justification, en est toujours d’aider les étudiants à réussir leurs concours et autres épreuves écrites et orales. Le manque d’originalité en cette matiè..