Challenges and opportunities in understanding microbial communities with metagenome assembly (accompanied by IPython Notebook tutorial)

Metagenomic investigations hold great promise for informing the genetics, physiology, and ecology of environmental microorganisms. Current challenges for metagenomic analysis are related to our ability to connect the dots between sequencing reads, their population of origin, and their encoding functions. Assembly-based methods reduce dataset size by extending overlapping reads into larger contiguous sequences (contigs), providing contextual information for genetic sequences that does not rely on existing references. These methods, however, tend to be computationally intensive and are again challenged by sequencing errors as well as by genomic repeats While numerous tools have been developed based on these methodological concepts, they present confounding choices and training requirements to metagenomic investigators. To help with accessibility to assembly tools, this review also includes an IPython Notebook metagenomic assembly tutorial. This tutorial has instructions for execution any operating system using Amazon Elastic Cloud Compute and guides users through downloading, assembly, and mapping reads to contigs of a mock microbiome metagenome. Despite its challenges, metagenomic analysis has already revealed novel insights into many environments on Earth. As software, training, and data continue to emerge, metagenomic data access and its discoveries will to grow

Key Success Factors and Barriers for Small Businesses: Comparative Analysis

AbstractThis paper analyses the current situation of small businesses, their outlook and their problems in Europe and in Russia. The number of small businesses opened, legislative system, number of self-employed without employees, influence of bureaucratic system on small business's life, unemployment and corruption are considered in this study. The object of this paper is understanding what can modify the life of small companies. Thus the analysis of every factor is useful to understand how the economy could change, what is correct and what resolutions make the life of small businesses better. The analysis is made using data from Eurostat, Rosstat, and Fedstat (an OECD institutional website), studying how values of indicators have changed during recent years. The results clearly show that the development of small companies is correlated with the development of good institutions, a sane community and trust and optimism in economy and small business sector

Uso de prácticas de Adaptación basada en Ecosistemas por pequeños cafetaleros en Centroamérica

Introducción. En Centroamérica, los pequeños caficultores están amenazados por el aumento en las temperaturas y los cambios en los patrones de lluvia. Una estrategia para apoyar a las comunidades de pequeños agricultores a adaptarse al cambio climático es el uso de prácticas de Adaptación basada en Ecosistemas (AbE), las cuales integran la conservación, restauración y manejo sostenible de ecosistemas y biodiversidad. Sin embargo, existe poca información de cómo los productores utilizan estas prácticas. Objetivo. El objetivo de este estudio fue describir el uso de once prácticas de AbE entre pequeños agricultores de café, de cinco paisajes ubicados en Costa Rica, Honduras y Guatemala, así como comparar las características biofísicas y frecuencia de uso de las mismas entre paisajes. Materiales y métodos. La caracterización de las prácticas de AbE se realizó utilizando mapeo participativo, entrevistas, y mediciones de área y estructura y composición de la vegetación, entre julio 2014 y junio 2015. La comparación entre paisajes se realizó mediante un análisis de varianza. Resultados. Los resultados indican que muchos pequeños agricultores de café están implementando activamente el uso de prácticas AbE, entre ellas el uso de árboles de sombra en cafetales, los surcos en contorno, los huertos caseros y las cercas vivas. Sin embargo, existieron diferencias importantes entre paisajes en cuanto al uso y las características de AbE implementadas. Conclusión. Estas diferencias sugieren que los productores adaptan el uso de dichas prácticas en respuesta a los contextos sociales y biofísicos del medio en donde viven, y que existe valor en hacer intercambio de productores de diferentes regiones para compartir su conocimiento sobre estas prácticas

Adaptación basada en Ecosistemas en pequeñas fincas de granos básicos en Guatemala y Honduras

En Centroamérica, el maíz y el frijol son usualmente cultivados por agricultores que tienen pequeñas áreas de tierra y viven en situación de vulnerabilidad. El cambio climático representa una importante amenaza para estos pequeños agricultores de granos básicos, poniendo en peligro sus sistemas de producción y medios de vida. El uso de Adaptación basada en Ecosistemas (AbE) puede ayudarlos a enfrentar el cambio climático, pero existe poca información sobre el tema. El objetivo de este trabajo fue caracterizar las estrategias de AbE que los pequeños agricultores de granos básicos de cuatro paisajes de Guatemala y Honduras utilizan para aumentar su resiliencia frente al cambio climático. A través de entrevistas y mediciones en campo en 160 fincas, entre julio 2014 y junio 2015, 1) se exploró qué tan común es el uso de las diferentes prácticas de AbE, 2) se documentaron las características biofísicas de estas prácticas, y 3) se determinó si la implementación y características de las prácticas difieren entre paisajes. Los resultados indican que muchos de los pequeños agricultores de granos básicos usan prácticas de AbE, aun cuando cultivan áreas pequeñas (parcelas de maíz de ~0,68 ha), tienen un bajo nivel de educación y bajo acceso a capacitaciones o consejos técnicos. Las prácticas más comunes fueron el uso de árboles dispersos, huertos caseros y cercas vivas. Resultados de un análisis de ANDEVA indican que hubo diferencias significativas en el uso de diferentes prácticas entre agricultores, que sugiere que las adoptan en respuesta a sus medios de vida y condiciones biofísicas. El estudio sugiere que los pequeños agricultores de granos básicos tienen la experiencia y el conocimiento para utilizar prácticas de AbE, y que ven beneficios derivados de su implementación; sin embargo, para ampliar el uso de estas prácticas, se necesita más apoyo técnico, financiero y político