Analysis of Virion Structural Components Reveals Vestiges of the Ancestral Ichnovirus Genome

Many thousands of endoparasitic wasp species are known to inject polydnavirus (PDV) particles into their caterpillar host during oviposition, causing immune and developmental dysfunctions that benefit the wasp larva. PDVs associated with braconid and ichneumonid wasps, bracoviruses and ichnoviruses respectively, both deliver multiple circular dsDNA molecules to the caterpillar. These molecules contain virulence genes but lack core genes typically involved in particle production. This is not completely unexpected given that no PDV replication takes place in the caterpillar. Particle production is confined to the wasp ovary where viral DNAs are generated from proviral copies maintained within the wasp genome. We recently showed that the genes involved in bracovirus particle production reside within the wasp genome and are related to nudiviruses. In the present work we characterized genes involved in ichnovirus particle production by analyzing the components of purified Hyposoter didymator Ichnovirus particles by LC-MS/MS and studying their organization in the wasp genome. Their products are conserved among ichnovirus-associated wasps and constitute a specific set of proteins in the virosphere. Strikingly, these genes are clustered in specialized regions of the wasp genome which are amplified along with proviral DNA during virus particle replication, but are not packaged in the particles. Clearly our results show that ichnoviruses and bracoviruses particles originated from different viral entities, thus providing an example of convergent evolution where two groups of wasps have independently domesticated viruses to deliver genes into their hosts

Aligning the Goals of Learning Analytics with its Research Scholarship: An Open Peer Commentary Approach

To promote cross-community dialogue on matters of significance within the field of learning analytics], we as editors-in- chief of the Journal of Learning Analytics have introduced a section for papers that are open to peer commentary. The first of these papers, “A LAK of Direction: Misalignment Between the Goals of Learning Analytics and its Research Scholarship” by Motz et al. (2023), appeared in the journal’s early access section in March 2023, a few days before the start of the 13th International Learning Analytics and Knowledge Conference (LAK ’23). “A LAK of Direction” takes as its starting point the definition of learning analytics used in the call for papers of the first LAK conference (LAK ’11) and used since then by the Society for Learning Analytics Research (SoLAR): “Learning analytics is the measurement, collection, analysis and reporting of data about learners and their contexts, for purposes of understanding and optimizing learning and the environments in which it occurs” (Long & Siemens, 2011, p. 24). Following the conference, an invitation to submit proposals for commentaries on the paper was released, and 12 of these proposals were accepted. This paper brings those commentaries togethe

Aligning the Goals of Learning Analytics with its Research Scholarship: An Open Peer Commentary Approach

To promote cross-community dialogue on matters of significance within the field of learning analytics (LA), we as editors-in-chief of the Journal of Learning Analytics (JLA) have introduced a section for papers that are open to peer commentary. An invitation to submit proposals for commentaries on the paper was released, and 12 of these proposals were accepted. The 26 authors of the accepted commentaries are based in Europe, North America, and Australia. They range in experience from PhD students and early-career researchers to some of the longest-standing, most senior members of the learning analytics community. This paper brings those commentaries together, and we recommend reading it as a companion piece to the original paper by Motz et al. (2023), which also appears in this issu

Expression architecturale et contraintes constructives

Le débat sur le rapport entre l'architecture et la construction se rapporte, dans le cas présent, à trois sujets : la formation du savoir technique, l'architecture et l'industrialisation de la construction et la question de la formation technique des architectes et de leur pratique professionnelle

Evaluation des variétés forestières améliorées issues des vergers à graines de l'Etat : douglas, épicéa, mélèze, pins laricio, maritime et sylvestre (rapport final)

Dans le cadre du présent contrat, l'INRA et le Cemagref ont mis en place et analysé des tests destinés à évaluer sur leur descendance différents vergers à graines de Douglas, pin laricio, mélèze, pin maritime et pin sylvestre. Les tests de familles de demi-frères permettent d'évaluer l'aptitude générale à la combinaison des clones présents dans les vergers, et donc d'améliorer la valeur génétique des vergers par éclaircie des plus mauvais géniteurs. Les résultats de cette évaluation permettront en particulier de fournir aux reboiseurs des conseils d'utilisation

Evaluation et homologation de variétés issues des vergers à graines de l'Etat : Douglas, mélèze, pin sylvestre, pins Laricio, merisier

This report presents the work done and results obtained in 2010 by Cemagref (coord.), INRA, ONF and CNPF in seed orchard testing. The activities deal with 5 species or groups of species (Douglas-fir, larch, Scots pine, black pine, wild cherry).Ce rapport présente les actions entreprises de mars 2010 à mars 2011 par le Cemagref, l'INRA, l'ONF et le CNPPF dans le cadre de l'évaluation des variétés issues des vergers à graines de l'Etat. Elles concernent 5 espèces Douglas, mélèzes, pins laricio et sylvestre, merisier et un thème transversal qui consiste à identifier des techniques susceptibles de caractériser l'état physiologique des arbres de différentes espèces/provenances. Dans un premier temps, l'accent est mis sur les applications possibles de la télédétection. 1- Douglas - Le Cemagref, l'ONF, l'INRA et le CNPF se mobilisent pour mettre en pace un réseau national de dispositifs destiné à évaluer les performances des 8 vergers de Douglas français. En 2010, le réseau s'est enrichi de 10 nouveaux essais. Il est à présent constitué de 15 dispositifs expérimentaux et 11 tests de démonstration. Dans leur grande majorité, les plantations sont bien-venantes et n'inspirent pas d'inquiétude. Les notations de tardiveté de débourrement réalisées dans trois sites mettent en évidence une grande stabilité dans le classement des provenances. Dans tous les cas, Californie se révèle particulièrement précoce et s'oppose à deux variétés tardives (Washington 2 et, à un degré moindre, La Luzette éclairci). - Dans deux tests INRA, la densité du bois du verger Darrington apparaît comme l'une des plus élevée mais cette propriété est en partie due à sa faible croissance. - Dans un dispositif à vocation génético-sylvicole du Cemagref âgé de 10 ans (Morvan), les vergers de La Luzette et Darrington présentent une meilleure croissance en hauteur et circonférence que le témoin Washington 403. - Deux tests de descendances des clones constitutifs du verger à graines "Californie" ont été plantés par l'INRA au printemps 2011. 2- Mélèze Une nouvelle campagne de mesures a été réalisée par le Cemagref dans un test du Limousin, 16 ans après la plantation et 6 ans après la première éclaircie. Si l'on conjugue les caractères de vigueur et de forme, le constat fait avant éclaircie demeure valide : FH 201 et Esbeek constituent le meilleur choix. 3- Pin sylvestre L'INRA a ré-évalué deux tests de descendances des vergers d'origine Taborz et Haguenau. Les bonnes corrélations constatées entre les hauteurs à 8 ans, données utilisées pour le marquage des éclaircies génétiques réalisées dans les vergers, et 16 ans rendent optimistes quant aux performances des produits de ces deux vergers à graines. 4- Pins laricio de Corse et Calabre - Le léger avantage productif des vergers de Laricio de Corse (provenance Centre) sur les provenances locales résulte pour l'essentiel d'une plus forte croissance juvénile. A 15 ans, les différences ne sont plus significatives. - Les résultats obtenus, en termes d'adaptation et de vigueur, dans un test âgé de 7 ans plaident en faveur de l'origine Calabre. Elle présente en effet une aussi bonne croissance en hauteur que l'origine Corse et une croissance en circonférence très nettement supérieure. Ce diagnostic ne prend cependant pas en compte les caractères de forme qui sont défavorables au Laricio de Calabre. 5- Merisier Les vergers à graines de « Cabrerets » et « Avessac » ont été récoltés en 2010. 6 plantations comparatives ont été installées, en utilisant la méthode de sélection participative développée par l'INRA. 6- Télédétection Le Cemagref a analysé les données issues des photos aériennes prises en 2009. Les premiers résultats démontrent clairement le potentiel de la télédétection à très haute résolution pour l'examen détaillé de dispositifs d'évaluation des VFA. Les clichés permettent de pratiquer un relevé de la mortalité, de calculer, analyser et représenter des index de végétation aux niveaux dispositif, placeau et arbre. De plus, des corrélations assez robustes ont été trouvées entre les données dendrométriques acquises au sol et les index de végétation issues de la télédétection. Enfin, la télédétection se révèle être un outil très efficace de qualification objective des sites d'essais avec en particulier la mise en évidence de leurs hétérogénéités

Evaluation et homologation de variétés issues des vergers à graines de l'Etat : Douglas, mélèze, pin sylvestre, pins Laricio, merisier

Ce rapport présente les actions entreprises de mars 2010 à mars 2011 par le Cemagref, l'INRA, l'ONF et le CNPPF dans le cadre de l'évaluation des variétés issues des vergers à graines de l'Etat. Elles concernent 5 espèces Douglas, mélèzes, pins laricio et sylvestre, merisier et un thème transversal qui consiste à identifier des techniques susceptibles de caractériser l'état physiologique des arbres de différentes espèces/provenances. Dans un premier temps, l'accent est mis sur les applications possibles de la télédétection. 1- Douglas - Le Cemagref, l'ONF, l'INRA et le CNPF se mobilisent pour mettre en pace un réseau national de dispositifs destiné à évaluer les performances des 8 vergers de Douglas français. En 2010, le réseau s'est enrichi de 10 nouveaux essais. Il est à présent constitué de 15 dispositifs expérimentaux et 11 tests de démonstration. Dans leur grande majorité, les plantations sont bien-venantes et n'inspirent pas d'inquiétude. Les notations de tardiveté de débourrement réalisées dans trois sites mettent en évidence une grande stabilité dans le classement des provenances. Dans tous les cas, Californie se révèle particulièrement précoce et s'oppose à deux variétés tardives (Washington 2 et, à un degré moindre, La Luzette éclairci). - Dans deux tests INRA, la densité du bois du verger Darrington apparaît comme l'une des plus élevée mais cette propriété est en partie due à sa faible croissance. - Dans un dispositif à vocation génético-sylvicole du Cemagref âgé de 10 ans (Morvan), les vergers de La Luzette et Darrington présentent une meilleure croissance en hauteur et circonférence que le témoin Washington 403. - Deux tests de descendances des clones constitutifs du verger à graines "Californie" ont été plantés par l'INRA au printemps 2011. 2- Mélèze Une nouvelle campagne de mesures a été réalisée par le Cemagref dans un test du Limousin, 16 ans après la plantation et 6 ans après la première éclaircie. Si l'on conjugue les caractères de vigueur et de forme, le constat fait avant éclaircie demeure valide : FH 201 et Esbeek constituent le meilleur choix. 3- Pin sylvestre L'INRA a ré-évalué deux tests de descendances des vergers d'origine Taborz et Haguenau. Les bonnes corrélations constatées entre les hauteurs à 8 ans, données utilisées pour le marquage des éclaircies génétiques réalisées dans les vergers, et 16 ans rendent optimistes quant aux performances des produits de ces deux vergers à graines. 4- Pins laricio de Corse et Calabre - Le léger avantage productif des vergers de Laricio de Corse (provenance Centre) sur les provenances locales résulte pour l'essentiel d'une plus forte croissance juvénile. A 15 ans, les différences ne sont plus significatives. - Les résultats obtenus, en termes d'adaptation et de vigueur, dans un test âgé de 7 ans plaident en faveur de l'origine Calabre. Elle présente en effet une aussi bonne croissance en hauteur que l'origine Corse et une croissance en circonférence très nettement supérieure. Ce diagnostic ne prend cependant pas en compte les caractères de forme qui sont défavorables au Laricio de Calabre. 5- Merisier Les vergers à graines de « Cabrerets » et « Avessac » ont été récoltés en 2010. 6 plantations comparatives ont été installées, en utilisant la méthode de sélection participative développée par l'INRA. 6- Télédétection Le Cemagref a analysé les données issues des photos aériennes prises en 2009. Les premiers résultats démontrent clairement le potentiel de la télédétection à très haute résolution pour l'examen détaillé de dispositifs d'évaluation des VFA. Les clichés permettent de pratiquer un relevé de la mortalité, de calculer, analyser et représenter des index de végétation aux niveaux dispositif, placeau et arbre. De plus, des corrélations assez robustes ont été trouvées entre les données dendrométriques acquises au sol et les index de végétation issues de la télédétection. Enfin, la télédétection se révèle être un outil très efficace de qualification objective des sites d'essais avec en particulier la mise en évidence de leurs hétérogénéités

Characterization of a novel aphid prenyltransferase displaying dual geranyl/farnesyl diphosphate synthase activity

We report on the cDNA cloning and characterization of a novel short-chain isoprenyl diphosphate synthase from the aphid Myzus persicae. Of the three IPPS cDNAs we cloned, two yielded prenyltransferase activity following expression in Escherichia coli; these cDNAs encode identical proteins except for the presence, in one of them, of an N-terminal mitochondrial targeting peptide. Although the aphid enzyme was predicted to be a farnesyl diphosphate synthase by BLASTP analysis, rMpIPPS, when isopentenyl diphosphate and dimethylallyl diphosphate are supplied as substrates, typically generated geranyl diphosphate (C10) as its main product, along with significant quantities of farnesyl diphosphate (C15). Analysis of an MpIPPS homology model pointed to substitutions that could confer GPP/FPP synthase activity to the aphid enzyme