Implicaciones antropológicas de la presencia del polimorfismo rs9282541 en los warao del delta del Orinoco, Venezuela

The ABCA1 gene plays an important role in the extraction of intracellular cholesterol for the formation of the HDL cholesterol. The ABCA1*230Cys allele variant of this gene (polymorphism rs9282541) has been consistently associated with alterations in blood lipid levels. This variant has been observed in maximum frequencies of 33% only in Native Americans and mestizo populations descended from these. This is the reason why it is considered a genetic marker of Amerindian origin. It has not been identified in populations studied in Europe, Asia or Africa. The highest frequencies are shown in Central America, with a decrease toward the extreme north and south of the continent. There are no studies of the rs9282541 polymorphism in Venezuela, therefore it has not been possible to make comparisons with groups from the rest of the continent. With this interest, the objective of this research was to identify the frequency of ABCA1*230Cys in the warao of the Orinoco delta (Delta Amacuro state, Venezuela, N=115), and compare through genetic distances with reports from other American groups. This information is useful to the discussion about its genetic origin. The allele frequency was 13.05%, intermediate value in relation to that reported for other indigenous groups. The genetic distance between warao and the rest of the Amerindian populations establishing similarities with populations of proto-chibchan origin and other hunter-gatherers from the northern Amazon of different linguistic origin. The presence of this Amerindian variant originated in Central America establishes a remote connection with native groups from that region. These results show the importance of such studies integrating genetic and historical data to improve the level of discussion about the origin of Native American populations, also they give value to the usefulness of ABCA1*230Cys variant in other to establish genetic links between populations of interest. This is the first report of the rs9282541 polymorphism of the ABCA1 gene for Venezuelan indigenous populations.El gen ABCA1 juega un importante papel en la extracción del colesterol intracelular para la formación de la molécula de colesterol HDL. Una variante funcional de este gen, la ABCA1*230Cys (polimorfismo rs9282541), ha sido asociada con diversas alteraciones en los niveles de lípidos en sangre. Se le considera un marcador genético de origen amerindio ya que está presente solamente en nativos americanos y en poblaciones mestizas descendientes de éstos. En ellos se ha observado en frecuencias de hasta un 33 %. Aún no ha sido identificada en poblaciones estudiadas de Europa, Asia o África. Las mayores frecuencias están en Centroamérica, con un decrecimiento hacia los extremos norte y sur del continente. En Venezuela no existen estudios del polimorfismo rs9282541, por lo que no ha sido posible realizar comparaciones con grupos del resto del continente. Con ese interés, el objetivo de la presente investigación fue identificar la frecuencia del ABCA1*230Cys en los warao del delta del río Orinoco (Edo. Delta Amacuro, Venezuela, N=115) y compararla con distancias genéticas reportadas en otros grupos americanos, para aportar información útil a la discusión sobre su origen genético. La frecuencia alélica obtenida fue del 13,05 %, valor intermedio en relación con lo reportado para otros grupos indígenas. Los valores de distancia genética entre warao y el resto de las poblaciones amerindias portadoras del polimorfismo permitieron establecer semejanzas con grupos de origen proto-chibcha y otros cazadores-recolectores del norte del Amazonas de diferente origen lingüístico. La presencia de esa variante amerindia originada en Centroamérica establece una conexión remota con grupos nativos o procedentes de esa región. Estos resultados dan cuenta de la importancia de este tipo de estudios, que integran datos genéticos e históricos, para mejorar el nivel de discusión sobre el origen de las poblaciones indígenas americanas, además de valorar la utilidad de la variante ABCA1*230Cys para establecer vínculos genéticos entre poblaciones de interés. Este es el primer reporte del polimorfismo rs9282541 del gen ABCA1 en poblaciones indígenas venezolanas

Diversidad mitocondrial en el nor-occidente de venezuela. implicaciones para probables rutas migratorias prehispánicas

RESUMEN La utilidad del ADN mitocondrial (ADNmt) para determinar afinidad genética entre grupos indígenas contemporáneos e inferir sobre migraciones, ha sido demostrada; pero la imposibilidad de estudiar grupos prehispánicos extintos, limita las inferencias sobre migraciones en esa época. El mestizaje en poblaciones neoamericanas ha sido caracterizado por uniones entre hombres europeos y mujeres indígenas, permitiendo detectar en la población contemporánea haplogrupos mitocondriales amerindios que informan sobre poblaciones extintas. Para conocer los linajes femeninos en el occidente de Venezuela, se estudiaron los haplogrupos del ADNmt a partir de RFLP, en una muestra de 193 individuos con antepasados procedentes del occidente de Venezuela, 81 del Estado Lara (Barquisimeto) y 112 de tres pueblos del Estado Falcón (Macu-quita=25, Macanillas=29 y Churuguara=58). Se comparó la distribución de haplogrupos entre las poblaciones y se estimó el mestizaje por línea femenina en ellas. Se comparó la distribución de cuatro haplogrupos indígenas con otras regiones de América. Se observa que en las cuatro poblaciones predominan haplogrupos amerindios, seguidos de los africanos. Al comparar la fracción indígena con el resto de América encontramos que Macanillas, Lara y Churuguara se asemejan a grupos de Amazonas y Suramérica, mientras que Macuquita a Aruba. Esto sugiere una diversidad genética importante en esa zona como probable ruta de paso hacia el sur y el Caribe; además refleja vínculos genéticos importantes entre grupos prehispánicos de Aruba y los de la Península de Paraguaná. Evidencias arqueológicas soportan estos postulados. Se recomienda aumentar la muestra y realizar análisis de secuencias para un nivel mayor de precisión. Palabras clave: ADN mitocondrial, haplogrupos, población venezolana, grupos indígenas. ABSTRACT Mitocondrial DNA (mtDNA) has been widely used to study genetic relationships between contemporary Amerindian groups and to infer ancestral migration movements; however inferences about migration routes of prehispanic extinct groups are difficult. Admixture of Neoamerican groups has been characterized by unions between European males and Amerindian females. This allows the identification in present populations of Amerindian mitocondrial haplogroups which give information on ancestral groups. In order to investigate female lineages present in western Venezuela, RFLP haplogroups from mtDNA were obtained from 193 individuals with grandparents from this region, 81 from the State of Lara (Barquisimeto) and 112 from 3 towns of the State of Falcon (Macuquita=25; Macanilla=29 and Churuguara=58). Comparison of haplogroup distributions between groups was performed, and admixture estimates based on female lineages were obtained. The distribution of four Amerindian haplogroups was compared with those of other populations from the American Continent. In our four samples Amerindian haplogroups predominate, followed by those of African origin. In the comparison of the mtDNA Amerindian fraction with other populations we find that Macanillas, Lara and Churuguara are similar to South American and Amazonian groups whilst Macuquita is similar to groups from Aruba. Our findings suggest an important genetic diversity in this region, explained by migration routes to and from the south and the Caribean. They also suggest genetic relationship between prehispanic groups from Aruba and those from the Paraguaná peninsula, which have been inferred by archeological evidences. An increase in sample size and analysis of sequences for more precision is recommended. Key words: Mitocondrial DNA, haplogroups, Venezuelan population, Amerindians

Estimation of admixture in two Venezuelan populations using Ancestry Informative Markers and haplogroups of mitochondrial DNA

Los marcadores informativos de ancestralidad (AIM) autosómicos y los del ADN mitocondrial (ADNmt) son muy útiles para identificar el origen y los patrones de migración de las poblaciones. En este trabajo se estimó el mestizaje a partir de siete AIM en 188 individuos venezolanos, 84 del estado Guárico y 104 de la región centro occidental de Venezuela (RCO), se estimó la ancestralidad mitocondrial en el estado Guárico y se compararon ambas poblaciones según su origen y desarrollo histórico. Este estudio representa la primera aproximación a la composición genética de Guárico y es el primer reporte para Venezuela utilizando marcadores tipo AIM. Los resultados revelaron que los aportes amerindio y europeo predominan en estas poblaciones, pero el amerindio es mayor en Guárico (50,57%) que en RCO (44,92%), y el europeo lo es en RCO (38,46% vs. 33,72%). El origen del ADNmt en Guárico es de predominio amerindio (80%), tendencia similar a lo reportado para RCO (75%). El aporte amerindio en Guárico es el más alto reportado para Venezuela. Se concluye que las diferencias encontradas entre ambas muestras podrían deberse a la colonización más temprana de la RCO y a su desarrollo industrial moderado durante el siglo XIX. Así mismo, planteamos que los AIM aquí utilizados lograron una buena discriminación del aporte de los tres grupos ancestrales principales y que su uso simultáneo con polimorfismos de origen uniparental permite obtener, en forma económica, una mejor aproximación genética para explicar la dinámica del proceso de mestizaje que dio origen a la población venezolana actualAncestral informative markers (AIMs) and mitochondrial DNA (mtDNA) are highly useful to understand the origin of populations and their migration patterns. In this work, admixture was estimated using seven AIMs in 188 Venezuelan individuals, 84 belonging to the state of Guárico and 104 belonging to the central western region of Venezuela (RCO). Mitochondrial ancestry of Guárico was also determined, and both populations were compared according to their origin and historical development. This study constitutes the first approximation to the genetic composition of Guárico, and it is the first report for Venezuela using AIMs. The results revealed that Amerindian and European contributions predominate in these populations, but Amerindian is higher in Guárico (50.57%) than in RCO (44.92%), while European is higher in RCO (38.46% vs. 33.72%). In Guárico mtDNA is predominantly Amerindian (80%), as previously reported for RCO (75%). The Amerindian contribution in Guárico is the highest reported for Venezuela. We conclude that the differences found between both samples could be due to an earlier colonization of RCO and to its moderate industrial development during the nineteenth century. We also conclude that the AIMs used here made a good differentiation of the contribution of the three main ancestral groups at a relatively low cost, so that their use, together with polymorphisms of uniparental origin, allows a better genetic approach to explaining the dynamics of the mixing process giving rise to the current Venezuelan population.Asociación de Antropología Biológica de la República Argentin

Admixture Estimates for Caracas, Venezuela, Based on Autosomal, Y-Chromosome, and mtDNA Markers

The present Venezuelan population is the product of admixture of Amerindians, Europeans, and Africans, a process that was not homogeneous throughout the country. Blood groups, short tandem repeats (STRs), mtDNA, and Y-chromosome markers have been used successfully in admixture studies, but few such studies have been conducted in Venezuela. In this study we aim to estimate the admixture components of samples from two different socio - economic levels from Caracas, Venezuela’s capital city, compare their differences, and infer sexual asymmetry in the European Amerindian union patterns. Gene frequencies for blood groups ABO and Rh (CDE) and for the STRs VWA, F13A01, and FES/FPS and mtDNA and Y-chromosome haplogroups were studied in a sample of 60 individuals living in Caracas, taken from a private clinic (high socioeconomic level), and 50 individuals, also living in Caracas, drawn from a public maternity clinic (low socioeconomic level). The admixture analysis for the five autosomal markers gives a high European component (0.78) and an almost negligible African sub-Saharan component (0.06) for the high socioeconomic level, whereas for the low socioeconomic level the sub- Saharan, European, and Amerindian components were 0.21, 0.42, and 0.36, respectively. Estimates of admixture based on mtDNA and Y-chromosome markers reveal that the Amerindian contribution to these Caracas samples is almost entirely through females, because the Y-chromosome Amerindian and African sub-Saharan chromosomes found in this study were scarce. Our study reveals that the identification of the grandparents’ geographic origin is an important methodological aspect to take into account in genetic studies related to the reconstruction of historical events

Distribution of polymorphisms in the CYP2C9 gene and CYP2C19/CYP2C9 haplotypes among Venezuelan populations

Background: Polymorphisms with decreased enzyme activity of their gene products have been reported in region CYP2C with population variations in haplotype structure. Aim: To estimate the allelic and genotypic frequencies of variants CYP2C9*2 and CYP2C9*3 and of CYP2C9/CYP2C19 haplotypes in Venezuelan populations. Subjects and methods: Six hundred and thirty-four individuals from nine admixed populations (AP) and the Warao indigenous group were studied. Allelic frequencies, linkage disequilibrium and genetic distances for haplotypes were calculated and compared within Venezuela and with data available in the literature. Results: Heterogeneity in the distribution of CYP2C9 alleles and CYP2C9/CYP2C19 haplotypes among the AP and the Warao was observed. The joint frequency of haplotypes, with at least one non-functional variant, shows values in AP between 21–41%, while in Warao it reaches 5%. The haplotype that includes the Asian and rare Latin America CYP2C19*3 allele was detected in most AP and in Warao. Pairwise Fst values showed that the Warao was an outlier compared with the AP, while these are closer to European-derived populations. No significant correlation was found between haplotype frequencies and admixture. Conclusions: These results support the need to understand the distribution of genomic biomarkers related to the metabolism of drugs, for planning national public health strategies

Implicaciones antropológicas de la presencia del polimorfismo rs9282541 en los warao del delta del Orinoco, Venezuela

The ABCA1 gene plays an important role in the extraction of intracellular cholesterol for the formation of the HDL cholesterol. The ABCA1*230Cys allele variant of this gene (polymorphism rs9282541) has been consistently associated with alterations in blood lipid levels. This variant has been observed in maximum frequencies of 33% only in Native Americans and mestizo populations descended from these. This is the reason why it is considered a genetic marker of Amerindian origin. It has not been identified in populations studied in Europe, Asia or Africa. The highest frequencies are shown in Central America, with a decrease toward the extreme north and south of the continent. There are no studies of the rs9282541 polymorphism in Venezuela, therefore it has not been possible to make comparisons with groups from the rest of the continent. With this interest, the objective of this research was to identify the frequency of ABCA1*230Cys in the warao of the Orinoco delta (Delta Amacuro state, Venezuela, N=115), and compare through genetic distances with reports from other American groups. This information is useful to the discussion about its genetic origin. The allele frequency was 13.05%, intermediate value in relation to that reported for other indigenous groups. The genetic distance between warao and the rest of the Amerindian populations establishing similarities with populations of proto-chibchan origin and other hunter-gatherers from the northern Amazon of different linguistic origin. The presence of this Amerindian variant originated in Central America establishes a remote connection with native groups from that region. These results show the importance of such studies integrating genetic and historical data to improve the level of discussion about the origin of Native American populations, also they give value to the usefulness of ABCA1*230Cys variant in other to establish genetic links between populations of interest. This is the first report of the rs9282541 polymorphism of the ABCA1 gene for Venezuelan indigenous populations.El gen ABCA1 juega un importante papel en la extracción del colesterol intracelular para la formación de la molécula de colesterol HDL. Una variante funcional de este gen, la ABCA1*230Cys (polimorfismo rs9282541), ha sido asociada con diversas alteraciones en los niveles de lípidos en sangre. Se le considera un marcador genético de origen amerindio ya que está presente solamente en nativos americanos y en poblaciones mestizas descendientes de éstos. En ellos se ha observado en frecuencias de hasta un 33 %. Aún no ha sido identificada en poblaciones estudiadas de Europa, Asia o África. Las mayores frecuencias están en Centroamérica, con un decrecimiento hacia los extremos norte y sur del continente. En Venezuela no existen estudios del polimorfismo rs9282541, por lo que no ha sido posible realizar comparaciones con grupos del resto del continente. Con ese interés, el objetivo de la presente investigación fue identificar la frecuencia del ABCA1*230Cys en los warao del delta del río Orinoco (Edo. Delta Amacuro, Venezuela, N=115) y compararla con distancias genéticas reportadas en otros grupos americanos, para aportar información útil a la discusión sobre su origen genético. La frecuencia alélica obtenida fue del 13,05 %, valor intermedio en relación con lo reportado para otros grupos indígenas. Los valores de distancia genética entre warao y el resto de las poblaciones amerindias portadoras del polimorfismo permitieron establecer semejanzas con grupos de origen proto-chibcha y otros cazadores-recolectores del norte del Amazonas de diferente origen lingüístico. La presencia de esa variante amerindia originada en Centroamérica establece una conexión remota con grupos nativos o procedentes de esa región. Estos resultados dan cuenta de la importancia de este tipo de estudios, que integran datos genéticos e históricos, para mejorar el nivel de discusión sobre el origen de las poblaciones indígenas americanas, además de valorar la utilidad de la variante ABCA1*230Cys para establecer vínculos genéticos entre poblaciones de interés. Este es el primer reporte del polimorfismo rs9282541 del gen ABCA1 en poblaciones indígenas venezolanas

La correspondencia de Valencia : diario de noticias : eco imparcial de la opinión y de la prensa: Año XLVI Número 19173 - 1923 Noviembre 30

Copia digital. Madrid : Ministerio de Cultura. Subdirección General de Coordinación Bibliotecaria, 200

Fluxo gênico, análise de variância e relações evolutivas de populações neo-latino-americanas e seus putativos grupos parentais : inferências a partir do loco DYS19

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DIVERSIDAD MITOCONDRIAL EN EL NOR-OCCIDENTE DE VENEZUELA. IMPLICACIONES PARA PROBABLES RUTAS MIGRATORIAS PREHISPÁNICAS

RESUMEN La utilidad del ADN mitocondrial (ADNmt) para determinar afinidad genética entre grupos indígenas contemporáneos e inferir sobre migraciones, ha sido demostrada; pero la imposibilidad de estudiar grupos prehispánicos extintos, limita las inferencias sobre migraciones en esa época. El mestizaje en poblaciones neoamericanas ha sido caracterizado por uniones entre hombres europeos y mujeres indígenas, permitiendo detectar en la población contemporánea haplogrupos mitocondriales amerindios que informan sobre poblaciones extintas. Para conocer los linajes femeninos en el occidente de Venezuela, se estudiaron los haplogrupos del ADNmt a partir de RFLP, en una muestra de 193 individuos con antepasados procedentes del occidente de Venezuela, 81 del Estado Lara (Barquisimeto) y 112 de tres pueblos del Estado Falcón (Macu-quita=25, Macanillas=29 y Churuguara=58). Se comparó la distribución de haplogrupos entre las poblaciones y se estimó el mestizaje por línea femenina en ellas. Se comparó la distribución de cuatro haplogrupos indígenas con otras regiones de América. Se observa que en las cuatro poblaciones predominan haplogrupos amerindios, seguidos de los africanos. Al comparar la fracción indígena con el resto de América encontramos que Macanillas, Lara y Churuguara se asemejan a grupos de Amazonas y Suramérica, mientras que Macuquita a Aruba. Esto sugiere una diversidad genética importante en esa zona como probable ruta de paso hacia el sur y el Caribe; además refleja vínculos genéticos importantes entre grupos prehispánicos de Aruba y los de la Península de Paraguaná. Evidencias arqueológicas soportan estos postulados. Se recomienda aumentar la muestra y realizar análisis de secuencias para un nivel mayor de precisión. Palabras clave: ADN mitocondrial, haplogrupos, población venezolana, grupos indígenas. ABSTRACT Mitocondrial DNA (mtDNA) has been widely used to study genetic relationships between contemporary Amerindian groups and to infer ancestral migration movements; however inferences about migration routes of prehispanic extinct groups are difficult. Admixture of Neoamerican groups has been characterized by unions between European males and Amerindian females. This allows the identification in present populations of Amerindian mitocondrial haplogroups which give information on ancestral groups. In order to investigate female lineages present in western Venezuela, RFLP haplogroups from mtDNA were obtained from 193 individuals with grandparents from this region, 81 from the State of Lara (Barquisimeto) and 112 from 3 towns of the State of Falcon (Macuquita=25; Macanilla=29 and Churuguara=58). Comparison of haplogroup distributions between groups was performed, and admixture estimates based on female lineages were obtained. The distribution of four Amerindian haplogroups was compared with those of other populations from the American Continent. In our four samples Amerindian haplogroups predominate, followed by those of African origin. In the comparison of the mtDNA Amerindian fraction with other populations we find that Macanillas, Lara and Churuguara are similar to South American and Amazonian groups whilst Macuquita is similar to groups from Aruba. Our findings suggest an important genetic diversity in this region, explained by migration routes to and from the south and the Caribean. They also suggest genetic relationship between prehispanic groups from Aruba and those from the Paraguaná peninsula, which have been inferred by archeological evidences. An increase in sample size and analysis of sequences for more precision is recommended. Key words: Mitocondrial DNA, haplogroups, Venezuelan population, Amerindians