Implementación de Apache Spark para análisis de proteínas

51 p.Este proyecto se trata sobre el uso de tecnologías distribuidas para resolver problemas relacionados con la manipulación de datos masivos y complejos. El problema específico abordado es el de AFAL2, una aplicación web que permite analizar datos de proteínas, los cuales se obtienen del Protein Data Bank (PDB). AFAL2 permite consultar tres tipos de frecuencias. Además, este sistema funciona sobre una base de datos relacional, hecha en PostgreSQL y no tiene el mejor tiempo de respuesta frente a operaciones complejas. Además considerando que el Protein Data Bank crece constantemente, esto puede ser un problema a futuro. Para la investigación realizada fue necesario analizar la base de datos de AFAL2 y extraer las consultas que permiten responder a las frecuencias para luego replicar estas consultas usando una herramienta de programación distribuida, específicamente un framework llamado Apache Spark. Finalmente se realizaron pruebas para comparar la efectividad del algoritmo en Spark versus la base de datos hecha en PostgreSQL. Para el desarrollo de los algoritmos que responden a las frecuencias de AFAL2, se usó el modelo de programación Map Reduce, el cual consiste en dos operaciones, la primera es el map que separa los datos en los distintos nodos que componen el sistema distribuido para dividir el trabajo y más tarde unirlos en la etapa de Reduce. Replicar las consultas requirió el uso de varias operaciones Map y Reduce. Para probar la efectividad de los algoritmos con respecto a las consultas sql se realizaron varias pruebas en distintos ambientes, entre los que destacan notebook con PostgreSQL, notebook con Spark, y un cluster de Amazon EMR con Spark. En cuanto a los resultados, si bien no fueron los más favorables para Spark, se puede concluir que la tasa de crecimiento de tiempo de respuesta con respecto a un aumento en la cantidad de datos es mucho menor en Spark que en PostgreSQL, por lo que si en algún momento el Protein Data Bank crece lo suficiente, se podrán encontrar problemas lo suficientemente grandes como para aprovechar el potencial de Spark

Antimicrobial resistance of three common molecularly identified pathogenic bacteria to Allium aqueous extracts

Articulo principal de estudiante de doctoradoThe aim of this work was to evaluate the in vitro bacterial inhibition of different types of garlic on Escherichia coli ATCC 25922, Listeria monocytogenes and Staphylococcus aureus. The bacterial strains were molecularly identified using gen 16S rDNA molecular identification. Four different types of garlics were used: 1) white, 2) Japanese, 3) elephant and 3) black, and these were evaluated at two different concentrations (0.25 and 0.125 g/mL) per garlic type. Bioactive compounds present in the garlics were identified using high-performance liquid chromatography coupled to ultraviolet detector (HPLC-UV), and total polyphenols were quantified by the Folin-Ciocalteu technique. The Kirby-Bauber method was used for the bacterial evaluation. Aqueous extract of black garlic had the highest amount of polyphenols 6.26 ± 0.21 mg GAE/mL. The area of inhibition was measured and classified as sensitive, intermediate or resistant. Using the disc diffusion assay, higher concentration (0.25 g/mL) of aqueous extract of white garlic had the highest antibacterial activity area, with 21.46 ± 3.94 mm for L. monocytogenes, 20.61 ± 2.47 mm for S. aureus and 17.83 ± 2.21 mm for E. coli. White garlic had comparable antimicrobial activity as the control (tetracycline at 30 μg) as indicated by the size of the inhibition halos. Based on your results, white garlic can be used as an alternative to synthetic antimicrobials.SIyE

Microenseñanza y prácticas preprofesionales en los estudiantes de inglés, Universidad Nacional de Educación, 2021

The objective of this study was to establish the degree of correlation between microteaching and continuous pre-professional practice in the students of the 2017 promotion of the Academic Department of Foreign Languages. The research was carried out under the quantitative approach, descriptive method and descriptive-correlational design with a census sample made up of 100 students. As instruments, a questionnaire on microteaching and another on continuous pre-professional practice were used, both validated by expert judgment. The results indicate that, with a significance level of 0.05, a p-value = 0.000 and a Pearson's R correlation = 0.495** were obtained, so the null hypothesis is rejected and the alternative hypothesis that states that there is a positive and significant degree of relationship between microteaching and Continuous PPP in English students, National University of Education, 2021. This result coincides with the work of Toro (2017), who concluded that there is a relationship between microteaching and PPP. Continuous PPP (Chi Square test = 39.236). It is recommended to promote in the drivers of pre-professional practices the use of micro-teaching to strengthen the didactic, communicative and digital skills of future teachers.El objetivo de este estudio fue establecer el grado de correlación entre la microenseñanza y la práctica preprofesional continua en los estudiantes de la promoción 2017 del Departamento Académico de Lenguas Extranjeras. La investigación se realizó bajo el enfoque cuantitativo, método descriptivo y diseño descriptivo-correlacional con una muestra censal conformada por 100 estudiantes. Como instrumentos, se empleó un cuestionario sobre la microenseñanza y otro sobre la práctica preprofesional continua, ambos validados por juicio de expertos. Los resultados indican que, con un nivel de significancia de 0,05, se obtuvo un p-valor = 0,000 y una correlación R de Pearson = 0,495**, por lo que se rechaza la hipótesis nula y se acepta la hipótesis alternativa que afirma que existe un grado de relación positivo y significativo entre la microenseñanza y la PPP Continua en los estudiantes de inglés, Universidad Nacional de Educación, 2021. Este resultado coincide con el trabajo de Toro (2017) quién concluyó que existe relación entre la microenseñanza y la PPP continua (prueba Chi Cuadrado = 39,236).  Se recomienda promover en los conductores de las prácticas preprofesionales el uso de la microenseñanza para fortalecer las competencias didáctica, comunicativa y digital de los futuros profesores

Analysis of the key features of the seismic actions due to the three main earthquakes of May 11, 2011 in Lorca, Spain

The seismic records are in general valuable information, especially in cases where damage in buildings has occurred. The main purpose of the present document is to describe the principal results of the analysis of features of ground motions due to the main three earthquakes that occurred in Spain on May 11, 2011. In this day the major earthquake had a magnitude of 5.1 Mw. This event triggered different levels of damage in numerous buildings in the city of Lorca located in southern Spain. Unfortunately, 9 persons died due mainly to the collapse of non-structural elements. We describe in the present paper the application of the software Seismograms Analyzer-e (SA-e) to perform the processing and the analysis of the seismic records obtained in five stations during the main three earthquakes on May 11 (the largest earthquake of magnitude 5.1 Mw, the precursor of magnitude 4.5 Mw, and the aftershock of magnitude 3.9 Mw). We also highlight the significant similitudes between the seismograms generated in the LOR station during these three earthquakes. Additionally, we determined the values of acceleration that occurred in the roof of the buildings of Lorca, because these values of acceleration contributed both to the damage of numerous buildings and the collapse of several parapets of some buildings. The analysis of these accelerations is relevant because the collapse of some parapets was the cause of the death of the 9 people that died during the main earthquake. For example, according to our study in the roof of a building with a fundamental period of 0.25 s the acceleration could have reached values near to 1.04 g. We also analyzed the potential of damage in function of the values of CAVSTD. Additionally, we determined hypothetical seismic forces for the design of parapets in buildings of Lorca considering the NCSE-02 normative, and the values of Sa based on the seismic records. We determined a significant difference between the seismic forces that could have been used to design the parapets of the buildings in the Lorca city and the forces determined according to the values of PGA that were proposed in a recent study of seismic hazard for Spain.The first author acknowledges to CONACYT, Barcelona Supercomputing Center, and to the Universidad Veracruzana by their contribution to the development of the present study. Complementary information about Seismograms Analyzer-e is available on the WEB page of SA-e2 . .Peer ReviewedPostprint (published version

Comportamiento reproductivo de ganado bovino lechero en clima tropical. 5. Efecto de raza, producción láctea y peso corporal sobre los niveles de triyodotironina en dos estaciones del año

Se evaluó el efecto de raza: Holstein (H), Cebú (C) y Holstein X Cebú (HC); y estación del año: (EC = cálida; EF = fría) sobre los niveles de triyodotironina (Ta) de vacas lactantes en el trópico

Spatiotemporal Dynamics of Grasslands Using Landsat Data in Livestock Micro-Watersheds in Amazonas (NW Peru)

In Peru, grasslands monitoring is essential to support public policies related to the identification, recovery and management of livestock systems. In this study, therefore, we evaluated the spatial dynamics of grasslands in Pomacochas and Ventilla micro-watersheds (Amazonas, NW Peru). To do this, we used Landsat 5, 7 and 8 images and vegetation indices (normalized difference vegetation index (NDVI), enhanced vegetation index (EVI) and soil adjusted vegetation index (SAVI). The data were processed in Google Earth Engine (GEE) platform for 1990, 2000, 2010 and 2020 through random forest (RF) classification reaching accuracies above 85%. The application of RF in GEE allowed surface mapping of grasslands with pressures higher than 85%. Interestingly, our results reported the increase of grasslands in both Pomacochas (from 2457.03 ha to 3659.37 ha) and Ventilla (from 1932.38 ha to 4056.26 ha) micro-watersheds during 1990–2020. Effectively, this study aims to provide useful information for territorial planning with potential replicability for other cattle-raising regions of the country. It could further be used to improve grassland management and promote semi-extensive livestock farming

Territorios sustentables en contexto de pandemia

La obra ofrece trabajos que brindan un conocimiento científico sobre el impacto de la pandemia en la salud, la economía, el ambiente y los territorios y se plantean desafíos para hacer más sostenible la vida en las ciudades y en el campo para insertarse y poder competir a nivel global

Conferencia internacional. Desafíos de la Investigación e innovación en tiempos de Covid-19

En 2018, Treinta y nueve estudiantes femeninas del X ciclo del periodo 2018-1 de la escuela de Psicología de una universidad particular del cono norte de Lima, ellas han descrito el romance de su personas cercanas a ellas. Se analizaron los 266 casos de parejas de enamorados estaban el rango de 17 a 25 años. El instrumento que se usó fue una CUESTIONARIO CUPIDO que es una escala nominal de conductas donde las estudiantes de psicología clasificaban los comportamientos en categorías preestablecidas, claramente definidas y mutuamente excluyentes. La conclusión más importante del estudio observacional fue que las parejas analizadas en un 64.4 % la mujer ero atrajo al varón y después el varón emo conectó con la mujer. También han observado otro estilo de romance cuando el varón ero atrajo a la mujer por su cuerpo atracción y después la mujer fue la que emo conectó con el varón y observaron este hecho en un 35.6 % de los casos