Fusion-invariant representations for symmetric groups

For a prime $p$, we show that uniqueness of factorization into irreducible $\Sigma_{p^2}$-invariant representations of $\mathbb{Z}/p \wr \mathbb{Z}/p$ holds if and only if $p=2$. We also show nonuniqueness of factorization for $\Sigma_8$-invariant representations of $D_8 \wr \mathbb{Z}/2$. The representation ring of $\Sigma_{p^2}$-invariant representations of $\mathbb{Z}/p \wr \mathbb{Z}/p$ is determined completely when $p$ equals two or three.Comment: 27 pages. Comments are welcom

Implicación de la quinasa humana VRK1 en la formación de los cuerpos de Cajal y sus implicaciones patológicas

Memoria presentada por la licenciada en biología Lara Cantarero Abad para optar al grado de doctor por la Universidad de Salamanca, y realizada en el Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer.Las atrofias musculares espinales (AME) y ataxias son un grupo de enfermedades neurodegenerativas que causan la muerte a edades muy tempranas. Numerosos genes están implicados en dichas patologías, siendo su mecanismo de acción a nivel molecular aún desconocido. La mutación mejor caracterizada y causante de la AME de tipo I es la del gen SMN1 (survival motor neuron 1). SMN es una proteína que se localiza en el citosol, formando parte del complejo SMN, y que se acumula en los Cuerpos de Cajal (CBs) interaccionando con la Coilina. La Coilina es la proteína marcadora de los CBs y es regulada por fosforilación (se han descrito al menos 11 residuos fosforilables) y metilación. Recientemente se han identificado cuatro mutaciones en la quinasa humana VRK1 (R358X,R89Q, R133C y V236M) causantes de hipoplasia pontocerebelosa de tipo 1 y patologías sensoriomotoras hereditarias que cursan con ataxia y debilidad musculares y acaban provocando la muerte a edades muy tempranas. La mutación mejor caracterizada es la R358X, que codifica para una proteína truncada, deslocalizándose del núcleo debido a la pérdida de su región C-terminal. Además, se ha descrito como VRK1 interacciona y fosforila a la Coilina en el residuo serina 184. En este trabajo de tesis doctoral mostramos como la fosforilación de la Coilina por la quinasa humana VRK1 es crucial para la correcta formación de los Cuerpos de Cajal; el silenciamiento de dicha quinasa produce la desintegración y desaparición de estos suborgánulos nucleares. Este efecto es debido, en un primer momento, a la desoligomerización de la coilina, que deja de estar presente en complejos de alto peso molecular. Posteriormente, hemos descrito como la coilina se ubiquitina, a través de la ubiquitina ligasa Mdm2, en el núcleo, para posteriormente ser exportada al citosol donde se degradará en el proteasoma. Este dato es importante debido a que se ha detectado una posible señal de exporte nuclear por primera vez en esta proteína. Además, el silenciamiento de VRK1, provoca una salida masiva de SMN al citosol debido al desensamblaje de los CBs. Esta salida se recupera al inhibir el exporte nuclear con leptomicina B. Adicionalmente, hemos visto que la quinasa VRK1 regula transcripcionalmente a SMN, por algún mecanismo aún desconocido. Sin embargo, no afecta a la inetracción entre SMN y el factor de transcripción p53 o a la estabilidad de SMN. Finalmente, en este trabajo hemos estudiado y caracterizado a todos los mutantes de VRK1 causantes de patologías neurodegenerativas. Hemos visto que el mutante R89Q presenta una mayor actividad quinasa, reflejada en una mayor autofosforilación y fosforilación de sustratos conocidos como p53 o coilina. Sin embargo, los mutantes R133C y R358X, son prácticamente igual de inactivos a la quinasa inactiva K179E, de forma que no tienen capacidad de autofosforilarse ni de fosforilar sustratos. Por último, el mutante V236M, es igual de activo a la quinasa silvestre. Además, este grado de actividad de los distintos mutantes se refleja también en su estabilidad, de tal forma que los más activos son más estables, mientras que las mutaciones que generan quinasas más inactivas son también más inestables. Cabe destacar que todos los mutantes interaccionan tanto con la Coilina como con SMN de igual manera. Así, estudios previos describen a VRK1 como una proteína importante en cáncer; ahora se nos presenta con un nuevo papel implicándose en patologías neurodegenerativas, siendo quizás importante su interacción con otras proteínas y sus posibles efectos.Esta memoria ha sido realizada siendo LARA CANTARERO ABAD beneficiaria de una beca pre-doctoral JAE-Fondo Social Europeo del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) para la realización de la tesis doctoral (2011-2015). La investigación en el laboratorio ha sido financiada por los siguientes proyectos: Ministerio de Educación y Ciencia, CONSOLIDER-INGENIO2010 (CSD- 007-0017); Ministerio de Ciencia e Innovación (SAF2010-14935); Junta de Castilla y León, Consejería de Educación (CSI006A11-2); CSIC-Hebrew University of Jerusalem, Shaare-Zedek Medical Center, Israel (Ref: PA1003032); Ministerio de Economía y Competitividad (SAF2013-44810R); Ministerio de Economía y Competitividad (SAF2014-57791-REDC); Junta de Castilla y León, Consejería de Educación (CSI002U14).Peer Reviewe

Implicación de la quinasa humana VRK1 en la formación de los Cuerpos de Cajal y sus implicaciones patológicas

[ES]Las atrofias musculares espinales (AME) y ataxias son un grupo de enfermedades neurodegenerativas que causan la muerte a edades muy tempranas. Numerosos genes están implicados en dichas patologías, siendo su mecanismo de acción a nivel molecular aún desconocido. La mutación mejor caracterizada y causante de la AME de tipo I es la del gen SMN1 (survival motor neuron 1). SMN es una proteína que se localiza en el citosol, formando parte del complejo SMN, y que se acumula en los Cuerpos de Cajal (CBs) interaccionando con la Coilina. La Coilina es la proteína marcadora de los CBs y es regulada por fosforilación (se han descrito al menos 11 residuos fosforilables) y metilación. Recientemente se han identificado cuatro mutaciones en la quinasa humana VRK1 (R358X,R89Q, R133C y V236M) causantes de hipoplasia pontocerebelosa de tipo 1 y patologías sensoriomotoras hereditarias que cursan con ataxia y debilidad musculares y acaban provocando la muerte a edades muy tempranas. La mutación mejor caracterizada es la R358X, que codifica para una proteína truncada, deslocalizándose del núcleo debido a la pérdida de su región C-terminal. Además, se ha descrito como VRK1 interacciona y fosforila a la Coilina en el residuo serina 184. En este trabajo de tesis doctoral mostramos como la fosforilación de la Coilina por la quinasa humana VRK1 es crucial para la correcta formación de los Cuerpos de Cajal; el silenciamiento de dicha quinasa produce la desintegración y desaparición de estos suborgánulos nucleares. Este efecto es debido, en un primer momento, a la desoligomerización de la coilina, que deja de estar presente en complejos de alto peso molecular. Posteriormente, hemos descrito como la coilina se ubiquitina, a través de la ubiquitina ligasa Mdm2, en el núcleo, para posteriormente ser exportada al citosol donde se degradará en el proteasoma. Este dato es importante debido a que se ha detectado una posible señal de exporte nuclear por primera vez en esta proteína. Además, el silenciamiento de VRK1, provoca una salida masiva de SMN al citosol debido al desensamblaje de los CBs. Esta salida se recupera al inhibir el exporte nuclear con leptomicina B. Adicionalmente, hemos visto que la quinasa VRK1 regula transcripcionalmente a SMN, por algún mecanismo aún desconocido. Sin embargo, no afecta a la inetracción entre SMN y el factor de transcripción p53 o a la estabilidad de SMN. Finalmente, en este trabajo hemos estudiado y caracterizado a todos los mutantes de VRK1 causantes de patologías neurodegenerativas. Hemos visto que el mutante R89Q presenta una mayor actividad quinasa, reflejada en una mayor autofosforilación y fosforilación de sustratos conocidos como p53 o coilina. Sin embargo, los mutantes R133C y R358X, son prácticamente igual de inactivos a la quinasa inactiva K179E, de forma que no tienen capacidad de autofosforilarse ni de fosforilar sustratos. Por último, el mutante V236M, es igual de activo a la quinasa silvestre. Además, este grado de actividad de los distintos mutantes se refleja también en su estabilidad, de tal forma que los más activos son más estables, mientras que las mutaciones que generan quinasas más inactivas son también más inestables. Cabe destacar que todos los mutantes interaccionan tanto con la Coilina como con SMN de igual manera. Así, estudios previos describen a VRK1 como una proteína importante en cáncer; ahora se nos presenta con un nuevo papel implicándose en patologías neurodegenerativas, siendo quizás importante su interacción con otras proteínas y sus posibles efectos

VRK1 phosphorylates and protects NBS1 from ubiquitination and proteasomal degradation in response to DNA damage

AbstractNBS1 is an early component in DNA-Damage Response (DDR) that participates in the initiation of the responses aiming to repair double-strand breaks caused by different mechanisms. Early steps in DDR have to react to local alterations in chromatin that are induced by DNA damage. NBS1 participates in the early detection of DNA damage and functions as a platform for the recruitment and assembly of components that are sequentially required for the repair process. In this work we have studied whether the VRK1 chromatin kinase can affect the activation of NBS1 in response to DNA damage induced by ionizing radiation. VRK1 is forming a basal preassembled complex with NBS1 in non-damaged cells. Knockdown of VRK1 resulted in the loss of NBS1 foci induced by ionizing radiation, an effect that was also detected in cell-cycle arrested cells and in ATM (−/−) cells. The phosphorylation of NBS1 in Ser343 by VRK1 is induced by either doxorubicin or IR in ATM (−/−) cells. Phosphorylated NBS1 is also complexed with VRK1. NBS1 phosphorylation by VRK1 cooperates with ATM. This phosphorylation of NBS1 by VRK1 contributes to the stability of NBS1 in ATM (−/−) cells, and the consequence of its loss can be prevented by treatment with the MG132 proteasome inhibitor of RNF8. We conclude that VRK1 regulation of NBS1 contributes to the stability of the repair complex and permits the sequential steps in DDR

Chronic Fatigue, Physical Impairments and Quality of Life in Women with Endometriosis: A Case-Control Study

The authors are indebted with all participants, without whom this work would not have been possible. We are grateful to Ana Yara Postigo-Fuentes for her assistance with the English language. This paper is part of the PhD thesis developed by A. Lara-Ramos in the Official Doctoral Programme in Clinical Medicine and Public Health of the University of Granada.Aim: To explore endometriosis-related fatigue (ERF), health-related fitness, sleep quality, and health-related quality of life (HRQoL) in women with endometriosis in comparison with matched controls. Methods: Twenty-five affected women and twenty-five age and height-matched women without endometriosis were included. ERF was assessed through the Piper Fatigue Scale; health-related fitness was assessed through the Schöber, flamingo, and 6-min walking tests and dynamometry; and body composition was assessed through impedanciometry. Self-perceived physical fitness, sleep quality, and HRQoL were assessed through the International Fitness Scale, the Pittsburgh Sleep Quality Index, and the 12-item Short Form Health Survey, respectively. Results: Affected women exhibited higher levels of ERF than controls, increased fat mass, and physical deconditioning (reduced back strength, lumbar flexibility, body balance, and functional capacity, p-values < 0.050). Moreover, cases also had poorer perceived physical fitness, sleep quality, and HRQoL (p-value < 0.050). Finally, we observed deteriorated health-related fitness, sleep quality, and HRQoL in those women with endometriosis with higher levels of ERF. Conclusions: This study constitutes the first evidence that women with endometriosis describe a generalized physical deconditioning, even more pronounced in affected women with higher levels of ERF. Further studies assessing the efficacy of rehabilitation interventions to face these physical impairments in women with endometriosis are warranted.Health Institute Carlos III (ISCIII)-FEDER PI17/01743PAIDI group CTS-206University of Granada, Plan Propio de Investigacion 2016, Excellence actions: Units of Excellence; Unit of Excellence on Exercise and Health (UCEES)Junta de AndaluciaConsejeria de Conocimiento, Investigacion y UniversidadesEuropean Union (EU) SOMM17/6107/UG

‘Physio-EndEA’ Study: A Randomized, Parallel-Group Controlled Trial to Evaluate the Effect of a Supervised and Adapted Therapeutic Exercise Program to Improve Quality of Life in Symptomatic Women Diagnosed with Endometriosis

This research was funded by the Health Institute Carlos III (FEDER funds), grant number PI17/01743, and donations from particular endometriosis women that believed in this project from the beginning. It was also partly supported by funds from the PAIDI group CTS-206 (Oncologia Basica y Clinica). This study takes place thanks to the additional funding from the University of Granada, Plan Propio de Investigacion 2016, Excellence actions: Units of Excellence; Unit of Excellence on Exercise and Health (UCEES).Aim: The ‘Physio-EndEA’ study aims to explore the potential benefits of a therapeutic exercise program (focused on lumbopelvic stabilization and tolerance to exertion) on the health-related quality of life (HRQoL) of symptomatic endometriosis women. Design: The present study will use a parallel-group randomized controlled trial design. Methods: A total of 22 symptomatic endometriosis women will be randomized 1:1 to the Physio-EndEA or usual care groups. The ‘Physio-EndEA’ program will consist of a one-week lumbopelvic stabilization learning phase followed by an eight-week phase of stretching, aerobic and resistance exercises focused on the lumbopelvic area that will be sequentially instructed and supervised by a trained physiotherapist (with volume and intensity progression) and adapted daily to the potential of each participant. The primary outcome measure is HRQoL. The secondary outcome measures included clinician-reported outcomes (pressure pain thresholds, muscle thickness and strength, flexibility, body balance and cardiorespiratory fitness) and patient-reported outcomes (pain intensity, physical fitness, chronic fatigue, sexual function, gastrointestinal function and sleep quality). Discussion: Findings of this study will help to identify cost-effective non-pharmacological options (such as this exercise-based intervention) that may contribute to the improvement of HRQoL in symptomatic endometriosis women.Health Institute Carlos III (FEDER funds) PI17/01743PAIDI groupUniversity of Granad

The use of social networking sites as an innovative tool at university: Facebook as a collaborative learning tool in Immunology

En la actualidad los docentes universitarios tienen el reto de enseñar a la conocida como “generación Y”, alumnos nacidos entre los años 1980 y 2000, los cuales no han conocido el mundo sin internet o teléfono móvil. Esto por supuesto implica que el acercamiento al conocimiento, y por tanto los modos de aprendizaje, son completamente diferentes a los de generaciones anteriores. Esto unido a la implementación de las nuevas titulaciones acordes con el proceso de convergencia europea y el sistema de créditos ECTS, y siguiendo los desafíos de la enseñanza contemplados en el Espacio Europeo de Educación Superior (EEES), hace inevitable la implementación de nuevas formas de comunicación entre los alumnos y los profesores en el ámbito Universitario. Aunque en este aspecto la mayoría de las Universidades cuentan ya con diferentes herramientas de e-Learning, su uso e implementación en algunas ocasiones puede resultar insuficiente. En este escenario, por el contrario, son muchas las posibilidades que ofrecen las redes sociales y su extenso uso entre el alumnado, quien accede generalmente con mucha frecuencia a sus perfiles y grupos, proporcionando una comunicación rápida, fácil y flexible. En el presente proyecto de innovación docente hemos combinado el uso de un grupo de Facebook con los recursos tradicionales en la docencia relativa a la asignatura de Inmunología, usando esta red social como herramienta de apoyo para compartir materiales e información. Todo ello buscando un nuevo ambiente de comunicación más directo entre alumnos y profesorado, sin por supuesto tener que sustituir las vías de comunicación formales como el correo electrónico y Moodle. Esto nos ha permitido evaluar su uso, participación y satisfacción entre el alumnado que ha participado en el proyecto.Nowadays, University teachers face the challenge of teaching the so-called “Y generation”, students born between 1980 and 2000, who haven't experienced their lives without the Internet or the mobile phone. This has a direct consequence on their approach to knowledge and, therefore, to the learning styles, which are completely different to those of former generations. This fact, together with the implementation of new degrees more in line with the European convergence process and the ECTS credit system, and following the educative challenges included in the new European Space of Higher Education (EEES), makes it necessary to implement new forms of communication between pupils and teachers in the university context. Although most universities already make use of different e-Learning tools, their use and implementation can sometimes be insufficient. In this scenery, on the contrary, the social networking sites and their extended use by students, who check their profiles and groups very often, offer a lot of possibilities, as they allow a fast, easy and flexible communication. In the present project of teaching innovation, we have combined the use of a Facebook group with the traditional resources used in Immunology, so that this social networking site becomes a support tool to share materials and information. In the same sense, we look for a new atmosphere where a more direct communication between students and teachers is possible, without avoiding the more formal forms of communication such as the email or Moodle. This has allowed us to evaluate its use, participation and satisfaction, both between the students and the teachers taking part in the project

Connecting the data landscape of long-term ecological studies: The SPI-Birds data hub

The integration and synthesis of the data in different areas of science is drastically slowed and hindered by a lack of standards and networking programmes. Long-term studies of individually marked animals are not an exception. These studies are especially important as instrumental for understanding evolutionary and ecological processes in the wild. Furthermore, their number and global distribution provides a unique opportunity to assess the generality of patterns and to address broad-scale global issues (e.g. climate change). To solve data integration issues and enable a new scale of ecological and evolutionary research based on long-term studies of birds, we have created the SPI-Birds Network and Database (www.spibirds.org)\u2014a large-scale initiative that connects data from, and researchers working on, studies of wild populations of individually recognizable (usually ringed) birds. Within year and a half since the establishment, SPI-Birds has recruited over 120 members, and currently hosts data on almost 1.5 million individual birds collected in 80 populations over 2,000 cumulative years, and counting. SPI-Birds acts as a data hub and a catalogue of studied populations. It prevents data loss, secures easy data finding, use and integration and thus facilitates collaboration and synthesis. We provide community-derived data and meta-data standards and improve data integrity guided by the principles of Findable, Accessible, Interoperable and Reusable (FAIR), and aligned with the existing metadata languages (e.g. ecological meta-data language). The encouraging community involvement stems from SPI-Bird's decentralized approach: research groups retain full control over data use and their way of data management, while SPI-Birds creates tailored pipelines to convert each unique data format into a standard format. We outline the lessons learned, so that other communities (e.g. those working on other taxa) can adapt our successful model. Creating community-specific hubs (such as ours, COMADRE for animal demography, etc.) will aid much-needed large-scale ecological data integration

CIBERER : Spanish national network for research on rare diseases: A highly productive collaborative initiative

Altres ajuts: Instituto de Salud Carlos III (ISCIII); Ministerio de Ciencia e Innovación.CIBER (Center for Biomedical Network Research; Centro de Investigación Biomédica En Red) is a public national consortium created in 2006 under the umbrella of the Spanish National Institute of Health Carlos III (ISCIII). This innovative research structure comprises 11 different specific areas dedicated to the main public health priorities in the National Health System. CIBERER, the thematic area of CIBER focused on rare diseases (RDs) currently consists of 75 research groups belonging to universities, research centers, and hospitals of the entire country. CIBERER's mission is to be a center prioritizing and favoring collaboration and cooperation between biomedical and clinical research groups, with special emphasis on the aspects of genetic, molecular, biochemical, and cellular research of RDs. This research is the basis for providing new tools for the diagnosis and therapy of low-prevalence diseases, in line with the International Rare Diseases Research Consortium (IRDiRC) objectives, thus favoring translational research between the scientific environment of the laboratory and the clinical setting of health centers. In this article, we intend to review CIBERER's 15-year journey and summarize the main results obtained in terms of internationalization, scientific production, contributions toward the discovery of new therapies and novel genes associated to diseases, cooperation with patients' associations and many other topics related to RD research

Human kinase VRK1 regulates Cajal body stability

Resumen del trabajo presentado al 5th EMBO Meeting, celebrado en Amsterdam (Holanda) del 21 al 24 de septiembre de 2013.Protein phosphorylation by kinases plays a central role in the regulation and coordination of multiple biological processes. We have studied the substrate specificity of atypical human vaccinia-related kinases (VRK1 and VRK2) using a human peptide-arraycontaining 1080 sequences phosphorylated in known signaling pathways. We identified for VRK1 and VRK2 a subset of potential peptide targets, all of them result in a consensus sequence composed of at least four basic residues. One of these target proteins is coilin, which is the scaffold protein on which Cajal bodies are assembled in the nucleus. VRK1 phosphorylates coilin in Ser184. Coilin co-localizes and interacts with VRK1 in Cajal bodies (CB), but not with the mutant VRK1 (R358X) that causes pombocerebelar degeneration and spinal muscular atrophy. VRK1 (R358X) is less active than VRK1. VRK1 knockdown causes a reduction in coilin protein, but not in RNA, levels. VRK1 knockdown effect on coilin results in a disintegration of Cajal bodies. This effect is prevented by proteasome inhibitors. We observed that the loss of coilin phosphorylation permits the ubiquitylation of coilin by Hdm2, but not RNF8, and induces disruption of CBs and, as a consequence, delocalization of SMN1 that we know interacts with both VRK1 and coilin. The effect of VRK1 knockdown on organization can be rescued by VRK1 wt, but not by kinase-dead VRK1 or the R358X mutant. Altered regulation of coilin stability might be implicated in severa! neurological diseases such as and spinal muscular atrophies.Peer Reviewe