GRAPE for fast and scalable graph processing and random-walk-based embedding

Graph representation learning methods opened new avenues for addressing complex, real-world problems represented by graphs. However, many graphs used in these applications comprise millions of nodes and billions of edges and are beyond the capabilities of current methods and software implementations. We present GRAPE (Graph Representation Learning, Prediction and Evaluation), a software resource for graph processing and embedding that is able to scale with big graphs by using specialized and smart data structures, algorithms, and a fast parallel implementation of random-walk-based methods. Compared with state-of-the-art software resources, GRAPE shows an improvement of orders of magnitude in empirical space and time complexity, as well as competitive edge- and node-label prediction performance. GRAPE comprises approximately 1.7 million well-documented lines of Python and Rust code and provides 69 node-embedding methods, 25 inference models, a collection of efficient graph-processing utilities, and over 80,000 graphs from the literature and other sources. Standardized interfaces allow a seamless integration of third-party libraries, while ready-to-use and modular pipelines permit an easy-to-use evaluation of graph-representation-learning methods, therefore also positioning GRAPE as a software resource that performs a fair comparison between methods and libraries for graph processing and embedding.National Center for Gene Therapy and Drugs based on RNA Technology, PNRR-NextGenerationEU program G43C22001320007United States Department of Health & Human Services National Institutes of Health (NIH) - USA NIH National Cancer Institute (NCI) U01-CA239108-02Transition Grant Line 1A Project NIMI PARTENARIATI H2020' 1R24OD011883-01United States Department of Health & Human Services National Institutes of Health (NIH) - USA U01-CA239108-02 DE-AC02-05CH11231United States Department of Energy (DOE)European Union (EU) Marie Curie Actions PSR2015-1720GVALE_01 PID2021-128970OA-I0

Collaborative text-annotation resource for disease-centered relation extraction from biomedical text

Agglomerating results from studies of individual biological components has shown the potential to produce biomedical discovery and the promise of therapeutic development. Such knowledge integration could be tremendously facilitated by automated text mining for relation extraction in the biomedical literature. Relation extraction systems cannot be developed without substantial datasets annotated with ground truth for benchmarking and training. The creation of such datasets is hampered by the absence of a resource for launching a distributed annotation effort, as well as by the lack of a standardized annotation schema. We have developed an annotation schema and an annotation tool which can be widely adopted so that the resulting annotated corpora from a multitude of disease studies could be assembled into a unified benchmark dataset. The contribution of this paper is threefold. First, we provide an overview of available benchmark corpora and derive a simple annotation schema for specific binary relation extraction problems such as protein–protein and gene–disease relation extraction. Second, we present BioNotate: an open source annotation resource for the distributed creation of a large corpus. Third, we present and make available the results of a pilot annotation effort of the autism disease networkP08-TIC-4299 of J. A., Sevilla and TIN2006-13177 of DGICT, MadridMilton foundationNational Science Foundation under Grant No. 054348

Social and Semantic Web Technologies for the Text-To-Knowledge Translation Process in Biomedicine

Currently, biomedical research critically depends on knowledge availability for flexible re-analysis and integrative post-processing. The voluminous biological data already stored in databases, put together with the abundant molecular data resulting from the rapid adoption of high-throughput techniques, have shown the potential to generate new biomedical discovery through integration with knowledge from the scientific literature. Reliable information extraction applications have been a long-sought goal of the biomedical text mining community. Both named entity recognition and conceptual analysis are needed in order to map the objects and concepts represented by natural language texts into a rigorous encoding, with direct links to online resources that explicitly expose those concepts semantics (see Figure 1).P08-TIC-4299 of J. ASevilla and TIN2009-13489 of DGICT, Madri

Editorial

El envejecimiento poblacional es uno de los temas de mayor actualidad, pues tiene implicaciones en múltiples escenarios como en el económico, en el político, en nuestro entorno y, por supuesto, en la salud. Dicha situación no es en vano, pues cerca del 12 % de la población colombiana tiene 60 o más años, con un incremento acelerado, pues esta crece al 3,5 % en comparación con el país, que lo hace al 1,7 % (1). El índice de envejecimiento pasó de 11,6 % en 1951, al 49,8 % en la actualidad, con un aumento de la expectativa de vida al nacer de 30 años en los últimos 70 años, llegando los 79 años en las mujeres y 73 años en los hombres (1), fenómeno nunca antes visto en nuestro país.Editorial1-

Realidad de los niveles asistencia geriátrica en la cuidad de Bogotá, Colombia

Introducción: la asistencia geriátrica impacta en el deterioro funcional, principal predictor de dependencia, la mortalidad, institucionalización y utilización de recursos sanitarios por parte de los adultos mayores. De aquí parte la necesidad de una atención más enfocada y transversal a los diferentes niveles de asistencia geriátrica, los cuales están organizados según las fases de la enfermedad. Es así como por ejemplo, para la atención aguda, está la unidad geriátrica de agudos (UGA), para la fase subaguda las unidades de media estancia y en las fases crónicas la consulta externa geriátrica y las unidades de larga estancia

New Approaches for Teaching Soil and Rock Mechanics Using Information and Communication Technologies

Soil and rock mechanics are disciplines with a strong conceptual and methodological basis. Initially, when engineering students study these subjects, they have to understand new theoretical phenomena, which are explained through mathematical and/or physical laws (e.g. consolidation process, water flow through a porous media). In addition to the study of these phenomena, students have to learn how to carry out estimations of soil and rock parameters in laboratories according to standard tests. Nowadays, information and communication technologies (ICTs) provide a unique opportunity to improve the learning process of students studying the aforementioned subjects. In this paper, we describe our experience of the incorporation of ICTs into the classical teaching-learning process of soil and rock mechanics and explain in detail how we have successfully developed various initiatives which, in summary, are: (a) implementation of an online social networking and microblogging service (using Twitter) for gradually sending key concepts to students throughout the semester (gradual learning); (b) detailed online virtual laboratory tests for a delocalized development of lab practices (self-learning); (c) integration of different complementary learning resources (e.g. videos, free software, technical regulations, etc.) using an open webpage. The complementary use to the classical teaching-learning process of these ICT resources has been highly satisfactory for students, who have positively evaluated this new approach.This work has been developed in the framework of the RECLAND Project. It has been funded by the European Union under Lifelong Learning Programme, Erasmus Programme: Erasmus Multilateral Projects, 526746-LLP-1-2012-1-ES-ERASMUS-EMCR, MSc Programme in Climate Change and Restoration of Degraded Land

Pertinencia de las remisiones y contra remisiones generadas en la red adscrita de servicios de salud de la ciudad de Manizales Caldas durante el año 2013

Determinar la pertinencia de las Remisiones y Contra remisiones generadas en la red adscrita de Servicios de Salud en la ciudad de Manizales-Caldas durante el año 2013. Caracterizar las remisiones, según oportunidad de la atención, disponibilidad de camas, uso de cama hospitalaria y criterios de gravedad de la remisión, en términos de necesidad, sitio o institución remitente y receptora. Metodología: Se realizó un estudio de tipo descriptivo transversal, tomando como fuente inicialmente la IPS del primer nivel de atención, que tenía servicio de urgencias, con mayor cobertura en la ciudad y luego se incluyeron las IPS de los niveles de complejidad superior, a los cuales fueron remitidos los usuarios, utilizando para este estudio, variables que permitieron establecer y considerar las decisiones acerca de la pertinencia del Régimen de Referencia y Contra referencia. Se revisaron la totalidad de historias clínicas, de las personas que acudieron al servicio de urgencias de la IPS del primer nivel, durante el año 2013, que fueron remitidas a otro nivel de complejidad. Analizando los RIPS del año en mención, se encontró que se remitieron 260 personas. Resultados: El 46 % de las remisiones no fueron pertinentes en la decisión médica. El 53,1% de las remisiones, solicitaron especialidades ofertadas, en su gran mayoría, por un segundo nivel de complejidad, como son Ginecobstetricia, Medicina Interna, Pediatría, Cirugía General, el 43.8% de las remisiones de Assbasalud, demandaron especialidades de tercer nivel de complejidad y 3.2% demandaron especialidades o servicios de cuarto nivel de complejidad. La especialidad más demandada en el rango de edad de 19 a 59 años es Psiquiatría con un 37,4% de demanda. La especialidad más demandada en los mayores de 60 años es la Medicina Interna, y representó el 30 %. El 67,3 % de las remisiones, según la causa de la pertinencia de las remisiones y contra remisiones generadas en la red adscrita de servicios de salud de la ciudad de Manizales-Caldas durante el año 2013; esta misma, fue el requerimiento de tratamiento y valoración por especialista, la segunda causa de remisión, fue la interconsulta con un 16,9 %, la tercera causa de remisión, fue la necesidad de intervención quirúrgica con un 6,2%. En el 45% de todas las solicitudes de remisión no contaron con la disponibilidad de cama inmediata.Determine the relevance of the Referrals and Counter referrals generated in the affiliated network of Health Services in the city of Manizales-Caldas during 2013. Characterize the referrals, according to timing of care, availability of beds, use of hospital bed and criteria severity of the referral, in terms of need, place or sending and receiving institution. Methodology: A cross-sectional descriptive study was carried out, initially taking as a source the IPS of the first level of care, which had an emergency service, with greater coverage in the city and then the IPS of higher complexity levels were included, at which users were referred to, using for this study variables that allowed establishing and considering decisions about the relevance of the Reference and Counter-Reference Regime. All the medical records of the people who attended the first-level IPS emergency service during 2013 were reviewed and were referred to another level of complexity. Analyzing the RIPS for the year in question, it was found that 260 people were referred. Results: 46% of the referrals were not relevant in the medical decision. 53.1% of the referrals, requested specialties offered, the vast majority, for a second level of complexity, such as Obstetrics Gynecology, Internal Medicine, Pediatrics, General Surgery, 43.8% of Assbasalud referrals, demanded third-class specialties level of complexity and 3.2% demanded specialties or services of fourth level of complexity. The specialty most in demand in the age range of 19 to 59 years is Psychiatry with a 37.4% demand. The specialty most in demand in people over 60 years is Internal Medicine, and accounted for 30%. 67.3% of the referrals, according to the cause of the relevance of the referrals and against referrals generated in the attached network of health services of the city of Manizales-Caldas during 2013; this same, was the requirement of treatment and evaluation by a specialist, the second cause of remission, was the consultation with 16.9%, the third cause of remission, was the need for surgical intervention with 6.2%. 45% of all referral requests did not have immediate bed availability

Reflexiones sobre la integración de programas bilingües en los estudios de ingeniería

Un 80 % de las ofertas de trabajo en el sector de la ingeniería requieren un amplio conocimiento de una lengua extranjera, principalmente el inglés. En ocasiones este requisito se valora más que el expediente académico. Un grado bilingüe es aquel que se ha estudiado, totalmente o en parte, en otro idioma. Cada vez son más los estudios de ingeniería que integran, gradualmente, la impartición de asignaturas en el formato bilingüe, adoptando como segundo idioma, el inglés. Las ventajas que ofrece esta opción a los futuros egresados son notables. A esto se suma, que cada vez un número mayor de estudiantes, realiza programas de intercambio con otras universidades europeas, esto ha sido potenciado por la creación de convenios y dobles titulaciones. No obstante, en todo este proceso se detectan unas carencias e impedimentos para poder integrar masivamente los programas bilingües y sus ventajas. El presente artículo estudia algunas iniciativas de implantación de estos programas, problemas detectados y las lecciones aprendidas

Desarrollo de metodologías interactivas basadas en las nuevas tecnologías

El Grado de Ingeniería Civil tiene una componente marcadamente práctica en sus asignaturas, siendo este aspecto fundamental para la adquisición de las competencias esperadas en los futuros ingenieros. Precisamente, éste es el caso de las asignaturas que se imparten desde el área de conocimiento de Ingeniería del Terreno. Sin embargo, a pesar de que los estudiantes desarrollan las prácticas de forma presencial, no disponen de un soporte físico que desarrolle los conceptos tratados. Durante los últimos tres años se han desarrollado e implementando una serie de mejoras en la metodología docente relacionadas con las nuevas tecnologías, permitiendo el uso de dispositivos electrónicos por parte del alumnado y estimulando su uso en el proceso de aprendizaje. Estas tecnologías permiten que el alumnado pueda reproducir y ejercitar los conocimientos prácticos tanto durante las sesiones presenciales como fuera de ellas. Igualmente, han permitido que los estudiantes desarrollen el autoaprendizaje interactivo a la vez que guiado. La metodología expuesta se ha aplicado a las prácticas de reconocimiento de rocas, y es fácilmente exportable a otros ámbitos tales como las prácticas de campo y otras prácticas de laboratorio. Dicha metodología está basada en el los códigos QR, Quick Response Code, recurriéndose a ella tras la constatación de que el alumnado actual es un usuario asiduo de los dispositivos móviles