Investigação de patógenos virais associados à mortandade de Callinectes danae (Crustacea, Decapoda, Portunidae)

Orientador: Prof. Dr. Antonio OstrenskyCoorientador: Ubiratã de Assis Teixeira da SilvaTese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas - Zoologia. Defesa : Curitiba, 28/07/2021Inclui referências: p. 209-217Resumo: Os crustáceos portunídeos, popularmente conhecidos como siris, são distribuídos globalmente e conhecidos por seu grande potencial econômico para a aquicultura. O cultivo de siri-mole desperta o interesse de investidores no Brasil e no mundo por gerar um produto de alto valor de mercado, bastante demandado e desejado pelos consumidores. Não raramente, porém, as infecções virais limitam a sobrevivência dos siris em cativeiro e, consequentemente, o sucesso dos cultivos em escala comercial. No Brasil, embora sejam registradas altas taxas de mortandade de siris em cultivo, nenhum estudo havia sido realizado até então para avaliar a presença de quaisquer vírus. O objetivo desse trabalho foi analisar a presença de vírus de RNA e os efeitos da infecção em Callinectes danae, uma espécie de siri-azul explorada pela indústria brasileira de produção de siri-mole, em condições de laboratório. Por meio de levantamento bibliográfico sistemático (utilizando a metodologia PRISMA - preferred reporting items for systematic reviews and meta-analyses) foi possível descrever os patógenos virais que afetam técnica e economicamente a aquicultura de crustáceos braquiúros, bem como os métodos de diagnóstico e controle das doenças causadas por vírus. Essa análise mostrou que os patógenos virais mais estudados em crustáceos braquiuros foram relacionados à família Reoviridae (36%), com destaque para o Callinectes sapidus Reo-like Vírus 1 (20%), uma das espécies associadas a episódios de elevada e rápida mortalidade de C. sapidus em sistemas de produção de sirimole nos EUA. Na etapa seguinte, um estudo foi projetado para investigar se o CsRV1 contribui para a mortandade de C. danae em cativeiro no Brasil. Após 14 dias de experimento, todos os siris analisados (n=178) testaram negativo para CsRV1 após ensaios RT-qPCR. No entanto, a análise eletroforética do RNA extraído de alguns siris mostrou um padrão de 12 bandas de dsRNA, indicando uma infecção por um novo reovírus putativo, denominado CsRV2. A infecção por CsRV2 não foi associada a mortandade dos siris, mas causou alterações metabólicas e comportamentais significativas, como redução na concentração de glicogênio no hepatopâncreas e uma diminuição dos reflexos motores dos siris. Em seguida, a sequência do genoma de CsRV2 (20.909 nt) foi descrita e, com base no nível de identidade do gene RdRp com outros reovírus, foi constatado que CsRV2 pertence ao gênero Cardoreovirus. Os dados do sequenciamento de nova geração também permitiram a descoberta de um genoma tripartido (11.430 nt), semelhante à bunyavírus, relacionado a família Cruliviridae, aqui nominado como C. danae Portunibunyavirus. Análises histopatológicas e de microscopia eletrônica também foram conduzidas e revelaram que ambos os vírus infectam os tecidos derivados da ectoderme e mesoderme, podendo ser capazes de causar alterações histopatológicas com potencial associação com a mortalidade dos animais infectados. O passo seguinte foi analisar a patogenicidade de CsRV2 em C. danae (n=25) mantidos em condições de laboratório. Após 14 dias de infecção experimental, foi registrada maior taxa de mortalidade nos siris coinfectados com CsRV2 e CdPBV1 (70%), em comparação com os siris infectados somente com CsRV2 (9%). Nenhuma morte foi registrada no grupo controle negativo. Ainda, foi observado que a coinfecção por CsRV2 e CdPBV1 exacerba as alterações metabólicas (aumento do consumo de oxigênio), comportamentais (redução dos reflexos motores) e imunológicas (redução do número de granulócitos circulantes). Por fim, entendendo a importância da divulgação científica, os resultados gerados nesta tese foram compilados em texto de linguagem simples e de fácil compreensão que será utilizado para divulgação da tese e de seus resultados. Ficou evidenciado que a infecção por patógenos virais será possivelmente o principal desafio para o sucesso da indústria de siri-mole no Brasil, fazendo-se necessário o desenvolvimento de medidas de controle e mitigação para que essa cadeia produtiva possa se consolidar e crescer no Brasil.Abstract: Portunid crabs are globally distributed and known for their great economic potential for aquaculture. The soft-shell crab aquaculture awakens the interest of investors in Brazil and the world for generating a product with a high market value, which is highly demanded and desired by consumers. Not rarely, however, viral infections limit the crab's survival in captivity and, consequently, the aquaculture's success on a commercial scale. In Brazil, although high mortality rates of crabs in captivity are recorded, no study has been carried out to assess the presence of any viruses. The objective of this study was to analyze the presence of RNA viruses and the effects of the infection in Callinectes danae, a blue crab species explored by the Brazilian soft-shell crab production industry, under laboratory conditions. Through a systematic literature review (PRISMA methodology - preferred reporting items for systematic reviews and meta-analyses) it was possible to describe the viral pathogens that technically and economically affect the aquaculture of brachyuran crustaceans, as well as the methods of diagnosis and control of diseases caused by the virus. This analysis showed that the most studied viral pathogens in crabs were related to the Reoviridae family (36%), with emphasis on Callinectes sapidus Reo-like Virus 1 (20%), as it is one of the species associated with high and rapid episodes of mortality of C. sapidus in soft-shell crab production systems in the USA. In the next step, a study was designed to investigate whether CsRV1 contributes to the mortality of C. danae in captivity in Brazil. After 14 days of the experiment, all crabs analyzed (n=178) tested negative for CsRV1 through RT-qPCR assays. However, electrophoretic analysis of RNA extracted from some crabs showed a pattern of 12 dsRNA bands that indicated infection by putative new reovirus called CsRV2. CsRV2 infection was not associated with crab mortality, but it caused significant metabolic and behavioral changes, such as a reduction in the concentration of hepatopancreas glycogen and a decrease in crab motor reflexes. Then, the CsRV2 genome sequence (20,909 nt) was described and, based on the level of identity of the RdRp gene with other reoviruses, it was found that CsRV2 belongs to the genus Cardoreovirus. The next-generation sequencing data also allowed for the discovery of a tripartite bunyaviruslike genome (11,430 nt), related to the Cruliviridae family, here called C. danae Portunibunyavirus 1. Histopathological and electron microscopy analyzes were also conducted and revealed that both the viruses infect tissues derived from the ectoderm and mesoderm, and may be capable of causing histopathological changes with a potential association with the mortality of infected crabs. Then, was analyzed the CsRV2 pathogenicity in C. danae (n=25) kept under laboratory conditions. After 14 days of experimental infection, a higher mortality rate was recorded in crabs co-infected with CsRV2 and CdPBV1 (70%) compared to crabs infected only with CsRV2 (9%). No deaths were recorded in the negative control group. Furthermore, it was observed that the co-infection by CsRV2 and CdPBV1 exacerbates metabolic (increased oxygen consumption), behavioral (reduction in motor reflexes), and immunological (reduction in the number of circulating granulocytes) alterations. Finally, understanding the importance of scientific dissemination, the results generated in this thesis were compiled in a journal with simple and easy-tounderstand language. The results of this thesis show that infection by viral pathogens is also the main challenge for the success of the soft-shell crab industry in Brazil, making it necessary to develop control and mitigation measures for this production chain to develop on a large scale in Brazil

Produção de siri-mole : sistemas de cultivo e potenciais métodos para indução da ecdise em callinectes ornatus

Orientador: Prof. Dr. Antonio OstrenskyCoorientador: Ubiratã de Assis Teixeira da SilvaDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Zoologia. Defesa: Curitiba, 22/02/2017Inclui referências : f. 29-38Resumo: Os siris são importantes recursos pesqueiros em diversos países e reconhecidos pelo seu grande potencial para a aquicultura. Uma das formas mais lucrativa de comercialização é a sua venda como siri-mole. Esse termo se refere ao siri em estágio de muda ou ecdise, em que seu exoesqueleto está momentaneamente mole. A produção de siris-moles baseia-se fundamentalmente na captura e seleção de indivíduos em estágio de pré-muda, que são mantidos em sistemas de cultivo até que realizem a muda. Esses sistemas podem ser abertos, semifechados ou fechados. Em relação à produção de siri-mole em escala industrial, a opção pelo uso de sistemas fechados tem aumentado nos últimos anos, devido às várias vantagens que esse sistema oferece, em relação aos outros sistemas. O uso dos sistemas fechados no cultivo de siri-mole tende a aumentar no mundo todo devido à elevação dos preços de imóveis em zonas costeiras, a busca por maior eficiência no processo produtivo, o desenvolvimento de novas tecnologias de automação, o aumento da demanda, e a valorização do produto no mercado. Neste trabalho, além da realização de uma revisão bibliográfica acerca dos sistemas empregados para o cultivo de siri-mole utilizados no mundo e da descrição das principais técnicas de produção, foram avaliadas diferentes técnicas de indução da muda em Callinectes ornatus. O principal fator limitante da produção de siri-mole é a carência de fontes estáveis de siris em estágio de pré-muda. Por isso, técnicas de indução da muda em siris em estágio intermuda apresentam-se como uma alternativa para aumento da eficiência e redução de desperdício nessa cadeia produtiva. Para isso, siris em intermuda foram selecionados, e divididos em duas classes de tamanho (largura da carapaça): 1 (50-70mm) e 2 (<50mm). Após a seleção e a classificação, os animais eram dispostos individualmente em garrafas PET perfuradas, mantidas em caixas interligadas em um sistema de recirculação. Para a avaliação dos efeitos dessas técnicas de indução sobre as taxas de muda e de sobrevivência, os exemplares de cada classe foram divididos em quatro grupos experimentais. No grupo AQ (n=76), os siris foram submetidos à autotomia induzida de um dos quelípodos; no grupo AU (n=66), os animais foram submetidos à ablação unilateral do pedúnculo ocular; no grupo AB (n=66), foram ablacionados bilateralmente; enquanto o grupo C (n=70) foi utilizado como controle, sem nenhum tipo de intervenção. A maior frequência de indivíduos que passaram para o estágio de pré-muda e posteriormente para o de muda durante os 30 dias de duração do experimento foi registrada no grupo AB (32%), seguida pelo grupo AQ (16%). A frequência de muda de siris da classe 2 (28%) foi significativamente maior (p< 0,05) que em indivíduos da classe 1 (8%). O tempo médio até a muda dos animais do grupo AB foi mais curto (p< 0,05) quando comparado com outros grupos testados. Nenhum animal do grupo controle realizou a muda durante o experimento. As maiores taxas de mortalidade registradas foram de 55% e 25% em siris dos grupos AB e AQ, respectivamente. O período de maior mortalidade coincidiu com a o período de maior frequência de mudas. Os resultados aqui obtidos indicam que as técnicas de ablação bilateral do pedúnculo ocular e de autotomia de quelípodo são potencialmente capazes de induzir a muda de C. ornatus, porém apresentam eficácia limitada para a aplicação na produção comercial de siris-moles em larga escala. Palavras-chave: Aquicultura; Ablação; Autotomia; Ecdise; Recirculação.Abstract: The swimming crabs are important fisheries resources in several countries and recognized for their potential for aquaculture. One of the most profitable forms of the commercialized swimming crabs is the soft-shell crab. This term refers to the swimming crab presenting a soft exoskeleton during a briefly period of time after molt. The production of soft-shell crab is based on capture and selection of animals during stage of premolt, which are kept in controlled captivity conditions until molting. These cultivation systems can be open, semi-closed or closed, according to the scale of technification adopted. In order to elevated the production of soft-shell crab to industrial scale, the use of closed systems has increased in recent years, due advantages offered by this system. Among this advantages include the increase in prices of properties in coastal zones, the search for greater efficiency in the productive process, the development of new automation technologies, and the valorization of the product in the market. In this work, in addition to a bibliographical review regarding the systems used in cultivation of soft-shell crabs used in the world and the description of the main production techniques (chapter 1), different techniques to induce molt in Callinectes ornatus were evaluated (chapter 2). The main limiting factor for soft-shell crab production is the lack of steady sources of crabs in premolt stage. Thus, methods to induced molt in intermolt swimming crabs emerge as an alternative to increase efficiency and reduce waste. Crabs at intermolt were selected and grouped into two size classes according to carapace width: 1 (50-70 mm) and 2 (<50 mm). After selection and classification, individuals were placed in perforated polyethylene terephthalate (PET) bottles, which were maintained in a recirculation system. Each class was divided into four experimental groups to assess the effects of the induced molt methods on molting occurrence and survival rates. In the AQ group (n=76), soft-shell crabs were induced to autotomy of the cheliped; the AU group (n=66) were subjected to unilateral eyestalk ablation; group AB (n=66) were bilaterally ablated; and the C group (n=70) was used as the control, without any intervention. The highest frequency of individuals who moved to the premolt stage and subsequently to the molt stage, during 30 days of experiment, was the AB group (32%), followed by the AQ (16%). The molting frequency of class 2 crabs (28%) was higher (p<0.05) than class 1 individuals (8%). The mean time until molting of the AB group animals was shorter (p<0.05) when compared to other tested groups. No animals in the control group molted during the experiment. The highest mortality rates were recorded in the AB and AQ groups (55% and 25%, respectively). The period of highest mortality coincided with the period of highest molting frequency. The present findings indicate that the bilateral eyestalk ablation and cheliped autotomy are potentially capable to induce the molt of C. ornatus, but have limited efficacy for commercial application in large-scale farming due high mortality rates. Keywords: Aquaculture; Ablation; Autotomy; Ecdysis, Recirculation System

From egg to slaughter: monitoring the welfare of Nile tilapia, Oreochromis niloticus, throughout their entire life cycle in aquaculture

The primary aim of this study was to comprehensively evaluate the welfare of Nile tilapia (Oreochromis niloticus) throughout their entire life cycle within aquaculture, spanning from reproduction to slaughter. The methodology was structured to identify welfare indicators closely aligned with the principles of animal freedoms defined by the Farm Animal Council, encompassing environmental, health, nutritional, behavioral, and psychological freedom. Notably, psychological freedom was inherently considered within the behavioral and physical analyses of the animals. To accomplish this, an integrative systematic literature review was conducted to define precise indicators and their corresponding reference values for each stage of tilapia cultivation. These reference values were subsequently categorized using a scoring system that assessed the deviation of each indicator from established ideal (score 1), tolerable (score 2), and critical (score 3) ranges for the welfare of the target species. Subsequently, a laboratory experiment was executed to validate the pre-selected health indicators, specifically tailored for the early life stages of tilapia. This test facilitated an assessment of the applicability of these indicators under operational conditions. Building on the insights gained from this experimentation, partial welfare indices (PWIs) were computed for each assessed freedom, culminating in the derivation of a general welfare index (GWI). Mathematical equations were employed to calculate these indices, offering a quantitative and standardized measure of welfare. This approach equips tilapia farmers and processors with the tools necessary for the continuous monitoring and enhancement of their production systems and stimulate the adoption of more sustainable and ethical practices within the tilapia farming

Producción primaria y dinámica del fitoplancton en un estuario subtropical: un enfoque múltiple de escalas de tiempo

Temporal variability of physicochemical parameters and phytoplankton primary productivity, abundance and composition were investigated at Babitonga Bay, southern Brazil, using a hierarchical sampling design on the scales of months, weeks and days during spring 2012 and summer 2013. Only temperature, respiration rates and concentrations of dissolved oxygen and silicate exhibited significant differences in the greatest timescale (seasons: spring; summer). In contrast, most physicochemical parameters, such as salinity and the concentration of nitrogen compounds, varied mainly among weeks and days. This short-scale variability was similarly observed for the microphytoplankton abundance, ranging from 0.04 to 1.7.106 cells L–1 during a bloom of the diatom Skeletonema costatum. Two major phytoplankton assemblages were associated with high primary production rates: > 30 μm centric diatoms such as Cyclotella spp. and Cymatodiscus sp., in spring; and a summer assemblage dominated by smaller, bloom-forming diatoms (S. costatum and Eucampia cornuta). Primary production ranged from 10.5 to 1793 mg C m–2 d–1 and varied significantly between days and months, being associated with the photosynthetic active radiation level and weather conditions on the sampling day. Abundance of specific plankton taxa appeared controlled by trophic interactions, as revealed for the mixotrophic, toxic dinoflagellate Dinophysis acuminata complex and its prey, the ciliate Mesodinium rubrum.Se investigaron la variabilidad temporal de los parámetros físico-químicos y la producción primaria (PP), abundancia y composición del fitoplancton en la Bahía de Babitonga, sur de Brasil, utilizando un diseño de muestreo jerárquico en las escalas de meses, semanas y días, durante la primavera/2012 y verano/2013. Sólo la temperatura, las tasas de respiración y las concentraciones de oxígeno disuelto y silicato mostraron diferencias significativas en las escalas de tiempo mayores (estaciones: primavera; verano). En contraste, la mayoría de los parámetros fisicoquímicos, tales como la salinidad y la concentración de compuestos de nitrógeno, varió principalmente entre semana y días. Tal variabilidad de corta escala se observó de manera similar para la abundancia de microfitoplancton, oscilando desde 0,04 a 1.7.106 céls. L–1 durante una floración de la diatomea Skeletonema costatum. Se asociaron dos importantes grupos de fitoplancton con altas tasas de PP: diatomeas céntricas > 30 μm como Cyclotella spp. y Cymatodiscus sp., en primavera; y un grupo de verano dominado por pequeñas diatomeas formadoras de floraciones (S. costatum y Eucampia cornuta). La PP varió de 10.5 a 1793 mg C m–2 d–1 y varió significativamente entre días y meses, siendo asociada con el nivel de radiación fotosintética activa y las condiciones meteorológicas en el día de muestreo. La abundancia de taxa específicos de plancton parece controlada por interacciones tróficas, como las revelada para el dinoflagelado tóxico mixotrófico, complejo Dinophysis acuminata y su presa, el ciliado Mesodinium rubrum

Investigação de patógenos virais associados à mortandade de Callinectes danae (Crustacea, Decapoda, Portunidae)

Orientador: Prof. Dr. Antonio OstrenskyCoorientador: Ubiratã de Assis Teixeira da SilvaTese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas - Zoologia. Defesa : Curitiba, 28/07/2021Inclui referências: p. 209-217Resumo: Os crustáceos portunídeos, popularmente conhecidos como siris, são distribuídos globalmente e conhecidos por seu grande potencial econômico para a aquicultura. O cultivo de siri-mole desperta o interesse de investidores no Brasil e no mundo por gerar um produto de alto valor de mercado, bastante demandado e desejado pelos consumidores. Não raramente, porém, as infecções virais limitam a sobrevivência dos siris em cativeiro e, consequentemente, o sucesso dos cultivos em escala comercial. No Brasil, embora sejam registradas altas taxas de mortandade de siris em cultivo, nenhum estudo havia sido realizado até então para avaliar a presença de quaisquer vírus. O objetivo desse trabalho foi analisar a presença de vírus de RNA e os efeitos da infecção em Callinectes danae, uma espécie de siri-azul explorada pela indústria brasileira de produção de siri-mole, em condições de laboratório. Por meio de levantamento bibliográfico sistemático (utilizando a metodologia PRISMA - preferred reporting items for systematic reviews and meta-analyses) foi possível descrever os patógenos virais que afetam técnica e economicamente a aquicultura de crustáceos braquiúros, bem como os métodos de diagnóstico e controle das doenças causadas por vírus. Essa análise mostrou que os patógenos virais mais estudados em crustáceos braquiuros foram relacionados à família Reoviridae (36%), com destaque para o Callinectes sapidus Reo-like Vírus 1 (20%), uma das espécies associadas a episódios de elevada e rápida mortalidade de C. sapidus em sistemas de produção de sirimole nos EUA. Na etapa seguinte, um estudo foi projetado para investigar se o CsRV1 contribui para a mortandade de C. danae em cativeiro no Brasil. Após 14 dias de experimento, todos os siris analisados (n=178) testaram negativo para CsRV1 após ensaios RT-qPCR. No entanto, a análise eletroforética do RNA extraído de alguns siris mostrou um padrão de 12 bandas de dsRNA, indicando uma infecção por um novo reovírus putativo, denominado CsRV2. A infecção por CsRV2 não foi associada a mortandade dos siris, mas causou alterações metabólicas e comportamentais significativas, como redução na concentração de glicogênio no hepatopâncreas e uma diminuição dos reflexos motores dos siris. Em seguida, a sequência do genoma de CsRV2 (20.909 nt) foi descrita e, com base no nível de identidade do gene RdRp com outros reovírus, foi constatado que CsRV2 pertence ao gênero Cardoreovirus. Os dados do sequenciamento de nova geração também permitiram a descoberta de um genoma tripartido (11.430 nt), semelhante à bunyavírus, relacionado a família Cruliviridae, aqui nominado como C. danae Portunibunyavirus. Análises histopatológicas e de microscopia eletrônica também foram conduzidas e revelaram que ambos os vírus infectam os tecidos derivados da ectoderme e mesoderme, podendo ser capazes de causar alterações histopatológicas com potencial associação com a mortalidade dos animais infectados. O passo seguinte foi analisar a patogenicidade de CsRV2 em C. danae (n=25) mantidos em condições de laboratório. Após 14 dias de infecção experimental, foi registrada maior taxa de mortalidade nos siris coinfectados com CsRV2 e CdPBV1 (70%), em comparação com os siris infectados somente com CsRV2 (9%). Nenhuma morte foi registrada no grupo controle negativo. Ainda, foi observado que a coinfecção por CsRV2 e CdPBV1 exacerba as alterações metabólicas (aumento do consumo de oxigênio), comportamentais (redução dos reflexos motores) e imunológicas (redução do número de granulócitos circulantes). Por fim, entendendo a importância da divulgação científica, os resultados gerados nesta tese foram compilados em texto de linguagem simples e de fácil compreensão que será utilizado para divulgação da tese e de seus resultados. Ficou evidenciado que a infecção por patógenos virais será possivelmente o principal desafio para o sucesso da indústria de siri-mole no Brasil, fazendo-se necessário o desenvolvimento de medidas de controle e mitigação para que essa cadeia produtiva possa se consolidar e crescer no Brasil.Abstract: Portunid crabs are globally distributed and known for their great economic potential for aquaculture. The soft-shell crab aquaculture awakens the interest of investors in Brazil and the world for generating a product with a high market value, which is highly demanded and desired by consumers. Not rarely, however, viral infections limit the crab's survival in captivity and, consequently, the aquaculture's success on a commercial scale. In Brazil, although high mortality rates of crabs in captivity are recorded, no study has been carried out to assess the presence of any viruses. The objective of this study was to analyze the presence of RNA viruses and the effects of the infection in Callinectes danae, a blue crab species explored by the Brazilian soft-shell crab production industry, under laboratory conditions. Through a systematic literature review (PRISMA methodology - preferred reporting items for systematic reviews and meta-analyses) it was possible to describe the viral pathogens that technically and economically affect the aquaculture of brachyuran crustaceans, as well as the methods of diagnosis and control of diseases caused by the virus. This analysis showed that the most studied viral pathogens in crabs were related to the Reoviridae family (36%), with emphasis on Callinectes sapidus Reo-like Virus 1 (20%), as it is one of the species associated with high and rapid episodes of mortality of C. sapidus in soft-shell crab production systems in the USA. In the next step, a study was designed to investigate whether CsRV1 contributes to the mortality of C. danae in captivity in Brazil. After 14 days of the experiment, all crabs analyzed (n=178) tested negative for CsRV1 through RT-qPCR assays. However, electrophoretic analysis of RNA extracted from some crabs showed a pattern of 12 dsRNA bands that indicated infection by putative new reovirus called CsRV2. CsRV2 infection was not associated with crab mortality, but it caused significant metabolic and behavioral changes, such as a reduction in the concentration of hepatopancreas glycogen and a decrease in crab motor reflexes. Then, the CsRV2 genome sequence (20,909 nt) was described and, based on the level of identity of the RdRp gene with other reoviruses, it was found that CsRV2 belongs to the genus Cardoreovirus. The next-generation sequencing data also allowed for the discovery of a tripartite bunyaviruslike genome (11,430 nt), related to the Cruliviridae family, here called C. danae Portunibunyavirus 1. Histopathological and electron microscopy analyzes were also conducted and revealed that both the viruses infect tissues derived from the ectoderm and mesoderm, and may be capable of causing histopathological changes with a potential association with the mortality of infected crabs. Then, was analyzed the CsRV2 pathogenicity in C. danae (n=25) kept under laboratory conditions. After 14 days of experimental infection, a higher mortality rate was recorded in crabs co-infected with CsRV2 and CdPBV1 (70%) compared to crabs infected only with CsRV2 (9%). No deaths were recorded in the negative control group. Furthermore, it was observed that the co-infection by CsRV2 and CdPBV1 exacerbates metabolic (increased oxygen consumption), behavioral (reduction in motor reflexes), and immunological (reduction in the number of circulating granulocytes) alterations. Finally, understanding the importance of scientific dissemination, the results generated in this thesis were compiled in a journal with simple and easy-tounderstand language. The results of this thesis show that infection by viral pathogens is also the main challenge for the success of the soft-shell crab industry in Brazil, making it necessary to develop control and mitigation measures for this production chain to develop on a large scale in Brazil

NEOTROPICAL CARNIVORES: a data set on carnivore distribution in the Neotropics

Mammalian carnivores are considered a key group in maintaining ecological health and can indicate potential ecological integrity in landscapes where they occur. Carnivores also hold high conservation value and their habitat requirements can guide management and conservation plans. The order Carnivora has 84 species from 8 families in the Neotropical region: Canidae; Felidae; Mephitidae; Mustelidae; Otariidae; Phocidae; Procyonidae; and Ursidae. Herein, we include published and unpublished data on native terrestrial Neotropical carnivores (Canidae; Felidae; Mephitidae; Mustelidae; Procyonidae; and Ursidae). NEOTROPICAL CARNIVORES is a publicly available data set that includes 99,605 data entries from 35,511 unique georeferenced coordinates. Detection/non-detection and quantitative data were obtained from 1818 to 2018 by researchers, governmental agencies, non-governmental organizations, and private consultants. Data were collected using several methods including camera trapping, museum collections, roadkill, line transect, and opportunistic records. Literature (peer-reviewed and grey literature) from Portuguese, Spanish and English were incorporated in this compilation. Most of the data set consists of detection data entries (n = 79,343; 79.7%) but also includes non-detection data (n = 20,262; 20.3%). Of those, 43.3% also include count data (n = 43,151). The information available in NEOTROPICAL CARNIVORES will contribute to macroecological, ecological, and conservation questions in multiple spatio-temporal perspectives. As carnivores play key roles in trophic interactions, a better understanding of their distribution and habitat requirements are essential to establish conservation management plans and safeguard the future ecological health of Neotropical ecosystems. Our data paper, combined with other large-scale data sets, has great potential to clarify species distribution and related ecological processes within the Neotropics. There are no copyright restrictions and no restriction for using data from this data paper, as long as the data paper is cited as the source of the information used. We also request that users inform us of how they intend to use the data