Maldi-Tof mass spectometry as a routine technique for identification of typical and atypical mycobacteria in the Laboratory of Clinical Microbiology

Introducción y Objetivo: Del género Mycobacterium se han descrito más de 120 especies de micobacterias diferentes de crecimiento lento y rápido. Estos microorganismos producen una importante morbilidad en humanos, incluyendo infecciones de tipo pulmonar, en la piel y tejidos blandos y enfermedad diseminada siendo el diagnóstico rápido y preciso es de gran importancia. Material y Métodos: La población de estudio de nuestro trabajo fueron 75 aislados de micobacterias procedentes de cultivo en medio sólido Lowenstein-Jensen. El diagnóstico fue realizado mediante técnicas moleculares de PCR e hibridación inversa: GenoType Mycobacterium CM y GenoType Mycobacterium AS. De forma paralela las cepas se identificaron mediante espectrometría de masas MALDITOF MS (Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization– Time of Flight Mass Spectrometry). Resultados: La concordancia global de resultados entre la identificación realizada mediante PCR y la tecnología MALDI-TOF fue del 97%, con un coeficiente kappa de correlación de 0.929 (correlación excelente entre 0.081-1.0). Conclusiones: Nuestros resultados indican que es bastante factible incorporar MALDI-TOF MS para la identificación rutinaria de micobacterias en el flujo de trabajo del laboratorio de microbiología clínica.Introduction and aim: in the Mycobacterium genus have been described more than 120 species of Mycobacteria other than growth slow and fast. These microorganisms produce significant morbidity in humans, including type pulmonary infections, skin and soft tissues and disseminated disease being the rapid and precise is of great importance. Material and methods: the study population of our work were 75 isolated Mycobacteria from cultivation in solid Lowenstein-Jensen medium. The diagnosis was made by molecular techniques of PCR and reverse hybridization: GenoType Mycobacterium CM and GenoType Mycobacterium AS. Parallel strains were identified by mass spectrometry MALDITOF MS (Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry). Results: The overall agreement of results between the identification made by PCR and MALDI-TOF technology was 97, with a coefficient of correlation of 0.929 kappa (excellent correlation between 0.081-1.0). Conclusions: Our results indicate that it is quite feasible to incorporate MALDI-TOF MS for routine identification of Mycobacteria in the clinical microbiology laboratory workflow

Carbapenemase detection in Pseudomonas aeruginosa by MALDI-TOF MS mass spectrometry

Introducción: Las bacterias gramnegativas, especialmente Pseudomonas, presentan con frecuencia resistencia a múltiples antibióticos incluyendo carbapenemes. La resistencia a carbapanemes se ha incrementado en los últimos años causada por alteraciones de membrana o por la producción de carbapenemasas. Objetivo: Valorar la utilización de la espectrometría de masas MALDI-TOF MS® para la detección de carbapenemasas clase A o B en Pseudomonas aeruginosa. Material y métodos: Partiendo de 12 aislados de Pseudomonas aeruginosa productoras de carbapenemasas clase A o B identificados mediante método de difusión disco-placa, tipificadas usando los discos: meropenem 10µg, meropenem 10µg + ácido borónico, meropenem 10µg + cloxacilina y meropenem 10µg + ácido dipicolínico (Rosco Diagnostica), hemos analizado posibles picos de hidrólisis del meropenem tras la acción de las carbapenemasas mediante espectrometría de masas MALDI-TOF MS®. Como controles negativos se utilizaron 25 cepas de Pseudomonas aeruginosa sensibles a meropenem y 8 cepas de Pseudomonas aeruginosa con impermeabilidad de membrana, no detectables mediante la metodología utilizada. Resultados: De las 12 cepas productoras de carbapenemasas clase A o B, (2/12 clase A, 10/12 clase B), la técnica de espectrometría de masas MALDI-TOF MS® detectó picos de degradación del antibiótico en estudio correspondientes a la presencia de carbapenemasas en 11/12 casos (94.4%). En las cepas usadas como controles negativos, la espectrometría de masas MALDI-TOF MS® indicó la ausencia de carbapenemasas clase A o B en 31/33 (93.9%) casos. Conclusión: La espectrometría de masas MALDI-TOF MS® puede ser una herramienta útil para la confirmación de carbapenemasas clase A y B en Pseudomonas aeruginosa.Introduction: Gram-negative bacteria especially Pseudomonas are resistance to multiple antibiotics including carbapenems. Carbapanemes resistance has increased in recent years caused by alterations of membrane or the production of carbapenemases. Objective: Assess the use of MALDI-TOF MS® mass spectrometry for the detection of carbapenemases class A or B in Pseudomonas aeruginosa. Material and methods: From isolated from Pseudomonas aeruginosa producing carbapenemases 12 class A or B identified by diffusion method disco-plate, classified using disks: meropenem 10μg, meropenem 10μg + boronic acid, meropenem 10μg + cloxacillin and meropenem 10μg + acid dipicolinic (Rosco Diagnostica), we analyzed possible hydrolysis of meropenem peaks after the action of the carbapenemases by MALDI-TOF MS® mass spectrometry. As negative controls were used 25 strains of Pseudomonas aeruginosa sensitive to meropenem and 8 strains of Pseudomonas aeruginosa with waterproof membrane, not detectable by the methodology used. Results: Of the 12 strains producing carbapenemases class A or B, (2/12 class A, 10/12 class B), MALDI-TOF MS® mass spectrometry technique detected peaks of degradation of the antibiotic in study to the presence of carbapenemases in 11/12 cases (94.4%). The strains used as controls negative, MALDI-TOF MS® mass spectrometry indicated the absence of carbapenemases class A or B at 31/33 cases (93.9%). Conclusion: MALDI-TOF MS® mass spectrometry can be a useful tool for the confirmation of carbapenemases class A and B in Pseudomonas aeruginosa

Sepsityper® for rapid identification of microorganisms from positive blood cultures

Nuestro estudio ha evaluado las ventajas de la utilización del kit Sepsityper® para la identificación rápida de microorganismos a partir de hemocultivos positivos, acompañado de la tecnología de espectrometría de masas MALDITOF MS®, en comparación con los métodos tradicionales empleados para el diagnóstico de bacteriemia. Para la identificación del microorganismo en 379 hemocultivos positivos en el Departamento de Microbiología del Hospital Universitario San Cecilio, se aplicó la espectrometría de masas MALDITOF MS® utilizando el sistema Sepsityper® (Bruker) y se comparó con la identificación mediante métodos convencionales (Wider, Vitek II, Api). La correlación de resultados de los dos esquemas diagnósticos fue determinada estadísticamente por el coeficiente de correlación kappa. La distribución de los aislamientos fue de un 24,7 % de Bacilos Gram negativos (BGN) y 75,3 % de microorganismos Cocos Gram positivos (CGP). La concordancia global de resultados fue del 95,8 % en la especie (k = 0,928) y del 98,7 % en el género (k = 0,977), siendo el porcentaje de identificaciones fallidas del 1,3%. Para BGN hubo una concordancia de resultados del 95,2 % (k = 0,928, especie), y 100 % (k = 1, género). Respecto a los CGP, la concordancia fue del 98,2 % en género (k = 0,931), y del 82,5 % (k = 0,627) a nivel de especie. En nuestra experiencia se ha observado una ganancia de al menos 13–23h en la identificación a nivel de especie. La utilización del kit Sepsityper® para la identificación rápida de microorganismos a partir de hemocultivos positivos, acompañado de MALDITOF MS®, muestra una excelente correlación respecto a la identificación realizada a través de la metodología convencional, con una importante disminución del tiempo hasta la identificación.Our study has evaluated the advantages of using Sepsityper® kit for a fast identification of microorganisms from positive blood cultures, along with the mass spectrometry technology MALDITOF-MS®, compared to traditional methods used for diagnosis of bacteremia. To identify the microorganism isolated from the 379 positive blood cultures (BC +) the Department of Microbiology, University Hospital San Cecilio, MALDITOFMS® mass spectrometry along with Sepsityper® (Bruker) were applied and it was compared to the conventional methods for the identification of this organism. The correlation of results between these two diagnostic schemes was statistically determined by kappa correlation coefficient. The distribution of the isolates was 24.7% for Gram negative bacilli (GNB) and 75.3% for Gram-positive cocci (GPC). The overall concordance of results was 95.8% within the species (k = 0.928) and 98.7% within the genus (k = 0.977), with a failed-identification percentage of 1.3%. For GNB there was a concordance of results of 95.2% (k = 0.928, species), and 100% (k = 1, genus). Regarding the GPC, the concordance was 98.2% within the genus (k = 0.931), and 82.5% (k = 0.627) at the species level. According to our experience there was a gain of at least 13-23 hours in the identification of the microorganisms at the species level. The use of Sepsityper® kit for the rapid identification of microorganisms from positive blood cultures, along with MALDITOF-MS®, show an excellent correlation compared to identification made by the conventional methods, with a significant reduction in time until identification

Wage inequality, segregation by skill and the price of capital in an assignment model

Some pieces of empirical evidence suggest that in the U.S., over the last few decades, (i) wage inequality between-plants has risen much more than wage inequality within-plants and (ii) there has been an increase in the segregation of workers by skill into separate plants. This paper presents a frictionless assignment model in which these two features can be explained simultaneously as the result of the decline in the relative price of capital. Additional implications of the model regarding the skill premium and the dispersion in labor productivity across plants are also consistent with the empirical evidence. [resumen de autor

First report of Babesia divergens infection in an HIV patient

Human babesiosis is a zoonosis primarily transmitted through Ixodes ticks and alternatively by routes such as blood transfusions from asymptomatic donors. We report the first case of human babesiosis caused by Babesia divergens in a patient with HIV. This study also focuses on elucidating the possible transmission route of infection in this patient, who received numerous blood transfusions but showed patent symptoms only after splenectomy. A battery of detection tools along with a novel Western-Blot Assay and Enzyme Linked Immunosorbent Assay using the major surface protein of B. divergens (Bd37) as a target were used to evaluate the presence of B. divergens or antibodies against the parasite in samples from the patient and the blood donors involved in this case. A retrospective study of the humoral status against the parasite revealed B. divergens IgG antibodies in one of the implicated donors, but also showed that the patient had been already exposed to the parasite before any transfusion. Thus, this analysis of natural and transfusion transmission routes suggests a pre-existing subclinical babesiosis in the patient.This work is funded by the Surveillance Program of CNM and the grants from Ministerio de Economia y Competitividad from Spain (AGL2010-21774) to EM and PI10/00895 to DL and Instituto de Salud Carlos III (MPY1411/09) to EM. Work in CAL's laboratory is funded by the NIH (HL105694).S

Actas de las II Jornadas sobre Bibliotecas Escolares de Extremadura

Se recogen las ponencias presentadas en las segundas Jornadas de Bibliotecas Escolares de Extremadura celebradas en Mérida (Badajoz) los días 17 y 18 de mayo de 2006. En las intervenciones se exponen experiencias llevadas a cabo en centros educativos en torno a la biblioteca escolar, se analiza la formación del profesorado en este ámbito, se estudia el papel de la biblioteca escolar como centro de recursos y se examinan las redes de este tipo de bibliotecas como espacios de cooperación y de intercambio de experiencias.ExtremaduraConsejería de Educación. Dirección General de Política Educativa; Calle Delgado Valencia, 6; 06800 Mérida (Badajoz); +34924006714; +34924006716; [email protected]