Patogenicidade de Colletotrichum gloeosporioides em cafeeiro utilizando isolados transgênicos.

O gênero Colletotrichum é considerado o agente causal de várias doenças em uma ampla gama de hospedeiros. Em cafeeiro, C. gloeosporioides está associado à seca de ramos, folhas e frutos. Apesar disso, ainda não foi possível comprovar a patogenicidade do fungo ao cafeeiro, uma vez que sintomas externos dificilmente aparecem após a inoculação. Diante disso, existe a hipótese de que o fungo C. gloeosporioides seja endofítico e oportunista ao cafeeiro, podendo causar injúrias quando a planta é submetida a algum tipo de estresse. A fim de esclarecer a interação entre C. gloeosporioides e cafeeiro, isolados provenientes de Coffea arabica e C. canephora, com sintomas de necrose e mancha manteigosa, foram marcados com o gene GFP, que codifica para uma proteína verde fluorescente. Após a confirmação molecular dos transformantes por PCR e Southern blot, foi avaliada a patogenicidade de C. gloeosporioides em hipocótilos e em flores de C. arabica, por meio de inoculações com discos de micélio e suspensão de conídios, respectivamente. Foram utilizados isolados não transformados como controle. Os hipocótilos de mudinhas de café inoculados não apresentaram sintomas nem sinais do fungo. Além disso, não foi observado nenhum crescimento vegetativo ou reprodutivo do fungo marcado no interior dos tecidos, após a análise feita por microscópio de fluorescência em cortes histológicos. Entretanto foi possível re-isolar o fungo marcado a partir dos tecidos inoculados. Isso sugere que o fungo foi capaz de penetrar no hipocótilo, embora não tenha sido observada fluorescência nos tecidos. As inoculações em botões florais de café foram feitas visando detectar estruturas do fungo nos frutos em diferentes estádios de desenvolvimento (chumbinho, verde e maduro). As análises foram feitas por meio da observação da fluorescência dos tecidos. Embora existam alguns indícios de que o fungo penetrou nas flores de plantas de café inoculadas com o fungo marcado, evidenciado por pequenos pontos fluorescentes nos tecidos dos frutos, ainda é prematuro afirmar que C. gloeosporioides utiliza a flor para infectar a planta

Colletotrichum gloeosporioides E C. boninense associados à antracnose do café no Brasil.

Colletotrichum gloeosporioides sempre esteve associado ao sintoma de antracnose do cafeeiro, embora não tenha sido possível provar a sua patogenicidade à planta. Em 2010, de amostras de Coffea spp. do Espírito Santo e Bahia, foi isolado, além de C. gloeosporioides, um Colletotrichum com características morfológicas diferentes (colônia branca a róseo-alaranjada, com halos concêntricos escuros). A identificação da espécie foi feita pela amplificação da região ITS (internal transcribed spacer) do rDNA com o primer universal ITS4 em combinação com os primers CaInt2, CgInt e Col1, específicos para C. acutatum, C. gloeosporioides e C. boninense, respectivamente. Os primers ITS4 e Col1 amplificaram um produto único de aproximadamente 500pb, esperado para C. boninense. A região ITS do rDNA e o gene GAPDH do isolado do Espírito Santo foram amplificados pelos primers ITS1 e ITS4, e GDF e GDR, respectivamente. As sequências resultantes foram depositadas no GenBank com números de acessos JF683320 e JF331654, respectivamente, e analisadas filogeneticamente com outras espécies de Colletotrichum. A região do rDNA apresentou 99% de identidade com sequências de C. gloeosporioides e C. boninense. No entanto, a análise do gene GAPDH confirmou que o isolado era definitivamente C. boninense sensu lato, por se mostrar idêntico a outras sequências em um amplo clado de isolados da espécie. Para avaliar a patogenicidade de C. boninense ao cafeeiro foi usada uma suspensão de conídios a 106 conídios.mL-1 para inoculação em hipocótilos, com e sem ferimento. Trinta dias após a inoculação foi detectada necrose em 30% dos hipocótilos com ferimento. Folhas destacadas foram inoculadas com discos de micélio e apresentaram lesão sete dias após a inoculação, somente no tratamento com ferimento. No momento, estão sendo inoculados frutos verdes destacados de cafeeiro e os resultados sugerem a associação entre C. gloeosporioides e C. boninense no estabelecimento da doença. Este é o primeiro relato de C. boninense associado à antracnose do café no Brasil

Determinação do grau de dialogia de interações virtuais assíncronas

Neste trabalho fazemos uma discussão sobre as interações discursivas em atividades educacionais não presenciais mediadas pela internet apontando algumas novas formas de linguagens que estão surgindo e discutindo formas de envolver o aluno na aprendizagem utilizando-se um estilo enunciativo que favorece os vínculos interpessoais. Aliado a isto, realizamos um estudo sobre as propriedades dualísticas do enunciado - as funções unívoca e dialógica - e elaboramos quatro categorias de análises - engajamento, problematização, retomada da fala do outro e referência a outros interlocutores - para subsidiar processos de tutoria pela internet, de forma que possamos, por meio delas, determinar o grau de dialogia de interações virtuais assíncronas

Determinação do grau de dialogia de interações virtuais assíncronas

Neste trabalho fazemos uma discussão sobre as interações discursivas em atividades educacionais não presenciais mediadas pela internet apontando algumas novas formas de linguagens que estão surgindo e discutindo formas de envolver o aluno na aprendizagem utilizando-se um estilo enunciativo que favorece os vínculos interpessoais. Aliado a isto, realizamos um estudo sobre as propriedades dualísticas do enunciado – as funções unívoca e dialógica – e elaboramos quatro categorias de análises – engajamento, problematização, retomada da fala do outro e referência a outros interlocutores – para subsidiar processos de tutoria pela internet, de forma que possamos, por meio delas, determinar o grau de dialogia de interações virtuais assíncronas

Um software para extração de ESTs, CONTIGS e SINGLETS do CAFEST.

Uma das dificuldades encontrada atualmente para os usuários da base de dados do Projeto Brasileiro do Genoma Café (CafEST) é a dificuldade em extrair manualmente todas as sequências armazenadas em seus projetos, no sistema Gene Projects. A partir dessa necessidade, foi desenvolvido um software para fazer a automatização do processo. Desta forma, o usuário do CafEST passa a dispor da comodidade de apenas informar ao programa quais projetos ele deseja que tenham as ESTs, contigs ou singlets extraídos. O programa consiste em dois scripts, um para fazer a extração das ESTs e outro para fazer a extração dos contigs e dos singlets. Os dois scripts retiram do CafEST apenas as ESTs, os contigs e singlets e salvam cada um desses em um arquivo do tipo FASTA. Isto facilita o uso dos mesmos em outras bases de dados e/ou ferramentas de bioinformátic

Diversidade genética de Hemileia vastatrix utilizando marcador molecular AFLP.

Esse estudo teve como objetivo analisar a diversidade genética de 14 isolados de Hemileia vastatrix utilizando o marcador AFLP. Dentre eles, dois isolados do CIFC, Oeiras, Portugal biologicamente caracterizados como raça II, três do Brasil, caracterizados em 1986, como raça I, II e III, e nove provenientes de lavouras cafeeiras de Minas Gerais e Espírito Santo coletadas em 2006. As amplificações seletivas dos DNAs foram feitas utilizando quatro combinações de oligonucleotídeos iniciadores contendo três bases adicionais na extremidade 3?. As 93 bandas polimórficas analisadas geraram um dendrograma que dividiu os isolados em seis grupos. No grupo I foram agrupados os isolados de Portugal, Brasil (caracterizados como raças em 1986) e um isolado do Triângulo Mineiro, e no grupo II, os isolados da Zona da Mata, Alto Paranaíba e Sul de Minas Gerais. Os demais isolados formaram os grupos individuais III (região central de MG), IV (Zona da Mata, MG), V (Região Serrana, Espírito Santo) e VI (Zona da Mata, MG). A diversidade genética total (Ht) dos isolados agrupados dentro das nove populações definidas pelas origens foi de 0,313 e a diferenciação genética entre populações (Gst) de 0,916. Baseado no agrupamento UPGMA os isolados foram agrupados em seis populações onde a diversidade genética total (Ht) foi de 0,285 e a diferenciação genética entre populações (Gst) de 0,886. Esses resultados indicam que a variabilidade genética de H. vastatrix entre os isolados é bastante elevada e que os isolados provenientes Do campo possuem baixa similaridade genética com as raças caracterizadas em 1986 e a raça II de Portugal. Um estudo mais amplo e detalhado envolvendo outros isolados, mais representativos da população atual no campo será necessário para definir os isolados prevalecentes em cada região

Categorização funcional de sequências expressas envolvidas na defesa do cafeeiro a doenças.

O entendimento dos mecanismos de defesa e da interação do cafeeiro com patógenos pode ser útil no desenvolvimento de novas alternativas para um controle eficiente das doenças. Tem sido demonstrado, em diferentes espécies de plantas, que genes R, responsáveis pelo reconhecimento dos patógenos, apresentam domínios conservados, como NBS (Nucleotide Binding Site) e LRR (Leucine Rich Repeat). Dessa forma, nesse trabalho, seqüências do Projeto Brasileiro do Genoma Café, previamente identificadas como contendo domínios NBS e LRR, foram funcionalmente categorizadas. A categorização foi realizada em 140 EST-contigs, sendo que 99 foram classificados em pelo menos uma das categorias funcionais do Gene Ontology. Essa categorização permitiu associar os produtos preditos das EST-Contigs com os processos biológicos que incluíram resposta de defesa e apoptose e com funções moleculares como ligação a nucleotídeo e atividade de transdutor de sinais. Esses e outros termos encontrados são comprovadamente relacionados com a atuação de genes de resistência no mecanismo de defesa da planta

Identificação e caracterização de microssatélites provenientes de sequências expressas do projeto brasileiro de genoma café.

Dentre os marcadores genéticos disponíveis, os microssatélites ou SSRs (Simple Sequence Repeats) têm sido os escolhidos para diferentes estudos genéticos por apresentarem características que agregam simplicidade técnica, grande poder de resolução e alto nível de polimorfismo. Com a disponibilidade das seqüências ESTs (Expressed Sequence Tags), geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café, surgiu a oportunidade de desenvolver esses marcadores, de forma direta e eficiente, por meio de análise eletrônica. Visando o desenvolvimento futuro de marcadores SSRs para café, nesse trabalho foram identificados e caracterizados microssatélites nas seqüências expressas do genoma do cafeeiro. A mineração dos dados foi realizada utilizando-se todas as combinações de di-, tri- e tetranucleotídeos formadores dos microssatélites, perfazendo um total de 46 combinações (quatro de dinucleotídeos, 10 de trinucleotídeos e 32 de tetranucleotídeos). Foram considerados os microssatélites perfeitos e com tamanho mínimo de 12 pares de bases. Do total de 130.792 ESTs proveniente de C. arabica foram identificadas 37.826 contendo microssatélites, que após a clusterização resultou em 24.031 EST-SSR. Dentre estas, 45,11% apresentaram tetranucleotídeos, 36,67% trinucleotídeos e 18,23% dinucleotídeos. As unidades repetitivas mais abundantes dentro de cada categoria de EST-SSR foram (AG)n encontrada em 57,08% das sequências contendo dinucleotídeos, (AGG)n com 30,79% dos trinucleotídeos e (AGGG)n com 33,24% dos tetranucleotídeos. A grande quantidade de SSRs identificada nas seqüências transcritas do genoma do cafeeiro demonstra que essas são fontes valiosas para o desenvolvimento dos marcadores moleculares EST-SSRs