Advances in Metabolic Engineering of Saccharomyces cerevisiae for the Production of Industrially and Clinically Important Chemicals

Sustainable production of chemicals is of increasing importance, due to depletion of petroleum and environmental concerns. In addition to its importance in basic research as a simple, eukaryotic model organism, Saccharomyces cerevisiae has long been exploited in industry because of its physiological properties. And today, the development in genetic engineering toolbox and genome-scale metabolic models of S. cerevisiae has extended its application range to new products and bioprocesses. In addition, evolutionary engineering strategies have been useful in improving cellular properties of S. cerevisiae, such as tolerance to product toxicity and inhibitors. In this chapter, recent metabolic and evolutionary engineering studies that involve S. cerevisiae for the production of bulk chemicals and fine chemicals including flavours and pharmaceuticals are reviewed. It was shown that metabolic engineering particularly allowed the improvement of pharmaceuticals production, which will enable economic and large-scale production of many valuable pharmaceuticals. It is clear that S. cerevisiae will continue to be an important host for future metabolic engineering and metabolic pathway engineering applications to produce a variety of industrially and clinically important chemicals

A multidisciplinary approach for the restoration of a crown-root fracture with the involvement of supracrestal attached tissues: a case report with 7 year follow up

Restoration of crown-root fractures with the involvement of supracrestal attached tissues represents difficulties for clinicians, as these types of fractures require a multidisciplinary approach for adequate treatment and successful prognosis. Depending on the location of the fracture, different treatment approaches, such as periodontal crown lengthening procedures, rapid orthodontic or surgical root extrusion or tooth extraction followed by fragment reattachment, direct composite restorations, veneers, and crown restorations, have been indicated. This case report describes the management and long-term follow-up of the reattachment of a crown-root fracture using unidirectional fiber reinforcement after periodontal crown lengthening. Clinical and radiographic examinations of the reattached tooth after 7 years revealed favourable functional, physiological, and aesthetic outcomes and healthy surrounding periodontal structures, showing the success of the multidisciplinary treatment approach

Satın alma davranışının beyin ön bölgesindeki izdüşümlerinin fnirs yöntemiyle incelenmesi

TÜBİTAK EEEAG15.10.201

Glioblastoma multiforme hücre kültürlerinde (U-87 MG ve T98G) VEGF sentezinin (-/-) gossipol (AT-101) ile inhibisyonu

Giriş: Glioblastoma multiforme (GBM), beyin tümörleri arasında en yaygın görülen ve en ölümcül olan tiptir. Çoğalan hücrelere besin ve oksijen desteğinin sağlandığı fizyolojik bir süreç olan anjiyogenez, GBM tümörlerinin gelişiminde, büyümesinde ve metastazında kritik bir rol oynar. Normal dokularda ve tümör dokularında pro-anjiyojenik faktörler aracılığıyla yeni kan damarı oluşumu, birçok sinyal yolağının aktivasyonunu gerektirir. Pro-anjiyogenik faktörlerin en önemlilerinden biri Vasküler endoteliyal çoğalma faktörüdür (VEGF). Bu yüzden kanser hücrelerinde VEGF sentezinin baskılanabilmesi, malignitesi düşük gliomaların yüksek malignite özelliği kazanmasının engellenmesinde ve GBM metastazının yavaşlatılmasında önemli rol oynar. Tümör canlılığının korunması kan damarlarına bağlı olduğundan anti-anjiyojenik ajanların araştırılması tedavi geliştirilmesinde önemli bir konudur. Gossipol, pamuk bitkisinden (Gossypium species) elde edilen sarı renkli, hücreye nüfuz edebilen ve birçok dehidrogenaz enziminin inhibitörü gibi davranan, polifenolik bir aldehiddir AT-101, Gossypol ajanının -(-) enantiomeridir ve (+)- izomerinden daha sitotoksik etkili olduğu belirlenmiştir. AT-101'in çeşitli kanser hücre hatlarında antiproliferatif etkiye sahip olduğunu gösteren pek çok çalışma mevcuttur. Bu çalışmada, AT-101'in, GBM hücre kültürlerindeki (U-87MG ve T98G) sitotoksik etkilerinin yanı sıra hücrelerdeki VEGF sentezine olan etkisi hem transkripsiyonel hem de protein düzeyinde araştırılmıştır. Materyal ve Yöntem: U-87MG ve T98G hücre kültürleri AT-101'in artan konsantrasyonlarıyla (1-50 oM) 72 saat süresince muamele edildi. Hücre canlılığı xCELLigence (Roche) sistemi ile izlendi. U-87MG ve T98G hücre kültürlerindeki apoptoz ELISA yöntemi ve kaspaz ölçümü ile değerlendirildi. Anjiyogenez array ile VEGF ve diğer proanjiyogenik faktörlerin ekspresyonları ölçüldü. Bulgular: Hücre canlılığının sürekli olarak izlendiği deney sisteminde doza ve zamana bağlı etki gösteren AT-101'in, GBM hücre kültürlerindeki sitotoksik etkisi 24. saatte anlamlı şekilde artış gösterdi. AT-101'in U-87MG ve T98G hücre kültürlerindeki IC50 değerleri sırasıyla 2.4 ve 2.7 oM olarak hesaplandı. AT-101'in IC50 dozları ile 24 saat muamele edilen hücrelerin VEGF mRNA düzeylerinde U-87MG hücre hattında kontrole kıyasla 2.7 kat, T98G hücre hattında ise kontrole kıyasla 3 kat azalış belirlendi. Sonuç: Bu çalışmada, U-87 MG ve T98G hücrelerinde AT-101'in, GBM tümörleri için kritik öneme sahip olan VEGF sentezini baskıladığı protein düzeyinde gösterilmiştir. Bu bulgular, AT-101'in, GBM tedavisinde anjiyogenezi baskılamada hem hedefe yönelik tedavide hem de genel tedavi stratejilerinde kullanılabilecek bir ajan olduğunu destekler niteliktedir

Comparative analysis of poverty and inequality in Turkey

TÜRKİYE’DE YOKSULLUK VE EŞİTSİZLİĞİN KARŞILAŞTIRMALI ANALİZİBurcu Yakut-ÇakarÖzetSon 20 yıllık dönemde, refah rejimlerinin karşı karşıya kaldıkları yeni risklerle ile başa çıkmaya yönelik olarak bir dizi reform gerçekleştirilmektedir. Bu bağlamda karşılaştırmalı olarak bakıldığında, farklı nitelikler arz etmekle birlikte, dönüşümlerin yoksulluk ve gelir eşitsizliğinin ciddi boyutlarda yaşandığı güney Avrupa ülkelerinde refah rejimlerinin daha az gelişkin bileşeni olan sosyal yardım alanında olduğu görülmektedir. Bu arkaplan üzerinde tezin temel amacı bu ülkelerle refah rejimi açısından benzeşen Türkiye için yoksulluk ve gelir eşitsizliğinin karşılaştırmalı tartışması için iki düzeyli analizden oluşan yeni bir çerçeve sunmaktır. Kantitatif analiz gerçekleştirilen ilk düzeyde Türkiye için ulusal vergi-sosyal yardım modeli, TR-MOD kurulurken, güney Avrupa ülkeleri için mevcut ülkelerarası entegre EUROMOD kullanılarak karşılaştırmalı sonuçlar sunulmaktadır. Bölgede yakın zamanda gerçekleştirilen reformlar ve politika tartışmalarının politik ekonomisi üzerinden gerçekleştirilen kalitatif analiz ise Türkiye’de sosyal yardımlar ile ilgili siyasi gündemi irdelemeyi amaçlamaktadır. 2004 Hanehalkı Bütçe Anketi ile 2004 vergi ve sosyal yardım sistemleri üzerine kurulan TR-MOD’un sonuçları hem yoksulluk riski altındaki nüfus hem de nüfusun geneline ilişkin vergi ve sosyal yardım mekanizmalarının özgül niteliklerine işaret etmektedir. Buna ek olarak, son dönemlerde asgari gelir desteğine ilişkin politika tartışmaları reform süreçlerinin ve reformun parametrelerinin dış etmenlerden çok içsel dinamikler tarafından şekillendiğini göstermektedir. COMPARATIVE ANALYSIS OF POVERTY AND INEQUALITY IN TURKEYBurcu Yakut-Çakar AbstractWelfare regimes have been challenged in the last couple of decades and a set of policy reforms were introduced to overcome those risks. The welfare transformations taking place in this regard though varied in comparative contexts, took place in the realm of less mature component of the welfare regime, namely social assistance, in southern Europe where the prevalence of poverty and inequality were substantial-sharing common traits with Turkey. Against this background, this dissertation aims to provide a new framework for comparative discussion of poverty and inequality in Turkey by utilizing two levels of analysis, one at the quantitative and other at the qualitative level with a focus on the social assistance component. The quantitative analysis is based on constructing a national-tax benefit model for Turkey, TR-MOD while utilizing cross-country integrated model EUROMOD for the comparative analysis for southern Europe (Italy, Greece, Spain and Portugal). By focusing on the political economy of the recent policy transformations and debates taking place in the region, qualitative analysis aims to shed some light on the prospective policy agenda in social assistance in Turkey. Based on the 2004 Household Budget Survey Data and 2004 tax-benefit system, results from TR-MOD demonstrate the peculiarities of the tax and benefit systems in Turkey through the distribution of income across deciles of the population and those facing the risk of poverty seperately. In addition to that, debates on minimum schemes in Turkey reflect that parameters of reform are bounded by internal dynamics which dominate over impact of external actors

Adrenokortikal karsinom: Tek merkez deneyimi

Aim: Adrenocortical cancer is a rare type of disease. Prognosis is poor despite cytotoxic chemotherapies. The primary treatment is surgery however postoperative disease relapse is common. The survival is poorer in patients who develop recurrence. Adjuvan treatment may be performed in patients carrying high risk. Cytotoxic chemotherapy is the only treatment option for inoperable and metastatic patients. In our study, we aimed to evaluate our patient outcome in this rarely seen cancer type. Materials and Methods: We retrospectively reviewed medical records of patients with adrenocortical cancer admitted to Ege University Medical Oncology Clinic between 2010 and 2018. Patient demographics, treatment types for adjuvant and metastatic setting and survival data were collected. Results: We identified 11 adrenocortical cancer patients. Median age was 44 (31-69). Three patients were metastatic at initial diagnosis. Five of 8 patients with nonmetastatic disease received adjuvant chemotherapy . The median overall survival (OS) was 30.2 months (%95 CI 7.9-52.4) in whole patient group. The median OS was found to be better in patients who presented with local disease than de novo metastatic setting (median OS 48.5 and 11.3 months respectively, p=0.02). The OS was 48.5 and 9 months respectively in patients who did and did not receive adjuvant treatment, however this finding was not found to be statistically significant. Conclusion: Nonmetastatic adrenocortical tumor patients who received adjuvant chemotherapy was found to have a slightly favorable OS. However present findings may not enlighten the management of this disease without evaluating treatment efficacy of these patients on multicenter, prospective trial study results.Amaç: Adrenokortikal kanserler nadir görülen bir kanser türüdür. Prognozları sitotoksik kemoterapilere rağmen oldukça kötüdür. Primer tedavi cerrahi olup, cerrahi sonrası nüks sıktır. Nüks eden olgularda daha kısa sağkalım izlenmektedir. Cerrahi sonrası adjuvan tedavi yüksek riskli değerlendirilen vakalarda uygulanmaktadır. İnoperabl ya da metastatik hastalarda sitotoksik kemoterapi yapılabilir. Çalışmamızın amacı, nadir görülen bu hastalık grubunda merkez deneyimlerimizi paylaşmaktır. Gereç ve Yöntem: Ege Üniversitesi Tülay Aktaş Onkoloji Hastanesine 2010-2018 yılları arasında adrenokortikal kanser (AKK) tanısı ile başvuran hastaların dosyaları retrospektif olarak incelendi. Hastaların demografik verileri, adjuvan ve metastatik tedavi seçenekleri ve sağkalım süreleri değerlendirildi. Bulgular: AKK tanısı ile bölümümüze başvuran 11 hasta mevcuttu. Hastalarımızın medyan yaşı 44 (31-69) idi. Tanı esnasında 3 hastada metastaz mevcuttu. Metastazı olmayan 8 hastanın 5’inde adjuvan kemoterapi tedavisi uygulanmıştı. Tüm grupta medyan genel sağkalım (OS) 30,2 ay (%95 CI 7,9-52,4) idi. Lokal hastalıkta metastatik hastalığa göre medyan OS istatistiksel olarak anlamlı yüksek bulundu (sırasıyla lokal hastalık medyan OS 48,5, metastatik hastalık medyan OS 11,3; p=0,02). Adjuvan kemoterapi alan ve almayan hastalarda sırasıyla medyan OS 48,5 ve 9 ay olmakla birlikte, hasta kollarının sayısının çok az olması nedeniyle istatistiksel açıdan anlamlı olarak değerlendirilemedi. Sonuç: AKK tanısı ile izlenen hastalarımızda adjuvan tedavi alan hastalarda almayanlara göre daha iyi OS eğilimi görüldü. Mevcut bulgular prospektif çok merkezli çalışmalar ile doğrulanmadıkça tedavi yaklaşımlarını değiştirmeyecektir