A Factor Graph Approach to Automated GO Annotation

As volume of genomic data grows, computational methods become essential for providing a first glimpse onto gene annotations. Automated Gene Ontology (GO) annotation methods based on hierarchical ensemble classification techniques are particularly interesting when interpretability of annotation results is a main concern. In these methods, raw GO-term predictions computed by base binary classifiers are leveraged by checking the consistency of predefined GO relationships. Both formal leveraging strategies, with main focus on annotation precision, and heuristic alternatives, with main focus on scalability issues, have been described in literature. In this contribution, a factor graph approach to the hierarchical ensemble formulation of the automated GO annotation problem is presented. In this formal framework, a core factor graph is first built based on the GO structure and then enriched to take into account the noisy nature of GO-term predictions. Hence, starting from raw GO-term predictions, an iterative message passing algorithm between nodes of the factor graph is used to compute marginal probabilities of target GO-terms. Evaluations on Saccharomyces cerevisiae, Arabidopsis thaliana and Drosophila melanogaster protein sequences from the GO Molecular Function domain showed significant improvements over competing approaches, even when protein sequences were naively characterized by their physicochemical and secondary structure properties or when loose noisy annotation datasets were considered. Based on these promising results and using Arabidopsis thaliana annotation data, we extend our approach to the identification of most promising molecular function annotations for a set of proteins of unknown function in Solanum lycopersicum.Fil: Spetale, Flavio Ezequiel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas. Universidad Nacional de Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; ArgentinaFil: Krsticevic, Flavia Jorgelina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas. Universidad Nacional de Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; ArgentinaFil: Roda, Fernando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas. Universidad Nacional de Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; ArgentinaFil: Bulacio, Pilar Estela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas. Universidad Nacional de Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentin

Implementación de mapa de siembra sobre arquitectura de comunicación ISO 11783

En este trabajo se presenta el dise~no de un mapa de siembra y la implementaci on de una arquitectura de comunicaciones para agricultura de precisi on basado en el est andar ISO 11783. Se describen las etapas de: i) recolecci on de datos provenientes de sensores y GPS en la sembradora, ii) el procesamiento remoto mediante un sistema de gesti on de informaci on y por ultimo, iii) la generaci on y env o del mapa de siembra a la sembradora. La comunicaci on f sica de los componentes intervienientes en el proceso se realiza a trav es de una red CAN.IV Workshop Arquitectura, Redes y Sistemas Operativos (WARSO)Red de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Implementación de mapa de siembra sobre arquitectura de comunicación ISO 11783

En este trabajo se presenta el dise~no de un mapa de siembra y la implementaci on de una arquitectura de comunicaciones para agricultura de precisi on basado en el est andar ISO 11783. Se describen las etapas de: i) recolecci on de datos provenientes de sensores y GPS en la sembradora, ii) el procesamiento remoto mediante un sistema de gesti on de informaci on y por ultimo, iii) la generaci on y env o del mapa de siembra a la sembradora. La comunicaci on f sica de los componentes intervienientes en el proceso se realiza a trav es de una red CAN.IV Workshop Arquitectura, Redes y Sistemas Operativos (WARSO)Red de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Adaptive decision making systems

Given a population of classifiers, we consider the problem of designing highly compact and error adaptive decision making systems. A selection approach based on misclassification diversity and potential cooperation among classifiers is proposed. The compactness constraint allows us the efficient implementation of fuzzy integral combination rules regarding both the interpretability of fuzzy measures and low complexity of fuzzy integral operator. Experimental results show the feasibility of our approach.VI Workshop de Agentes y Sistemas Inteligentes (WASI)Red de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

RACE: Robot Autonómo para Corte de Césped

El rendimiento de robots que deben realizar tareas con tomas de decisión depende fuertemente de la inteligencia agregada a los sistemas de control. En este trabajo se presentan los elementos fundamentales del diseño de RACE, un robot autónomo orientado, pero no limitado, a tareas de cortado de césped. La arquitectura es genérica y modular consistiendo en un módulo de entrada que permite el disparo de acciones; un módulo inteligente que permite el análisis del contexto y la consecuente toma de decisión; y un módulo de salida, que efectiviza la realización de las acciones. El módulo inteligente es el corazón de la arquitectura, escuchando y preguntando al módulo de entrada y accionando en efecto al módulo de salida. La construcción y pruebas del prototipo muestran la consistencia de la propuesta.Presentado en el I Workshop Procesamiento de señales y Sistemas de Tiempo Real (WPSTR)Red de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

isoxml4GeoFIS: complemento de software para generación de mapas de prescripción IS OBUS

La actividad agrícola genera datos heterogéneos que pueden ser procesados y utilizados para la toma de decisión inteligente. Existe una necesidad creciente de contar con herramientas abiertas que faciliten la interoperabilidad de datos geo-referenciados y su procesamiento para la toma de decisión. GeoFIS es una plataforma de código abierto muy potente para la generación inteligente de mapas de prescripción a partir de métodos fuzzy y conocimiento experto. En este trabajo presentamos isoxml4GeoFIS, una herramienta de software de código abierto para la adecuación de mapas de prescripción GeoFIS a ISOXML conforme al estándar ISO 11783. La inclusión de isoxml4GeoFIS como complemento de software en GeoFIS marca el inicio del desarrollo de herramientas de softwares personalizables para el procesamiento de datos agrícolas y la generación de mapas de prescripción ISOBUS.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativ

Arquitectura de comunicación para la digitalización de la agricultura en torno a la maquinaria agrícola

A communication architecture is presented to enable cloud services around agricultural machinery in rural areas with limited connectivity infrastructure. This architecture is made up of three modules named: on-board unit, gateway and cloud service. Which together allow extending the scope of communication coverage, enabling the exchange of data from agricultural machinery to the cloud. The architecture is developed using low-cost hardware and open-source libraries that allow its rapid implementation. The results obtained, in terms of communication latency, indicate that the solution is suitable for monitoring applications in agricultural machinery using ISOBUS.Se presenta una arquitectura de comunicación para habilitar servicios en la nube en torno a la maquinaria agrícola en zonas rurales con infraestructura de conectividad limitada. La arquitectura propuesta se compone de tres módulos, Unidad a bordo, gateway y servicio en la nube, que extienden el alcance de la cobertura de comunicación y permiten el intercambio de datos desde la maquinaria agrícola a la nube. La arquitectura se implementa con hardware de bajo costo y librerías de código abierto que permiten una rápida implementación. Los resultados obtenidos, en términos de latencia de comunicación, indican que la solución es adecuada para aplicaciones de monitoreo en maquinarias agrícola que utilizan ISOBUS

A focus on communication solution in agricultural telemetry systems

Digital agriculture emphasizes the need for the development of telemetry systems that enabling the monitoring of the crops and the agricultural machinery. The key of digital agriculture is connectivity. Unfortunately, long-range connectivity is a limited resource in rural areas. To fill this gap, in this work, a communication solution based on LoRaWAN for telemetry systems is proposed. As proof of concept, an end-to-end telemetry system is implemented. The telemetry system collects data of seeding from ISOBUS agricultural machinery and sends them to a cloud-based service through a LoRaWAN gateway and LoRaWAN network server securely. The telemetry system is implemented considering low-cost and open-source hardware and software technologies available on the national market. The results obtained agree with those expected, showing the viability and scalability of the proposed solution.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativ

RACE: Robot Autonómo para Corte de Césped

El rendimiento de robots que deben realizar tareas con tomas de decisión depende fuertemente de la inteligencia agregada a los sistemas de control. En este trabajo se presentan los elementos fundamentales del diseño de RACE, un robot autónomo orientado, pero no limitado, a tareas de cortado de césped. La arquitectura es genérica y modular consistiendo en un módulo de entrada que permite el disparo de acciones; un módulo inteligente que permite el análisis del contexto y la consecuente toma de decisión; y un módulo de salida, que efectiviza la realización de las acciones. El módulo inteligente es el corazón de la arquitectura, escuchando y preguntando al módulo de entrada y accionando en efecto al módulo de salida. La construcción y pruebas del prototipo muestran la consistencia de la propuesta.Presentado en el I Workshop Procesamiento de señales y Sistemas de Tiempo Real (WPSTR)Red de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI