Prediction of virus-host protein-protein interactions mediated by short linear motifs

Table S4. Supplement information describing the previous files. (Supplement - Prediction of Virus-Host Protein-Protein interactions based on Short Linear Motifs.pdf) available at https://figshare.com/articles/Supplement_-_Prediction_of_Virus-Host_Protein-Protein_interactions_based_on_Short_Linear_Motifs/4667461 . (PDF 166 kb

Las PYMES agroindustriales de Nariño y su aporte en el desarrollo de la región.

En este artículo se presenta las principales características de las PYMES del subsector agroindustrial y su aporte al desarrollo del Departamento de Nariño como factores de generación de crecimiento económico y mejoramiento del bienestar de la población. Se hace referencia a que la competitividad regional crea las condiciones del territorio como un entorno favorable para que las empresas crezcan. Para las PYMES agroindustriales de Nariño se establece que la competitividad regional debe constituir una red de actores, factores y recursos que garanticen una adecuada erritorialidad para propender por el crecimiento económico y el bienestar social. Las PYMES agroindustriales de Nariño realizan escasas acciones en I & D3 de productos, orientación al mercado y al comercio internacional, siendo algunas de las razones que generan su incipiente desarrollo. El estudio, asumió el criterio cuantitativo para aproximarse de forma más adecuada al análisis de la capacidad competitiva de las PYMES del subsector agroindustrial como generadoras del desarrollo del Departamento de Nariño, así mismo la investigación fue de carácter empírica y aplicada, en razón a que persiguió fines de tipo práctico para el Departamento. Considerando el nivel de conocimiento alcanzado, la investigación fue descriptiva y explicativa. De esta manera y a través de encuestas aplicadas a empresarios y expertos, se concluye que las empresas PYMES del subsector agroindustrial carecen de la capacidad competitiva para dinamizar el desarrollo del Departamento de Nariño

Evaluación Automática de Resultados de Aprendizaje como un Nuevo Paradigma en la enseñanza de un Curso de Programación: La ingeniería en la sociedad 5.0

Programming education goes through the transition from the content model to the learning outcomes model and the integration of technology, where automatic assessment tools allow students to support them in practice; This makes learning inclusive by proposing a transversal approach so that the necessary programming skills are achieved. In this sense, this paper presents a strategy that evaluates the source code and analyzes it using software metrics to identify students' learning results in a programming course. A strategy was developed that integrates an automatic source code evaluation tool, which allowed us to identify How an evaluation-based approach supports the learning process, time, and impact in a computer programming course? The results show that the strategy helps the transition from a programming course to a learning outcomes model and reduces the evaluation time without affecting students' grades, compared to the traditional way. Finally, it is essential to highlight that the development of strategies that integrate tools that support the teaching-learning and evaluation process in programming courses has a positive impact on academic training and decision-making, seeking to improve students' weaknesses through the analysis of the outcomes obtained

Relaciones sociales y comunidades en una plataforma virtual para cursos de programación de computadores

Context: To identify the relationship between the students’ academic performance and the metrics ofthe graphs obtained corresponding to the interactions of the users in the Piazza platform.Method: The results obtained corresponding to the interactions between students and teachers in thePiazza platform are studied, carrying out a practical case of social network analysis through computationaltools and definition of metrics.Results: The resulting information is a valuable support for the implementation of strategies in thecontent of a course assisted with virtual platforms, since the social structures that result from the different forms of relationship are identified, which allows mapping or analyzing the relationships between people, cooperation between actors, groups, or communities, among others.Conclusions: The metrics established to evaluate the social networks obtained from the platform allowteachers to determine the participation and interaction between students, identifying different patterns of interaction that define a relationship between the construction of social ties with the students’ academicperformance.Contexto: Identificar la relación entre el desempeño académico de los estudiantes y las métricas de los grafos obtenidos correspondientes a las interacciones de los usuarios en la plataforma Piazza. Método: Se estudian los resultados obtenidos correspondientes a las interacciones entre estudiantes y docentes en la plataforma Piazza, realizando un caso práctico de análisis de redes sociales a través de herramientas computacionales y definición de métricas. Resultados: La información resultante es un valioso apoyo para la implementación de estrategias en los de contenidos de un curso asistido con plataformas virtuales, puesto se identifican las estructuras sociales que resultan de las diferentes formas de relación, lo que permite mapear o analizar las relaciones entre personas, cooperación entre actores, grupos o comunidades, entre otras. Conclusiones: Las métricas establecidas para evaluar las redes sociales obtenidas de la plataforma, permiten a los docentes determinar la participación e interacción entre los estudiantes, identificando diferentes patrones de interacción que determinan una relación entre la construcción de los vínculos sociales con el desempeño académico de los estudiantes

VIGHUB: una Herramienta de Pronóstico Tecnológico basada en Minería de Repositorios de Software

Introduction: Academics, developers, and companies focused on technological development seek to know what exists and what is still missing in this field. One of the ways they use is the review of bibliographic sources (state-of-the art). In this sense, a tool was developed that allows the current state to be identified semi-automatically. Objective: This article proposes a tool that extracts information from repositories hosted on GitHub. It analyzes the data using computational techniques and presents the results through visualizations that identify the field's technological evolution studied through the most used programming languages, central repositories, and organizations. Method: A model based on Mining Software Repositories (MSR) is used, which integrates an architecture based on microservices, using different programming languages, which allowed the construction of the VigHub tool. The model focuses on four aspects: Selection of a topic, extraction of the data source, analysis of information using computational techniques, and finally, the results are communicated through visualizations. Results: The VigHub tool was available online to carry out 3 case studies. The first in the academy, where technologies, programming languages, users, and companies interested in developing VLE's (Virtual Learning Environment) were identified from 2011 to 2021. The second and third were carried out by companies (industrial environment), which stated that using the VigHub tool supports data analysis and valuable results identification. Conclusions: A tool that allows identifying a part of the current state of technology could be a helpful tool for academics, developers, and companies, saving human resources, time, and possible repeated developments---code reuse. The VigHub tool aims to support the construction of state-of-the-art. Its results are complementary to the traditional method.Introducción: Académicos, desarrolladores y empresas enfocadas en el desarrollo tecnológico, buscan conocer lo que ya existe y lo que aún falta en este campo. Una de las formas que utilizan, es realizar revisiones sobre fuentes bibliográficas (estado del arte). En este sentido, se desarrolló una herramienta que permite identificar el estado actual de una tecnología de forma semi-automática. Objetivo: Este artículo propone una herramienta que extrae información de repositorios alojados en GitHub. Analiza los datos utilizando técnicas computacionales y presenta los resultados a través de visualizaciones que identifican la evolución tecnológica del campo estudiado a través de los lenguajes de programación, principales, repositorios y organizaciones. Metodología: Se utiliza un modelo basado en Repositorios de Software de Minería (MSR), el cual integra una arquitectura basada en microservicios utilizando diferentes lenguajes de programación, lo que permitió la construcción de la herramienta VigHub. El modelo se centra en cuatro aspectos: selección de un tema tecnológico, extracción de la fuente de datos, análisis de la información mediante técnicas computacionales y finalmente, se muestran los resultados a través de visualizaciones. Resultados: Se dispuso la herramienta VigHub de manera online para realizar 3 casos de estudio. El primero en la academia, donde se identifico desde el año 2011 al 2021, las tecnologías, los lenguajes de programación, los usuarios y empresas interesadas en el desarrollo de VLE’s (Virtual Learning Environment). El segundo y tercero fueron ejecutados por empresas (ambiente industrial), que afirmaron que el uso de la herramienta VigHub, apoya tanto en el análisis de datos como en la identificación de resultados útiles. Conclusiones: Contar con una herramienta que a partir de una sola consulta permite identificar parte del estado actual de una tecnología, podría ser una herramienta útil para académicos, desarrolladores y empresas, que ahorrarían recursos humanos, tiempo y posibles desarrollos repetidos---reutilización de código. La herramienta VigHub pretende apoyar en la construcción de un estado de arte. Sus resultados son complementarios al método tradicional.

Herramientas usadas para la evaluación formativa automatizada en cursos de programación asistidos por computadora

This study presents the use of tools for verifying the operation of automated feedback as implemented in programming courses. Educational environments offer the experience of summative and formative evaluation of computer programs, which is aimed at students. In this type of tool, students solve a programming task, which is automatically validated in order to generate grades and feedback. Regarding summative evaluation, a numerical or percentage grade is generated on whether the solution of a task is correct. In the case of formative evaluation, information is generated on errors or suggestions to be incorporated to the programs in order to improve learning. The employed tools are UNCode, Ask-Elle, and Nbgrader. In addition, some important remarks are made about some of the tools used for comparing programs and validating differences.Este estudio presenta el despliegue de herramientas para verificación del funcionamiento de la realimentación automatizada implementada en cursos de programación. Los entornos educativos ofrecen la experiencia de evaluación sumativa y formativa de programas informáticos dirigida a estudiantes. En este tipo de herramientas, los estudiantes resuelven una tarea de programación, la cual es validada de manera automática para generar calificaciones y realimentación. Con respecto a la evaluación sumativa, se genera una calificación numérica o porcentual sobre si es correcta o no la solución de una tarea. Para el caso de la evaluación formativa, se genera información sobre los errores o sugerencias a incorporar en los programas con el fin de mejorar el aprendizaje. Las herramientas utilizadas son UNCode, Ask-Elle y Nbgrader. Adicionalmente, se hacen menciones importantes sobre algunas de las herramientas usadas para la comparación de programas y validación de diferencias

Hacia un Análisis de la Eficiencia en Investigación, El Caso de las Universidades Colombianas

The aim of this paper is to study the empirical evidence of common growth patterns in total publications by year and the scaling exponents (β) associated with this growth behavior. Furthermore, research activities seem to show increasing returns to scale, and the research networks related to these knowledge generation activities appear to show economies of scale. This paper discusses whether the behavior of efficiency Colombian university institutions resemble the behavior of living organisms. Thus, the efficiency name as total publications by sizes institution, is associated to the scaling coefficients. In addition, this work provides the building blocks for a quantitative model, in which, the observed scalability emerge from the capacity to attract Ph.D. students or create new links to carried out research activities in networks.Este documento presenta evidencia empírica de patrones comunes en el crecimiento de las publicaciones de las universidades Colombianas. En este sentido las universidades pueden ser vistas como organizaciones en proceso de desarrollo y crecimiento. Los resultados revelan que hay retornos crecientes en el total de publicaciones y economías de escala producidas en las redes de investigación. A la luz de los coeficientes de escalamiento se indaga desde una inspiración biológica, cómo la producción de conocimiento de las universidades es eficiente. Así la eficiencia de las actividades de investigación, en términos del total de publicaciones por tamaño de la institución, está asociada a los coeficientes de escalamiento, donde la escalabilidad observada emerge de la capacidad de las universidades para atraer nuevos estudiantes de doctorado o nuevos vínculos para hacer investigación en red

Hacia un Análisis de la Eficiencia en Investigación, El Caso de las Universidades Colombianas

(Eng) The aim of this paper is to study the empirical evidence of common growth patterns in total publications by year and the scaling exponents (β) associated with this growth behavior. Furthermore, research activities seem to show increasing returns to scale, and the research networks related to these knowledge generation activities appear to show economies of scale. This paper discusses whether the behavior of efficiency Colombian university institutions resemble the behavior of living organisms. Thus, the efficiency name as total publications by sizes institution, is associated to the scaling coefficients. In addition, this work provides the building blocks for a quantitative model, in which, the observed scalability emerge from the capacity to attract Ph.D. students or create new links to carried out research activities in networks.(Spa) Este documento present a evidencia empírica de patrones comunes en el crecimiento de las publicaciones de las universidades Colombianas. En este sentido las universidades pueden ser vistas como organizaciones en proceso de desarrollo y crecimiento . Los resultados revelan que hay retornos crecientes e n el total de publicaciones y economías de escala producidas en las redes de investigación . A la luz de los coeficientes de escalamiento se indaga desde una inspiración biológica, cómo la producción de conocimiento de las universid ades es eficiente. Así la eficiencia de las actividades de investigación, en términos del total de publicaciones por tamaño de la institución, está asociada a los coeficientes de escalamiento, donde la escalabilidad observada emerge de la capacidad de las universidades para atraer nuevos estudiantes de doctorado o nuevos vínculos para hacer investigación en red

Rankings analysis with the Optimized Pareto method.

Rankings compare the performance of organizations. In many cases, rankings provide a good assessment of successful organizations. However, rankings often generate controversy and debate since they support the making decisions. A ranking is a weighted linear combination of indicators, and the weights assigned to each of the indicators can lead to different rank orders. In most cases, rankings are used as a tool to support making decisions, such as resource allocation; therefore, these decisions can be affected by the assignment of such weights. In this article, we analyze the behavior of a ranking and the weights; simulations are used to calculate the change in the order of the equally weighted ranking and of the randomly weighted ranking. In this regard, we present a discussion and ranking design alternatives

Tradução automática de um conjunto de treinamento para extração semântica de relações

Machine translation (MT) is used to obtain annotated corpus of English corpus which can be applicable to different natural language processing (NLP) tasks. Considering that there are more resources or data sets for training NLP models inEnglish language, this paper explores the application of MT to automate NLP tasks inSpanish. Thus, the article describes a dataset for the extraction of generic relations (reACE) and the construction of a semantic extraction model of relations in Spanish (ER), based on the set of samples translated from English to Spanish. The results show that for the MT task it is necessary to implement a corpus preediting process in English to avoid translation and post-editing errors and maintain the original corpus annotations. The ER models in Spanish achieve measures of accuracy, completeness, and F-value comparable to those obtained by the model in the English language, which suggests that machine translation is a useful tool to perform NLP tasks in the Spanish language.La traducción automática (TA) se utiliza para obtener corpus anotados a partir de corpus provenientes del idioma inglés, los cuales pueden ser aplicables a diferentes tareas de procesamiento de lenguaje natural (PLN). Teniendo en cuenta que existen más recursos o conjuntos de datos para entrenamiento de modelos de PLN en idioma inglés, en este trabajo se explora la aplicación de la TA para automatizar tareas de PLN en el idioma español. De esta forma, en el artículo se describe un conjunto dedatos para la extracción de relaciones genéricas (reACE) y la construcción de un modelo extracción semántica de relaciones en español (ER), basado en el conjunto de muestras traducidas del idioma inglés al español. Los resultados muestran que para la tarea de TA es necesario implementar un proceso de preedición del corpus en inglés, con el fin de evitar errores de traducción, posedición y mantener las anotaciones del corpus original. Los modelos ER en español alcanzan medidas de precisión,exhaustividad y valor-F comparables con las obtenidas por el modelo en el lenguaje de inglés, lo que sugiere que la traducción automática es una herramienta útil pararealizar tareas de PLN en el idioma españolLa traduction automatique (TA) est utilisée pour obtenir des corpus annotés à partir de corpus de langue anglaise, qui peuvent être applicables à différents travaux de traitement du langage naturel (NLP). En tenant compte du fait qu'il existe davantage de ressources ou d'ensembles de données pour la formation de modèlesPLN en langue anglaise, cet article explore l'application de la TA pour automatiserles travaux PLN en langue espagnole. Ainsi, l'article décrit un ensemble de donnéespour le prélèvement de relations génériques (reACE) et la construction d'un modèle de prélèvement de relations sémantiques en espagnol (ER), basé sur l'ensemble des échantillons traduits de l'anglais à l'espagnol. Les résultats montrent que pour le travail de TA, il est nécessaire de mettre en oeuvre un processus de pré-édition du corpus anglais, afin d'éviter les erreurs post-édition de traduction et de garder les annotations du corpus original. Les modèles ER en espagnol atteignent des mesuresde précision, de complétude et de valeur F comparables à celles obtenues par le modèle en langue anglaise, ce qui suggère que la traduction automatique est un outilutile pour accomplir des travaux PLN en langue espagnole.A tradução automática (TA) é usada para obter corpus anotados partindo de corpus da língua inglesa, que podem ser aplicáveis a diferentes tarefas de processamento de linguagem natural (PLN). Levando em conta que existem mais recursos ou conjuntos de dados para treinamento de modelos PLN em inglês, este artigo explora a aplicação da TA para automatizar tarefas PLN em espanhol. Desta forma, o artigo descreve um conjunto de dados para extração de relações genéricas (reACE) e a construção de um modelo de extração semântica de relações em espanhol(ER), baseado no conjunto de amostras traduzidas do inglês para o espanhol. Osresultados mostram que para a tarefa de TA é necessário implementar um processode pré-edição do corpus em inglês, a fim de evitar erros de tradução e pós-ediçãoe manter as anotações do corpus original. Os modelos ER em espanhol alcançammedidas de acurácia, completude e valor F comparáveis às obtidas pelo modelo nalíngua inglesa, o que sugere que a tradução automática é uma ferramenta útil pararealizar tarefas de PLN na língua espanhola