McGenus: A Monte Carlo algorithm to predict RNA secondary structures with pseudoknots

We present McGenus, an algorithm to predict RNA secondary structures with pseudoknots. The method is based on a classification of RNA structures according to their topological genus. McGenus can treat sequences of up to 1000 bases and performs an advanced stochastic search of their minimum free energy structure allowing for non trivial pseudoknot topologies. Specifically, McGenus employs a multiple Markov chain scheme for minimizing a general scoring function which includes not only free energy contributions for pair stacking, loop penalties, etc. but also a phenomenological penalty for the genus of the pairing graph. The good performance of the stochastic search strategy was successfully validated against TT2NE which uses the same free energy parametrization and performs exhaustive or partially exhaustive structure search, albeit for much shorter sequences (up to 200 bases). Next, the method was applied to other RNA sets, including an extensive tmRNA database, yielding results that are competitive with existing algorithms. Finally, it is shown that McGenus highlights possible limitations in the free energy scoring function. The algorithm is available as a web-server at http://ipht.cea.fr/rna/mcgenus.php .Comment: 6 pages, 1 figur

TT2NE: A novel algorithm to predict RNA secondary structures with pseudoknots

We present TT2NE, a new algorithm to predict RNA secondary structures with pseudoknots. The method is based on a classification of RNA structures according to their topological genus. TT2NE guarantees to find the minimum free energy structure irrespectively of pseudoknot topology. This unique proficiency is obtained at the expense of the maximum length of sequence that can be treated but comparison with state-of-the-art algorithms shows that TT2NE is a very powerful tool within its limits. Analysis of TT2NE's wrong predictions sheds light on the need to study how sterical constraints limit the range of pseudoknotted structures that can be formed from a given sequence. An implementation of TT2NE on a public server can be found at http://ipht.cea.fr/rna/tt2ne.php

Sistematización del proceso participativo para la creación de la política de innovación en la UNED

Las universidades, como organizaciones sociales requieren transitar en un proceso de transformación que les permita repensar su quehacer y, alcanzar una mayor cercanía a las comunidades educativas, por medio del trabajo en sus áreas sustantivas. La innovación, se constituye en este contexto, en un acicate para la educación superior; que invoca cambio y transformación profunda en lo que hace y en las formas, procesos y herramientas que emplea para lograrlo. Esta concepción de innovación va más allá de lo que se considera en estos días y en diferentes contextos, reducida al uso intensivo de las tecnologías de la información y comunicación. La necesidad de sistematizar y generar conocimiento que permitiera comprender y fortalecer las capacidades innovadoras en la UNED, propició que un grupo interdisciplinario, conformado por decisión abierta e individual de sus integrantes y, con representación de las distintas Vicerrectorías de la universidad, se organizara y conformara el Nodo de Innovación. Este grupo asumió la tarea de investigar el quehacer innovador de la institución y el estudio de distintos marcos de referencia teórico-conceptuales sobre la innovación y la organización para ofrecer a las autoridades universitarias y la comunidad educativa en general, un diseño de sistema de innovación particular orientado a la UNED; sustentado en la aprobación de una política institucional y su respectivo plan de implementación. Esta ponencia explica la sistematización diseñada especialmente por el Nodo de Innovación, en la definición de esa propuesta de la política de innovación como sistema y que desde el mes de julio del 2017, se encuentra en discusión dentro de dos comisiones del Consejo Universitario, con la intención de ser llevada y aprobada al seno del plenario de ese órgano político colegiado

Tours et détours en bibliothèque. Carnet de voyage

Une bibliothèque pour faire quoi ? 19 écrivains et 1 plasticienne répondent, à leur manière – pour faire un tour, pour regarder un film, pour donner RDV, pour se mettre au chaud, pour lire, pour mettre le feu, pour parler de Flaubert, pour photographier le chantier, pour faire le ménage, pour être seul avec d'autres, pour travailler, pour dormir... Dans des styles différents, entre récits, nouvelles ou témoignages, les auteurs ont composé un portrait à multiples facettes de ce lieu public, et de ses passagers. Leurs textes reflètent aussi les grandes tendances de la littérature contemporaine, tournés pour certains vers le politique ou le social, pour d'autres vers le poétique ou le biographique. De son côté, en photographe, Aurélie Pétrel donne un ancrage visuel à ce Carnet de voyage

Estrategias lúdicas para el desarrollo del razonamiento lógico matemático.

"Los juegos durante cientos de generaciones han constituido la base de educación del hombre espontanea, permitiendo la transmisión de las normas de convivencias social, mejorar las tradiciones y el desarrollo de la capacidad creadora. Esto propiciara la camarería, el interés, el gusto por las matemáticas ya que el juego estimula y fomenta a que el estudiante sea más creativo. Luego de un arduo trabajo de investigación en la escuela de niña Nº 13 Manuela Cañizares hemos detectado que una gran cantidad de alumnas tienen problema en el desarrollo del razonamiento lógico en el área de matemática, lo cual nos vimos en la necesidad de buscar soluciones. Llegando a la conclusión que si aplicamos las estrategias lúdicas dejamos a un lado la educación tradicionalista con eso rompemos el esquema y formamos un nuevo paradigma. Es importante, que la elección de las estrategias lúdicas dejamos a un lado la educación tradicionalista con eso rompemos el esquema y formamos un nuevo paradigma. Es importante, que la elección de las estrategias lúdicas siga bajo criterios realista y de forma equilibrada, en el sentido de que sea positiva no solo para las alumnas que en un momento u otro experimenta dificultades para aprender, sino para la globalidad del grupo de clase. En nuestro proyecto se habla de elegir diversas alternativas como el de enseñar a los estudiantes a tomar decisiones ante problema que puedan surgir en su vida. Garantizar la posibilidad de la adquisición de una experiencia práctica del razonamiento, ya que el proyecto despierte el interés hacia la asignatura permitiendo comprobar el nivel de conocimiento alcanzado. Por medio de la guía elaborada por los investigadores, nos permitirá ayudar a las estudiantes a desarrollar habilidades, consolidar sus conocimientos y fortalecer los valores. Ya que el juego didáctico permitirá el perfeccionamiento de las capacidades de los estudiantes en el desarrollo de la capacidad de análisis. Por eso es necesario que se aplique las estrategias lúdicas para el éxito académico del educando.

Hydrogen sulphide-induced hypometabolism in human-sized porcine kidneys

Background Since the start of organ transplantation, hypothermia-forced hypometabolism has been the cornerstone in organ preservation. Cold preservation showed to protect against ischemia, although post-transplant injury still occurs and further improvement in preservation techniques is needed. We hypothesize that hydrogen sulphide can be used as such a new preservation method, by inducing a reversible hypometabolic state in human sized kidneys during normothermic machine perfusion. Methods Porcine kidneys were connected to an ex-vivo isolated, oxygen supplemented, normothermic blood perfusion set-up. Experimental kidneys (n = 5) received a 85mg NaHS infusion of 100 ppm and were compared to controls (n = 5). As a reflection of the cellular metabolism, oxygen consumption, mitochondrial activity and tissue ATP levels were measured. Kidney function was assessed by creatinine clearance and fractional excretion of sodium. To rule out potential structural and functional deterioration, kidneys were studied for biochemical markers and histology. Results Hydrogen sulphide strongly decreased oxygen consumption by 61%, which was associated with a marked decrease in mitochondrial activity/function, without directly affecting ATP levels. Renal biological markers, renal function and histology did not change after hydrogen sulphide treatment. Conclusion In conclusion, we showed that hydrogen sulphide can induce a controllable hypometabolic state in a human sized organ, without damaging the organ itself and could thereby be a promising therapeutic alternative for cold preservation under normothermic conditions in renal transplantation

Tours et détours en bibliothèque. Carnet de voyage

Une bibliothèque pour faire quoi ? 19 écrivains et 1 plasticienne répondent, à leur manière – pour faire un tour, pour regarder un film, pour donner RDV, pour se mettre au chaud, pour lire, pour mettre le feu, pour parler de Flaubert, pour photographier le chantier, pour faire le ménage, pour être seul avec d\u27autres, pour travailler, pour dormir... Dans des styles différents, entre récits, nouvelles ou témoignages, les auteurs ont composé un portrait à multiples facettes de ce lieu public, et de ses passagers. Leurs textes reflètent aussi les grandes tendances de la littérature contemporaine, tournés pour certains vers le politique ou le social, pour d\u27autres vers le poétique ou le biographique. De son côté, en photographe, Aurélie Pétrel donne un ancrage visuel à ce Carnet de voyage