67 research outputs found

    Identification of genetic variants associated with Huntington's disease progression: a genome-wide association study

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    Background Huntington's disease is caused by a CAG repeat expansion in the huntingtin gene, HTT. Age at onset has been used as a quantitative phenotype in genetic analysis looking for Huntington's disease modifiers, but is hard to define and not always available. Therefore, we aimed to generate a novel measure of disease progression and to identify genetic markers associated with this progression measure. Methods We generated a progression score on the basis of principal component analysis of prospectively acquired longitudinal changes in motor, cognitive, and imaging measures in the 218 indivduals in the TRACK-HD cohort of Huntington's disease gene mutation carriers (data collected 2008–11). We generated a parallel progression score using data from 1773 previously genotyped participants from the European Huntington's Disease Network REGISTRY study of Huntington's disease mutation carriers (data collected 2003–13). We did a genome-wide association analyses in terms of progression for 216 TRACK-HD participants and 1773 REGISTRY participants, then a meta-analysis of these results was undertaken. Findings Longitudinal motor, cognitive, and imaging scores were correlated with each other in TRACK-HD participants, justifying use of a single, cross-domain measure of disease progression in both studies. The TRACK-HD and REGISTRY progression measures were correlated with each other (r=0·674), and with age at onset (TRACK-HD, r=0·315; REGISTRY, r=0·234). The meta-analysis of progression in TRACK-HD and REGISTRY gave a genome-wide significant signal (p=1·12 × 10−10) on chromosome 5 spanning three genes: MSH3, DHFR, and MTRNR2L2. The genes in this locus were associated with progression in TRACK-HD (MSH3 p=2·94 × 10−8 DHFR p=8·37 × 10−7 MTRNR2L2 p=2·15 × 10−9) and to a lesser extent in REGISTRY (MSH3 p=9·36 × 10−4 DHFR p=8·45 × 10−4 MTRNR2L2 p=1·20 × 10−3). The lead single nucleotide polymorphism (SNP) in TRACK-HD (rs557874766) was genome-wide significant in the meta-analysis (p=1·58 × 10−8), and encodes an aminoacid change (Pro67Ala) in MSH3. In TRACK-HD, each copy of the minor allele at this SNP was associated with a 0·4 units per year (95% CI 0·16–0·66) reduction in the rate of change of the Unified Huntington's Disease Rating Scale (UHDRS) Total Motor Score, and a reduction of 0·12 units per year (95% CI 0·06–0·18) in the rate of change of UHDRS Total Functional Capacity score. These associations remained significant after adjusting for age of onset. Interpretation The multidomain progression measure in TRACK-HD was associated with a functional variant that was genome-wide significant in our meta-analysis. The association in only 216 participants implies that the progression measure is a sensitive reflection of disease burden, that the effect size at this locus is large, or both. Knockout of Msh3 reduces somatic expansion in Huntington's disease mouse models, suggesting this mechanism as an area for future therapeutic investigation

    Breeding biology of a natural population of hybrid partridges (Alectoris graeca saxatilis × Alectoris rufa rufa) in Southern French Alps

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    La biologie de reproduction des Perdrix rochassières, hybrides naturels entre la Bartavelle Alectoris graeca saxatilis et la Perdrix rouge Alecdoris rufa rufa, a pu être étudiée de 1985 à 1988 grâce au suivi par radiopistage de 35 perdrix dans un biotope ouvert de moyenne montagne (1200-1850 m) situé dans les Alpes françaises du sud. Les couples se forment progressivement à partir de mi-mars et, dans la plupart des cas, entre individus de même classe d'âge. Chez les oiseaux d'âge subadulte, le recrutement pour la reproduction diffère selon le sexe : il est total pour les femelles mais partiel pour les mâles. Ce n'est qu'à l'âge adulte que les oiseaux deviennent fidèles à leur territoire de reproduction, ce qui suggère un contrôle de la répartition spatiale des territoires par les adultes. Les liens sociaux établis entre partenaires ont été fréquemment remis en question soit par la mort de l'un d'eux, soit à la suite d'un changement de partenaire, ce qui a été observé pour 3 femelles subadultes. Le comportement de double nidification des femelles et de couvaison de l'un des deux nids par le mâle a été observé pour 5 couples (4 composés de deux adultes et 1 de deux subadultes), mais la proportion de femelles dans la population réalisant la double ponte n'est pas connue. La première ponte est déposée près du centre du territoire de précouvaison tandis que la seconde est plutôt située à sa périphérie. Le mâle couve toujours la première ponte et conduit les poussins pendant quelque temps avant de les confier à la femelle qui s'occupe alors des poussins des deux nids. Dans certaines circonstances, le mâle peut assurer seul l'élevage des poussins jusqu'à l'automne. Alors que mâle et femelle restent ensemble pendant toute la durée des pontes, leurs déplacements deviennent indépendants à partir de la couvaison, que le mâle incube ou non une ponte. La période de nidification, de la formation des couples jusqu'à l'éclosion se situe de fin mars à fin juin ou fin juillet selon la date plus ou moins précoce de formation du couple et le nombre de pontes. La chronologie de la reproduction varie aussi d'un couple à l'autre selon les événements qui interviennent sur le déroulement du cycle reproducteur (changement ou mort d'un partenaire, destruction d'une ponte). De ce fait, la période des éclosions s'étale de fin juin à début août. Des conditions météorologiques printanières défavorables peuvent retarder le début de la couvaison. Les pontes, très bien dissimulées, sont déposées le plus souvent dans un buisson ou sous le couvert d'un rocher. Le nombre moyen d'oeufs par nid est de 11,3. La réussite moyenne des nids pendant la couvaison, égale à 57 %, recouvre d'importantes différences interannuelles. Le taux d'éclosion des oeufs est de 75 % . Le taux de survie des poussins est de 46 % de l'éclosion à 1 mois et de 82 % de 1 à 2 mois. Le nombre de jeunes produits par adulte, calculé à partir des paramètres démographiques obtenus par radiopistage, s'élève à 1,8 à la mi-août, valeur proche de l'estimation qui a été faite indépendamment par des comptages à la même époque. Cette première étude de la stratégie reproductive de la Perdrix rochassière révèle un investissement considérable des femelles pour la ponte. Cette forte fécondité permet de compenser le faible taux de survie annuel mis en évidence dans un précédent travai

    Démographie comparée d’une population de perdrix bartavelle (Alectoris graeca saxatilis) et d’une population d’hybrides (A. g. saxatilis x A. rufa rufa) dans les Alpes-Maritimes

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    The demography of two partridge populations was compared during 4 years in southern French Alps : a population of Rock partridge Alectoris graeca saxatilis living at high elevations and a population of hybrids between Rock partridge and Red-legged Partrige A. rufa rufa inhabiting middle elevations. Spring densities and reproductive success were higher in the hybrid population. Survival rates were estimated for chicks and older birds from telemetry data collected in the hybrid population. Raptor predation was the major cause of death throughout the year, but during winter mammalian predation and starvation also occured. Starvation, provoked by deep snow, contributed to the low survival rate recorded from November to April (34 %). Radio-telemetry was useful in studying the recruitment of young males to the breeding segment of the population, the double nesting of certain hybrid females, and the incubation by the hybrid male of one of the two clutches. Counts in May and August and radio-tracking must be continued at least for two additional years to confirm these preliminary results. Moreover rock partridges should also be radio-tracked at high elevation to study their behavior, reproductive success and survival, and to compare the dynamics of hybrid and non-hybrid populations.Bernard-Laurent Ariane. Démographie comparée d’une population de perdrix bartavelle (Alectoris graeca saxatilis) et d’une population d’hybrides (A. g. saxatilis x A. rufa rufa) dans les Alpes-Maritimes . In: Revue d'Écologie. Supplément n°4, 1987. pp. 189-197

    The autumn diet of the rock partridge Alectoris graeca saxatilis in the southern sector of the French Alps

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    The autumn diet of the Rock partridge Alectoris graeca saxatilis in the southern sector of the French Alps (Alpes-Maritimes) is described, based on 114 crop contents collected between 1981 and 1983. Seventy five per cent, dry weight, of the crop contents were made up of vegetable food, including green plant parts, dry fruits and seeds. Animal prey, mostly Orthoptera (Caelifera and Ensifera) , made up ca 25 per cent of the diet. Juvenile partridges, however, ate more animal food than adults. The rock partridge's diet varied from one year to the next, apparently depending on the amount of rainfall in autumn which influences the availability of food. Altitude also plays a role ; the diet was more varied at middle elevations (1 000-1 900 m) than higher up (1 900-2600 m), reflecting the higher plant species richness at middle altitudes. The possibility that rock partridges deliberately select in autumn dry fruits, seeds and (at higher elevation) animal prey, rather than fresh plants parts, is discusse

    Biologie de reproduction d’une population de Perdrix rochassière Alectoris graeca saxatilis x Alectoris rufa rufa dans les Alpes méridionales

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    The breeding biology of a population of natural hybrids between the Rock partridge Alectoris graeca saxatilis and the Red-legged partridge Alectoris rufa rufa was studied by the radio-tracking of 35 birds, in open shrublands, at 1 200 to 1 850 m of elevation, in southern French Alps. Pairs formed gradually from mid-March, and most were composed of birds of the same age class. Recruitment of yearlings into the breeding segment of the population varied with sex : all females, but only a fraction of the males, bred the first year. Males established permanent territories at the beginning of their second breeding season, suggesting that adult males controlled the spatial distribution of territories. Pair bond breakage occurred frequently, either by death of a mate or by divorce (3 yearling females changed mates). Double-clutches laid by hens, and incubation of one of the clutches by the male, were observed for 5 pairs (4 pairs of adult birds and 1 pair of yearlings), but the proportion of females in the population attempting 2 clutches remained unknown. First nests were found within the pre-laying range of the pair, but second nests were located near its borders. The male always incubated the first clutch and accompanied chicks a few days before leaving them to the hen, which alone reared the broods of the 2 nests. In some instances, the male reared the chicks alone until autumn. While both partners of a pair remained together during laying, they began to become more independent of each other at the onset of incubation, whether the male did incubate the clutch or not. The nesting period, from pair formation to hatching, extended from the end of March to that of June (or even to the end of July), depending on the date of pair formation and the number of clutches. The nesting chronology varied between pairs, depending on the unforeseen events occurring during the breeding cycle (death or change of mate, and destruction of clutch). Consequently, the hatching period lasted from the end of June to early August. Bad weather conditions during spring delayed the onset of incubation. Nests were very well concealed, in a bush or under a rock. Clutch size averaged 11,3 eggs. Nest survival during incubation averaged 57 % and varied between years. Hatchability of eggs was 75 %. Survival rate of chicks was 46 % from hatching to 1 month of age, and 82 % from 1 to 2 months of age. The index of reproductive success, (i.e. the number of juveniles per adult), calculated from demographic parameters based on telemetry data, was 1,8 at mid-August. This value was similar to the independent estimate obtained from counts of birds with dogs in early August The reproductive strategy of hybrid partridges is one of considerable investment by hens in egg laying. This high fecundity might compensate for the low annual survival rate of adults.La biologie de reproduction des Perdrix rochassières, hybrides naturels entre la Bartavelle Alectoris graeca saxatilis et la Perdrix rouge Alectoris rufa rufa, a pu être étudiée de 1985 à 1988 grâce au suivi par radiopistage de 35 perdrix dans un biotope ouvert de moyenne montagne (1 200-1 850 m) situé dans les Alpes françaises du sud. Les couples se forment progressivement à partir de mi-mars et, dans la plupart des cas, entre individus de même classe d’âge. Chez les oiseaux d’âge subadulte, le recrutement pour la reproduction diffère selon le sexe : il est total pour les femelles mais partiel pour les mâles. Ce n’est qu’à l’âge adulte que les oiseaux deviennent fidèles à leur territoire de reproduction, ce qui suggère un contrôle de la répartition spatiale des territoires par les adultes. Les liens sociaux établis entre partenaires ont été fréquemment remis en question soit par la mort de l’un d’eux, soit à la suite d’un changement de partenaire, ce qui a été observé pour 3 femelles subadultes. Le comportement de double nidification des femelles et de couvaison de l’un des deux nids par le mâle a été observé pour 5 couples (4 composés de deux adultes et 1 de deux subadultes), mais la proportion de femelles dans la population réalisant la double ponte n’est pas connue. La première ponte est déposée près du centre du territoire de précouvaison tandis que la seconde est plutôt située à sa périphérie. Le mâle couve toujours la première ponte et conduit les poussins pendant quelque temps avant de les confier à la femelle qui s’occupe alors des poussins des deux nids. Dans certaines circonstances, le mâle peut assurer seul l’élevage des poussins jusqu’à l’automne. Alors que mâle et femelle restent ensemble pendant toute la durée des pontes, leurs déplacements deviennent indépendants à partir de la couvaison, que le mâle incube ou non une ponte. La période de nidification, de la formation des couples jusqu’à l’éclosion se situe de fin mars à fin juin ou fin juillet selon la date plus ou moins précoce de formation du couple et le nombre de pontes. La chronologie de la reproduction varie aussi d’un couple à l’autre selon les événements qui interviennent sur le déroulement du cycle reproducteur (changement ou mort d’un partenaire, destruction d’une ponte). De ce fait, la période des éclosions s’étale de fin juin à début août. Des conditions météorologiques printanières défavorables peuvent retarder le début de la couvaison. Les pontes, très bien dissimulées, sont déposées le plus souvent dans un buisson ou sous le couvert d’un rocher. Le nombre moyen d’œufs par nid est de 11,3. La réussite moyenne des nids pendant la couvaison, égale à 57 %, recouvre d’importantes différences interannuelles. Le taux d’éclosion des œufs est de 75 %. Le taux de survie des poussins est de 46 % de l’éclosion à 1 mois et de 82 % de 1 à 2 mois. Le nombre de jeunes produits par adulte, calculé à partir des paramètres démographiques obtenus par radiopistage, s’élève à 1,8 à la mi-août, valeur proche de l’estimation qui a été faite indépendamment par des comptages à la même époque. Cette première étude de la stratégie reproductive de la Perdrix rochassière révèle un investissement considérable des femelles pour la ponte. Cette forte fécondité permet de compenser le faible taux de survie annuel mis en évidence dans un précédent travail.Bernard-Laurent Ariane. Biologie de reproduction d’une population de Perdrix rochassière Alectoris graeca saxatilis x Alectoris rufa rufa dans les Alpes méridionales. In: Revue d'Écologie (La Terre et La Vie), tome 45, n°4, 1990. pp. 321-344

    Régime alimentaire automnal de la Perdrix bartavelle, Alectoris graeca saxatilis, dans les Alpes-Maritimes

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    The autumn diet of the Rock partridge Alectoris graeca saxatilis in the southern sector of the French Alps (Alpes-Maritimes) is described, based on 114 crop contents collected between 1981 and 1983. Seventy five per cent, dry weight, of the crop contents were made up of vegetable food, including green plant parts, dry fruits and seeds. Animal prey, mostly Orthoptera (Caelifera and Ensifera), made up ca 25 per cent of the diet. Juvenile partridges, however, ate more animal food than adults. The rock partridge’s diet varied from one year to the next, apparently depending on the amount of rainfall in autumn which influences the availability of food. Altitude also plays a role ; the diet was more varied at middle elevations (1000-1900 m) than higher up (1900-2600 m), reflecting the higher plant species richness at middle altitudes. The possibility that rock partridges deliberately select in autumn dry fruits, seeds and (at higher elevation) animal prey, rather than fresh plants parts, is discussed.Bernard-Laurent Ariane. Régime alimentaire automnal de la Perdrix bartavelle, Alectoris graeca saxatilis, dans les Alpes-Maritimes. In: Revue d'Écologie (La Terre et La Vie), tome 41, n°1, 1986. pp. 39-57

    Étude des signatures vocales des cris d'appel des perdrix rouges, bartavelles et de leurs hybrides

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    Red-legged (Alectoris rufa) and rock (A. graeca) partridges are two species belonging to the same genus, which hybridise at a contact zone located in the southern Alps. Hybrids are viable and fertile. Male rally calls (implicated in species isolation mechanisms) of the two species and their F1 hybrids were analysed and compared. Three temporal and frequency parameters were studied. Of all parameters studied, principal components analysis revealed that male rock partridge signals present a reduced stereotypy compared to those of the male red-legged partridge. It also indicated that the frequency of the maximum amplitude and the frequency band containing 80 % of the energy are the factors that differ the most between the two species. F1 hybrid males present an intermediate profile. These results are discussed in terms of species barrier problems within the Alectoris lineage.Les perdrix rouges (Alectoris rufa) et bartavelles (A. graeca) sont deux espèces du même genre qui s'hybrident au niveau d'une zone de contact située dans les Alpes du Sud. Les hybrides sont viables et fertiles. Les cris d'appel des mâles (impliqués dans les mécanismes d'isolement spécifique) des deux espèces et de leur hybrides F1 ont été analysés et comparés. Trois paramètres temporels et fréquentiels ont été étudiés. Tous paramètres confondus, l'analyse en composantes principales révèle que les signaux des mâles bartavelles présentent une moins grande stéréotypie que ceux des mâles rouges. Elle révèle également que la fréquence de plus forte amplitude et la bande passante comprenant 80 % de l'énergie sont les paramètres qui diffèrent le plus entre les deux espèces. Les mâles hybrides F1 présentent un profil intermédiaire. Ces résultats sont discutés en regard des problèmes de barrière spécifique à l'intérieur de la lignée Alectoris

    Contrasted impacts of weather conditions in species sensitive to both survival and fecundity: A montane bird case study

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    Abstract There is growing evidence that the Earth's climate is undergoing profound changes that are affecting biodiversity worldwide. This gives rise to the pressing need to develop robust predictions on how species will respond in order to inform conservation strategies and allow managers to adapt mitigation measures accordingly. While predictions have begun to emerge on how species at the extremes of the so‐called slow‐fast continuum might respond to climate change, empirical studies for species for which all demographic traits contribute relatively equally to population dynamics are lacking. Yet, climate change is expected to strongly affect them throughout their entire lifecycle. We built a 21‐year integrated population model to characterize the population dynamics of the rock partridge ( Alectoris graeca ) in France, and tested the influence of nine weather covariates on demographic parameters. As predicted, both annual survival and breeding success were affected by weather covariates. Thick snow cover during winter was associated with low survival and small brood size the following breeding season. Brood size was higher with intermediate winter temperatures and snowmelt timing, positively correlated to breeding period temperature, but negatively correlated to temperature during the coldest fortnight and precipitation during the breeding period. Survival was positively correlated to winter temperature, but negatively to breeding period precipitation. Large‐scale indices indicated that cold and wet winters were associated with small brood size the following breeding season but with high survival. Expected changes of weather conditions due to climate change are likely to impact demographic traits of the rock partridge both positively and negatively depending on the traits and on the affected weather variables. Future population dynamics will thus depend on the magnitude of these different impacts. Our study illustrates the difficulty to make strong predictions about how species with a population dynamic influenced by both survival and fecundity will respond to climate change

    Le brûlage dirigé dans le Mercantour : savoirs pratiques, relations sociales et processus de décision

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    Après son institutionnalisation pour répondre au risque d'incendie lié à la déprise rurale, le brûlage dirigé est aujourd'hui requalifié comme technique d'ouverture du milieu, pour favoriser les activités pastorales et la biodiversité. Une enquête, réalisée dans le Mercantour en 2004-2005, met en évidence les spécificités de cette pratique dans chacun des deux départements du massif, les conditions de l'émergence d'un consensus entre praticiens de l'environnement et l'importance, pour la résolution d'un conflit local, des savoirs sociaux et relationnels et des rapports de force politiques à différentes échelles. Les auteurs, une sociologue utilisant la méthode ethnographique et une biologiste, préconisent des dispositifs de recherche interdisciplinaire pour étudier les objets de l'écologie et, dans le cas présenté ici, pour promouvoir une vision synthétique des zones susceptibles d'être réouvertes à l'échelle du massif du Mercantour
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