Connectivity between natural populations of the sea urchin Echinometra lucunter lucunter (Echinodermata: Echinoidea: Echinometridae) throughout the Caribbean region

Uno de los requerimientos básicos para el manejo y la conservación de las especies es la correcta definición de sus poblaciones, es decir, cuántas poblaciones puede haber en un área particular y cómo se conectan entre sí. Esto se puede lograr de manera más efectiva utilizando enfoques genéticos en las poblaciones a estudiar de una especie objeto para determinar la conectividad (flujo de genes) entre sitios de interés (por ejemplo, áreas marinas protegidas, áreas de pesca). En la provincia marina del Caribe, se han propuesto cuatro regiones de conectividad basados en complejos modelos hidrodinámicos de corrientes y datos genéticos especialmente de estudios de peces arrecifales del Caribe: Caribe Oriental, Caribe occidental, Bahamas y Panamá-Colombia. La dispersión es extensa dentro de las regiones, pero se desconoce la dispersión a lo largo de los bordes de esas regiones. Los esfuerzos para definir la conectividad marina y la estructura genética entre poblaciones se han centrado abrumadoramente en corales, esponjas y poblaciones de peces. En otros taxa marinos bien representados para el Caribe, faltan datos sobre la estructura genética de sus poblaciones y el flujo de genes. El erizo de mar Echinometra lucunter lucunter fue seleccionado como modelo para este estudio, principalmente debido a su amplia distribución en todo el Gran Caribe y sus características biológicas y ecológicas. El objetivo principal de esta investigación fue postular conexiones a nivel genético entre poblaciones naturales de invertebrados marinos a través de la región del Caribe con base en la especie modelo escogida, detectando si las discontinuidades marinas que se han identificado para otros taxa afectan esa conectividad, actuando como barreras para el flujo genético. Con este preámbulo, se buscó responder las siguientes preguntas utilizando microsatélites como marcadores moleculares: 1) ¿Cómo es la estructura genética de Echinometra lucunter lucunter a través del Mar Caribe? y 2) ¿Existe alguna influencia de discontinuidades marinas previamente detectadas a otros taxa en la conectividad entre poblaciones naturales de Echinometra lucunter lucunter?. Para alcanzar los objetivos, se diseñaron 26 microsatélites específicos para la especie basados en técnicas de secuenciación (NGS); diez de ellos se utilizaron para detectar la estructura genética de las poblaciones de E. lucunter lucunter a través del área, con base en varios índices genéticos y paquetes estadísticos. Los resultados mostraron en todos los loci y en todas las localidades, una heterocigosidad observada inferior a la esperada, mostrando un alto déficit de heterocigosidad reflejado por la desviación significativa del equilibrio de Hardy-Weingberg y los valores altos y positivos del coeficiente de endogamia (FIS) en todas las poblaciones y en todos los sitios. Hay varias razones discutidas por varios autores que podrían explicar potencialmente este comportamiento: 1). La variedad de opciones de apareamiento ligado al reconocimiento de proteínas de gametos, 2) la presencia de grupos de reproducción espacial vinculados a la estocasticidad en el éxito reproductivo, 3) parches en la distribución de gametos y 4) la dispersión colectiva de larvas genéticamente relacionadas en el plancton. Los sitios dentro del mar Caribe escogidos para este estudio muestran una clara evidencia de estructuración y flujo genético para E. lucunter lucunter a lo largo del Mar Caribe. Es evidente la presencia de tres grupos genéticamente distintos, uno con las estaciones del mar Caribe colombiano (con diferencias significativas entre los sitios), un segundo grupo con las estaciones de Venezuela y Belice y un tercer grupo con la estación de Puerto Rico. La estructuración y el flujo genético evidenciado entre las poblaciones de E. lucunter lucunter aparentemente están relacionados con las discontinuidades marinas encontradas, tales como la influencia de factores físicos (como, por ejemplo, las corrientes marinas y las rupturas geomorfológicas), así como las características biológicas de la especie, los cuales también han sido detectados en otros taxa marinos estudiados en el Caribe. Con los resultados de esta investigación, se demuestra la influencia de discontinuidades (corrientes marinas y rompimientos geomorfológicos) en el comportamiento de la etapa larval de Echinometra lucunter lucunter, evidenciado con los mosaicos espaciales heterogéneos de dispersión marina de la especie a través del mar Caribe colombiano frente al escenario homogéneo que se muestra en la conexión genética a través del Mar Caribe Occidental. Los resultados de este trabajo tienen implicaciones importantes para la aplicación de estrategias de conservación y manejo de áreas marinas protegidas, y pueden generar aportes importantes para investigadores y tomadores de decisiones.One of the basic requirements for the management and conservation of species is the correct definition of their population structure, meaning, how many populations may be in a particular area and how they connect with each other. This can be achieved more effectively using genetic approaches to determine the connectivity (gene flow) between the sites of interest (e.g. marine protected areas, fishing areas). In the Caribbean marine province, four connectivity regions have been proposed based on complex hydrodynamic current models and genetic data from fish studies especially from the Eastern Caribbean, Western Caribbean, Bahamas and Panama–Colombia. Dispersal is extensive within regions, but dispersal across their boundaries is unknown. Efforts to define the marine connectivity and the genetic structure among populations have been focused overwhelmingly on corals, sponges and fish populations, however, in other well represented marine taxa in the Caribbean, data of their genetic structure and gene flow are lacking. The sea urchin Echinometra lucunter lucunter was selected as the model species for this study, mainly due to its wide distribution throughout the Caribbean Sea and its biological and ecological characteristics. The main objective of this research was to postulate connections at the genetic level between natural populations of marine invertebrates throughout the Caribbean Sea, using the chosen model specie to detect whether the marine discontinuities identified for other taxa affect their connectivity, acting as barriers to gene flow. With this preamble, it was sought to answer the following questions using microsatellites as molecular markers: 1) How is the genetic structure of Echinometra lucunter lucunter through the Caribbean Sea? and 2) Is there any influence from marine discontinuities previously detected to others taxa in the connectivity between natural populations of Echinometra lucunter lucunter? In order to reach the objectives, 26 specific microsatellites for E. lucunter lucunter were designed, ten of them were used to detect the genetic structure of E. lucunter lucunter populations through the Caribbean Sea. The results from all loci and all localities, showed lower heterozygosity than expected. This deficit in heterozygosity was identified by the significant deviation from the Hardy-Weingberg Equilibrium and the high/positive inbreeding coefficient (FIS) values in all sites. Several reasons could potentially explain this result: 1) the assortative matting linked to different gamete recognition proteins, 2) the presence of spatial breeding groups linked to stochasticity in reproductive success, 3) patchiness in gamete distribution and 4) the collective dispersal of genetically related larvae in the plankton. The Caribbean sites chosen for this study show a clear evidence of genetic structure and gene flow for E. lucunter lucunter through the Caribbean Sea. It is also evident the presence of three genetic different groups or populations: one corresponding to the Colombian Caribbean Sea sites (with significant differences among sites), a second related to the area of Venezuela and Belize, and a third group in Puerto Rico. The clear evidence of structure and gene flow between the populations of E. lucunter lucunter is apparently related to marine discontinuities found in other marine taxa studied before, such as the influence of physical factors (e.g. marine currents and the geomorphological breaks) and their variation through the area, as well as the biological characteristics of the specie. The results of this research demonstrate the influence of discontinuities (marine currents and geomorphological breaks) in the performance of Echinometra lucunter lucunter early life stages, evidenced in the heterogeneous spatial mosaics of marine dispersion through the Colombian Caribbean Sea vs. the homogeneous scenario shown in the genetic connexion through the West Caribbean Sea. The results of this work have important implications for the application of conservation and management strategies of Marine Protected Areas, because they generate important inputs for researchers and decision makers.MinCIENCIASThe influence of marine barriers on genetic connectivity among Colombian Caribbean rocky shore sea urchinsDoctorad

Estado del conocimiento de los humedales Continentales de Colombia de la Región Caribe.

La investigación abordó el estado del conocimiento documentado sobre humedales continentales en la región Caribe y forma parte un informe final que sintetiza los conocimientos de cada región. Documento generado durante la ejecución del contrato 13-13-014-161PS entre el Instituto Humboldt y Milena Benavides Serrato firmado en el marco del Convenio 005 (13-014) entre el Instituto Humboldt y el Fondo AdaptaciónBogotáSubdirección de Servicios Científicos y Proyectos Especiale

Análisis sobre el estado del arte del conocimiento de los Humedales en la Región Caribe

Con el fin de contribuir con la elaboración de los insumos técnicos para la delimitación de humedales y el desarrollo de otras actividades enmarcadas en el Convenio N° 13-014, se presenta un análisis de la información recolectada dentro de la matriz de sistematización de la información que se encontró en la región Caribe.Bogot

Analysis of the growth of the solidarity economy in the Colombian agricultural sector and its application to training

Esta investigación se enmarca en el estudio del sector agrícola de Colombia en relación con el crecimiento de la economía solidaria en la actividad de agricultura, caza, silvicultura y pesca. El objetivo de esta investigación es determinar cuál ha sido el crecimiento del sector de economía solidaria en este tipo de actividades económicas en los periodos 2002-2017. Esta investigación es de carácter descriptivo, con un enfoque cuantitativo de analisis de datos estadísticos de tendencias. Los resultados permitieron identificar el crecimiento de las organizaciones de economía solidaria en el sector agrícola en el país, sin embargo, este crecimiento aún está muy lejos de la media de crecimiento del sector de economía solidaria, lo que muestra que se deben fortalecer los mecanismos para el desarrollo de organizaciones de economía social y solidaria en el sector agrícola, con el fin de incrementar la competitividad y el desarrollo del sector agrícola en Colombia.This research focuses on the study of the agricultural sector in Colombia in relation to the growth of the solidarity economy in the agriculture, hunting, forestry, and fishing sectors. The aim of this study was to determine the level of growth of solidarity economy sector organisations in the aforementioned economic sectors in the period 2002-2017. This research is descriptive in nature. A quantitative approach was used to analyse statistical trend data. The results allowed us to determine the growth of solidarity economy organisations in the agricultural sector in the country. However, this growth is still very far from the average growth of the solidarity economy sector, revealing the need to strengthen the mechanisms for the development of social and solidarity economy organisations in the agricultural sector in order to boost the competitiveness and development of the agricultural sector in Colombia

Translation of circHGF RNA encodes an HGF protein variant promoting glioblastoma growth through stimulation of c-MET

IntroductionHGF/c-MET signaling is a significant driver of glioblastoma (GBM) growth and disease progression. Unfortunately, c-MET targeted therapies have been found to be largely ineffective suggesting additional redundant mechanisms of c-MET activation.MethodsUtilizing RNA-sequencing (RNA-seq) and ribosome profiling analyses of circular RNAs, circ-HGF (hsa_circ_0080914) was identified as markedly upregulated in primary GBM and found to potentially encode an HGF protein variant (C-HGF) 119 amino acids in length. This candidate HGF variant was characterized and evaluated for its ability to mediate c-MET activation and regulate PDX GBM cell growth, motility and invasive potential in vitro and tumor burden in intracranial xenografts in mice.ResultsAn internal ribosome entry site (IRES) was identified within the circ-HGF RNA which mediated translation of the cross-junctional ORF encoding C-HGF and was observed to be highly expressed in GBM relative to normal brain tissue. C-HGF was also found to be secreted from GBM cells and concentrated cell culture supernatants or recombinant C-HGF activated known signaling cascades downstream of c-MET. C-HGF was shown to interact directly with the c-MET receptor resulting in its autophosphorylation and activation in PDX GBM lines. Knockdown of C-HGF resulted in suppression of c-MET signaling and marked inhibition of cell growth, motility and invasiveness, whereas overexpression of C-HGF displayed the opposite effects. Additionally, modulation of C-HGF expression regulated tumor growth in intracranial xenografted PDX GBM models.ConclusionsThese results reveal an alternative mechanism of c-MET activation via a circular RNA encoded HGF protein variant which is relevant in GBM biology. Targeting C-HGF may offer a promising approach for GBM clinical management

¿El uso de intensificador de imágenes en la realización de la osteotomía periacetabular disminuye la incidencia de complicaciones y mejora la orientación acetabular? Fundación Universitaria Ciencias de la Salud / Hospital Universitario Clínica San Rafael 2008-2010

Se considera que la displasia acetabular primaria, representa una causa de artrosis secundaria precoz de la cadera, ya que un pequeño ángulo centro borde deja la superficie lateral de la superficie articular de la cabeza femoral, sin cobertura. Este fenómeno determina unas presiones elevadas sobre la zona de carga de las superficies articulares de la cadera, produciendo los cambios degenerativos precoces. En los pacientes con artrosis secundaria a displasia acetabular primaria, es preferible reconstruir el acetábulo que realizar una osteotomía femoral, ya que el proceso artrósico se localiza en la cara acetabular de la articulación. (1), (4), (9), (11

Lista revisada de los erizos (Echinodermata: Echinoidea) del mar Caribe Colombiano

La información de este artículo ha sido recopilada a partir de varias fuentes bibliográficas y posteriormente confirmada y complementada con el material del National Museum of Natural History (NMNH) en Washington D.C. y el Museo de Historia Natural Marina de Colombia en Santa Marta; este listado actualiza el trabajo de Allain (1976) que documentaba 38 especies para el país. Aunque el autor no especificó localidades ni material examinado, la mayoría de estas especies fueron colectadas por el R/V John ElliotPillsbury en 1966-1967 entre Cartagena y el Golfo de Urabá (Bayer et al. 1970), en el mar Caribe Colombiano

Comportamiento de la concentración de hemoglobina, el hematocrito y la saturación de oxígeno en una población universitaria en Colombia a diferentes Alturas

Introduction: the development of this research is base on the growing interest in understanding the adaptations to chronic hipoxia mainly in the range of intermediate altitudes (1 500-3 000 m.s.n.m) and the need to establish parameters of normality in the variables [Hb], Hct and SO2 for diagnostic and characterization of the population purposes. Objective: to analyze the behavior of the [Hb], Hct and SaO2 at different intermediate altitudes (970 m.s.n.m, 1 520 m.s.n.m, 1 728 m.s.n.m, 1 923 m.s.n.m, 2 180 m.s.n.m and 2 600 m.s.n.m) in order to contribute to the knowledge of the high altitude physiology and the clinical field to support the diagnosis of anemia. Methods: clinically healthy subjects with low levels of physical activity and food consumption report containing iron. Total of 264 participants of both genders between 18 and 30 years. The blood samples were collected from the antecubital vein and the earlobe and analyzed in a radiometer. A non-parametric statistical analysis was performed. Results: with increasing of altitude, [Hb] and Hct values were increased while the SO2 decreased. Men showed higher values than women in [Hb] and Hct, related to lower values of SO2 than women. Discussion: a threshold variable was not found, perhaps because of the small distance between the altitudes. The values reported were similar but not identical to other studies. This difference could be explained by genetic diversity among populations. Conclusions: this study allows for the first values of characterization of the study population. All altitudes were above the cutoff for the diagnosis of anemia ([Hb] 12 g/dl). © 2015, Grupo Aula Medica S.A. All rights reserved

Isolation and characterization of 17 polymorphic microsatellite loci for a sea urchin (Echinometra lucunter: Echinometridae)

As a first step to establish the genetic structure of the sea urchin Echinometra lucunter lucunterthroughout the Caribbean Sea, 26 microsatellite loci were isolated using Illumina paired-end sequencing, Next Generation Sequencing (NGS). We successfully optimized 17 loci for genotyping and the variation tested for 23 individuals from the Caribbean Sea and Tropical Eastern Atlantic Ocean. The allele number per locus (Na) ranged from four to 24, the observed heterozygosity (Ho) from 0.682 to 1, and the expected heterozygosity (He) from 0.609 to 0.9304. We detected no linkage disequilibrium between pairs of loci. These microsatellites will be used for the first time to detect the influence of marine barriers to genetic flow in the sea urchin E. lucunter lucunter throughout the Caribbean Sea. These new validated markers will be essential for current conservation and connectivity studies across the Caribbean Sea and the Atlantic Ocean