Toscana, West Nile, Usutu and tick-borne encephalitis viruses: external quality assessment for molecular detection of emerging neurotropic viruses in Europe, 2017

BackgroundNeurotropic arboviruses are increasingly recognised as causative agents of neurological disease in Europe but underdiagnosis is still suspected. Capability for accurate diagnosis is a prerequisite for adequate clinical and public health response.AimTo improve diagnostic capability in EVD-La

Phylogenetically based establishment of a dengue virus panel, representing all available genotypes, as a tool in dengue drug discovery

International audienc

Niclosamide shows strong antiviral activity in a human airway model of SARS-CoV-2 infection and a conserved potency against the Alpha (B.1.1.7), Beta (B.1.351) and Delta variant (B.1.617.2)

SARS-CoV-2 variants are emerging with potential increased transmissibility highlighting the great unmet medical need for new therapies. Niclosamide is a potent anti-SARS-CoV-2 agent that has advanced in clinical development. We validate the potent antiviral efficacy of niclosamide in a SARS-CoV-2 human airway model. Furthermore, niclosamide remains its potency against the D614G, Alpha (B.1.1.7), Beta (B.1.351), and Delta (B.1.617.2) variants. Our data further support the potent anti-SARS-CoV-2 properties of niclosamide and highlights its great potential as a therapeutic agent for COVID-19

Non enveloped virus infectivity recovery after lyophilization.

<p>Human Echovirus 13 and Human Adenovirus type C were freeze dried with/without different stabilizers using two different protocols (LP1 and LP2). After seven days at different temperature storage (-20°C, +4°C, +20°C), infectivity of each virus formulation were determinate by TCID₅₀ assays. Human Echovirus 13 infectivity after storage at -20°C, +4°C, +20°C. Human Adenovirus type C infectivity after storage at -20°C, +4°C, +20°C.</p

Representative RNA viruses used in this study.

<p>Representative RNA viruses used in this study.</p

Enveloped virus infectivity recovery after lyophilization.

<p>Chikungunya virus and Herpesvirus type 1 were freeze dried with/without different stabilizers using two different protocols (LP1 and LP2). After seven days at different temperature storage (-20°C, +4°C, +20°C), infectivity of each virus formulation were determinate by TCID₅₀ assays. Chikungunya virus infectivity after storage at -20°C, +4°C, +20°C. Herpesvirus type 1 infectivity after storage at -20°C, +4°C, +20°C.* TCID50/ml >10⁸.</p

Mayaro Virus Infects Human Chondrocytes and Induces the Expression of Arthritis-Related Genes Associated with Joint Degradation

International audienceMayaro virus (MAYV) is an emerging arthritogenic alphavirus belonging to the Togaviridae family. Infection leads to a dengue-like illness accompanied by severe polyarthralgia. However, the molecular and cellular mechanisms of arthritis as a result of MAYV infection remain poorly understood. In the present study, we assess the susceptibility of human chondrocytes (HC), fibroblast-like synoviocytes and osteoblasts that are the major cell types involved in osteoarthritis, to infection with MAYV. We show that these cells are highly permissive to MAYV infection and that viral RNA copy number and viral titers increase over time in infected cells. Knowing that HC are the primary cells in articular cartilage and are essential for maintaining the cartilaginous matrix, gene expression studies were conducted in MAYV-infected primary HC using polymerase chain reaction (PCR) arrays. The infection of the latter cells resulted in an induction in the expression of several matrix metalloproteinases (MMP) including MMP1, MMP7, MMP8, MMP10, MMP13, MMP14 and MMP15 which could be involved in the destruction of articular cartilage. Infected HC were also found to express significantly increased levels of various IFN-stimulated genes and arthritogenic mediators such as TNF-α and IL-6. In conclusion, MAYV-infected primary HC overexpress arthritis-related genes, which may contribute to joint degradation and pathogenesis

Differential Susceptibility and Innate Immune Response of Aedes aegypti and Aedes albopictus to the Haitian Strain of the Mayaro Virus

International audienceMayaro (MAYV) is an emerging arthropod-borne virus belonging to the Alphavirus genus of the Togaviridae family. Although forest-dwelling Haemagogus mosquitoes have been considered as its main vector, the virus has also been detected in circulating Aedes ssp mosquitoes. Here we assess the susceptibility of Aedes aegypti and Aedes albopictus to infection with MAYV and their innate immune response at an early stage of infection. Aedes albopictus was more susceptible to infection with MAYV than Ae. aegypti. Analysis of transcript levels of twenty immunity-related genes by real-time PCR in the midgut of both mosquitoes infected with MAYV revealed increased expression of several immune genes, including CLIP-domain serine proteases, the anti-microbial peptides defensin A, E, cecropin E, and the virus inducible gene. The regulation of certain genes appeared to be Aedes species-dependent. Infection of Ae. aegypti with MAYV resulted in increased levels of myeloid differentiation2-related lipid recognition protein (ML26A) transcripts, as compared to Ae. albopictus. Increased expression levels of thio-ester-containing protein 22 (TEP22) and Niemann-Pick type C1 (NPC1) gene transcripts were observed in infected Ae. albopictus, but not Ae. aegypti. The differences in these gene expression levels during MAYV infection could explain the variation in susceptibility observed in both mosquito species

Assay optimization for molecular detection of Zika virus

To examine the diagnostic performance of real-time reverse transcription (RT)-polymerase chain reaction (PCR) assays for Zika virus detection. We compared seven published real-time RT-PCR assays and two new assays that we have developed. To determine the analytical sensitivity of each assay, we constructed a synthetic universal control ribonucleic acid (uncRNA) containing all of the assays' target regions on one RNA strand and spiked human blood or urine with known quantities of African or Asian Zika virus strains. Viral loads in 33 samples from Zika virus-infected patients were determined by using one of the new assays. Oligonucleotides of the published real-time RT-PCR assays, showed up to 10 potential mismatches with the Asian lineage causing the current outbreak, compared with 0 to 4 mismatches for the new assays. The 95% lower detection limit of the seven most sensitive assays ranged from 2.1 to 12.1 uncRNA copies/reaction. Two assays had lower sensitivities of 17.0 and 1373.3 uncRNA copies/reaction and showed a similar sensitivity when using spiked samples. The mean viral loads in samples from Zika virus-infected patients were 5 × 104 RNA copies/mL of blood and 2 × 104 RNA copies/mL of urine. We provide reagents and updated protocols for Zika virus detection suitable for the current outbreak strains. Some published assays might be unsuitable for Zika virus detection, due to the limited sensitivity and potential incompatibility with some strains. Viral concentrations in the clinical samples were close to the technical detection limit, suggesting that the use of insensitive assays will cause false-negative results. Étudier la performance diagnostique des tests basés sur l'amplification en chaîne par polymérase (PCR) en temps réel après transcription inverse (RT) pour détecter le virus Zika. Nous avons comparé sept tests publiés utilisant la RT-PCR en temps réel et deux nouveaux tests développés par nos soins. Afin de déterminer la sensibilité analytique de chaque test, nous avons conçu un acide ribonucléique synthétique de contrôle universel (ARNcun) contenant toutes les régions ciblées par les tests sur une hélice ARN et enrichi de l’urine ou du sang humain de quantités connues de souches africaines ou asiatiques du virus Zika. Les charges virales dans 33 échantillons provenant de patients infectés par le virus Zika ont été déterminées à l'aide de l'un des nouveaux tests. Les oligonucléotides des tests publiés utilisant la RT-PCR en temps réel ont présenté jusqu'à 10 mauvais appariements potentiels avec la lignée asiatique provoquant l'épidémie actuelle, alors qu'on a constaté de 0 à 4 mauvais appariements dans le cas des nouveaux tests. La limite de détection inférieure à 95% des sept tests les plus sensibles variait de 2,1 à 12,1 copies d'ARNcun/réaction. Deux tests présentaient des sensibilités plus basses de 17,0 et 1373,3 copies d'ARNcun/réaction et montraient une sensibilité similaire lorsque des échantillons enrichis étaient utilisés. Les charges virales moyennes dans les échantillons provenant de patients infectés par le virus Zika étaient de 5 × 104 copies d'ARN/mL de sang et de 2 × 104 copies d'ARN/mL d'urine. Nous proposons pour détecter le virus Zika des réactifs et des protocoles actualisés, adaptés aux souches responsables de la flambée actuelle. Tous les tests publiés ne permettent pas de détecter le virus Zika en raison d'une sensibilité limitée et d'une incompatibilité potentielle avec certaines souches. Les concentrations virales dans les échantillons cliniques étaient proches de la limite de détection technique, ce qui laisse penser que l'utilisation de tests insensibles donnera des résultats faussement négatifs. Examinar el rendimiento del diagnóstico de las pruebas de reacción en cadena de la polimerasa de transcriptasa inversa (RT-PCR) en tiempo real para la detección del virus de Zika. Se compararon siete pruebas de RT-PCR en tiempo real publicadas y dos pruebas nuevas que se han desarrollado. Con el fin de determinar la sensibilidad analítica de cada prueba, se construyó un ácido ribonucleico sintético de control universal (uncRNA) que contenía todas las regiones objetivo de las pruebas en una hebra de RNA y se añadió a sangre u orina humana con cantidades conocidas de cepas de virus de Zika de Asia o África. Se determinaron las cargas víricas en 33 muestras procedentes de pacientes infectados por el virus de Zika a través de una de las pruebas nuevas. Los oligonucleótidos de las pruebas de RT-PCR en tiempo real publicadas mostraron hasta 10 posibles discordancias con el linaje de Asia causante de los brotes actuales, en comparación con 0 de 4 discordancias en el caso de las pruebas nuevas. El límite de detección inferior del 95% de las siete pruebas más sensibles abarcó de 2,1 a 12,1 copias/reacción de uncRNA. Dos pruebas mostraron sensibilidades inferiores de 17,0 y 1373,3 copias/reacción de uncRNA y presentaron una sensibilidad similar al usar muestras infectadas. Las cargas víricas medias en las muestras procedentes de pacientes infectados por el virus de Zika fueron de 5 × 104 copias de RNA/mL de sangre y de 2 × 104 copias de RNA/ml de orina. Se proporcionan reactivos y protocolos actualizados para la detección adecuada del virus de Zika en el caso de las cepas de brotes actuales. Algunas pruebas publicadas pueden no ser adecuadas para la detección del virus de Zika, debido a la limitada sensibilidad y a la posible incompatibilidad con algunas cepas. Las concentraciones víricas en las muestras clínicas se acercaron al límite de detección técnico, lo que sugería que el uso de pruebas intensivas causaría resultados falsos negativos. دراسة الأداء التشخيصي لاختبارات تفاعل البوليميراز المتسلسل اللحظي (PCR) مع إنزيم النسخ العكسي (RT) لاكتشاف الإصابة بفيروس زيكا. قمنا بإجراء مقارنة بين سبعة اختبارات منشورة لتفاعل البوليميراز المتسلسل اللحظي مع إنزيم النسخ العكسي (RT‑PCR) واختبارين جديدين تم إعدادهما من جانبنا. ولتحديد الحساسية التحليلية لكل اختبار، قمنا بتكوين الحمض النووي الريبوزي الاصطناعي للمكافحة العامة (uncRNA) والذي يحتوي على جميع المناطق المستهدفة في الاختبار في شريط RNA واحد ويحتوي على مؤشرات للدم أو البول البشري الذي يحتوي على كميات معروفة من سلالات فيروس زيكا في منطقة أفريقيا أو آسيا. وتم تحديد الحمولات الفيروسية في 33 عينة صادرة من مرضى مصابين بفيروس زيكا باستخدام أحد الاختبارات الجديدة. أظهرت الأوليغونيكليوتيدات الخاصة باختبارات تفاعل البوليميراز المتسلسل اللحظي مع إنزيم النسخ العكسي ما يصل إلى 10 حالات محتملة من عدم التطابق مع السلالة الآسيوية المسببة للعدوى الحالية، بالمقارنة مع حالات عدم التطابق بالنسبة للاختبارات الجديدة بمعدل 0 إلى 4. تراوح حد الاكتشاف المنخفض بنسبة 95‏% في الاختبارات السبعة الأكثر حساسية من 2.1 إلى 12.1 من نسخ سلالات uncRNA لتفاعل كل حالة. وُجد لدى اثنين من الاختبارات درجات منخفضة من الحساسية بمقدار 17.0 و1373.3 لنسخ سلالات uncRNA لتفاعل كل حالة وأظهرت وجود درجة حساسية مماثلة عند استخدام عينات المؤشرات. بلغ متوسط الحمولات الفيروسية في العينات الصادرة عن المرضى المصابين بفيروس زيكا 5 × 10 4 نسخ من RNA لكل ملليلتر من الدم و 2 × 10 4 نسخ من RNA لكل ملليلتر من البول. نحن نوفر الكاشفات وأحدث البروتوكولات لاكتشاف فيروس زيكا والتي تناسب سلالات العدوى الحالية. وقد تكون بعض الاختبارات المنشورة غير مناسبة لاكتشاف فيروس زيكا نظرًا لوجود درجة محدودة من الحساسية واحتمالية عدم توافقها مع بعض السلالات. كانت نسب تركيز الفيروسات في العينات التحليلية قريبة من حد الاكتشاف التقني، مما يشير إلى أن استخدام الاختبارات التي تفتقد إلى الحساسية سيؤدي إلى إصدار نتائج خاطئة وسلبية. 旨在检查针对寨卡病毒检测的实时逆转录 (RT)-聚合酶链反应 (PCR) 试验的诊断性能。. 我们比较了 7 种公布的实时 RT-PCR 试验和我们开发的两种新试验。 为了确定各种试验的分析灵敏度，我们构建了在一个 RNA 链上包含所有试验目标区域的合成通用对照核糖核酸 (uncRNA) 以及带有已知数量的非洲或亚洲寨卡病毒株的加标人体血液或尿液。 通过使用一种新的试验测定 33 个寨卡病毒感染患者样本的病毒载量。. 已公布的实时 RT-PCR 试验的寡核苷酸，显示出与亚洲血统潜在的失配率高达 10，相比之下，新试验的失配率为 0 至 4。 七种最敏感试验的 95% 检测下限范围为 2.1 至 12.1 uncRNA 拷贝/反应。 两个试验中 17.0 和 1373.3 uncRNA 复制/反应的灵敏度较低，使用加标样本时表现出类似的灵敏度。 寨卡病毒感染患者的样本中，血液的平均病毒载量为 5 × 104 RNA 拷贝/毫升，尿液的平均病毒载量为 2 × 104 拷贝/毫升。. 我们为适合当前疫情的寨卡病毒检测提供试剂和更新方案。 由于有限的灵敏度以及与一些菌株潜在的不兼容性，因此一些公布的试验可能不适合寨卡病毒检测。 临床样本中的病毒含量接近于技术检测极限，这表明使用不敏感试验将会引起假阴性结果。. Изучить диагностические возможности выявления вируса Зика с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР) с обратной транскриптазой (ОТ) в режиме реального времени. Авторы сравнили семь методов ОТ-ПЦР, сведения о которых были опубликованы в литературе, и два новых метода, разработанные авторами. Для выявления аналитической чувствительности каждого метода были сконструированы синтетические универсальные контрольные рибонуклеиновые кислоты (ункРНК), содержащие все целевые участки на одной из цепей РНК. Эти РНК были добавлены к образцам крови или мочи пациентов, содержащих вирус Зика африканского или азиатского происхождения в известных количествах. Одним из новых методов определялась вирусная нагрузка для 33 образцов пациентов, зараженных вирусом Зика. Олигонуклеотиды для опубликованных методов ОТ-ПЦР показали до 10 потенциальных несовпадений при определении вируса азиатского происхождения, вызвавшего нынешнюю вспышку заболеваемости, тогда как новые методы показали от 0 до 4 несовпадений. Для семи наиболее чувствительных анализов 95%-й нижний порог определения составлял от 2,1 до 12,1 копии ункРНК на реакцию. Два метода продемонстрировали меньшую чувствительность (от 17,0 до 1373,3 копии ункРНК на анализ) и сходную чувствительность при использовании образцов с добавлением ункРНК. Средняя величина вирусной нагрузки в образцах пациентов, инфицированных вирусом Зика, составила 5 × 104 копий РНК/мл для крови и 2 × 104 копийРНК/мл для мочи. Авторы предлагают реактивы и обновленные протоколы для выявления вируса Зика, вызвавшего нынешнюю вспышку заболевания. Некоторые из методов, по которым имеются опубликованные литературные данные, могут быть неподходящими для текущей ситуации из-за ограниченной чувствительности и потенциальной несовместимости с некоторыми штаммами вируса. Концентрация вируса в клинических образах была близка к техническому пределу определения, что позволяет предположить, что использование нечувствительных методов может приводить к получению ложноотрицательных результато