Distance domination versus iterated domination

AbstractA k-dominating set in a graph G is a set S of vertices such that every vertex of G is at distance at most k from some vertex of S. Given a class D of finite simple graphs closed under connected induced subgraphs, we completely characterize those graphs G in which every connected induced subgraph has a connected k-dominating subgraph isomorphic to some D∈D. We apply this result to prove that the class of graphs hereditarily D-dominated within distance k is the same as the one obtained by iteratively taking the class of graphs hereditarily dominated by the previous class in the iteration chain. This strong relation does not remain valid if the initial hereditary restriction on D is dropped

A P-glikoprotein membrán mikrokörnyezete és működésének gátolhatósága modulátor és antitest együttes alkalmazásával = P-glycoprotein membrane microenviroment and inhibition of pumping by the combined application of modulators and specific antibody

A multidrog rezisztencia hátterében gyakran a P-glikoprotein (Pgp) pumpa működése áll, melynek gátlására jelentős erőfeszítések történnek világszerte. Az UIC2 antitest a fehérjét katalitikus ciklusa egy fázisában ismeri fel, és ott blokkolja. Az így elért gátlás azonban általában kisfokú, mert az antitest a sejtfelszíni Pgp-knek csak egy hányadához kötődik - vizsgálataink utóbbi jelenség megértésére és befolyásolására irányultak. Megállapítottuk, hogy egy korábbi munkáinkban leírt teszt segítségével azonosítható szubsztrát/modulátor (S/M) csoport bármelyik tagja jelenlétében az antitest az összes sejtfelszíni Pgp-hez kötődik és azt inaktív állapotba hozza. Ez a S/M-ok önmagukban hatástalan koncentrációja mellett valósul meg, és in vivo is megtörténik, mint azt xenotranszplantációs kísérletekben demonstráltuk. Megállapítottuk, hogy az UIC2 által mindig felismert Pgp-k hányada (pool I) lipid tutaj- (raft)- asszociált, klasztereket alkot és az UIC2 kötés nyomán fokozottan internalizálódik. Számos olyan fehérjét azonosítottunk, melyek a Pgp molekuláris környezetében vannak: ezek nagy része az aktomiozin-kapcsolt trafficking apparátus része. Az antitest által csak egyes S/M-ok jelenlétében felismert Pgp-k szoliter molekulák. Mindkét pool funkcionális Pgp molekulákat tartalmaz, a pool I valamilyen endogén szubsztrát által indukált ATPáz aktivitás során csapdázódik az UIC2 jelenlétében. A kétféle lipid környezet az eltérő oldékonyságú S-ok optimális transzportját szolgálhatja. | P-glycoprotein (Pgp), an ABC transporter often responsible for the multidrug resistance of cancer cells, is recognized and inhibited by the UIC2 mAb that freezes the transporter in a particular phase of its catalytic state. However, the degree of this inhibition is mitigated by the lack of its binding to all cell surface Pgps, a phenomenon poorly understood. We have demonstrated that Pgp is present in two distinct subpopulations on the cell surface: Both pools contain functional Pgp molecules, but only pool I is recognized in the absence of exogeneous substrates/modulators (S/M-s), while pool II Pgps bind UIC2 only upon addition of certain S/M-s, identified by a test introduced by us earlier. In the presence of any of this group of S/M-s administered at such a low concentration which is insufficient to cause Pgp inhibition when used alone, the mAb can completely inhibit the pump also in vivo, as demonstrated in xenotransplantation experiments. Pgp molecules of the two pools could be distinguished in terms of membrane microdomain localization, clustering propensity, cytoskeletal anchorage, intracellular molecular neighbours, and trafficking characteristics. Endocytosis of Pgp involves the actin microfilament system, and primarily targets the raft associated pool I, when an ATP- conformational state is stabilized. The presence of the pump in two different lipid environment may be optimal for the transport of S-s with different solubilities

Műszaki informatikai problémákhoz kapcsolódó diszkrét matematikai modellek vizsgálata = Discrete mathematical models related to problems in informatics

Diszkrét matematikai módszerekkel strukturális és kvantitatív összefüggéseket bizonyítottunk; algoritmusokat terveztünk, komplexitásukat elemeztük. Az eredmények a gráfok és hipergráfok elméletéhez, valamint on-line ütemezéshez kapcsolódnak. Néhány kiemelés: - Pontosan leírtuk azokat a szerkezeti feltételeket, amelyeknek teljesülni kell ahhoz, hogy egy kommunikációs hálózatban és annak minden összefüggő részében legyen olyan, megadott típusú összefüggő részhálózat, ahonnan az összes többi elem közvetlenül elérhető. (A probléma két évtizeden át megoldatlan volt.) - Aszimptotikusan pontos becslést adtunk egy n-elemű alaphalmaz olyan, k-asokból álló halmazrendszereinek minimális méretére, amelyekben minden k-osztályú partícióhoz van olyan halmaz, ami az összes partíció-osztályt metszi. (Nyitott probléma volt 1973 óta, több szerző egymástól függetlenül is felvetette.) - Halmazrendszerek partícióira az eddigieknél általánosabb modellt vezettünk be, megvizsgáltuk részosztályainak hierarchikus szerkezetét és hatékony algoritmusokat adtunk. (Sok alkalmazás várható az erőforrás-allokáció területén.) - Kidolgoztunk egy módszert, amellyel lokálisan véges pozíciós játékok nyerő stratégiája megtalálható mindössze lineáris méretű memória használatával. - Félig on-line ütemezési algoritmusokat terveztünk (kétgépes feladatra, nem azonos sebességű processzorokra), amelyeknek versenyképességi aránya bizonyítottan jobb, mint ami a legjobb teljesen on-line módszerekkel elérhető. | Applying discrete mathematical methods, we proved structural and quantitative relations, designed algorithms and analyzed their complexity. The results deal with graph and hypergraph theory and on-line scheduling. Some selected ones are: - We described the exact structural conditions which have to hold in order that an intercommunication network and each of its connected parts contain a connected subnetwork of prescribed type, from which all the other nodes of the network can be reached via direct link. (This problem was open for two decades.) - We gave asymptotically tight estimates on the minimum size of set systems of k-element sets over an n-element set such that, for each k-partition of the set, the set system contains a k-set meeting all classes of the partition. (This was an open problem since 1973, raised by several authors independently.) - We introduced a new model, more general than the previous ones, for partitions of set systems. We studied the hierarchic structure of its subclasses, and designed efficient algorithms. (Many applications are expected in the area of resource allocation.) - We developed a method to learn winning strategies in locally finite positional games, which requires linear-size memory only. - We designed semi-online scheduling algorithms (for two uniform processors of unequal speed), whose competitive ratio provably beats the best possible one achievable in the purely on-line setting

H-free graphs, Independent Sets, and subexponential-time algorithms

It is an old open question in algorithmic graph theory to determine the complexity of the Maximum Independent Set problem on Pt-free graphs, that is, on graphs not containing any induced path on t vertices. So far, polynomial-time algorithms are known only for t ≤ 5 [Lokshtanov et al., SODA 2014, pp. 570-581, 2014]. Here we study the existence of subexponential-time algorithms for the problem: by generalizing an earlier result of Randerath and Schiermeyer for t = 5 [Discrete Appl. Math., 158 (2010), pp. 1041-1044], we show that for any t ≥ 5, there is an algorithm for Maximum Independent Set on Pt-free graphs whose running time is subexponential in the number of vertices. Scattered Set is the generalization of Maximum Independent Set where the vertices of the solution are required to be at distance at least d from each other. We give a complete characterization of those graphs H for which d-Scattered Set on H-free graphs can be solved in time subexponential in the size of the input (that is, in the number of vertices plus number of edges): If every component of H is a path, then d-Scattered Set on H-free graphs with n vertices and m edges can be solved in time 2(n+m) 1-O(1/|V (H)|), even if d is part of the input. Otherwise, assuming ETH, there is no 2o(n+m)-time algorithm for d-Scattered Set for any fixed d ≥ 3 on H-free graphs with n-vertices and m-edges. © 2016 Gábor Bacsó, Dániel Marx, and Zsolt Tuza

Clique-transversal sets and weak 2-colorings in graphs of small maximum degree

Graphs and Algorithm

Prohibited Floor Trading Activities Under the Commodity Exchange Act

In algorithmic graph theory, a classic open question is to determine the complexity of the Maximum Independent Set problem on Pt -free graphs, that is, on graphs not containing any induced path on t vertices. So far, polynomial-time algorithms are known only for t≤5 (Lokshtanov et al., in: Proceedings of the twenty-fifth annual ACM-SIAM symposium on discrete algorithms, SODA 2014, Portland, OR, USA, January 5–7, 2014, pp 570–581, 2014), and an algorithm for t=6 announced recently (Grzesik et al. in Polynomial-time algorithm for maximum weight independent set on P6 -free graphs. CoRR, arXiv:1707.05491, 2017). Here we study the existence of subexponential-time algorithms for the problem: we show that for any t≥1 , there is an algorithm for Maximum Independent Set on Pt -free graphs whose running time is subexponential in the number of vertices. Even for the weighted version MWIS, the problem is solvable in 2O(tnlogn√) time on Pt -free graphs. For approximation of MIS in broom-free graphs, a similar time bound is proved. Scattered Set is the generalization of Maximum Independent Set where the vertices of the solution are required to be at distance at least d from each other. We give a complete characterization of those graphs H for which d-Scattered Set on H-free graphs can be solved in time subexponential in the size of the input (that is, in the number of vertices plus the number of edges): If every component of H is a path, then d-Scattered Set on H-free graphs with n vertices and m edges can be solved in time 2O(|V(H)|n+m√log(n+m)) , even if d is part of the input. Otherwise, assuming the Exponential-Time Hypothesis (ETH), there is no 2o(n+m) -time algorithm for d-Scattered Set for any fixed d≥3 on H-free graphs with n-vertices and m-edges

Sejtfelszíni receptor minták mint lehetséges diagnosztikai eszközök = Cell surface receptor patterns as potential diagnostic tools

Modern biofizikai módszerek kombinált alkalmazásával (FRET, konfokális mikroszkópia, fluoreszcencia korrelációs spektroszkópia, stb.) a T sejtes immunválaszban résztvevő kulcsfontosságú membránfehérjék sejtfelszíni elrendeződését, asszociációs mintázatait, kölcsönhatásait tanulmányoztuk. A kialakuló mintázatok a jelátvitel egyes lépéseinek szervezése révén alapvetően befolyásolják a sejtek fiziológiás működését, másrészről potenciális terápiás célpontok lehetnek. Megalkottuk az IL-2/15R rendszer dinamikus heterotetramer modelljét: a releváns citokin kötődése a receptor alegységek átrendezésével alakítja ki a megfelelő nagy affinitású heterotrimert. Kimutattuk, hogy az IL-2/15R és az MHC molekulák közös szuperklasztereket alkotnak a T sejtek lipid tutajaiban. Jurkat T sejteken és aktivált CTL-eken kimutattuk a Kv1.3 káliumcsatornák és a TCR kolokalizációját. A CTL-target sejt kölcsönhatás során a CTL-ek Kv1.3 csatornái feldúsulnak a két sejt közötti immunológiai szinapszisban, felvetve a TCR és a Kv1.3 kölcsönös szabályozásának lehetőségét. A korábban limfoid és kolorektális karcinóma sejteken feltárt, az MHC I, II és az ICAM-1 részvételével kialakuló asszociációs mintázatok jelenlétét uveális melanóma sejteken is kimutattuk. RNS interferencia felhasználásával igazoltuk, hogy a kolorektális karcinóma sejteken az MHC I és ICAM-1 klasztereit és domén szintű elrendeződését e két fehérje relatív expressziós szintje dinamikus módon szabályozza. | We investigated the cell surface distribution, association motifs and interactions of key membrane proteins involved in T cell mediated immune responses by applying modern biophysical techniques (FRET, confocal microscopy, fluorescence correlation spectroscopy, etc.). The studied protein patterns have a profound influence on the physiological function of the cells via organizing certain signaling steps, and may serve as potential therapeutic targets. We proposed a dynamic heterotetrameric model for the IL-2/15R system: binding of the cytokine rearranges the receptor subunits to form the relevant heterotrimeric high affinity receptor. We demonstrated that IL-2/15 receptors and MHC glycoproteins form superclusters in lipid rafts of T cells. We showed that Kv1.3 K+ channels and TCR are colocalized on Jurkat T cells and CTLs. Kv1.3 channels are enriched in the immune synapse formed between the CTL and the target cell, raising the possibility of reciprocal regulation of TCR and Kv1.3. We identified association patterns of MHC I, II and ICAM-1 on uveal melanoma cells similar to those previously found on lymphoid and colorectal carcinoma cells. By using RNA interference we demonstrated that the clusterization and interaction of MHC I and ICAM-1 are dynamically regulated by the relative expression levels of these proteins

Interactions of Cisplatin and Daunorubicin at the chromatin level

Unexpectedly, the widely used anticancer agents Cisplatin (Cis-Pt) and Daunorubicin (Dauno) exhibited cell type- and concentration-dependent synergy or antagonism in vitro. We attempted to interpret these effects in terms of the changes elicited by the drugs in the chromatin, the target held primarily responsible for the cytotoxicity of both agents. We measured the effect of Cis-Pt on the levels of Dauno in different cell compartments, the effect of Cis-Pt on Dauno-induced nucleosome eviction, and assessed the influence of Dauno on DNA platination in flow- and laser scanning cytometry as well as in laser ablation-inductively coupled plasma-mass spectrometry assays. We show that the two drugs antagonize each other through a decrease of interstrand crosslinks upon co-treatment with Dauno, and also via the diminished Dauno uptake in the presence of Cis-Pt, and both effects are observed already at low Dauno concentrations. At high Dauno concentrations synergy becomes dominant because histone eviction by Dauno intercalation into the DNA is enhanced in the presence of co-treatment with Cis-Pt. These interactions may have an impact on the efficacy of combination treatment protocols, considering the long retention time of DNA adducts formed by both agents