Investigation of Nasal Methicillin-resistant Staphylococcus Aureus (MRSA) carriage in healthcare workers

Bu çalışma, sağlık çalışanlarında nazal metisiline dirençli staphylococcus aureus (MRSA) taşıyıcılığının araştırılması amacıyla gerçekleştirilmiştir. Araştırmada, bir eğitim araştırma hastanesinin farklı kliniklerinde çalışan sağlık çalışanlarından nazal sürüntü örnekleri alınmıştır (n=414). Sağlık çalışanlarından alınan örnekler %5 koyun kanlı agara azaltma yöntemi ile ekilmiş, kuşkulanılan kolonilerden gram boyama yapılmıştır. S. aureus suşlarını belirlemek için plazma koagülaz testi yapılmış, metisilin direnci agar tarama yöntemiyle belirlenmiştir. Metisilin direnci olan suşlarda kromozomal kaset tipleri (SCCmec gen kompleksi) polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemleriyle araştırılmıştır. Ayrıca, doğrulamak amacıyla bu izolatlarda PCR yöntemiyle mecA geni bakılmıştır. Sürekli değişkenler ortalama±standart sapma ve kategorik değişkenler sayı ve yüzde olarak ifade edilmiştir. Kategorik değişkenler arasındaki farklılıkların incelenmesinde ise Ki kare analizi kullanılmıştır. Tüm analizlerde p<0,05 istatistiksel olarak anlamlı kabul edilmiştir. Çalışmada 414 sağlık çalışanının nazal sürüntü örneklerinden 34’ünde (%8.2) S. Aureus ve bunların 11’inde (%32.3) MRSA izole edildi. MRSA suşunun 7’si (%63.7) tip IV ve 1’i (%9.1) tip I olarak saptandı. Diğer 3’ünde (%27.2) MRSA suşu mecA geni pozitif olmasına karşın mevcut SCCmec tipleri arasında sınıflandırılamadı. Çalışma sonucunda, sağlık çalışanlarında MRSA taşıyıcılığı oranları Türkiye verilerine benzerdir. İzolatlarda baskın olarak SCCmec tip IV saptanmasından dolayı hastanemizde MRSA taşıyıcılığının daha çok toplum kökenli olduğu kanaati oluşsa da bir katılımcı SCCmec tip I saptanması, hastane kökenli suşların da bulunduğunu ve yayılabileceğini göstermektedir. Bu veriler doğrultusunda, taşıyıcı sağlık çalışanlarının saptanması, eğitimi, kontrolü ve bunların daha az hasta temasını gerektiren yerlerde istihdam edilmesi göz önünde bulundurulması gereken önemli yaklaşımlardır.This study aims to investigate nasal methicillinresistant Staphylococcus aureus (MRSA) carriage in healthcare workers. For the study, nasal swab samples were taken from healthcare workers working in various clinics of a training and research hospital (n=414). Samples from healthcare workers were inoculated on 5% sheep blood agar with a reduction method, and gram staining was performed on suspected colonies. A plasma coagulase test was performed to determine S. aureus strains, and methicillin resistance was determined by the agar screening method. Chromosomal cassette types (SCCmec gene complex) in methicillin-resistant strains were explored with polymerase chain reaction (PCR) methods. Besides, the mecA gene was analyzed by PCR method in these isolates for verification. Continuous variables were presented as mean±standard deviation and categorical variables as numbers and percentages. Chi-square analysis was used to examine the differences between categorical variables. In all analyzes, p<0.05 was considered statistically significant. S. Aureus was isolated in 34 (8.2%) of the nasal swab samples of 414 healthcare workers, and MRSA was isolated in 11 (32.3%) of them. 7 (63.7%) of the MRSA strain were the type IV, and 1 (9.1%) was the type I. Although the other 3 (27.2%) had the mecA gene-positive, the MRSA strain could not be classified among the existing SCCmec types. The study revealed that the carriage ratio of MRSA in our hospital health workers is similar to general data in Turkey. Since SCCmec type IV is predominantly detected in the isolates, it has been concluded that MRSA carriage is mostly community-acquired in our hospital, but the detection of SCCmec type I in one employee also indicates the possibility of the presence of hospital-acquired strains, and their spread. In the light of these data, the identification, training and control of carrier personnel and their employment in units requiring less patient contact will be beneficial approaches to consider

Investigation of integrons, sul1-2 and dfr genes in Trimethoprim-sulfametoxazole-resistant Stenotrophomonas maltophilia strains isolated from clinical samples

Nonfermentatif gram-negatif basil olan Stenotrophomonas maltophilia, hastane enfeksiyonları ve fırsatçı enfeksiyonlar açısından giderek artan bir öneme sahiptir. Çeşitli mekanizmaları kullanarak aminoglikozidler, beta-laktamlar, tetrasiklinler gibi birçok geniş spektrumlu antibiyotiğe direnç gösterir. Bu durum klinisyenlerin ampirik tedavi seçeneklerini oldukça kısıtlayabilmektedir. Trimetoprim-sülfametoksazol (SXT), hem yüksek etki gücü hem de geniş bir hasta yelpazesinde kullanılabildiği için S.maltophilia enfeksiyonlarının tedavisinde ilk tercih olarak önerilen antibiyotiktir. Ancak son yıllarda farklı coğrafi bölgelerde yapılan çalışmalarda bu antibiyotiğe karşı da direnç görüldüğü bildirilmeye başlanmıştır. Bu çalışmada SXT’ye dirençli S.maltophilia izolatlarında, bu dirence neden olduğu bilinen sul1, sul2, dfrA9, dfrA10, dfrA20 genlerinin ve sınıf I, II integron gen kasetlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi, Farabi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarında, Ocak 2006-Ekim 2011 tarihleri arasında 339 hastaya ait çeşitli klinik örneklerden izole edilen 618 S.maltophilia suşu dahil edilmiştir. İzolatlar, konvansiyonel yöntemlere ilaveten Phoenix otomatize sistemi (Becton Dickinson, ABD) ile de tanımlanmış; otomatize sistem ve agar dilüsyon yöntemi ile 32 hasta izolatında (32/339, %9.4) SXT direnci saptanmıştır. Bu suşların 29 (%90.6)’u hastane, 3 (%9.4)’ü toplum kaynaklı enfeksiyonlardan izole edilmiştir. SXT-dirençli 32 farklı S.maltophilia izolatında dirence neden olduğu bilinen sul1, sul2, dfr genleri ve sınıf I ve II integron gen kasetleri özgül primerler kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle araştırılmış, ardından amplifiye edilen ürünlerin nükleotid dizi analizleri yapılmıştır. Bu işlemlerin sonucunda bir izolatta sınıf I integron gen kaseti ve sul1 geninin varlığı tespit edilmiştir. Gen kasetinin nükleotid dizi analizi incelendiğinde, sırasıyla beta-laktamaz enzimlerinden biri olan oksasilinaz (oxa-2), aminoglikozid direncine neden olan aminoglikozid 6’-N-asetiltransferaz [aac(6’)-IIc] ve kuaterner amonyum bileşikleri direnç genlerini (qacF) taşıdığı saptanmıştır. Sonuç olarak, S.maltophilia’da integron sınıf I gen kasetinin sahip olduğu oxa2, aac(6’)-IIc ve qacF gen dizilimi, bizim bildiğimiz kadarıyla ilk kez tanımlanmıştır. İntegron sınıf I gen kaseti ve sul1 geninin birlikteliğinin, S.maltophilia’da çoğul antibiyotik direnci gelişmesine aracılık edebileceği ve direncin yayılmasında kaynak oluşturabileceği göz önünde bulundurulmalıdır.Stenotrophomonas maltophilia, which is a non-fermentative gram-negative bacillus, has an increasing importance in nosocomial and opportunistic infections. Since it exhibits resistance to numerous broad- spectrum antibiotics such as aminoglycosides, beta-lactams and tetracyclines, it may considerably limit empirical treatment options. Trimethoprim-sulfamethoxazole (SXT) is recommended as the first-line therapy in the treatment of S.maltophilia infections thanks to its high potency and usefulness in a range of patients. In recent years, however, studies in different geographical regions have started to report resistance to SXT. In this study, we aimed to investigate the genes sul1, sul2, dfrA9, dfrA10, dfrA20 and class I, class II integron gene cassettes which are known to play role in SXT resistance among SXT- resistant S.maltophilia strains. A total of 618 S.maltophilia strains isolated from various clinical samples of 339 patients between January 2006 and October 2011 at the laboratory of Medical Microbiology Department, Faculty of Medicine, Karadeniz Technical University, Trabzon, Turkey, were included in the study. The isolates were identified by both conventional methods and the Phoenix automated identi- fication system (Becton Dickinson, USA). SXT resistance was determined in the isolates of 32 patients (32/339, 9.4%) by both the automated system and agar dilution method of them 29 (90.6%) were hospital-acquired, and 3 (9.4%) were community-acquired. The genes which are known as SXT resist- ance determining genes including sul1, sul2, dfr genes, and class I and class II integron gene cassettes were analyzed by using specific primers with polymerase chain reaction in the 32 SXT-resistant isolates. Subsequently, nucleotide sequence analysis of the amplified materials was performed. As a result of this assay, the presence of class I integron gene cassette and sul1 gene were detected in one isolate. Nucleotide sequence analysis of the gene cassette revealed oxacilinase (oxa2) type of beta-lactamase, an aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase [aac(6')-IIc], leading to resistance of aminoglycosides, and a quaternary ammonium compounds resistance gene (qacF), respectively. In conclusion, to best of our knowledge the sequences of class I integron gene cassette including oxa2, aac(6')-IIc, qacF genes were identified in S.maltophilia for the first time. It should be kept in mind that the co-presence of a class I integron gene cassette and the sul1 gene in S.maltophilia may lead to the development of multi-drug resistance and may act as a potential source for the dissemination of resistance

Investigation of integrons, sul1-2 and dfr genes in trimethoprim-sulfametoxazole-resistant stenotrophomonas maltophilia strains isolated from clinical samples

SANDALLI, Cemal/0000-0002-1298-3687WOS: 000336195500002PubMed: 24819258Stenotrophomonas maltophilia, which is a non-fermentative gram-negative bacillus, has an increasing importance in nosocomial and opportunistic infections. Since it exhibits resistance to numerous broad-spectrum antibiotics such as aminoglycosides, beta-lactams and tetracyclines, it may considerably limit empirical treatment options. Trimethoprim-sulfamethoxazole (SXT) is recommended as the first-line therapy in the treatment of S.maltophilia infections thanks to its high potency and usefulness in a range of patients. in recent years, however, studies in different geographical regions have started to report resistance to SXT. in this study, we aimed to investigate the genes sul1, sul2, dfrA9, dfrA10, dfrA20 and class 1, class II integron gene cassettes which are known to play role in SXT resistance among SXT-resistant S.maltophilia strains. A total of 618 S.maltophilia strains isolated from various clinical samples of 339 patients between January 2006 and October 2011 at the laboratory of Medical Microbiology Department, Faculty of Medicine, Karadeniz Technical University, Trabzon, Turkey, were included in the study. the isolates were identified by both conventional methods and the Phoenix automated identification system (Becton Dickinson, USA). SXT resistance was determined in the isolates of 32 patients (32/339, 9.4%) by both the automated system and agar dilution method of them 29 (90.6%) were hospital-acquired, and 3 (9.4%) were community-acquired. the genes which are known as SXT resistance determining genes including sul1, sul2, dfr genes, and class 1 and class II integron gene cassettes were analyzed by using specific primers with polymerase chain reaction in the 32 SXT-resistant isolates. Subsequently, nucleotide sequence analysis of the amplified materials was performed. As a result of this assay, the presence of class I integron gene cassette and sull gene were detected in one isolate. Nucleotide sequence analysis of the gene cassette revealed oxacilinase (oxa2) type of beta-lactamase, an aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase [aac(6')-IIc], leading to resistance of aminoglycosides, and a quaternary ammonium compounds resistance gene (qacF), respectively. in conclusion, to best of our knowledge the sequences of class I integron gene cassette including oxa2, aac(6')-IIc, qacF genes were identified in S.maltophilia for the first time. It should be kept in mind that the co-presence of a class 1 integron gene cassette and the su/1 gene in S.maltophilia may lead to the development of multi-drug resistance and may act as a potential source for the dissemination of resistance

Kronik ve Agresif Periodontitisli Hastalarda H.pylori Açısından Subgingival Plak Analizi

Amaç: Helicobacter pylori (H. Pylori), bir gram (-), mikroaerofilik bakteri olup, kronik aktif gastrit ve peptik ülserin etyolojik faktörüdür. Bazı çalışmalar, bu bakterinin, oral kavitede bulunduğunda, mide için potansiyel rezervuar olabileceğini göstermiştir. Çeşitli çalışmalar, H. pylori'nin kronik periodontitisli hastaların tükrük ve subgingival plaklarında görülebileceğini göstermiştir. Bununla birlikte agresif periodontitis hastaları ile ilgili herhangi bir veri yoktur. Bu çalışmada, kronik, agresif periodontitis ve gingivitis hastalarının subgingival plak örneklerinde H. pylori prevalansını saptamayı ve hastaların gastrik problemler konusunda bilinçlenmesini arttırmayı amaçladık.Gereç ve Yöntem: Bu çalışma, gastrik hastalık semptomu olmayan ve son 3 ayda antibiyotik kullanmayan 155 hasta (61 adet gingivitis, 60'ı kronik periodontitisli ve 34 agresif periodontitisli) içermekteydi. Subgingival plak örnekleri steril paper point kullanılarak alındı. H. pylori, A. actinomycetemcomitans ve P. gingivalis'in varlığı RT-PCR ile tespit edildi.Bulgular: Mikrobiyolojik analizin sonunda herhangi bir grupta H. pylori tespit edilmedi. Bununla birlikte, agresif periodontit grubunda yüksek oranda A. actinomycetemcomitans (%97.1) ve P. gingivalis (%100) görülmüştür. Bununla birlikte, A. actinomycetemcomitans ve P. gingivalis, kronik periodontitisli hastaların sırasıyla %30 ve %21.7'sinde bulunmuştur. A. actinomycetemcomitans ve P. gingivalis gingivitisli hastaların %24.6'sında bulundu. Sonuç: H. pylori, örneklerde saptanmamış olması, subgingival plağın bu bakteri için birincil rezervuar olmayabileceğini gösterdi