Integración viral y cáncer de cuello uterino

El cáncer de cuello uterino (CCU) constituye un problema generalizado de salud que ocupa el segundo lugar a nivel mundial entre las neoplasias malignas de la mujer.  Las infecciones persistentes con virus del papiloma humano (VPH) de alto riesgo son reconocidas actualmente como un factor necesario en el desarrollo de CCU y sus lesiones precursoras. Uno de los procesos que parece estar más involucrado en el origen de las células malignas, es el evento de integración del virus al genoma del huésped, relacionado también con la progresión de lesiones preinvasivas y el mantenimiento del fenotipo transformado. Estos eventos de integración, especialmente de VPH tipo 16 se dan en secuencias específicas del genoma viral, principalmente en su región E1/E2, interrumpiendo la secuencia y permitiendo que exista desregulación de las actividades de transcripción, conduciendo a la sobreexpresión de las oncoproteínas virales E6 y E7 que normalmente inactivan genes supresores de tumores, como p53 y pRb, responsables del control en importantes puntos de chequeo del ciclo celular. Actualmente el proceso de integración viral, es considerado como una alteración genética importante que caracteriza las displasias malignas, con potenciales aplicaciones como marcador de progresión de lesiones precursoras y herramienta de diagnóstico.Cervical cancer is the second most prevalent cancer worldwide and is the second leading cause of cancer deaths in women. Persistent infection with high-risk human papillomaviruses (HPVs) types are the causative agents of cervical cancer, since 99% of tumors are positive for HPV DNA, HPV is a necessary cause of invasive cervical cancer worldwide. One of the key events of HPV-induced carcinogenesis is the integration of the HPV genome into a host chromosome, related with precancerous lesions progression. Integration follows a more specific pattern with respect to the HPV genome, expression of the viral E6 and E7 genes is consistently maintained, whereas other positions of the viral DNA are deleted or their expression is disturbed, like E2 gene. Loss of expression of the HPV E2 transcriptional repressor is significant and may be critical for malignant progression, as it may result in increased HPV E6 and E7 expression. The HPV E6 and E7 oncoproteins inactivate the p53 and pRB tumor suppressors; expression of high-risk HPV E6/E7 oncogenes provides a subset of the minimally required carcinogenic hits for full transformation of human epithelial cells. There is also evidence for deregulated HPV-16 E6-E7 mRNA stability after integration and specific alterations of host cellular gene expression have been detected upon HPV genome integration. Currently, integration of HPV is considered to be an important genetic alteration for the progression of intraepithelial lesions to invasive disease with potential clinical applications like mark tumour progression and diagnostic tool

CARACTERIZACIÓN DE DOS PARÁMETROS DEL LÁTEX DE CLONES DE Hevea brasiliensis (Willd. ex A. Juss.) Müll. Arg. EN LA ALTILLANURA COLOMBIANA

Latex was characterized from RRIM 600, IAN 873 and FX 3864 Hevea brasiliensis clones, during the third year of tapping in the Colombian Altillanura region. Using random sampling, six tapping systems were evaluated per clone on a monthly basis for ten months. Response variables were Total Solids Content (TSC) and Dry Rubber Content (DRC) in latex. Data was adjusted by covariance analysis and matrices for comparison among response variables were generated for tapping system for each clone. Annual average rate of TSC and DRC was statistically different among treatments. The greater average TSC (36.8 % - 46.3%) and DRC (35.5 % - 43.4 %) occurred in systems without tapping stimulant application. Higher precipitation resulted in a decrease in average DRC values for all clones.Se caracterizó el látex de los clones RRIM 600, IAN 873 y FX 3864 de Hevea brasiliensis en tercer año de sangría, plantados en la altillanura colombiana. Se evaluaron seis sistemas de sangría por clon realizando una caracterización mensual durante diez meses, utilizando un muestreo al azar. Las variables respuesta fueron el Contenido de Sólidos Totales (TSC) y el Contenido de Caucho Seco (DRC) en látex. Se ajustaron los datos mediante un análisis de covarianza y se generaron matrices de comparación de las variables respuesta entre sistemas de sangría para cada clon. El análisis estadístico mostró diferencias en los índices promedio anuales de TSC y DRC. Los sistemas de sangría en los que no se aplicó estimulante presentaron los mayores índices promedio de TSC (36.8%-46.3%) y DRC (35.5%-43.4%). Se hizo evidente la influencia de los mayores niveles de precipitación en la disminución de los valores promedio de DRC para todos los clones

Development and validation of a taqman multiplex pcr assay for the gene dosage quantification in cancer

Gene dosage tests are very important for the molecular diagnosis of diseases caused by either deletion or amplification of a specific DNA region containing certain genes. Changes in gene copy number may lead to under- or over expression of genes responsible for the disease phenotype. Discovering these defects and understanding their biological meaning can lead to improved therapeutic opportunities in cancer. Fluorescent in situ hybridization (FISH) still remains the gold standard method for gene dosage analysis. However have several limitations since locus specific probes are expensive, the procedure is significantly time-consuming and tandem microduplications may be undetected as a result of the limited resolution on metaphase spreads. Quantitative Real-time PCR is a rapid assay with results available in 24h, has advantages in terms of sensitivity and specificity. In the present study, we have developed an assay using TaqManTM multiplex Real-time PCR for gene dosage analysis of oncogenes EGFR, ERBB2, AKT2, CMYC, MYCN, MYCL1, PI3KCA and REL in human cell lines. This method calculates the copy number of each oncogen and is a promising alternative technique to FISH and Southern blot. Therefore, this technique could be considered as a powerful method gene dosage quantitation in clinical and research genetic surveys.La evaluación de la dosis génica constituye una herramienta importante para el diagnóstico molecular de enfermedades causadas tanto por la pérdida o amplificación de una región específica de ADN. El cambio en el número de copias génicas, puede conllevar a la pérdida o sobreexpresión de los genes responsables de fenotipo de la enfermedad. El descubrimiento de estas alteraciones y la comprensión de su significado biológico pueden conducir al incremento de las oportunidades terapéuticas en cáncer. La hibridación fluorescente in situ (FISH) es el método de referencia para el análisis de la dosis génica “amplificación”. Sin embargo, presenta algunas limitaciones relacionadas con el costo de las sondas locus específicas; el procedimiento es demorado y las microduplicaciones en tándem podrían no ser detectadas como resultado de la limitada resolución de las metafases. En este sentido, la PCR cuantitativa es una metodología rápida y tiene ventajas en términos de sensibilidad y especificidad. En el presente estudio, se estandarizó la PCR multiplex en tiempo real para el análisis de la dosis génica de los oncogenesEGFR, ErbB2, AKT2, cMYC, MYCN, MYCL1, PI3KCA y REL en líneas celulares tumorales humanas, como una técnica alternativa al FISH para evaluar la dosis génica en muestras clínicas de cáncer

EVALUACIÓN DE SEIS SISTEMAS DE SANGRÍA PARA CUATRO CLONES DE Hevea brasiliensis (Willd. ex Adr. de Juss.) Muell.-Arg., EN LA ALTILLANURA COLOMBIANA

The rubber yield of four Hevea brasiliensis (Willd. ex Adr. de Juss.) Muell.-Arg. clones was evaluated on the Colombian high plains in the Meta department: ian 873 and rrim 600 (third year of tapping being done) and pb 260 and gt 1 (first year of tapping). Six tapping systems were used, including a combination of different tapping frequencies (d/4 and d/5), Ethephon concentrations (0%, 2.5%, 3.3% and 5%) and a number of applications per year (4 to 8) were also used depending on the clone. The production figures for one commercial year were obtained from assays, using a completely randomblock design (having four repetitions) independently defined for each clone: having on average 4446 g rubber/tree of produce per year for the rrim 600 clone within a system ½S, d/4, 6d/7, 10m/12, et 2.5%, Pa 7/y; 2696 g rubber/tree for the pb 260 clone with ½S, d/4, 6d/7, 10m/12, et 2.5%, Pa 5/y; 3822 g rubber/tree for the ian 873 clone, ½S, d/4, 6d/7, 10m/12, et 3.3%, Pa 8/y, and 3472 g rubber/ tree for the gt 1 clone, ½S, d/4, 6d/7, 10m/12, et 2.5%, Pa 5/y. The highest produce was obtained with a four-day tapping frequency.Este trabajo evaluó el desempeño productivo de cuatro clones de caucho natural (Hevea brasiliensis [Willd. ex Adr. de Juss.] Muell.-Arg.), sometidos a seis diferentes sistemas de sangría, los cuales incluyeron la combinación de dos diferentes frecuencias de sangrado cada cuatro y cinco días (d/4 y d/5) y cuatro concentraciones de Ethefon (0%, 2.5%, 3.0% y 5%) con un número de aplicaciones entre 4 a 8 veces por año. Los ensayos se realizaron en la plantación de la empresa mavalle s.a., ubicada en la altillanura colombiana, bajo un diseño de bloques completos al azar con cuatro repeticiones. Se obtuvieron producciones promedio por año de 4446 g de caucho/árbol para el clon rrim 600 en un sistema ½S, d/4, 6d/7, 10m/12, et 2.5%, Pa 7/y; 2696 g de caucho/árbol para el clon pb 260 bajo un sistema ½S, d/4, 6d/7, 10m/12, et 2.5%, Pa 5/y; 3822 g de caucho/árbol para el clon ian 873 en un sistema ½ S, d/4, 6d/7, 10m/12, et 3.3%, Pa 8/y, y 3472 g de caucho/árbol para el clon gt 1 bajo una sistema ½ S, d/4, 6d/7, 10m/12, et 2.5%, Pa 5/y. Se obtuvo la mayor producción en una frecuencia de sangrado cada cuatro días para los clones RRIM 600, gt 1 y pb 260

Primer reporte de susceptibilidad del clon de caucho natural fx-3864 a microcyclus ulei en la altillanura colombiana

First report of susceptibility of natural rubber clone FX-3864 a Microcyclus ulei en la altillanuera colombiana ResumenEl mal suramericano de las hojas (SALB), enfermedad endémica del caucho (Hevea brasiliensis), es causado por Microcyclus ulei (forma imperfecta Fusicladium macrosporum) y constituye el principal limitante del cultivo en América, área donde el microorganismo patógeno es endémico. En forma semejante al de otros cultivos agrícolas, el manejo de esta enfermedad está condicionado a la disponibilidad de resistencia genética en el hospedero. En razón de su productividad y condición de resistencia genética, el clon FX 3864 ha sido ampliamente plantado en zonas con diferente potencialidad epidémica a la incidencia del SALB en Colombia, particularmente las denominadas de “no escape” a la enfermedad. Durante el 2010, plantaciones con el clon FX 3864 en fase productiva presentaron síntomas de SALB en zonas de escape ubicadas en la altillanura colombiana (departamento del Meta). En parcelas trampa ubicadas en áreas aledañas a los cultivos se estableció que la severidad promedio de la enfermedad alcanzó niveles de 5,78% en este clon. Verificada la causalidad de la enfermedad mediante observaciones al microscopio se procedió a confirmar el origen del material sobre el cual se desarrollaban las lesiones, utilizando marcadores moleculares (4 microsatélites específicos). Los resultados de la prueba permitieron confirmar la susceptibilidad del hasta hace poco resistente clon FX 3864 al SALB en Colombia. Se sugiere tomar en consideración la nueva condición de este clon y, en concordancia, reorientar los programas de fomento del cultivo advirtiendo a los agricultores sobre los riesgos potenciales de ocurrencia de la enfermedad en las nuevas áreas programadas. Palabras clave: SALB, Hevea brasiliensis, Fusicladium macrosporum, cultivo de caucho. AbstractSouth American Leaf Blight (SALB), caused by Microcyclus ulei (anamorph Fusicladium macrosporum), is an endemic major disease of the rubber tree (Hevea brasiliensis) in America. As well as in other crop systems, its management on rubber plantations relies on plant genetic resistance availability, among other means. FX 3864 is a rubber tree clone widely planted in Colombia due to its production capability and disease resistance. During 2010 SALB symptoms developed in commercial crops at the Meta region of Colombia. Crop traps located nearby the plantations showed mean disease severity levels of 5.78%. Once the causal organism was microscopically confirmed as responsible for the diseased tissue, their origin was characterized by molecular means using 4 microsatellites specific to the rubber tree. The procedure confirmed that FX 3864 was the clone of origin of the leaf tissue. SALB occurring over FX 3864 implies the need to redirect crop disease management measures to be followed on the new development areas of rubber cultivation, warning growers about potential hazards of disease incidence. Key words: SALB, Hevea brasiliensis, Fusicladium macrosporum, rubber crop

Análisis bioinformático y predicción de genes en secuencias genómicas de clostridium sp. ibun22a

Este trabajo tuvo como propósito identificar secuencias de genes en clones obtenidos en una librería genómica de la cepa colombiana de Clostridium sp. IBUN 22A. Los insertos de nueve clones con tamaæos superiores a 500 pb fueron secuenciados y analizados por medio de bÅ“squedas de los insertos completos o de sus marcos abiertos de lectura (ORFs) traducidos en GenBank 141.0 y Uniprot 6.6 con BLAST 2.2.8. Se identificaron seis genes con alta similaridad a genes de metabolismo bÆsico (housekeeping) en diferentes especies de Clostridium. En el clon pBsIBUN22A-1 se localizó una secuencia de 851 pb con una identidad del 99.74% respecto al gen codificante de la enzima glicerol deshidratasa (DhaBl) de Clostridium butyricum (AY968605) involucrada en la producción de 1,3 Propanodiol (1,3-PD). La identifica­ción de genes presentes en la cepa nativa Clostridium IBUN 22A abre la puerta a la investigación básica y a la ingeniería metabólica para hacer más rentable el proceso de producción de 1,3-PD junto al conocimiento de los genes presentes en la cepa nativa. Palabras clave: análisis de secuencias, librería genómica, Clostridium, glicerol deshidratasa, 1,3-propanodiol.This work was aimed at identifying gene sequences in recombinant clones obtained from a genomic library from the Colombian Clostridium sp. IBUN 22A native strain. Nine clones greater than 500 bp were sequenced and analysed using BLAST 2.2.8 to search for complete inserts or their translated open reading frames (ORFs) in GenBank 141.0 and Uniprot 6.6. Seven genes having high similarity to housekeeping genes from different Clostridium species were identified. An 851 bp sequence was located in the pBsIBUN22A-1 clone, having 99.74% identity with the gene encoding the Clostridium butyricum enzyme glycerol dehydratase (DhaBl) which is involved in 1,3-propanediol (1,3-PD) production. Identifying genes in the native IBUN 22A strain formed the starting point for basic research and metabolic engineering aimed at making 1,3-PD production more profitable and increasing knowledge of genes present in the native strain. Key words: glycerol dehydratase, 1,3-propanediol, genomic library, Clostridium, sequence analysis

Frecuencia de 14 variantes genéticas asociadas con el riesgo y el tratamiento del cáncer de mama en una población colombiana

Introducción: las variaciones genéticas se han relacionado con el riesgo y la eicacia del tratamiento. Es sabido que muchos polimorfismos en cáncer de mama influyen en la susceptibilidad, el riesgo de cáncer y el resultado del tratamiento. Los polimorfismos varían entre las poblaciones, y por tanto, es necesario realizar estudios locales. Objetivo: establecer la frecuencia de polimorismos asociados al riesgo de cáncer de mama y la farmacogenómica del tratamiento en un grupo de individuos colombianos. Métodos: los datos de los perfiles de microarreglos, incluidos los polimorismos genéticos asociados con el tratamiento del cáncer de mama, se obtuvieron de forma retrospectiva (Pathway Genomics®). Se estudiaron la frecuencia del marcador CYP2D6 rs3892097 y un panel de cáncer de mama (CAS8 rs1045485, CHEK21100delC, ESR1 rs2046210,FGFR2 rs1219648, intergenic_2q35rs13387042, intergenic_8q24 rs13281615, MSRP30 rs10941679, TNRC9 rs3803662, AKAP9 rs6964587, LSP1 rs3817198, MAP3K1rs889312, PALBS1592 delT, ESR1 rs3020314). Resultados: se analizaron los datos de microarreglos de 68 hombres y 92 mujeres. Todos los polimorfismos siguieron el equilibrio Hardy-Weinberg. Las frecuencias fenotípicas de CYP2D6 rs3892097 C/T, CAS8 rs1045485 G/C, y aquellas de los genes incluidos en un panel de cáncer de mama (CAS8 rs1045485, CHEK21100delC, FGFR2rs1219648, intergenic_2q35rs13387042, intergenic_8q24 rs13281615, MSRP30 rs10941679, TNRC9 rs3803662, LSP1 rs3817198, MAP3K1rs889312, PALBS1592 del T, ESR1rs3020314) no difirieron significativamente de los datos publicados previamente. ESR1 rs2046210, con frecuencias alélicas de C = 0,04 y T = 0,02, y AKAP9 rs6964587, con una frecuencia de A = 0,005, se determinaron como raras.Investigación científica277-288Introduction: Genetic variations have been related to risk and treatment efficacy. Many polymorphisms in breast cancer are known to influence susceptibility, breast cancer risk and treatment outcome. Polymorphisms vary among populations; therefore, local studies are necessary. Objective: To establish the frequency of polymorphisms associated to breast cancer risk and treatment pharmacogenomics in a group of Colombian individuals. Methods: Data from microarray profiles including gene polymorphisms associated with breast cancer treatment were retrospectively collected (Pathway Genomics®). The frequency of marker CYP2D6 rs3892097 and a breast cancer panel (CAS8 rs1045485, CHEK21100delC, ESR1 rs2046210, FGFR2 rs1219648, intergenic_2q35rs13387042, intergenic_8q24 rs13281615, MSRP30 rs10941679, TNRC9 rs3803662, AKAP9 rs6964587, LSP1 rs3817198, MAP3K1rs889312, PALBS1592 delT, ESR1 rs3020314) were studied. Results: Microarray data from 68 men and 92 women were analyzed. All polymorphisms were in Hardy-Weinberg equilibrium. Genotypic frequencies of CYP2D6 rs3892097 C/T, CAS8 rs1045485 G/C, and those of genes included in a breast cancer panel (CAS8 rs1045485, CHEK21100delC, FGFR2rs1219648, intergenic_2q35rs13387042, intergenic_8q24 rs13281615, MSRP30 rs10941679, TNRC9 rs3803662, LSP1 rs3817198, MAP3K1rs889312, PALBS1592 del T, ESR1rs3020314) did not significantly differ from previously published data. ESR1 rs2046210, with allele frequencies of C=0.04 and T=0.02, and AKAP9 rs6964587, with a frequency of A=0.005, were determined as rare. Conclusions: The population studied was not significantly different in allele distribution from previously reported data at HapMap. Genotypes in Colombian population are similar to other previously studied groups of healthy subjects. Extended use of genotyping pharmacogenetic polymorphisms will prevent toxicity and adverse effects in tamoxifen treatment (for example in CYP2D6 rs3892097). Therefore, therapeutic alternatives should be evaluated based on individual pharmacogenetic studies

Genotipificación del virus de papiloma humano en mujeres con hallazgo citológico de lesión escamosa intraepitelial de bajo grado (lsil) o de significado indeterminado (asc-us) en bogotá, colombia

El virus de papiloma humano (vph) es el principal factor de riesgo asociado al cáncer cervical, y es la causa de muerte más común por cáncer entre las mujeres en Colombia. Por tanto, crece el interés a nivel mundial y nacional por mejorar las estra- tegias de control y diagnóstico de la infección; incluyendo técnicas de diagnóstico molecular que identifiquen y diferencien tipos virales específicos para así tener mejor entendimiento de la dinámica del virus en la historia natural de la infección por vph. En el presente trabajo se detectó el vph en 363 pacientes diagnosticadas con lesiones asc-us o lsil en su citología, pertenecientes al programa de tamizaje de cáncer de cérvix de la eps Sanitas. Sólo a 302 de estas muestras se les pudo realizar genotipifi- cación por Reverse Line Blot, de éstas el 20,5% (62/302 pacientes) fueron positivas para vph; los tipos virales de alto riesgo estuvieron presentes en el 82,2% y los de bajo riesgo, en el 17,8%. Por primera vez se realiza un acercamiento a la descripción de tipos virales específicos, encontrados en muestras con diagnóstico citológico de asc-us o lsil en Bogotá

Detección de mutaciones de los genes hMLH1 y hMSH2 del sistema de reparación de malos apareamientos del ADN en familias colombianas sospechosas de cancer colorrectal no polipósico hereditario (síndrome de Lynch).

Introduction. Colorectal cancer (CRC) is the second highest cause of cancer mortality in developed countries. In Colombia, CRC ranks fifth as a cause of cancer death. Approximately 75% of CRC appear to be spontaneous and 25% are familial, with 5% of the latter clearly hereditary. Of these, hereditary non-polyposis colorectal carcinoma (HNPCC)-or Lynch syndrome is the most important.Objective. Herein, the two most important genes involved in Lynch syndrome, the hMLH1 and hMSH2 were analyzed for presence of mutations.Materials And Methods. Seventeen Colombian families that fulfilled the Amsterdam II criteria or Bethesda guidelines for Lynch syndrome were selected. The of 35 exons of hMLH1 and hMSH2 genes were screened by SSCP and those with electrophoretic variants were sequenced.Results. Eight germinal mutations were detected, corresponding to a 47% detection mutation rate. Six of the eight mutations have previously been reported. These consisted of the following mutations: a single base substitution at the donor splicing site of exon 9, a single base substitution (A>G) at codon 755 of the exon 17, and another single base substitution (G>A) at codon 681 of exon 18. The two novel mutations consisted of a single base substitution (C>T) at codon 640 of exon 17 of the hMLH1 gene and a two-nucleotide deletion (TG) at codon 184 of exon 3 of hMSH2 gene. In addition, two families were observed with a polymorphism in the intron 13 (G>A) nt 1558+14, of hMLH1 gene.Conclusions. This study represented the first survey for detecting mutations associated with Lynch syndrome in Colombia, and is intended to lead to the establishment of a management and prevention program.Introducción. El cáncer colorrectal es la segunda causa de morbilidad y mortalidad por cáncer en los países desarrollados. En Colombia es la quinta causa de muerte entre los diferentes cánceres. Cerca del 75% de éstos corresponde a cánceres esporádicos, alrededor del 25% son familiares, y son claramente hereditarios el 5%. De éstos, el más importantes es el cáncer colorrectal no polipósico hereditario o síndrome de Lynch. Objetivo. Analizar los dos genes más importantes involucrados en el síndrome de Lynch, el hMLH1 y el hMSH2. Materiales y métodos. En 17 familias colombianas que cumplían con los criterios de Ámsterdam II o las pautas de Bethesda, se analizaron por SSCP los 35 exones de estos dos genes y las variantes electroforéticas se secuenciaron. Resultados. Se detectaron 8 mutaciones de línea germinal en las familias analizadas, 7 en el gen hMLH1 y 1 en hMSH2, y se encontró una tasa de detección de mutaciones del 47%. Seis de las 8 mutaciones encontradas en este estudio han sido previamente reportadas en la literatura. Un cambio de una base en el sitio donador de empalme en el exón 9 del gen hMLH1 (G>A) (dos familias), un cambio A>G en el codón 755 del exón 17, y un cambio G>A en el exón 18. Se detectaron dos nuevas mutaciones, una en el exón 17, un cambio C>T en el codón 640, y una deleción de TG en el codón 184 del exón 3 del gen hMSH2. También se detectó en dos familias un polimorfismo del intrón 13 del hMLH1. Conclusión. Este es el primer estudio realizado en Colombia que detecta mutaciones en el síndrome de Lynch y pretende establecer un programa integral de manejo y prevención