Short range order of CCl4: RMC and MD methods

The main objective of this paper is to present a method to fully determine the six degrees of freedom regarding position and orientation of a neighboring molecule around a central one, i.e. the g(rCM,¿) distribution function. This is accomplished by completely determining the short range structure of liquid carbon tetrachloride, while employing results from two different methods, Molecular Dynamics (MD) [1] and Reverse Monte Carlo (RMC) [2]. Exclusively, the structural ordering of the first four molecules will be detailed.Postprint (published version

DesignABILITY: Framework for the Design of Accessible Interactive Tools to Support Teaching to Children with Disabilities

Developing educational tools aimed at children with disabilities is a challenging process for designers and developers because existing methodologies or frameworks do not provide any pedagogical information and/or do not take into account the particular needs of users with some type of impairment. In this study, we propose a framework for the design of tools to support teaching to children with disabilities. The framework provides the necessary stages for the development of tools (hardware-based or software-based) and must be adapted for a specific disability and educational goal. For this study, the framework was adapted to support literacy teaching and contributes to the design of educational/interactive technology for deaf people while making them part of the design process and taking into account their particular needs. The experts' evaluation of the framework shows that it is well structured and may be adapted for other types of disabilities

Expresión del receptor de andrógenos relativa al receptor de estrógenos (AR/ER) y su correlación con una señal génica de proliferación en cáncer de seno ER-positivo

Objetivo: previamente se reportó que tumores de seno con proporción receptor de andrógenos/receptor de estrógenos ?2 (AR/ER ?2) se asocian con peores pronósticos. De acuerdo con lo anterior, el objetivo del presente estudio fue evaluar la relación entre la proporción AR/ER y una señal génica de proliferación celular en cáncer de seno (CS; también conocido como cáncer de mama) ER positivo (ER+). Métodos: se obtuvieron 1093 muestras de CS primario con datos de expresión génica de la base de datos pública NCI Genomic Data Commons. Se ejecutaron análisis bioinformáticos para establecer niveles de expresión génica de AR y ER, así como de los marcadores de proliferación AURKb, BUB1B, BUB1, CDK1 y CHEK1. Adicionalmente, se definieron subtipos moleculares de CS utilizando el bioclasificador PAM50. Resultados: 835 casos se reportaron como ER+. Entre estos, 58 tumores (7%) presentaron mayores niveles de expresión de AR respecto a ER (AR/ER ?2). En dichos casos se observaron niveles significativamente más altos de proliferación con respecto a tumores, con proporción AR/ER <2 (p = 0,02), y preferencialmente se clasificaron dentro de los subtipos moleculares luminal B y HER2 enriquecido (76,5%). Conclusión: nuestros resultados confirman reportes previos y sugieren que los casos de CS con proporción AR/ER ?2 se asocian con tumores que tienen un comportamiento biológico más agresivo. Asimismo, se refuerza la idea de utilizar inhibidores de AR para el tratamiento de pacientes con CS ER+ que presentan altos niveles de expresión de este tipo de cánce

Amplificación oncogénica como marcador tumoral en un grupo de pacientes con cáncer pulmonar

Introduction: In spite of recent treatment advances, lung cancer continues to be the first world cancer related death cause; its mortality associated occupied the fifth place in Colombia in 2004. Complete surgical resection is the therapeutic option with the greatest cure probability, however it results frequently ineffective given the current incapacity in Colombia to an early detection of the disease. This study reports the characterization of a group of 30 lung cancer patients regarding the gene dose (gene copy number) found at the loci corresponding to genes EGFR (erb B1), PIK3CA and C-myc in tumor samples, and compares the results with the dose found in adjacent lung from the same patients. Methods: The gene dose of EGFR (erbB1), PIK3CA, and C-myc were measured by real time PCR in matched tumor and normal lung tissue samples. Results are expressed as the multiplicity of each gene dose with respect to a single copy reference gene. In this case the gene HHB (human hemoglobin). Antiquity of the cases ranged from 5 to 10 years. Results: An increased gene dose for EGFR and PIK3CA was a feature clearly associated to the tumor phenotype of the sample (found in 96 and 100% of the tumors respectively). Quantitative measure of this feature demonstrated for both genes a high sensitivity and specificity for tumor/normal discrimination as confirmed by the ROC analysis. On the other hand, the Spearman test showed a great correlation between EGFR and PIK3CA doses (ρ=0.75). C-myc was the gene whose dose was less consistently correlated to the tumor phenotype, however most of the patients with amplified C-myc presented distant spread of tumor cells (metastasis) at diagnosis. Conclusion: Quantitative measurement of EGFR, PIK3CA, and C-myc gene dose by real time PCR provides a method for tumor phenotype recognition in DNA samples from lung tissue. These markers can be considered at the construction of a marker panel for lung cancer detection on alternative, non-invasive clinical samples. However clinical value will depend on the use of additional molecular markers, some of which could be of epigenetic character. Introducción: A pesar de los avances terapéuticos actuales, el cáncer de pulmón sigue como la primera causa de muerte por cáncer en el mundo, ocupando Colombia el quinto lugar en mortalidad por este tipo de afección en el 2004. La resección quirúrgica total es la alternativa terapéutica con mayores probabilidades de curaciones, pero resulta poco efectiva en el país por la incapacidad actual para detectar tempranamente la enfermedad. Este trabajo informa la caracterización de un grupo de 30 pacientes con cáncer de pulmón con referencia a la dosis génica hallada en los loci correspondientes a los genes EGFR (erb B1), PIK3CA y C-myc en muestras tumorales, comparada con la dosis encontrada en el tejido normal adyacente de los mismos enfermos. Métodos: La dosis génica se midió en cada caso por PCR en tiempo real sobre ADN aislado de tejido tumoral y normal preservado en parafina de cada paciente. Los resultados se expresan como el número de veces que la dosis de cada gen sobrepasa la dosis de un gen de referencia, en este caso el HHB (hemoglobina humana β). El rango de antigüedad de los casos fue de 5 a 10 años. Resultados: Una dosis génica incrementada para los genes EGFR, PIK3CA demostró ser una característica claramente asociada con el fenotipo tumoral (96% y 100% de los tumores respectivamente). La medición cuantitativa de dicho fenómeno demostró en ambos casos gran sensibilidad y especificidad para la discriminación tumor/normal como lo confirma el análisis ROC. Por otro lado, la amplificación simultánea de ambos genes en el mismo paciente fue un hecho observado con alta frecuencia (Spearman=0.75). La dosis de C-myc mostró una asociación menos consistente con el carácter tumoral, sin embargo todos los pacientes con C-myc amplificado presentaron dispersión distante de células tumorales (metástasis). Conclusión: La detección cuantitativa del estado de amplificación de los genes EGFR, PIK3CA y C-myc por PCR en tiempo real provee un medio sensible para reconocer el fenotipo tumoral en muestras de ADN extraído de tejido pulmonar. Estos marcadores podrían considerarse en el desarrollo de sistemas de detección (paneles) orientados a muestras clínicas alternativas como el plasma sanguíneo. Sin embargo, la definición de un panel de marcadores con valor clínico requiere el estudio de marcadores adicionales entre los cuales podrían incluirse algunos de tipo epigenético

Bioprospecting and characterization of poly-bhydroxyalkanoate (PHAs) producing bacteria isolated from Colombian sugarcane producing areas

Bioprospecting for poly-b-hydroxyalkanoate (PHA)-accumulating micro-organisms was carried out in sugarcane growing areas of Colombia. They were isolated in unbalanced culture medium (highcarbon/nitrogen ratio) with sucrose, fructose and glucose used as carbon source. PHAs producing bacteria were identified by staining with Sudan black and solubilising cellular components in sodiumhypochlorite. A arbitrary scale was established (ranging from 1 to 4) for selecting the best strains, acording to growth, staining with Sudan black and solubilising cellular material. 108 isolates rated higher than 2 were obtained by using this scale; 44 of these were selected for evaluating them in a balloon flask for their ability to grow in sucrose. Scheffe’s test grouped the isolates evaluated in the balloon flask for polymer production and productivity. The 6 best isolates were evaluated in a fermenter to determine their kinetic growth profiles, substrate consumption and polymer accumulation. Differential scanning calorimeter (DSC) was used on the recovered polymer for determining fusion temperature and the conclusion was reached that 2 strains accumulated poly--hydroxybutyrate (PHB) and another 4 accumulated hydroxy-butyrate copolymers and other monomer units. These 6 strains were molecularly characterised by partially sequencing the 16s rRNA ribosomal gene, localizing them in 4 clusters on the taxonomic tree

Caracterización de cepas nativas de clostridium spp por secuenciación parcial del gen ribosomal 16s rarn

Las cepas de Clostridium, productoras de solventes y ácidos, han sido caracterizados empleando una amplia gama de técnicas fisiológicas, bioquímicas y moleculares. Los trabajos más recientes han clasificado estos microorganismos en cuatro grupos y es de esperarse que muchos de los microorganismos anaerobios solventogénicos estén fuera de esta clasificación. El presente trabajo estuvo orientado a caracterizar molecularmente por 16S rARN trece cepas silvestres de Clostridium seleccionadas por su mayor capacidad para producir solventes con respecto a la cepa patrón de Clostridium acetobutylicum ATCC824. Se hizo la secuenciación parcial del gen 16S rARN, sobre su segmento final (aproximadamente 700 pb). Para anali-zar las secuencias, se calculó p y se construyó el dendograma empleando neighborjoining. Se pudo obser-var que las cepas silvestres no pertenecen a ninguno de los cuatro grupos de Clostridium solventogénicos sino que están cercanamente relacionadas con Clostridium butyricum.Solventogenic and acidogenic Clostridium has been characterized by biochemical, physiological and molecular techniques. These microorganisms have been classified into four groups but these may not necessarily be the only four exclusive groups; in fact, many of these microorganisms might not belong to any of these selected groups. The main goal was to classify 13 higher solvent- producing Clostridia strains through molecular biology techniques; strains were isolated by our Group. Sequence analysis was calculated by p and the dendogram was constructed by neighbor-joining. The results obtained strongly suggest the idea of a high similarity between the 13 native strains in the study and the fact that they had no relationship to any of the 4 groups established by Keis et al (1995). It was found that Clostridium butyricum strain is the most related specie to the thirteen Colombian strains

Revalorización de residuos de equipos eléctricos y electrónicos en Colombia: una alternativa para la obtención de metales preciosos y metales para la industria

This article aims to review the global context, and especially the Colombian context, regarding the management of waste electrical and electronic appliances, their use, recovery and the main extraction methods for high added-value base and precious metals. A literature review was carried out to obtain the quantities of residues, their main components and the extraction methods for base and precious metals; for Colombia, a case study was carried out in which, through a hydrometallurgy process applied to cellular phones, the quantities of base and precious metals that can be obtained were calculated. Only 15.5 % of e-waste in the world is recycled, the main recyclable components are iron (Fe), copper (Cu), aluminum (Al), lead (Pb), nickel (Ni), silver (Ag), gold (Au) and palladium (Pd), and that using e-waste as a source of metals could reduce energy consumption by 60-95 %. For the case study in Colombia, it was found that 3.8 t/year of Cu, 3.5 t/year of Fe, 56.5 kg/year of Ag, 6 kg/year of Pd and 10 kg/year of Au could be obtained. The conclusion is that recovering metals from electrical and electronic waste is feasible and that alternatives should be sought to take advantage of them due to their potential added value.El objetivo de este artículo es revisar el contexto mundial, y especialmente el colombiano, respecto al manejo de los residuos de equipos eléctricos y electrónicos, su aprovechamiento, recuperación y los principales métodos para la extracción de metales base y preciosos de alto valor agregado. Para ello, se realizó una revisión bibliográfica para obtener las cantidades de residuos, sus componentes principales y los métodos de extracción de metales base y preciosos; para Colombia, se realizó un estudio de caso, en el que, mediante un proceso de hidrometalurgia aplicado a teléfonos celulares, se calcularon las cantidades de metales base y preciosos que se pueden obtener. Se encontró que solo se aprovecha el 15,5 % de los residuos electrónicos en el mundo, que los principales componentes reciclables son el hierro (Fe), el cobre (Cu), el aluminio (Al), el plomo (Pb), el níquel (Ni), la plata (Ag), el oro (Au) y el paladio (Pd), y que el uso de los residuos electrónicos como fuente de metales podría reducir el consumo de energía entre 60 % y 95 %. Para el estudio de caso en Colombia, se encontró que se podrían obtener 3,8 t/año de Cu, 3,5 t/año de Fe, 56,5 kg/año de Ag, 6 kg/año de Pd y 10 kg/año de Au. Se concluye que es viable la recuperación de metales a partir de residuos eléctricos y electrónicos y que se deben buscar alternativas para aprovecharlos debido a su potencial valor agregado

Volcanic Emissions and Atmospheric Pollution: A Study of Nanoparticles

The influence of emissions of an active volcano on the composition of nanoparticles and ultrafine road dust was identified in an urban area of the Andes. Although many cities are close to active volcanoes, few studies have evaluated their influence in road dust composition. Air quality in urban areas is significantly affected by non-exhaust emissions (e.g. road dust, brake wear, tire wear), however, natural sources such as volcanoes also impact the chemical composition of the particles. In this study, elements from volcanic emissions such as Si \u3e Al \u3e Fe \u3e Ca \u3e K \u3e Mg, and Si—Al with K were identified as complex hydrates. Similarly, As, Hg, Cd, Pb, As, H, Cd, Pb, V, and salammoniac were observed in nanoparticles and ultrafine material. Mineral composition was detected in the order of quartz\u3e mullite\u3e calcite\u3e kaolinite\u3e illite\u3e goethite\u3e magnetite\u3e zircon\u3e monazite, in addition to salammoniac, a tracer of volcanic sources. The foregoing analysis reflects the importance of carrying out more studies relating the influence of volcanic emissions in road dust in order to protect human health. The road dust load (RD10) ranged between 0.8 and 26.8 mg m−2 in the city

Relación del aporte de oxígeno y la supervivencia del paciente con shock en UCI.

El objetivo del presente trabajo es establecer la repercusión en la supervivencia del paciente críticamente enfermo con diagnóstico de shock y el diagnóstico del equilibrio ácido-base presentes en los gases sanguíneos de ingreso a la Unidad de Cuidados Intensivos

Characterization of mammary neoplasia by electrical impedance spectroscopy: canine model

Introducción: La espectroscopia de impedancia eléctrica (EIE) es una técnica fácil de usar y de bajo costo que se puede utilizar para analizar tejidos biológicos en condiciones normales o patológicas. El objetivo de este trabajo fue caracterizar neoplasias de glándula mamaria benignas y malignas aplicando la técnica EIE en muestras extraídas de 45 caninos hembras (Canis lupus familiaris). Métodos: Se utilizó un medidor de impedancia eléctrica, Hioki 3532-50, para determinar los parámetros bioeléctricos: resistencia de la matriz extracelular (R), resistencia de la matriz intracelular (S), frecuencia característica (Fc) y capacitancia de membrana (Cm) en un rango de frecuencias entre 42 Hz y 5 MHz y se analizaron estadísticamente mediante la prueba no paramétrica U de Mann-Whitney (Wilcoxon) de dos colas. La precisión diagnóstica de la EIE se efectuó a través de curvas características de operación del receptor (COR) y tablas de doble entrada, con la histopatología como referencia. Resultados: Se encontraron diferencias estadísticamente significativas entre el tejido mamario sano y las neoplasias benignas para los parámetros R, Fc y Cm, p-value &amp;lt; 0,05. Entre tejido mamario sano y neoplasias mamarias malignas se encontraron diferencias estadísticamente significativas para R y Fc con un p-value &amp;lt; 0,05. La comparación entre lesiones tumorales benignas y malignas no presentó diferencias estadísticamente significativas, p-value &amp;gt; 0,05, para ninguna de las variables incluidas en este estudio. Conclusiones: De los parámetros analizados por EIE, la resistencia de la matriz extracelular es la que mejor permite diferenciar entre tejidos mamarios normales y neoplásicos. La EIE es una herramienta diagnóstica potencial que puede ser utilizada en la detección de cáncer mamario, con una precisión diagnóstica cercana al 80%.Introduction: Electrical Impedance Spectroscopy (EIS) it is an easy to use and low-cost technique that can be used to analyze biological tissues in normal or pathological condition. The goal of this work was to characterize benign and malign mammary gland neoplasms applying the EIS technique in 45 female dogs (Canis lupus familiaris). Methods: An impedance meter Hioki 3532-50 was used to determine bioelectric parameters, extracellular matrix resistance (R), intracellular matrix resistance (S), characteristic frequency (Cf), and membrane capacitance (Mc), which were obtained in a 42 Hz and 5 MHz frequencies range. Were statistically analyzed with the non-parametric test of two-tailed MannWhitney (Wilcoxon). The diagnostic precision of the test was performed using receiver operating characteristics (ROC) and two-way tables using histopathology results as reference. Results: Significant differences between healthy mammary tissue and benign neoplasms were found for variables R, Cf and Mc (p &amp;lt; 0.05). There were statistically major differences between the healthy mammary tissue and malign mammary tumors groups for R and Cf (p &amp;lt; 0.05). The comparison between malign and benign tumor lesions did not show a statistically significant difference, p-value &amp;gt; 0.05, for any of the variables included in this study. Conclusion: Among all parameters analyzed for EIS, the extracellular matrix resistance R is the one that best allows differentiating between healthy and neoplastic mammary tissues. EIS is a diagnostic tool that can be used for breast cancer detection with a diagnostic precision close to 80%