Bronchoscopic findings in patients with HIV infection and Pneumocystis jirovecii pneumonia at Hospital Universitario San Ignacio

Introducción: el pulmón es uno de los órganos más afectados en los pacientes con infección por VIH, en especial por infecciones oportunistas, entre ellas la neumonía por Pneumocystis jirovecii (PCP). Objetivo: describir los hallazgos broncoscópicos y radiológicos más frecuentes en pacientes con infección por VIH en quienes se confirmó neumonía por Pneumocystis jirovecii en el Hospital Universitario San Ignacio, desde enero de 2005 hasta enero de 2010. Diseño: estudio descriptivo de corte transversal. Materiales y métodos: de 1.880 historias clínicas revisadas, se seleccionaron 40 pacientes que fueron hospitalizados con diagnóstico de infección por VIH y que tenían toda la información clínica, radiológica y broncoscópica. Resultados: 74% de los pacientes tenía un conteo de CD4 menor a 200 células. El hallazgo broncoscópico más frecuente fue traqueobronquitis; en la radiografía de tórax se observaron infiltrados intersticiales y alveolares difusos y en la TACAR de tórax 92,3% de los easos presentaron infiltrados en vidrio esmerilado. Conclusiones: en pacientes con infección por VIH y neumonía por PCP, el hallazgo broncoscópico más frecuente fue traqueobronquitis; en el TACAR el infiltrado en vidrio esmerilado fue el predominante.Artículo original24-36Hospital Univesitario San Ignaciolntroduction: the lung is one of the most compromised organs in patients with HIV infection, especially by opportunistic diseases, including Pneumocystis jirovecii pneumonia (PCP). Objective: to describe the most frequent bronchoscopic and radiologic findings in patients with HIV mrecnon and confirmed Pneumocystis jirovecii pneumonia at Hospital Universitario San Ignacio, over the period from January 2005 to January 201 O. Design: descriptive cross-cut study. Materials and methods: 1.880 clinical records were reviewed; 190 patients, who had been hospitalized with diagnosis of HIV infection and had complete clinical, radiologic, and bronchoscopic information. were included. Results: 74% of the patients hada CD4 count s 200 cells. The most frequent bronchoscopic finding was trachoobronchitis. Chest films showed diffuse interstitial and alveolar infiltrates, and in 92,3% of cases ground glass infiltrates appeared on high-resolution chest scans. Conclusions: in patients with HIV infection and PCP, the most frequent bronchoscopic finding was tracheobronchitis; and ground glass infiltrates were predominan! on high-resolution chest scans

Bronchial endoscopic ultrasound, a new tool in interventional bronchoscopy

El desarrollo que ha experimentado la broncoscopia en los últimos cincuenta años puede considerarse admirable y acelerado. Sin duda, no existe otra área de la Neumología que haya logrado avances tan notorios, relevantes y profundos en tan poco tiempo. En 1967, Shigeto Ikeda, en colaboración con la empresa Machida Endoscopic C. y Olympus Optical Co, diseñó un modelo de broncoscopio flexible que fue presentado en el IX Congreso Internacional de Neumología, celebrado en Copenhague, suscitando gran expectativa. Este fue el comienzo del desarrollo de la broncoscopia flexible y supuso un gran avance en la patología respiratoria al hacer posible la exploración de amplios territorios anatómicos del árbol bronquial, no accesibles con el broncoscopio rígido. Su introducción obligó a modificar la clasificación y nomenclatura de la distribución anatómica del árbol bronquial. La realización de la broncoscopia y su tecnología han mejorado notablemente. Estamos en la generación número veinte de los broncoscopios flexibles, los canales de trabajo son más grandes, hay mejores accesorios, lo que posibilita la toma de biopsias de mayor tamaño, y hay algunos tan delgados como de 1,8 mm, con 3.000 fibras ópticas para la observación directa de objetos de 2 a 30 mm en un rango de 75 grados. El gran desarrollo tecnológico se base en el progreso de diferentes áreas: instrumentación, fibra óptica, fuentes de iluminación, electrónica y técnicas anestésicas, solo por mencionar algunas de las más sobresalientes. El desarrollo del ultrasonido endoscópico (EBUS, del inglés EndoBronchial UltraSound) se remonta a una década, con Becker, basándose en los resultados obtenidos por los aparatos de ecoendoscopia digestiva en la estadificación de cánceres del tracto digestivo. En la actualidad, las aplicaciones diagnósticas del EBUS han aumentado de forma considerable pasando a ocupar un puesto relevante no sólo dentro de la especialidad, sino también en el campo de la cirugía torácica (1, 2).Artículo de revisión202-20

Epigenetics regulation of lung cancer : implications for clinical doctor

En el mundo, el cáncer de pulmón es la principal causa de muerte por neoplasias, y ello se debe a que su detección ocurre en los estadios más avanzados de la enfermedad(III o IV). Dentro de los factores de riesgo descritos en la generación de este cáncer se encuentran el consumo de tabaco, la inhalación y posterior acumulación de radón y asbestos en el tejido pulmonar, la contaminación ambiental y la presencia de alteraciones genéticas y de factores epigenéticos que regulan la expresión o represión de genes involucrados con el desarrollo tumoral. Los mecanismos de regulación epigenética que pueden intervenir en la progresión tumoral son: la metilación del ADN, la modificación covalente de histonas y la presencia de ARN no codificantes. En las diferentes etapas de progresión tumoral se ha descrito la participación de los mecanismos epigenéticos como reguladores de procesos relacionados con proliferación, transición epitelio mesénquima, metástasis, apoptosis, entre otros. Esta revisión de tema se enfoca en describir el papel de la epigenética en la progresión tumoral pulmonar y plantea la importancia de ampliar el conocimiento en esta disciplina con fines de diagnóstico y tratamiento.Artículo de revisión332-347Lung cancer is the leading cause of malingnancy death worldwide. This phenomenon occurs when detected in the most advanced stages of the disease (stage III or IV). There are risk factors described in the generation of this cancer such us the consumption of tabacco, inhalation and subsequent accumulation of radon and asbestos in lung tissue, environmental pollution, the presence of genetic alterations, and the presence of epigenetic factors regulating the expression or repression of genes involved in tumor development. Epigenetic regulation mechanisms may get involved in tumor progression. They are DNA methylation, histone covalent modification and the presence of noncoding RNAs. At different stages of tumor progression it described, the involve of epigenetic mechanisms as regulators of processes related to proliferation, epithelial mesenchymal transition, metastasis, apoptosis, and others describes different stages of the tumor progression. This review focuses on describing the role of epigenetics in the progression of the lung tumor and remarks on the importance of enhancing knowledge in this discipline for diagnosis and treatment

Joint transcriptomic analysis of lung cancer and other lung diseases

Q2Q1Completo1-18Background: Epidemiological and clinical evidence points cancer comorbidity with pulmonary chronic disease. The acquisition of some hallmarks of cancer by cells affected with lung pathologies as a cell adaptive mechanism to a shear stress, suggests that could be associated with the establishment of tumoral processes. Objective: To propose a bioinformatic pipeline for the identification of all deregulated genes and the transcriptional regulators (TFs) that are coexpressed during lung cancer establishment, and therefore could be important for the acquisition of the hallmarks of cancer. Methods: Ten microarray datasets (six of lung cancer, four of lung diseases) comparing normal and diseases-related lung tissue were selected to identify hub differentiated expressed genes (DEGs) in common between lung pathologies and lung cancer, along with transcriptional regulators through the utilization of specialized libraries from R language. DAVID bioinformatics tool for gene enrichment analyses was used to identify genes with experimental evidence associated to tumoral processes and signaling pathways. Coexpression networks of DEGs and TFs in lung cancer establishment were created with Coexnet library, and a survival analysis of the main hub genes was made. Results: Two hundred ten DEGs were identified in common between lung cancer and other lung diseases related to the acquisition of tumoral characteristics, which are coexpressed in a lung cancer network with TFs, suggesting that could be related to the establishment of the tumoral pathology in lung. The comparison of the coexpression networks of lung cancer and other lung diseases allowed the identification of common connectivity patterns (CCPs) with DEGs and TFs correlated to important tumoral processes and signaling pathways, that haven´t been studied to experimentally validate their role in the early stages of lung cancer. Some of the TFs identified showed a correlation between its expression levels and the survival of lung cancer patients. Conclusion: Our findings indicate that lung diseases share genes with lung cancer which are coexpressed in lung cancer, and might be able to explain the epidemiological observations that point to direct and inverse comorbid associations between some chronic lung diseases and lung cancer and represent a complex transcriptomic scenario

Pulmonary manifestations in patients with Human Immunodeficiency Virus (HIV) infection

El virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) continúa siendo un problema de salud pública mundial, a pesar de la introducción de la terapia antirretroviral y la profilaxis frente a patógenos oportunistas. El pulmón es uno de los órganos más afectados por condiciones tanto infecciosas como no infecciosas en el contexto de la enfermedad retroviral; sin embargo, la prevalencia de las enfermedades de las vías respiratorias ha cambiado en las últimas dos décadas, tanto local como globalmente, por lo que se decidió realizar una búsqueda de la literatura más reciente en las bases de datos Medline y SciELO, incluyendo revisiones de tema y estudios originales, con el objetivo de elaborar una descripción actualizada de las principales enfermedades pulmonares descritas en pacientes con VIH, desde los puntos de vista clínico, paraclínico, radiológico y broncoscópico.1-15Human immunodeficiency virus (HIV) remains a public health problem worldwide, despite the introduction of antiretroviral therapy and prophylaxis against opportunistic pathogens. The lung is one of the most affected organs by both infectious and non-infectious diseases in the context of HIV, however, the prevalence of respiratory tract diseases has changed over the past two decades, both locally and globally, therefore, the authors decided to conduct a search of the most recent literature on Medline and SciELO databases, including reviews and original studies, with the aim of elaborating an updated description of the main pulmonary diseases in patients with HIV, taking into account clinical, paraclinical, radiological and bronchoscopic aspects

Cambio en la mortalidad intrahospitalaria durante el primer pico por SARS- COV-2 en Bogotá, Colombia

Resumen Introducción: La mortalidad por SARS-COV-2 ha disminuido en diferentes países, pero no se ha evaluado si es igual en Colombia, o si se relaciona con las características de los pacientes y tratamientos utilizados. Objetivo: Comparar la mortalidad por SARS-COV-2, en dos periodos de tiempo controlando por factores de riesgo asociados con mortalidad. Metodología: Estudio observacional, basado en una cohorte retrospectiva de pacientes con SARS-COV-2 atendidos en el Hospital Universitario San Ignacio, Bogotá (Colombia), desde el 19 de marzo al 12 de noviembre, 2020. Se comparó la tasa de mortalidad intrahospitalaria de los pacientes egresados antes y después del 21 de agosto de 2020 (primer pico de mortalidad en Colombia) y se analizó el impacto del momento de atención controlando por comorbilidades, severidad al ingreso y tratamiento recibido, usando un modelo de regresión logística. Resultados: 1399 pacientes (944 antes y 455 después del primer pico de mortalidad) fueron analizados. La tasa de mortalidad intrahospitalaria global fue similar en ambos periodos (17.6% vs 16.3%, p=0.539). En el análisis multivariado se encontró que la atención en el segundo periodo de tiempo se asoció a menor mortalidad (OR 0.66 IC95% 0.47; 0.93, p=0.018), a diferencia del aumento de la misma asociado a la edad (OR 1.06 IC95% 1.05; 1.07, p<0.001), sexo masculino (OR 1.84 IC95% 1.33; 2.54 p<0.001), cirrosis (OR 1.89 IC95% 1.24; 2.88, p=0.003), enfermedad renal (OR 1.36 IC95% 1.00; 1.83, p=0.043) y el uso de dexametasona (OR 1.53 IC95% 1.03; 2.28, p=0.031). Conclusiones: La tasa de mortalidad intrahospitalaria se redujo después del 21 de agosto durante la primera ola de la pandemia en Bogotá, posiblemente asociado a la mejoría en la capacidad de respuesta del sistema de salud en ese momento, o a un menor inoculo viral de los pacientes infectados. Estos hallazgos pueden cambiar con la saturación del sistema de salud.Introduction: Mortality secondary to SARS-COV 2 has decreases around the world, however this has not been evaluated in Colombia neither has the correlation between patient characteristics or treatments. Objective: To compare the mortality due to SARS-COV-2, in two periods of time, controlling risk factors associated with mortality. Methodology: Observational retrospective cohort study of patients with SARS- COV-2 treated at the San Ignacio University Hospital in Bogotá (Colombia), from March 19 to November 12, 2020. The in-hospital mortality rate of patients discharged before and after August 21, 2020 (surge mortality in Colombia) was compared. The impact of the moment of attention was analyzed controlled by comorbidities, severity at admission and treatment received using a bivariate and multivariate logistic regression model. Results: 1399 patients (944 before and 455 after August 21) were analyzed. The overall in-hospital mortality rate was similar at both times (17.6%vs16.3percentage, p=0.539). In the multivariate analysis, it was found that the moment of attention was associated with lower mortality (OR 0.66 95% CI0.47;0.93,p=0.018), in contrast to its increase associated with age (OR 1.06 95% CI 1.05;1.07,p=<0.001), male sex (OR 1.84 95%CI 1.33;2.54,p=<0.001), cirrhosis (OR1.89 95%CI 1.24;2.88, p=0.003), kidney disease (OR 1.36 95% CI1.00;1.83,p=0.043) and the use of dexamethasone (OR1.53 95%CI 1.03;2.28,p=0.031). Conclusions: The in-hospital mortality rate fell after August 21 during the first wave of the pandemic in Bogotá-Colombia, possibly associated with an improvement in response capacity, or a lower viral inoculum of infected patients. These findings may change with the saturation of the health systemN/

Eficacia y seguridad del uso de medicamentos para la cesación de la adicción al tabaco: revisión de guías de práctica clínica

Objetivo Revisar la eficacia y seguridad de medicamentos para cesación del tabaquismo en el contexto de construcción de guías de práctica clínica (GPC).Métodos Revisión sistemática de GPC para adaptación mediante ADAPTE. Los desenlaces fueron cesación ≥6 meses y seguridad de las intervenciones. Las GPC se calificaron por pares con DELBI. Se extrajeron resultados de estudios agregativos incluidos en las guías seleccionadas.Resultados Los fármacos duplican la cesación comparados con placebo (tasas de 25,0 % hasta 27,0 % al combinarse con consejería). Los mayores incrementos en cesación se obtienen con ansiolíticos y antidepresivos (8,7% a 19,4%), y los menores con terapia de reemplazo nicotínico –TRN- (5,2% a 12,9%). La nortriptilina tiene eficacia similar al bupropion (aproximadamente 10,0 %). Con limitadas excepciones (parche e inhalador, tabletas y bupropion), las combinaciones de medicamentos no incrementan la abstinencia.Conclusiones TRN, vareniclina, bupropion y nortriptilina son eficaces para dejar de fumar. Las combinaciones de medicamentos requieren más evidencia y deberían restringirse a personas con alta dependencia o con falla terapéutica inicial. Serían deseables análisis de costo-efectividad para valorar implementación de programas en países en desarrollo

Invasive fungal infection in immunosuppressed patients treated in a tertiary hospital

Antecedentes: las infecciones fúngicas invasivas son una causa importante de morbimortalidad mundial. El aumento en la incidencia de estas micosis se relaciona con el incremento de las condiciones de inmunosupresión. Objetivo: Describir las características demográficas y clínicas de pacientes inmunosuprimidos tratados con antifúngicos por sospecha de infecciones fúngicas invasivas en una institución de tercer nivel. Materiales y métodos: estudio descriptivo de corte transversal, en el que se incluyeron pacientes que recibieron tratamiento antifúngico durante 2012 y 2013, por sospecha de infecciones fúngicas invasivas (aspergilosis, criptococosis, histoplasmosis y mucormicosis) y condición de inmunosupresión. Resultados: se analizaron 81 pacientes, con predominio masculino (66,5%) y una media de edad de 44 años. El diagnóstico de base más frecuente fue neoplasia hematolinfoide seguido de infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH). La aspergilosis angioinvasiva (52%) y la criptococosis (28%) fueron las sospechas clínicas más frecuentes. El 43 y 85% de los pacientes tuvieron hallazgos anormales en radiografía y tomografía axial computarizada de tórax respectivamente. De aquellos con sospecha de aspergilosis, el 23% tuvo prueba de galactomanano positiva, en tanto que en aquellos con sospecha de criptococosis pulmonar, el 75% fue positivo para el antígeno capsular. El 22% de los pacientes fallecieron y el 17% requirieron estancia en UCI y soporte hemodinámico. Conclusión: es importante sospechar de forma temprana la infecciones fúngicas invasivas, así como establecer un algoritmo diagnóstico e instaurar el tratamiento antifúngico de manera anticipada para disminuir los desenlaces fatales. La dificultad en la confirmación microbiológica de las infecciones fúngicas invasivas continúa siendo una problemática local, similar a lo reportado en la literatura mundial.Artículo original10-17Background: invasive fungal infections (IFI) are a major cause of mortality and morbidity worldwide. The increased incidence of these fungal infections are associated with an increase in immunosuppressive conditions. Objective: to describe demographic and clinical characteristics of immunosuppressed patients treated with antifungals for suspected invasive fungal infection (IFI) in a tertiary hospital. Materials and methods: in this descriptive cross-sectional study, immunosuppressed patients receiving antifungal treatment during 2012 and 2013, with suspected IFI (aspergillosis, cryptococcosis, mucormicosis and histoplasmosis) were included. Results: 81 patients, predominantly men (66.5%), with a mean age of 43.8 years were analyzed. The most common underlying conditions were lymphoproliferative disorders followed by HIV infection. Angioinvasive aspergillosis (52%) and cryptococcosis (28%) were most frequently suspected. 43% and 85% of patients had abnormal findings on chest radiograph and CT, respectively. 22% of the patients died and 17% required monitoring in the ICU and hemodynamic support. Conclusion: This highlights the importance of a high index of suspicion and early diagnosis of IFI, following an algorithm that enables the timely initiation of antifungal treatment to reduce fatal outcomes. It also identifies the obstacles of getting microbiological confirmation of these pathogens; the difficulties being similar in our institution to those reported elsewhere

Pneumocystis jirovecii colonization frequency in Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) patients in Bogota, Colombia

Antecedentes : la colonización por Pneumocystis jirovecci ( P. jirovecii ) se ha postulado como causa de deterioro de la función pulmonar en pacientes con Enfermedad Pulmonar Obstructiva Crónica (EPOC). Se desconocía la frecuencia de aparición de la colonización por P. jirovencii en esa pobla- ción en Colombia. Objetivo: documentar la frecuencia de colonización por P. jirovecii en mayores de 40 años con EPOC excluyendo a los pacientes que requirieran manejo inmunosupresor y a las personas infectadas por el Virus de la Inmunodefi ciencia Humana (VIH). Materiales y métodos: se trató de un estudio de corte transversal, que contó con muestreo no probabilístico por conveniencia y selección continua de pacientes. Se realizó PCR (reacción en cadena de polimerasa) en tiempo real (rt-PCR) del esputo inducido con el Kit LighMix de P. jirovecii (Roche®-Suiza) amplifi cándose un fragmento de 244 pares de bases a partir del gen de la glicoproteína de superfi cie del hongo. Resul- tados: para una muestra de 52 pacientes en total, se documentó una frecuencia de colonización del 15,4% en todos los participantes mayores de 65 años, quienes además presentaron altos índices de sintomatología según la escala modifi cada Medical Research Council (MR Cm) y el cuestionario de evaluación de la EPOC (CAT). La mayoría de pacientes analizados se clasifi có como GOLD D (63%) en la clasifi cación por la Iniciativa Global para la EPOC. Conclusiones: la frecuencia de colonización por P. jirovecii en pacientes con EPOC detectada por rt-PCR en el esputo inducido fue del 15,4%. Este constituye el primer estudio colombiano que evalúa la frecuencia de colonización del hongo.8-16Background: Pneumocystis jirovecii colonization has been proposed as the explanation for lung function decline in patients with Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD). The co- lonization frequency due to Pneumocystis jirovecii in this group of patients was yet unknown in Colombia. Objective: To document the frequency of colonization in patients over 40 years old with COPD diagnosis. The study excludes patients who require immunosuppressive treatment and who are infected with Human Immunodefi ciency Virus (HIV). Materials and methods: A cross-sectional study was held, using non-probabilistic convenience sampling with continuous patient selection. Real time PCR (rt-PCR) of P. jirovecii was performed in an induced sputum sample, the fragment of 244 base pairs from the major surface glycoprotein gene of the fungus was amplifi ed using the LighMix Kit (Roche®-Switzerland). Results: From the sample of 52 pa- tients, we found a frequency of colonization of 15.4%. All colonized patients were over 65 years old with high symptomatology levels according to the modifi ed Medical Research Council scale (MRCm), and the COPD Evaluation Test (CAT). Most of the colonized patients were classifi ed as GOLD D (63%), as rated by the Global Initiative for COPD. Conclusions: The colonization frequency due to P. jirovecii in COPD patients detected by rt-PCR in induced sputum was 15.4%. This is the fi rst study to assess the frequency of P. jirovecii colonization in Colombia

Primary lung cancer cell culture from transthoracic needle biopsy samples

Artículo de investigación1-14Lung cancer is the leading cause of cancer death in the world. The high mortality rate of this pathology is directly related to its late detection, since its symptoms can be masked by other diseases of lower risk. Although in recent years the number of research related to this subject has increased, molecular mechanisms that trigger this disease remains poorly understood. Experimental models are therefore vital for use in research. Immortalized cell lines have inherent limitations. Explanted tumoral cells obtained by transthoracic needle biopsy can be a potential source of primary culture of human lung tumor cells. Tumor specimens from 14 patients suspected of primary or metastatic lung cancer were obtained by CT-guided transthoracic lung biopsy. Solid tumors were mechanically disaggregated under a stereoscope. Cells were cultured in Base C growth media supplemented with 5% fetal bovine serum in 24-well cell culture plates. Primary lung cancer cell culture was successfully cultured from 12 out of 14 patients. Once a confluent monolayer was obtained, cells were enzymatically harvested and passaged to Petri culture dishes. These primary cell cultures were characterized by cytogenetic tests and gene expression analysis of diagnostic markers. These primary cell cultures revealed chromosome rearrangements and changes in their chromosome complement typical of tumoral cells. Additionally, Fluorescence in situ hybridization analysis demonstrated that three cultures exhibited EGFR amplification. Finally, expression profiles of CK7, NAPSIN A, TTF1, and P63 genes allowed in some cases to confirm sample tumor phenotype. These results demonstrate that primary lung cancer cell culture is possible from percutaneous puncture and provides an important biological source to asses and investigate the molecular mechanisms of lung cancer