Modelagem difusa para suporte à decisão na descoberta de SNPs em sequências de cDNA.

Diferenças pontuais entre pares de bases de diferentes sequências alinhadas são o tipo mais comum de variabilidade genética. Tais diferenças, conhecidas como polimorfismos de base única (single nucleotide polymorphisms – SNPs), são importantes no estudo davariabilidade das espécies, pois podem provocar alterações funcionais ou fenotípicas, as quais podem implicar em consequências evolutivas ou bioquímicas nos indivíduos das espécies. A descoberta de SNPs por algoritmos computacionais é uma prática bastante difundida e o presente texto apresenta um modelo que se baseia em lógica difusa (fuzzy logic) para, a partir de resultados prévios, auxiliar na tomada de decisão, nos casos em que as informações preliminares sejam divergentes, assim como, na confirmação de informações coincidentes

Programa pedagógico de Medicina intensiva para o internato

A Medicina Intensiva desenvolveu-se do avanço de muitas disciplinas clínicas. Seu surgimento vem do reconhecimento de que pacientes graves teriam melhor atendimento caso fossem reunidos em área específica de um hospital, onde seriam assistidos por uma equipe multidisciplinar especializada. A construção desses setores, denominados Unidades de Terapia Intensiva, iniciou-se a partir dos anos 1960. Desta forma surgiu uma especialidade que abrange atitudes e habilidades no reconhecimento do manuseio de pacientes gravemente enfermos, onde se fazem necessárias intervenções terapêuticas imediatas como corolário de raciocínio fisiopatológico e clínico apurados, sendo, portanto, um excelente ambiente de treinamento para o estudante. Por outro lado, a Medicina Intensiva não é contemplada na grade curricular da maioria das Faculdades de Medicina do Brasil, inclusive no UniFOA e os internos desta instituição ao estagiarem na UTI do Hospital Municipal Dr. Munir Rafful o fazem de maneira empírica e sem um direcionamento pedagógico, o que dificulta o processo de ensino-aprendizagem. Portanto o objetivo deste projeto é elaborar um programa teórico-prático em Medicina Intensiva, oferecendo aos alunos uma ferramenta instrucional que tenha impacto na sua formação médica e prática clínica. Pretende-se alcançar este objetivo respaldando-se no princípio da integralidade da assistência ao paciente proposto pelas diretrizes curriculares nacionais para a graduação médica. Obviamente, por se tratar de educação médica, serão revisadas as correntes pedagógicas no ensino da Medicina e a dinâmica da sua mudança: da reforma flexneriana até as estratégicas pedagógicas ativas, onde o aluno é estimulado a pesquisar e se tornar co-responsável por seu aprendizado. Para construção do produto final – o programa em si - utilizar-se-á um questionário com perguntas aos estudantes sobre habilidades (realização de procedimentos em UTI), interesses em lidar com doentes críticos e o impacto que o conhecimento em patologias graves teria em sua formação médica geral. A partir destes dados pretende-se produzir um abrangente programa em Medicina Intensiva com métodos pedagógicos ativos como a aprendizagem baseada em problemas, assim como aulas teóricas convencionais somado à prática na UTI e treinamento de habilidades em manequins

Modelagem difusa para suporte à decisão na descoberta de SNPs em sequências de cDNA.

Diferenças pontuais entre pares de bases de diferentes sequências alinhadas são o tipo mais comum de variabilidade genética. Tais diferenças, conhecidas como polimorfismos de base única (single nucleotide polymorphisms - SNPs), são importantes no estudo davariabilidade das espécies, pois podem provocar alterações funcionais ou fenotípicas, as quais podem implicar em consequências evolutivas ou bioquímicas nos indivíduos das espécies. A descoberta de SNPs por algoritmos computacionais é uma prática bastante difundida e o presente texto apresenta um modelo que se baseia em lógica difusa (fuzzy logic) para, a partir de resultados prévios, auxiliar na tomada de decisão, nos casos em que as informações preliminares sejam divergentes, assim como, na confirmação de informações coincidentes.SBIAgro 2009

Thermal photon production in heavy ion collisions

Using a three-dimensional hydrodynamic simulation of the collision and an equation of state containing a first order phase transition to the quark-gluon plasma, we study thermal photon production for $Au+Au$ collisions at $E_{lab}=11.5$ AGeV and for $Pb+Pb$ collisions at $160$ AGeV. We obtain surprisingly high rates of thermal photons even at the lower energy, suggesting that, contrary to what was expected so far, photon production may be an interesting topic for experimental search also at the Alternating Gradient Synchrotron. When applied to the reaction $S+Au$ at $200$ AGeV, our model can reproduce preliminary data obtained by the WA80 Collaboration without having to postulate the existence of an extremely long-lived mixed phase as was recently proposed.Comment: 9 pages, figures are uudecoded compressed and tare

Estrutura populacional da raça Girolando.

RESUMO - O objetivo neste estudo foi avaliar a estrutura genética da população de bovinos da raça Girolando no Brasil. Analisou-se o arquivo de pedigree de 26.969 animais, composto de 3.031 machos e 23.938 fêmeas. O nível de conteúdo de informação do pedigree na geração atual foi 61%, mostrando ser de qualidade moderada. O coeficiente de endogamia médio e o coeficiente de relação médio da população Girolando foram 0,11 e 0,13%, respectivamente. O tamanho efetivo da população, considerando a geração completa traçada, foi 188, acima do nível crítico. Do total de 9.457 ancestrais que contribuíram para a população de referência, 457 explicaram 50% da variabilidade genética da população. O número efetivo de fundadores foi 551 e o de ancestrais 393. O intervalo médio de geração foi de 5,26 anos, sendo ligeiramente maior nas trilhas gaméticas mãe-filho e pai-filha. A partir dos coeficientes estimados, pode-se concluir que a endogamia nos rebanhos da raça Girolando foi de pequena magnitude e que as práticas de acasalamento foram adequadas durante o período avaliado. No entanto, é importante continuar com o monitoramento desses coeficientes a fim de prevenir perda de variabilidade genética. ABSTRACT - The aim of this study was to evaluate the population structure of Girolando cattle in Brazil. The pedigree file contained 26,969 individuals, from which 3,031 were males and 23,938 were females. The average level of completeness of the pedigree in the current generation was of reasonable quality (61%). Inbreeding and average relatedness coefficients were low: 0.11 and 0.13%, respectively. Estimates of effective population size considering the full generations traced was 188, which is above the critical level range. The number of ancestors that contributed to the reference population was 9,457 animals, from which 457 explained 50% of the genetic variability of the population. The effective number of founders and the effective number of ancestors in this population were, respectively, 551 and 393. The average generation interval was 5.26 years, slightly higher in genetic pathways dam-son and sire-daughter. The inbreeding in the Girolando breed was of small magnitude, indicating that the current practices of mating were adequate during the study period. However, it is important to continue monitoring these coefficients in order to prevent loss of genetic variability

Micronucleus formation induced by biomass burning particles derived from biomass burning induce high micronucleus frequency in Tradescantia pallida assay (TRAD-MN)

Manual harvesting is usually done after to sugar cane burning which is responsible for seasonal emission of air pollutants in Brazil and it is believed to be responsible for deleterious health effects in exposed populations. The mutagenic potential of sugar cane burning harvesting particulate and particle surrogates of residual oil fly ash (ROFA) were evaluated in assays measuring micronuclei (MN) in the pollen mother cells of Tradescantia pallida (TRAD-MN). Micronuclei frequencies in TRAD-MN to sugar cane burning residues (SCBR) at doses 0.3 and 0.03 mg/mL were respectively 2.18 ± 0.35 and 5.53 ± 1.04, whereas to ROFA from incinerator and ROFA from an electrostatic precipitator installed in one of the chimneys of a steel plant, MN frequencies were, respectively, 3.43 ± 0.7 and 4.90 ± 1.07. Significant differences were detected among the groups (p < 0.001), demonstrating that SCBR was at least as genotoxic as the fossil fuel derived particles. The results suggest that the burning process to harvest sugar cane should be better controlled. Keywords: pollution, burning particles, micronuclei, Tradescantia pallida . Partículas derivadas da queima de biomassa induzem alta frequência de micronúcleos no ensaio de Tradescantia pallida (TRAD-MN) Resumo A coleta de cana-de-açúcar manual é geralmente realizada após a queima, a qual é responsável pela emissão sazonal de poluentes atmosféricos no Brasil e acredita-se que este seja responsável pelos efeitos deletérios a saúde da população exposta. O potencial mutagênico da queima de cana-de-açúcar e partículas oriundas de resíduos em cinza de óleo queimado (ROFA) foi avaliado em ensaio que mede a freqüência de micronúcleos (MN) em células mãe de grão de pólen de Tradescantia pallida (TRAD-MN). A freqüência de TRAD-MN em resíduos de queima de cana de açúcar (SCBR) nas doses de 0.3 e 0,03mg/mL foi, respectivamente de 2,18 ± 0,35 e 5,53 ± 1,04, enquanto para ROFA de incinerador e ROFA de um precipitador eletrostático instalado em uma chaminé de uma indústria siderúrgica, a freqüência de MN foi, respectivamente, 3,43 ± 0,7 e 4,90 ± 1,07. Diferença significante foi observada entre os grupos (p<0,001), demonstrando que SCBR foi ao menos tão genotóxico quanto às partículas derivadas de combustíveis fósseis. Os resultados sugerem que o processo de queima de cana-de-açúcar no período da safra deveria ser mais bem controlado. Palavras-Chave: poluição, partículas de queimadas, micronúcleos, Tradescantia pallida

Inferência difusa aplicada à identificação de informação genômica em sequências de cDNA.

bitstream/item/89812/1/BOP-29.pd

Programa de melhoramento genético da raça girolando. Avaliação genética de vacas - julho/2013.

bitstream/item/90490/1/DOC-166-Vacas-Girolando-2013-completo.pd

A Low-cost Infrastructure for Massive Storage of Phenotype Data for Dairy Cattle Genetic Improvement Program.

ICOMP'1

Avaliação do desempenho relativo de bancos de dados NoSQL para arquivos de genótipos.

A bioinformática e a genômica trabalham com bases de dados fora do padrão tradicional ou clássico que, por sua vez, caracterizam-se pela organizacão tabular e pelo tratamento destas em SGBDRs. Arquivos de genótipos são exemplos de bases de dados não clássicas e são caracterizados por serem gerados como arquivos textos, com dados desbalanceados, com alta dimensionalidade e por ocuparem muito espaço, entre outros aspectos. Os SGBDRs não têm se mostrado uma boa solucão para o tratamento de tais bases e, portanto, o presente trabalho busca avaliar o desempenho relativo entre bancos de dados NoSQL que representam duas famílias de diferentes modelo de dados, a partir de cenários de teste para a manipulação de arquivos de genótipo