Validation of selected medical centers involved in molecular diagnostics of cancer in the field of EGFR1 mutations determination

Rak płuca to jeden najczęściej występujących nowotworów złośliwych w Polsce i na świecie. Według danych statystycznych rocznie jest przyczyną zgonów 1,3 miliona osób na całym świecie. W niedrobnokomórkowym raku płuc (NDRP) u niektórych chorych (10–15% Ameryka Północna i Europa Zachodnia; 30–35% Japonia i Wschodnia część Azji) występują mutacje somatyczne w genie receptora nabłonkowego czynnika wzrostu (EGFR) powodujące stałą aktywność tego receptora. Występowanie takich mutacji ściśle wiąże się ze skutecznością działania niektórych inhibitorów kinazy tyrozynowej (TKI). Określenie statusu genu EGFR jest kluczowe w doborze najbardziej odpowiedniego schematu leczenia chorych z NDRP. Celem tej pracy jest wykazanie, czy ośrodki zaangażowane w diagnostykę molekularną chorób nowotworowych posiadają odpowiedni potencjał, aby skutecznie przeprowadzić analizę statusu genu EGFR1 w zakresie zmian w eksonach 19. i 21. Dodatkowym celem jest wypracowanie odpowiednich standardów postępowania. Wynikiem przeprowadzonego procesu walidacji są następujące zalecenia dla laboratoriów diagnostycznych: 1. Materiał do izolacji DNA powinien zawierać nie mniej niż 50% utkania nowotworowego; 2. Ujednolicenie procedury izolacji DNA ze skrawków parafinowych wymaga stosowania gotowego zestawu do izolacji DNA; 3. W przypadku braku jednoznacznego wyniku, powinno się wykorzystać dwie metody oznaczania mutacji, zaleca się, aby jednego z wykonywanych oznaczeń dokonać przy wykorzystaniu metody sekwencjonowania bezpośredniego; 4. Zaleca się rozszerzenie panelu analizowanych eksonów do 18., 19., 20. i 21.; 5. Od momentu wypisania skierowania na badanie diagnostyczne do momentu przekazania wyniku badania nie powinno upłynąć więcej niż 10 dni roboczych. Onkol. Prak. Klin. 2011; 7, 3: 138–145Lung cancer is one of the most common cancers in Poland and abroad. According to statistics, it causes the death of 1.3 million people per year worldwide. In a nonsmall cell lung cancer (NSCLC), some patients have somatic mutations in the gene for epidermal growth factor receptor (EGFR), resulting in a constant activity of this receptor (10–15% patients of North American and Western European origin, and 30–35% of patients from Japan and Eastern Asia). The occurrence of such mutations is closely associated with efficacy of tyrosine kinase inhibitors (TKI). Thus, determination of EGFR status is crucial in selecting the most appropriate treatment of patients with NSCLC. The aim of this paper is to show whether the laboratories involved in molecular diagnostics for cancer have the potential to effectively determinate the mutation status (in exons 19 and 21) of the EGFR1 gene. An additional objective is to develop appropriate standards for mutation testing in non-small cell lung cancer. As the result of valiadtion process conducted in the study, the following recommendations for diagnostic laboratories were approved: at least 50% of cancer cells should be present in a tissue for DNA isolation; 2. The method of DNA isolation should be standardized, the most appropriate is usage of DNA isolation kits; 3. In case of equivocal results two independent molecular methods should be employed, one of them should be direct sequencing; 4. It is recommended to extend the panel of analyzed exons to 18, 19, 20 and 21; 5 The turnaround time (TAT) should not take more than 10 working days Onkol. Prak. Klin. 2011; 7, 3: 138–14

A new Triassic-Jurassic section in the southern part of the Holy Cross Mts. (Poland) implications for palaeogeography

Sedimentological, stratigraphical and geophysical studies across a new Triassic-Jurassic transition section in the Holy Cross Mts., Poland have revealed a large sedimentary hiatus embracing the entire latest Triassic–Early Jurassic – earliest Middle Jurassic time interval and yielded new data on the Triassic fluvial system and on Middle Jurassic shallow marine sedimentation. The presence of organic-walled dinoflagellate cysts allowed a precise age assignment of the black clay facies. Regional discussions and comparisons may be made with other areas with a similar depositional environment in Poland. For the first time a counterpart of the “Kościeliskie Beds” lithostratigraphic unit is proposed to exist in the Holy Cross Mts. area

Patient specific outcomes of charged particle therapy for hepatocellular carcinoma : a systematic review and quantitative analysis

Hepatocellular carcinoma (HCC) is a raising condition world-wide. Most of patients are ineligible for surgery at diagnosis due to the advanced stage of the disease or poor medical condition of the patient. Charged particle therapy (CPT) is a radiotherapy modality showing promising results. The aim of this systematic review was to summarize current knowledge on patient-specific outcomes of CPT for HCC, including overall survival, local control, the effect of radiation dose and the toxicity burden. The systematic review was performed according to Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses (PRISMA). After comprehensive database search 17 cohorts (16 studies, 1516 patients) were included into qualitative and quantitative analyses; 11 of 16 studies were retrospective. Eleven studies were on protons, 2 studies were on protons and carbon ions and 4 on carbon ions alone, were identified. Median BED10 (biologically equivalent dose) range was 68.75\u2013122.5 GyE. Mean weighted overall survival across studies was 86%, 62%, 59% and 35% at 1, 2, 3 and 5 years, respectively. Mean weighted local control was 86%, 89%, 87% and 89% at 1, 2, 3 and 5 years, respectively. Adjusted morbidity rates were: 54% for acute G1-2 toxicities and 6% for acute 65G3 toxicities; 9% for late G1-2 toxicities and less than 4% for late 65G3 toxicities. There was no treatment-associated mortality. Conclusions: CPT offers high local control, acceptable overall survival and low post-treatment morbidity. Quality of findings, especially on toxicities, is decreased by incomplete reporting and retrospective designs of available studies. Therefore, there is a strong need for better reporting and prospective studies