PCR altamente sensible para la detección de Leptospira spp. patógenas en tejidos embebidos en parafina

This study describes the development and application of a new PCR assay for the specific detection of pathogenic leptospires and its comparison with a previously reported PCR protocol. New primers were designed for PCR optimization and evaluation in artificially-infected paraffin-embedded tissues. PCR was then applied to post-mortem, paraffin-embedded samples, followed by amplicon sequencing. The PCR was more efficient than the reported protocol, allowing the amplification of expected DNA fragment from the artificially infected samples and from 44% of the post-mortem samples. The sequences of PCR amplicons from different patients showed >;99% homology with pathogenic leptospires DNA sequences. The applicability of a highly sensitive and specific tool to screen histological specimens for the detection of pathogenic Leptospira spp. would facilitate a better assessment of the prevalence and epidemiology of leptospirosis, which constitutes a health problem in many countries.El presente estudio describe el desarrollo y aplicación de un nuevo ensayo de PCR para la detección específica de leptospiras patógenas y su comparación con un protocolo reportado previamente. Se diseñaron nuevos cebadores para la optimización y evaluación de la PCR en tejidos embebidos en parafina infectados artificialmente. La PCR se aplicó además a muestras de tejidos embebidos en parafina y se realizó la secuenciación del amplicón resultante. La PCR diseñada fue más eficiente que el protocolo reportado, permitiendo la amplificación del fragmento de ADN esperado en las muestras infectadas artificialmente y del 44% de las muestras post mortem. Se secuenciaron 10 amplicones provenientes de pacientes diferentes. La aplicabilidad de una herramienta altamente sensible y específica en la búsqueda de leptospiras patógenas en especímenes histopatológicos podría facilitar una mejor valoración de la prevalencia y la epidemiología de la leptospirosis, la que constituye un problema de salud en disímiles países

Detección, caracterización molecular y resistencia a antimicrobianos de Treponema pallidum subsp. Pallidum, en Cuba. 2012-2017

Se presenta la frecuencia de Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA) en lesiones ulceradas de pacientes cubanos (2012-2017), su relación con variables clínico-epidemiológicas, así como la identificación de los subtipos/genotipos y determinantes genéticos asociados a resistencia a antimicrobianos en la bacteria. La implementación de herramientas moleculares en el Laboratorio Nacional de Referencia del IPK determinó que 53,8 % de los pacientes estaban infectados con TPA y que individuos jóvenes, la seropositividad al VIH, las relaciones sexuales entre hombres y el no uso del condón constituyeron predictores de riesgo para el desarrollo de úlceras sifilíticas. Se constató diversidad genética en los treponemas identificados, sustentada en la variedad de subtipos (8)/genotipos (7) circulantes, la presencia de eventos de recombinación genética y la detección de T. pallidum subsp. endemicum (agente causal de bejel). Además se identificó la presencia de mutaciones de resistencia a los macrólidos en 90,3 % de los aislados de TPA, lo que sugiere el no uso de este antimicrobiano como tratamiento alternativo de la sífilis venérea. Esta es la primera investigación de su tipo en Cuba, y sus resultados constituyen elementos esenciales para los programas de prevención y control de las infecciones de transmisión sexual en Cuba y el mundo

Detección, caracterización molecular y resistencia a antimicrobianos de Treponema pallidum subsp. Pallidum, en Cuba. 2012-2017

Se presenta la frecuencia de Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA) en lesiones ulceradas de pacientes cubanos (2012-2017), su relación con variables clínico-epidemiológicas, así como la identificación de los subtipos/genotipos y determinantes genéticos asociados a resistencia a antimicrobianos en la bacteria. La implementación de herramientas moleculares en el Laboratorio Nacional de Referencia del IPK determinó que 53,8 % de los pacientes estaban infectados con TPA y que individuos jóvenes, la seropositividad al VIH, las relaciones sexuales entre hombres y el no uso del condón constituyeron predictores de riesgo para el desarrollo de úlceras sifilíticas. Se constató diversidad genética en los treponemas identificados, sustentada en la variedad de subtipos (8)/genotipos (7) circulantes, la presencia de eventos de recombinación genética y la detección de T. pallidum subsp. endemicum (agente causal de bejel). Además se identificó la presencia de mutaciones de resistencia a los macrólidos en 90,3 % de los aislados de TPA, lo que sugiere el no uso de este antimicrobiano como tratamiento alternativo de la sífilis venérea. Esta es la primera investigación de su tipo en Cuba, y sus resultados constituyen elementos esenciales para los programas de prevención y control de las infecciones de transmisión sexual en Cuba y el mundo

An Alternative and Rapid Method for the Extraction of Nucleic Acids from Ixodid Ticks by Potassium Acetate Procedure

Four variants of the potassium acetate procedure for DNA extraction from ixodid ticks at different stage of their life cycles were evaluated and compared with phenol-chloroform and ammonium hydroxide methods. The most rapid and most efficient variant was validated in the DNA extraction procedure from the engorged ticks collected from bovine, canine as well as from house ticks for the screening of Borrelia burgdorferi sensu lato, Anaplasma spp. and Babesia spp. The ammonium hydroxide procedure was used for non-engorged ticks. All the variants were efficient and allowed obtaining PCR-quality material according to the specific amplification of 16S rRNA gene fragment of the original tick. DNA extracted from the ticks under the study was tested by multiplex PCR for the screening of tick-borne pathogens. Anaplasma spp. and Babesia spp. amplification products were obtained from 29/48 extracts. Ammonium hydroxide protocol was not efficient for two extracts. Detection of amplification products from the PCR indicated that DNA had been successfully extracted. The potassium acetate procedure could be an alternative, rapid, and reliable method for DNA extraction from the ixodid ticks, mainly for poorly-resourced laboratories

Protective Face Mask Filter Capable of Inactivating SARS-CoV-2, and Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus and Staphylococcus epidermidis

Face masks have globally been accepted to be an effective protective tool to prevent bacterial and viral transmission, especially against indoor aerosol transmission. However, commercial face masks contain filters that are made of materials that are not capable of inactivating either SARS-CoV-2 or multidrug-resistant bacteria. Therefore, symptomatic and asymptomatic individuals can infect other people even if they wear them because some viable viral or bacterial loads can escape from the masks. Furthermore, viral or bacterial contact transmission can occur after touching the mask, which constitutes an increasing source of contaminated biological waste. Additionally, bacterial pathogens contribute to the SARS-CoV-2-mediated pneumonia disease complex, and their resistance to antibiotics in pneumonia treatment is increasing at an alarming rate. In this regard, herein, we report the development of a non-woven face mask filter fabricated with a biofunctional coating of benzalkonium chloride that is capable of inactivating more than 99% of SARS-CoV-2 particles in one minute of contact, and the life-threatening methicillin-resistant Staphylococcus aureus and Staphylococcus epidermidis (normalized antibacterial halos of 0.52 ± 0.04 and 0.72 ± 0.04, respectively). Nonetheless, despite the results obtained, further studies are needed to ensure the safety and correct use of this technology for the mass production and commercialization of this broad-spectrum antimicrobial face mask filter. Our novel protective non-woven face mask filter would be useful for many healthcare workers and researchers working in this urgent and challenging field