3,883 research outputs found

    The implementation of sustainability practices in portuguese higher education institutions

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    The purpose of this work is to analyze the current state of implementation of sustainability development (SD) in Portuguese higher education institutions (HEIs). Design/methodology/approach A questionnaire was developed to measure the level of implementation of SD practices in HEIs as well as the number of rankings, certifications and declarations of these institutions. The questionnaire was sent by e-mail to all rectors, presidents, directors of faculties, departments and schools of Portuguese universities and polytechnics. A sample of 53 leaders was obtained. Findings Portuguese HEIs are mainly engaged in the social dimension of sustainability. The economic dimension emerges in second place and the institutional in third; the environmental dimension is the least developed. Except for a few specific topics (e.g. related to research on SD, and the offer of degree courses in SD), there are no significant differences between universities and polytechnics in the implementation of SD practices. Only 11 per cent of HEIs are innovators in the implementation of SD practices, and a majority of HEIs have implemented less than 34 per cent of the SD practices studied. Research limitations/implications This research has a national scope, and the results should be interpreted only in the Portuguese context. Future studies should include a larger range of institutional actors within the faculty. Practical implications This study provides valuable insights and theoretical and methodological guidance for future implementation processes supporting the transition to sustainability in HEIs. Originality/value This is the first study conducted in Portuguese HEIs with the aim of determining their efforts to implement and promote sustainability.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

    An intergroup perspective on attitude moralization

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    Attitude moralization is a social psychological phenomenon with many far-reaching implications for individuals, groups, and society. It refers to a process in which people’s attitudes toward societal issues become more strongly connected to their fundamental beliefs about right and wrong, and core values. For instance, people may come to believe that gender inequality or human-caused climate change “is morally wrong and unacceptable” and strongly oppose these issues because it is “a matter of moral principle”. Surprisingly, we know very little about the psychology behind attitude moralization in the context of intergroup relations and conflicts. This is important because moralization is likely to be influenced by relations and conflicts between groups. Therefore, this dissertation offers an intergroup perspective on the study of attitude moralization. We propose that people may moralize societal issues in response to threatening events perpetrated by members of other groups. As such, people may moralize societal issues to protect their and their group’s values against external and “evil” attack. We tested these ideas by using different methods, contexts, and samples. We indeed found that people moralized issues (e.g., sexism, climate change) when they felt their own and their group’s values were violated by immoral members of other groups. Moreover, people moralized issues when undertaking collective action against an immoral opponent. However, people did not seem to moralize issues when similar violations were perpetrated by members of their own group. This research paves the road toward a broader understanding of moralization by integrating the role of the intergroup context

    Automated Identification and Classification of Stereochemistry: Chirality and Double Bond Stereoisomerism

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    Stereoisomers have the same molecular formula and the same atom connectivity and their existence can be related to the presence of different three-dimensional arrangements. Stereoisomerism is of great importance in many different fields since the molecular properties and biological effects of the stereoisomers are often significantly different. Most drugs for example, are often composed of a single stereoisomer of a compound, and while one of them may have therapeutic effects on the body, another may be toxic. A challenging task is the automatic detection of stereoisomers using line input specifications such as SMILES or InChI since it requires information about group theory (to distinguish stereoisomers using mathematical information about its symmetry), topology and geometry of the molecule. There are several software packages that include modules to handle stereochemistry, especially the ones to name a chemical structure and/or view, edit and generate chemical structure diagrams. However, there is a lack of software capable of automatically analyzing a molecule represented as a graph and generate a classification of the type of isomerism present in a given atom or bond. Considering the importance of stereoisomerism when comparing chemical structures, this report describes a computer program for analyzing and processing steric information contained in a chemical structure represented as a molecular graph and providing as output a binary classification of the isomer type based on the recommended conventions. Due to the complexity of the underlying issue, specification of stereochemical information is currently limited to explicit stereochemistry and to the two most common types of stereochemistry caused by asymmetry around carbon atoms: chiral atom and double bond. A Webtool to automatically identify and classify stereochemistry is available at http://nams.lasige.di.fc.ul.pt/tools.ph

    Social Responsibility in a Social Economy Organization: The Case of Social Center of Quinta do Anjo

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    Neste artigo realiza-se uma análise descritiva das práticas de Responsabilidade Social existentes no Centro Social da Quinta do Anjo, Instituição Particular de Solidariedade Social do Concelho de Palmela. Este trabalho resulta de um trabalho de campo desenvolvido com o objetivo de introduzir o conceito de Responsabilidade Social na instituição, promovendo a reflexão acerca da sua importância, enquanto potenciador de comportamentos éticos favoráveis à imagem da instituição. Com este estudo visa-se, igualmente, compreender qual a perceção atual dos colaboradores, nomeadamente as chefias intermédias com formação técnica, em relação às práticas de responsabilidade social existentes na organização. Como instrumento de pesquisa utilizou-se um questionário que aborda cinco áreas que devem ser consideradas pelas organizações no desenvolvimento da Responsabilidade Social das Organizações.In this paper was performed a descriptive analysis of the Social Responsibility practices of the private institution of social solidarity of the municipality of Palmela (Portugal), called Social Center of Quinta do Anjo. This work is the result of fieldwork done with the objective of to introduce the concept of Social Responsibility into the institution, promoting the reflection about its importance, as an enhancer of the ethical behavior favorable to the image of the institution. The aim of this study is also to understand the current perception of employees, namely intermediate managers with technical training, in relation to existing practices in the organization. As research technique, it was used a questionnaire, which addresses five areas of Social Responsibility that should be considered by organizations that want to improve their performance in that area.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

    Influence of post-thaw culture period on the developmental potential of frozen embryos

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    Tese de mestrado, Biologia (Biologia Humana e Ambiente), 2009, Universidade de Lisboa, Faculdade de CiênciasResumo alargado em português disponível no document

    Measuring the association of perceived service quality and health-related quality of life: The case of a Portuguese long-term care unit

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    Demand in the healthcare sector has been growing and currently represents a highly competitive market with increasingly demanding patients. Demographic changes in the Portuguese context are creating significant challenges to this sector and service quality may be a paramount competitive factor for the success of these organisations. The goal of this dissertation is to understand the perceived service quality and health-related quality of life from the perspective of patients undergoing long-term care treatments. Based on a case study approach, and aiming to achieve the proposed goal, two questionnaires were applied to patients: one based on the SERVPERF instrument, proposed by Cronin and Taylor (1992), and a second one consisting of the EQ-5D-3L, proposed by the EuroQol Group (1990). The latter was applied at two different moments, at the beginning of the treatment and 30 days after. During the second data collection moment, the SERVPERF based instrument was also applied. This investigation not only intended to study the existence of a relationship between perceived service quality and health-related quality of life but also to analyse patients’ satisfaction and the possible differences between patients under public and private networks at the same unit. Results showed good reliability of the SERVPERF dimensions and the Satisfaction construct. It was identified that some patients’ characteristics – residence and living arrangement – have influence in the perceived service quality and patients’ satisfaction. It was also identified that there is a positive and significant relationship between perceived service quality and the patients’ satisfaction. When evaluating the association with the perceived service quality and the health-related quality of life, it was disclosed that there is a slight relationship but non-significant between them. As no significant differences were found regarding the perceptions of patients among different networks (public or private), it is possible to state that the unit analysed does not differentiate the service supplied to patients based on where they come from (network).O sector da saúde tem crescido e atualmente é um mercado bastante competitivo e com pacientes cada vez mais exigentes. Mudanças sociodemográficas em Portugal estão a criar grandes desafios a este sector e a qualidade do serviço pode ser um fator competitivo primordial para o sucesso destas organizações. O principal objetivo desta dissertação é entender como é que a qualidade do serviço e a qualidade de vida relacionada à saúde são percecionados pelos pacientes em tratamentos de cuidados continuados. De forma a concretizar este objetivo, foram aplicados dois questionários aos pacientes. O SERVPERF, proposto por Cronin and Taylor (1992), e o EQ-5D-3L, proposto pelo Grupo EuroQol (1990). Este último foi aplicado em dois momentos diferentes, no início do tratamento e 30 dias depois. Durante o segundo momento de recolha de dados, o instrumento SERVPERF também foi aplicado. Esta investigação não só proponha analisar a associação entre estas duas dimensões como, também, analisar a satisfação dos pacientes e as possíveis diferenças entre os pacientes na rede pública e privada na mesma unidade. Os resultados confirmaram boa confiabilidade do SERVPERF e do constructo da Satisfação. Foi identificado que algumas características dos pacientes – residência e se viviam sozinhos antes do hospitalização – têm influência na forma como estes percecionam o serviço e no seu nível de satisfação. Verificou-se, também, uma relação positiva e significante entre qualidade percebida do serviço e o nível de satisfação dos pacientes. Ao analisar a associação entre a qualidade percebida do serviço e a qualidade de vida relacionada com a saúde, verificou-se uma leve relação mas não significativa. Uma vez que não foram encontradas diferenças significativas entre as perceções dos pacientes em diferentes redes (pública ou privada), é possível afirmar que a unidade analisada não diferencia o serviço prestado aos pacientes com base na sua origem (rede)

    Analysis of the breathing apparatus of the cerambycid species that colonizes pines infected by the pine wood nematode, Bursaphelenchus xylophilus (Steiner and Buhrer, 1934) Nickle, 1970, with special emphasis to the insect-vector Monochamus galloprovincialis (Olivier, 1795).

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    Tese de mestrado, Ecologia e Gestão Ambiental, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2020A Doença da Murchidão do Pinheiro foi primeiramente detetada em Portugal em 1999 na Marateca, Península de Setúbal. O agente causador desta doença, que leva à morte da árvore infetada, é Bursaphelenchus xylophilus, um nematode micofágico, oriundo da América do Norte, que coloniza várias espécies de coníferas, especificamente Pinus spp, usando como vetor um inseto do Género Monochamus (Coleoptera). Enquanto que as espécies nativas da América apresentam resistência, ou alguma tolerância à infeção por parte do nematode, as espécies Asiáticas e Europeias são suscetíveis, desenvolvendo uma sintomatologia característica, que leva ao rápido apodrecimento e morte da árvore. Este facto suporta a teoria de que o Nematode da Madeira do Pinheiro (como ficou conhecido) terá sido transportado desde a América até ao Japão, onde a doença foi inicialmente detetada no início do século XX, em madeira infetada e não tratada. Após a entrada no Japão, o nematode espalhou-se rapidamente pela China, Tailândia e Coreia. A doença é o resultado de uma complexa interação entre o nematode, o inseto-vetor, a conífera hospedeira e vários fatores climáticos, o que atrasou a atribuição de uma relação causa-efeito entre a presença do nematode e os sintomas da doença, permitindo a larga propagação da mesma. Em Portugal, e na Europa, tem afetado essencialmente espécies como Pinus nigra, P. sylvestris e P. pinaster, representado perdas significativas de rendimentos e de biodiversidade. Devido ao seu grande potencial destrutivo, o Nematode de Madeira do Pinheiro (NMP) está listado na Diretiva Europeia 2000/29/CE para medidas de proteção contra a introdução e propagação de organismos prejudiciais o que levou a restrições na comercialização de madeiras e de subprodutos não tratados tal como de plantas vivas. O nematode, que mede apenas 1.5 milímetros, tem uma alta taxa de reprodução e um ciclo de vida de duas fases, uma em que se alimenta de fungos e outra em que se alimenta de células vivas do parênquima. Também se desenvolve de duas formas distintas; se as condições forem favoráveis desenvolve-se rapidamente sob a forma “Reprodutora”, se as condições começarem a ser desfavoráveis, ou seja, quando a árvore hospedeira decai, desenvolve-se como uma forma de “Dispersão” que é uma forma mais resistente. É nesta fase que o nematode migra para junto das câmaras pupais do inseto vetor e aguarda pela muda das pupas para infestar os adultos recém-formados. O inseto vetor do Género Monochamus com distribuição em Portugal é M. galloprovincialis (Olivier,1795), um besouro endémico Cerambicídeo, da subfamília Lamiinae, considerado uma praga secundária pelo que não existia muita informação sobre a sua ecologia e anatomia antes da entrada do nematode no país. Tem um ciclo de vida univoltino ou seja, produz descendência apenas uma vez no ano, para se reproduzir tem de se alimentar de rebentos da copa de pinheiros saudáveis, a chamada alimentação de maturação sexual. Os machos produzem feromonas para atrair as fêmeas para a reprodução e as fêmeas para ovipositar necessitam de pinheiros em declínio ou mortos recentemente. As larvas e pupas do inseto vetor, e outros colonizadores dos pinheiros, convivem com juvenis do nematode dentro da madeira do pinheiro durante os vários meses de desenvolvimento do inseto. De alguma forma, o nematode identifica as pupas do inseto vetor e aguarda pela última muda para entrar no sistema respiratório através dos espiráculos dos adultos recém-formados. O inseto depois emerge da árvore hospedeira, transportando o nematode e transmitindo-o para novas árvores durante a sua alimentação, ocorrendo a “Transmissão Primária”. As fêmeas infetadas, quando depositam os seus ovos em árvores enfraquecidas também podem transmitir o nematode, ocorrendo a chamada “Transmissão Secundária”. Inserido no Projeto NEMATRANSFER (PTDC/AGR-FOR/4391/2014), esta dissertação visa a análise do Sistema Respiratório, espiráculos e traqueia, do inseto vetor e de 3 outras espécies colonizadoras do pinheiro bravo, nomeadamente Arhopalus syriacus (Reitter, 1895), Acanthocinus griseus (Fabricius, 1793), e Pogonocherus perroudi Mulsant, 1839 que são as mais abundantes e mais próximas filogeneticamente da espécie vetora, na tentativa de isolar características que possam ser barreiras físicas à entrada do nematode nas espécies não vetores, na expectativa que os dados obtidos possam ser usados na criação de novas medidas de gestão de pragas. Para alcançar o objetivo principal, foram testados protocolos de preparação de exemplares para se conseguir uma caracterização dos espiráculos (tamanho e existência, ou não, de sedas) através de imagens obtidas em Microscopia Eletrónica de Varrimento (MEV) e medições da traqueia e suas ramificações usando Micro Tomografia de raio X (Micro-CT) e modelos 3D dos exemplares. A Micro-CT é uma técnica não invasiva, baseada na interação dos raios X com os diferentes constituintes da amostra, que permite a observação da anatomia interna dos exemplares uma vez que produz imagens de alta resolução que podem depois ser integradas para gerar um volume virtual da mesma. Esta técnica permite também individualizar partes dos exemplares, por exemplo certos órgãos, usando o software CTAnalyzer (distribuído por BRUKER®), também conhecido como “Segmentação”. A MEV é amplamente usada para observar estruturas ao nível da superfície das amostras. Um feixe de eletrões, chamados eletrões primários, passa rapidamente pela superfície da amostra. Antes da observação em MEV, a mostra é metalizada com ouro, ou ouro-paládio, para promover a emissão de eletrões, chamados eletrões secundários, o impulso elétrico é depois detetado e transformado numa imagem. Para a preparação e estabilização dos exemplares para suportarem estas técnicas, tentou-se a Fixação Química com glutaraldeído e tetróxido de ósmio seguida de Secagem pelo método do Ponto Crítico e como alternativa a este processo moroso, a Liofilização que consiste numa sublimação a baixa pressão e temperatura. Obtivemos sucesso em ambos os procedimentos, com percentagens semelhantes entres estes, no entanto não foi possível preparar o mesmo número de indivíduos com ambas as técnicas, pois as larvas recolhidas não eram igualmente distribuídas pelas quatro espécies em análise e algumas larvas morreram antes da muda. Os exemplares estabilizados foram observados no microscópio eletrónico para avaliar a sua integridade e foram distribuídos entre as técnicas de observação, MEV ou Micro-CT. Devido ao moroso processo de estabilização e ao tempo gasto na resolução dos problemas metodológicos e na agilização do processo de tratamento dos exemplares, não foi possível atingir as repetições inicialmente planeadas e necessárias para uma avaliação estatística adequada sobre o sucesso entre os diferentes métodos de preparação. As fotografias dos espiráculos, obtidas na MEV, foram analisadas com o software ImageJ e as medições obtidas foram trabalhadas em Excel. Foi medida a área total de 199 espiráculos de 1 pupa e 9 adultos M. galloprovincialis, 2 pupas e 10 adultos A. Syriacus, 3 A. griseus adultos e 1 P. perroudi. tal como a área do espiráculo não coberta por sedas e a circularidade, uma razão entre a área e o perímetro, automaticamente calculada pelo ImageJ, que permite classificar a forma do espiráculo como mais circular, se o valor se aproximar de 1, ou mais elíptica se o valor se aproximar de 0. Os resultados obtidos através das medições feitas, indicam que os espiráculos dos adultos de M. galloprovincialis são os que apresentam a menor percentagem de área descoberta, ou seja, a área em que não há sedas a cobrir a entrada do espiráculo, quando comparados com os adultos das outras três espécies estudadas, que não desempenham um papel de disseminação do nematode. Enquanto que os espiráculos dos adultos das espécies A. syriacus e A. griseus estão mais desprotegidos, tendo uma menor percentagem de cobertura de sedas, os espiráculos de M. galloprovincialis têm mais sedas que poderão ser facilitadoras do movimento do nematode para dentro do espiráculo enquanto também preservam um nível de humidade favorável à sobrevivência, e à própria movimentação, do NMP. Por outo lado, as pupas de M. galloprovincialis apresentam uma cobertura de sedas ainda maior que o adulto da mesma espécie, o que nesta fase de desenvolvimento do inseto pode atuar como uma barreira física à entrada do nematode e que poderá explicar por que razão este só infecta o inseto adulto. Apesar de várias dificuldades em agilizar o processo de segmentação que acabou por inviabilizar a individualização da rede de ramificações da traqueia, através das radiografias obtidas da Micro-CT foi possível identificar quatro principais ramificações na cabeça e tórax e duas ramificações no abdómen de insetos das espécies M. galloprovincialis, A. syriacus e A. griseus, que são consistentes com as descrições morfológicas consultadas. Também foi possível medir o diâmetro das ramificações, nesses mesmos indivíduos, e posteriormente fez-se uma estimativa do volume das traqueias observadas. Os resultados obtidos das medições, indicam que o volume total da traqueia é maior em insetos maiores, o que corrobora o fato de as traqueias se estenderem por todo o corpo para que o oxigénio chegue a todos os órgãos e tecidos. Ao comparar o macho e a fêmea de M. galloprovincialis é notável a diferença de volume da traqueia ao nível do abdómen, sendo o da fêmea praticamente o dobro do macho, mas o volume total de ambos é semelhante o que sugere que poderá haver uma distribuição desigual das ramificações da traqueia consoante o sexo, para esta espécie, o que não se verifica no macho e fêmea de A. griseus que foram também medidos. Todos estes pontos resultantes do trabalho feito e da comparação entre a espécie vetor do NMP e as outras espécies estudadas, que convivendo com o nematode nas árvores hospedeiras não desempenham um papel de disseminadoras, poderão trazer novas perspetivas sobre a complexa interação entre o inseto vetor e o NMP. Todo o trabalho feito na preparação dos indivíduos é também uma mais valia para futuros trabalhos que tenham como objetivos a observação de estruturas anatómicas semelhantes. Todos os dados obtidos são originais e podem ser relevantes para futuras propostas de gestão do NMPThe Pine Wilt Disease (PWD) is caused by a non-indigenous nematode, Bursaphelenchus xylophulis, that disseminates widely through a flying insect-vector, Monochamus galloprovincialis (Oliver, 1795), colonizer of the pine tree, leading the trees to death due to the clogging of the tree vessels. It remains unknown how the nematode identifies and infect the newly formed adult individuals of the vector species. Whereby, in the procedure of the project NEMATRANSFER (PTDC/AGR-FOR/4391/2014), we compare anatomic structures of pupae and adult insects of the vector species and other three cerambycid species, Arhopalus syriacus (Reitter, 1895), Acanthocinus griseus (Fabricius, 1793), and Pogonocherus perroudi Mulsant, 1839, in as attempt to recognize differences that may be considered as physiological barriers to nematode entry in non-vector species. To accomplish the main goal, several protocols were tried to achieve a characterization of the spiracles (measures, existence, or not, of bristles) using Scanning Electron Microscopy images and to measure the tracheal system (its length, ramifications, etc.) with Micro-computed Tomography and 3D models using proper software. From the obtained SEM results we presume that, while the non-vector species spiracles’, have lower bristles coverage, the insect-vector has only a small area not covered by them. This can imply that the bristles should help the nematode to tangle itself and crawl into the trachea while provide a moisture environment that also favour the nematode survival and movement. On the other hand, the bristles coverage of the pupae may be so dense that in this stage of the insect development it can work like an obstacle for the nematode entrance. This may be the reason why the PWN enter the spiracles only when the newly adult insects are formed. It has found evidence that the shape of the spiracles may represent an important feature to explain how PWN colonizes the insect-vector, or why it prefers M. galloprovincialis over the other species. In what concerns the Micro-CT results, we were able to identify four main tracheal trunks in the head and thorax and two main trunks in the abdomen of M. galloprovincialis, A. syriacus and A. griseus specimens. Also it was possible to measure tracheal trunks in one lyophilized specimen, in specimens fixated with glutaraldehyde and osmium tetroxide, and critical point dried, and even in not treated specimens, although in this last case it was harder to find the main trachea trunks lengthwise the entire body of the insect. The volume estimated values obtained are consistent with the insects’ body length, being higher in bigger specimens, and diameter and number of the main trunks are consistent with the described morphology of the trachea ramifications for Coleoptera insects. By comparing the abdominal tracheal volumes of both M. galloprovincialis male and female specimens, it seems that a differential ramification arrange occurs, as the female abdominal tracheal volume is twice of the male while the total volume is similar. All the worked done for the stabilization and preparation of the samples to endure SEM and Micro-CT is an asset for future similar studies. Our results, obtained by comparing the vector species with the non-vector species, that also share the host tree but do not have a role in the spread of the nematode may bring some understanding about the complex interaction between the PWN and the insect- vector. All our data are original and may be relevant for future pest managements measures

    Dating evolution on island ecosystems: a case-study with the Cape Verde terrestrial biodiversity

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    Tese de mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, em 2017A área da bioinformática nasceu da necessidade de desenvolver e utilizar metodologias capazes de estudar grandes volumes de dados biológicos, em particular sequências de DNA ou proteínas. Nos últimos anos diversas áreas científicas beneficiaram da introdução de ferramentas computacionais especializadas em tarefas como a análise de dados e interpretação de resultados biológicos. Na área da Biologia Evolutiva o desenvolvimento do conhecimento foi substancial desde a introdução de métodos bioinformáticos, em especial nas análises filogenéticas e datação da origem e diversificação das espécies. Atualmente é possível analisar em larga escala sequências de DNA, recorrendo a vários métodos que permitem construir filogenias informativas e bem suportadas. Particular interesse é colocado na origem da grande diversidade de espécies endémicas existentes nas ilhas oceânicas, e neste âmbito, refira-se que desde Darwin, que os ecossistemas insulares são considerados verdadeiros laboratórios naturais para estudos evolutivos. A região da Macaronésia (i.e. Açores, Madeira e Selvagens, Canárias e Cabo Verde) constitui um hotspot de Biodiversidade, dentro da bacia do Mediterrâneo, sendo que, Cabo Verde é o único arquipélago situado geograficamente numa região tropical. As 10 ilhas do arquipélago de Cabo Verde apresentam uma grande diversidade de espécies terrestres e marinhas, muito delas endémicas. De entre os principais grupos da fauna terrestre, refira-se os répteis, que dentro da Região da Macaronésia constituem a maior radiação nas ilhas de Cabo Verde. Neste arquipélago ocorrem três géneros que incluem 22 espécies endémicas (13 das quais restritas a uma única ilha), nomeadamente: i) Chioninia, que inclui as espécies de escincídeos de Cabo Verde; ii) Hemidactylus, que apresenta uma grande diversidade e distribuição por diversas partes do Mundo; e iii) Tarentola, que para além de ser encontrado no arquipélago de Cabo Verde, ocorre também nas Canárias e Selvagens, dentro da Região da Macaronésia. O elevado número de endemismos e habitats ricos com uma elevada diversidade de espécies, bem como existência de um grande número de sequências de DNA, pretendeu-se com este estudo utilizar diferentes ferramentas bioinformáticas de modo a explorar a relações evolutivas dos répteis nas ilhas de Cabo Verde. Também foram usados diferentes métodos de datação que permitiram de forma robusta e inovadora, relacionar o tempo de divergência entre diferentes espécies, contribuindo para compreender eventos evolutivos e padrões de colonização na Região da Macaronésia. A metodologia escolhida teve por base a consulta exaustiva de bases de dados públicas, como o GenBank, que permitiu obter sequências de DNA para os répteis de Cabo Verde, bem como de possíveis espécies ancestrais. As sequências, de DNA mitocondrial e DNA nuclear, foram descarregadas em formato fasta, e utilizando o programa Geneious, foi possível efetuar revisões e correções nas mesmas. O alinhamento foi também feito com recurso a esta ferramenta, que disponibiliza vários pacotes acessórios, em concreto o programa de alinhamento MAFFT. Outros três programas de domínio geral, BioEdit, DNASp e MEGA foram utilizados para verificar a qualidade das sequências e dos alinhamentos. O programa DNASp foi também utilizado para correr análises de polimorfismo e haplótipos, que foram depois úteis para análises posteriores. Utilizando o programa MEGA, construímos árvores filogenéticas utilizando métodos simples, como a Máxima Parcimónia, que permitiu verificar possíveis erros ou problemas nos dados. Foi encontrado um elevado número de sequências, em particular para as espécies endémicas em Cabo Verde, sendo que o número de sequências de genes de regiões do DNA mitocondrial, era muito superior em relação aos genes do DNA nuclear. No total foram recolhidas 1725 sequências de DNA (1447 originárias de Cabo Verde), provenientes de 15 genes diferentes e um total de 67 espécies de répteis. De modo a minimizar possíveis erros aquando a construção das árvores, foi realizada uma análise preliminar para selecionar as melhores sequências. Esta análise teve em conta a sua representatividade para cada espécie e gene (i.e., se o individuo a qual pertencia tinha sequências disponíveis para outros genes), o alinhamento obtido e por fim as árvores criadas com estes dados. Deste modo reduziu-se a redundância dos dados e o tempo de processamento das várias análises, bem como a qualidade dos resultados obtidos. Para tal foram realizadas várias análises filogenéticas para cada um dos genes, bem como criados ficheiros concatenados, utilizando o programa Concatenator, dos genes mitocondriais, nucleares e ambos, para analisar os resultados em conjunto. Para avaliar os modelos e partições associados aos nossos dados, foram feitas análises com o programa PartitionFinder. Os modelos e partições obtidos nestas análises foram depois introduzidos em três ferramentas de construção de árvores filogenéticas - RAxML, MrBayes e BEAST (incluindo a versão mais recente e o pacote *BEAST2) – que são atualmente os programas mais usados no estabelecimento das relações filogenéticas. O primeiro programa (i.e. RaxML), utiliza o método de máxima verosimilhança; complementarmente foi utilizando um outro programa – RAxMLGUi – que facilitou a conexão direta para os servidores da plataforma Cipres Gateway. Esta plataforma online, providencia servidores para diversas ferramentas de análise filogenética, tendo sido usada para correr as nossas análises com o RAxML, MrBayes e BEAST. Deste modo, foi possível reduzir substancialmente o tempo de processamento dos programas, bem como providenciar um local secundário para guardar alguns dos dados. Para testar os resultados obtidos com Inferência Bayesiana, utilizamos o programa MrBayes para as análises “clássicas” e a ferramenta BEAST na sua versão base e utilizando a mais recente versão do pacote *BEAST2, para fazer datações nas análises. Os resultados obtidos com estes programas foram verificados com a ferramenta Tracer, para assegurar a convergência dos vários parâmetros durante as várias corridas realizadas. Para além destas análises, pretendemos testar possíveis eventos de recombinação e hibridização genética, tendo sido para o efeito construídas redes filogenéticas para cada um dos géneros utilizando vários programas, como o SplitsTree4. Os resultados obtidos explorando diferentes ferramentas bioinformáticas, permitiram construir um grande número de árvores filogenéticas, reveladoras das relações evolutivas entre várias espécies de répteis das ilhas da Macaronésia. De uma forma geral a topologia obtida foi semelhante à obtida em estudos anteriores, com resultados ligeiramente melhores nas análises que usaram Inferência Bayesiana. As redes filogenéticas criadas apresentaram um reticulado que parece indiciar que terão de facto ocorrido a presença de eventos de hibridização e recombinação nas linhagens de Cabo Verde nos três géneros analisados, sendo necessárias análises complementares para clarificar estes resultados. Os resultados sugerem diferentes origens para cada género, e revelaram diferentes padrões e eventos de colonização nas ilhas de Cabo Verde. O género Chioninia terá tido origem em linhagens africanas, apresentando uma maior semelhança ao género Trachylepis, oriundo de África com exceção de um espécime do Brasil. As espécies de Hemidactylus endémicas em Cabo Verde apresentam uma relação com espécies de São Tomé e Príncipe (África), Trindade e Brasil (América Latina), o que põe em evidência a grande capacidade de dispersão deste género, inclusive através do Oceano Atlântico. Por fim, as espécies de Tarentola endémicas em Cabo Verde, parecem ter evoluído de ancestrais que colonizaram outras ilhas da Macaronésia (i.e. Canárias e Selvagens) e que diversificaram no Norte de África, com um possível ancestral na América Central. A aplicação do relógio molecular usando métodos Bayesianos (MrBayes, BEAST e *BEAST2) permitiu testar hipóteses evolutivas, sugerindo que o género Chioninia terá sido o primeiro a colonizar Cabo Verde, a partir de ancestrais da região Centro Africana, tendo colonizado este arquipélago há cerca de 16,7 milhões de anos. As espécies de Hemidactylus terão colonizado as ilhas de Cabo Verde a partir de espécies ancestrais africanas que diversificaram nas ilhas entre 2,4 – 11,5 milhões de anos. Por fim, o género Tarentola poderá ter tido origem no final da época do Mioceno (5,8 – 7,5 milhões de anos), com uma grande diversificação no arquipélago entre 5,1 – 5,8 milhões de anos, a partir de ancestrais das ilhas das Canárias e do Norte de África. Os resultados obtidos no presente estudo oferecem uma nova compreensão sobre a história evolutiva de um dos maiores grupos da fauna terrestre das ilhas da Macaronésia – os répteis, que apresentam o maior centro de diversidade nas ilhas de Cabo Verde. Com o elevado número de métodos, programas e dados utilizados, foi possível construir árvores filogenéticas e aplicar técnicas de datação molecular inovadoras, como é o caso do *BEAST2, para os répteis de Cabo Verde. Contudo, para além dos tempos de divergência das diferentes espécies, podia-se ter explorado as áreas de distribuição ancestral e com base nos resultados dessas análises propostos cenários biogeográficos, para além dos evolutivos agora apresentados. Por fim, refira-se que os ecossistemas insulares, reconhecidos como laboratórios naturais, mostraram mais uma vez serem são modelos únicos para testar métodos e programas bioinformáticos, evidenciando a grande utilidade da existência de programas e tutoriais disponíveis online e gratuitamente, permitindo ter uma base muito bem suportada para explorar qualquer análise na área da Biologia Evolutiva.The interdisciplinary field of bioinformatics was born from the need to develop and employ methodologies to study large amounts of biological data, namely proteins and DNA. Many science areas benefited greatly from the introduction of specialized and powerful tools that improved the implementation of databases, data analysis and biological interpretations. For evolutionary study fields such as phylogenetics, the knowledge jump has been substantial since the introduction of bioinformatic methods in their analysis. Making use of highly advanced software packages is now possible to perform high-throughput DNA sequencing, and thoroughly analyse this data with several methods of phylogenetic inference, to obtain informative and well supported phylogenies. Even though many important evolutionary discoveries were made in the last few years, understanding the evolutionary origin of biological diversity on island ecosystems is still a critical issue within the hotspot area of the Macaronesia Islands (i.e. Azores, Canary Islands, Madeira and Cape Verde). One of the least studies archipelagos is Cape Verde, which houses a huge diversity of endemic species whose evolution is still largely understudied. In these islands, the reptiles are one of the most diverse radiations among the terrestrial groups, hosting three genera with 22 endemic species. Chioninia, a group of skins formerly included in the genus Mabuya; Hemidactylus, a widespread and diverse group of house geckos; and Tarentola, a genus of wall geckos that also occurs on other Macaronesia archipelagos. Some of these species are single islands endemics (SIE) and are threatened species, which puts them at high risk of extinction. This study aims to reconstruct a phylogeny for this group with large-scale taxon sampling using a wide sample of the most current bioinformatic tools available. DNA data was retrieved from the Genbank and subsequently analysed using several software packages for alignment, model fitting and finally phylogenetic inference. The collected data was composed of 1725 DNA sequences (1447 coming from Cape Verde) and 15 different genes, which originated from a total of 67 reptilian species. Both approaches – Maximum Likelihood and Bayesian Inference – were used to achieve more thorough results. Divergence time estimation was also performed using a classical BEAST and *BEAST2 across the three reptile groups to assess their evolution story in the Cape Verde Islands. Phylogenetic networks were also created to assess possible hybridization or recombination events in the Cape Verdean reptiles. This macroevolutionary perspective also combines data from ecology and distribution of the species to an integrated vision of Cape Verde evolution of terrestrial biodiversity. The results suggest different origins for each genus and different colonization patterns and events along the Cape Verde Islands, ranging from the Macaronesia region to Africa and South America: i) Chioninia originated 21.7 – 39.6 Mya, radiating along the islands 14.9 – 18.5 Mya, with a probable colonization from central African regions; ii) the Hemidactylus species having colonized the archipelago 2.4 – 11.5 Mya and originating from African ancestral species; and iii) the endemic Cape Verdean Tarentola are likely descendants of Northern African and Canary Islands lineages, that colonized the islands during the end of Miocene (5.8 – 7.5 Mya) and later diversified (5.1 – 5.8 Mya). In conclusion, presently the huge amount of DNA sequences available in international databases and the most up-to-date bioinformatic tools and methodologies, allow us to contribute to better understand the origin and colonization of insular ecosystems, using insular endemic species, as an excellent case-study in the field of Evolutionary Biology
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