Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020

We show the distribution of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) genetic clades over time and between countries and outline potential genomic surveillance objectives. We applied three genomic nomenclature systems to all sequence data from the World Health Organization European Region available until 10 July 2020. We highlight the importance of real-time sequencing and data dissemination in a pandemic situation, compare the nomenclatures and lay a foundation for future European genomic surveillance of SARS-CoV-2

Elaboration d une courbe de volumes placentaires mesurés par échographie 3D à 12, 16 et 22 SA2 (résultats d une étude pilote)

Introduction. Il est nécessaire de dépister les pathologies vasculo-placentaires (PVP) le plus tôt possible pendant la grossesse afin d améliorer leur prise en charge. Elles entrainent une diminution du volume placentaire (VP), mesurable en échographie 3D dès le premier trimestre. L objectif de cette étude est d établir une courbe de référence de croissance du volume placentaire en fonction de l âge gestationnel, aux 1er et au 2ème trimestres. Matériel et méthode. Il s agit d une étude pilote prospective monocentrique de cohorte, réalisée au CHU de Saint-Etienne sur 131 patientes. Chaque patiente a eu au moins une mesure de VP, par deux échographistes, en 3 dimensions (Logiciel VOCAL), à 12, 16 ou 22 SA. Les VP ont été décrits en fonction de l âge gestationnel grâce au logiciel SAS-Windows version 9. Leur relation avec les PVP, les poids des enfants, la taille des parents, et le statut de fumeuse (coefficient de Pearson) a été étudiée. La variabilité inter observateur a été évaluée par la méthode de Bland et Altman. Résultats. 88 VP ont été mesurés à 12 SA, 72 à 16 SA et 64 à 22 SA. La moyenne des VP est de 56.5 cm3 à 12 SA [21.8-153 cm3], 127 cm3 à 16 SA [51.6-230 cm3], 242 cm3 à 22 SA [109-508 cm3]. Ils évoluent en fonction de l âge gestationnel selon une courbe croissante (R2=0.73). 2 patientes ayant présenté une pré-éclampsie sévère avec RCIU associé ont des VP diminués à 12 et 16 SA. La variabilité inter observateur est inférieure à 8%. Aucune corrélation n a été démontrée entre les VP et le poids de naissance, la taille des parents, le statut de fumeuse. Discussion. Nous avons ainsi confirmé la corrélation entre VP et âge gestationnel. Grâce au logiciel VOCAL, la mesure du VP s effectue rapidement. Cette mesure est reproductible jusqu à 22 SA, terme où les placentas deviennent trop grands pour être mesurés. Elle est plus fiable que la mesure en 2 dimensions. En cas de PVP sévère, il a été montré dans la littérature que le placenta est plus petit à 12, 16, et 22 SA, ce que nous retrouvons dans nos résultats. On sait que la sensibilité de cette mesure au premier et au deuxième trimestre pour détecter un RCIU sévère est d environ 50% et sa spécificité de 80% à 90%. Ces valeurs sont trop faibles pour en faire un test de dépistage mais en combinant VP, doppler utérin et PAPP-A leur pouvoir de prédictivité augmente. Conclusion. Cette étude pilote prouve l homogénéité et la croissance des VP à 12, 16 et 22 SA. Il faut poursuivre l étude pour construire une courbe de référence des VP utilisable en pratique clinique.ST ETIENNE-BU Médecine (422182102) / SudocSudocFranceF

Finding the best resolution for the

Kingman-Tajima coalescent: theory and application

Relationship between Plasma D-Dimer Concentration and Three-Dimensional Ultrasound Placental Volume in Women at Risk for Placental Vascular Diseases: A Monocentric Prospective Study

International audienceINTRODUCTION:The aim of this study was to correlate placental volumes deduced from three-dimensional ultrasound and virtual organ computer-aided analysis (VOCAL) software with systemic concentrations of D-dimer and soluble endothelial protein C receptor (sEPCR).METHODS:This was a monocentric experimental prospective study conducted from October 2008 to July 2009. Forty consecutive patients at risk of placental vascular pathology (PVP) recurrence or occurrence were included. Placental volumes were systematically measured three times (11-14, 16-18 and 20-22 weeks of gestation (WG)) by two independent sonographers. D-dimers and sEPCR plasma concentrations were measured using ELISA kits (Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay).RESULTS:Eleven patients had a PVP. The plasma D-dimer level was positively correlated with placental volume (r = 0.45, p < 0.001). A smaller placental volume and placental quotient was evidenced in women who developed a PVP at the three gestational ages, and the difference was more pronounced during the third exam (20 WG). No obvious correlation could be demonstrated between the development of a PVP and the levels of D-dimer and sEPCR. There was no significant difference in the values of placental volumes measured by the two sonographers.CONCLUSION:The placenta growth could be a major determinant of the elevation of D-dimer during pregnancy. Consideration of placental volume could allow for modulation of the D-dimer concentrations for restoring their clinical interest

Plasma D-dimer level was positively correlated with placental volume.

<p>Regression graphs obtained from Spearman's rank-order correlation in order to elucidate linkage between placental volume and D-dimer. A. All patients and all measurements. B. Only patients with no PVP. C. Only patients with PVP.</p

Placental volumes were smaller in cases of PVP.

<p>Summary with box plots of the distribution of values according to gestational age and the occurrence or not of a PVP. (A) Placental volume at 12, 16 and 20 WG and comparison of data based on the occurrence or not of a PVP. (B) D-dimer concentrations at 12, 16 and 20 WG and comparison of data based on the occurrence or not of a PVP. (C) sEPCR concentrations at 12, 16 and 20 WG and comparison of data based on the occurrence or not of a PVP.</p

No relation between sEPCR and placental volume was found.

<p>Regression graphs obtained from Spearman's rank-order correlation in order to elucidate linkage between placental volume and sEPCR.</p

Valeurs de référence du valproate de sodium (CAS n°1069-66-5). Valeurs toxicologiques de référence par voie orale et inhalation, valeurs limites d’exposition professionnelle et valeurs biologiques: Avis de l’Anses. Rapport d’expertise collective

Le site de Sanofi situé à Mourenx, dans le bassin industriel de Lacq (64), produit un médicament antiépileptique, la Dépakine®, dont le principe actif est le valproate de sodium (VPS). Ce site est une installation classée pour la protection de l’environnement (ICPE) soumise à autorisation au titre de l’article L.511-1 et suivants du Code de l’environnement. Les rejets dans l’environnement d’une telle installation sont encadrés par des limites établies sur la base d’une évaluation quantitative des risques sanitaires (EQRS). En 2017, Sanofi Chimie a réalisé une évaluation de l’impact sur la santé et l’environnement des rejets atmosphériques de valproate, en utilisant des valeurs toxicologiques de référence (VTR) à seuil par voie orale, cutanée et respiratoire proposées par le bureau d’étude CEHTRA (Consultancy for Environmental & Human Toxicology and Risk Assessment). Parmi les différentes VTR proposées par CEHTRA, Sanofi a utilisé les VTR fondées sur des effets tératogènes. L’EQRS conduite par la société AECOM pour le compte de Sanofi, en vue d’estimer les risques pour les riverains et les professionnels travaillant à proximité du site, a conclu que « les risques sanitaires liés aux rejets actuels et passés de valproate [étaient] inférieurs aux valeurs de référence » proposées par CEHTRA. L’Anses a été saisie le 29 juin 2018 par la DGS et la DGPR afin de mener, en urgence, une analyse critique des VTR du valproate élaborées pour le compte de Sanofi et utilisées dans le cadre de cette EQRS. Dans son avis du 12 juillet 2018, l’Anses n’a pas remis en cause le choix de construire une VTR à seuil mais n’a pas retenu les VTR élaborées par les deux bureaux d’études, EQUITOX (2015) et CEHTRA (2017), à partir des données animales et/ou humaines car de nombreuses données chez l’Homme disponibles dans la littérature n’avaient pas été prises en compte (Anses, 2018). Dans ce contexte, et au titre de la sécurité des professionnels exposés au valproate, une campagne de mesures de la concentration d’acide valproïque (VPA) dans le sang des employés de l’usine a été organisée par le service de santé au travail de l’entreprise du 27 novembre à la mi-décembre 2018. Le groupe d'alerte en santé travail (GAST) de Nouvelle-Aquitaine a été associé au suivi de cette campagne. Pour l’analyse de cette campagne de mesures, l’entreprise Sanofi s’est référée à une valeur biologique repère dans le sang de 5 mg.L-1. Ainsi, la DGT, la DGS et la DGPR ont saisi l’Anses, le 5 avril 2019, pour mener, en urgence, une analyse critique de la valeur biologique utilisée comme repère par Sanofi pour évaluer l’imprégnation de ses travailleurs. Au vu des données disponibles, le choix du dosage du valproate dans le sang n’a pas été remis en cause. Néanmoins, au regard de la cinétique d’élimination plasmatique de cette substance et de l’existence de métabolites urinaires, il n’a pas été exclu qu’un autre biomarqueur puisse être un meilleur témoin de l’exposition agrégée sur une période plus longue. Concernant le calcul de la valeur limite biologique (VLB), l’approche basée sur la dose thérapeutique est à privilégier mais la dose thérapeutique de 1200 mg.j-1 retenue pour le calcul de la VLB est critiquable compte tenu des données actuellement disponibles. En effet, des effets indésirables, notamment reprotoxiques, pourraient être observés à des doses inférieures à 1200 mg.j-1. Par ailleurs, plusieurs incohérences ou un manque de justification de certains choix ont été relevés lors du calcul de VLB, en particulier au niveau de l’application des facteurs d’incertitude/de protection. Par conséquent, la VLB de 5 mg.L-1 utilisée par Sanofi n’a pas été retenue. Enfin, ne disposant pas de suffisamment d’informations, il n’a pas été possible d’apporter un regard critique et de se prononcer sur la méthode d’analyse et les modalités de prélèvement. L’Anses a, par conséquent, recommandé : ‐ de réaliser une revue approfondie de la littérature prenant en compte les données les plus récentes, en particulier chez l’Homme ; ‐ d’évaluer de manière approfondie la possibilité de recommander des valeurs de référence pouvant être utilisées pour la surveillance biologique des expositions professionnelles au valproate (Anses, 2019). Au regard des différents éléments, l’Anses a été saisie le 28 septembre 2018 par la DGS et la DGPR pour élaborer une VTR chronique par inhalation pour le valproate de sodium, puis en avril 2019 par la DGT, la DGS et la DGPR pour définir des valeurs de référence pouvant être utilisées pour la surveillance des expositions professionnelles au valproate

Valeurs de référence du valproate de sodium (CAS n°1069-66-5). Valeurs toxicologiques de référence par voie orale et inhalation, valeurs limites d’exposition professionnelle et valeurs biologiques: Avis de l’Anses. Rapport d’expertise collective

Objet de la saisine : Dans ce contexte, l’Anses a été saisie le 28 septembre 2018 par la DGS et la DGPR afin d’élaborer une VTR chronique par inhalation pour le valproate de sodium (VPS), puis le 5 avril 2019 par laDGT, la DGS et la DGPR pour définir des valeurs de référence (VR) pouvant être utilisées pour la surveillance biologique des expositions professionnelles au valproate (Annexe 1).Le site de Sanofi situé à Mourenx, dans le bassin industriel de Lacq (64), produit un médicament antiépileptique, la Dépakine®, dont le principe actif est le valproate de sodium (VPS). Ce site est une installation classée pour la protection de l’environnement (ICPE) soumise à autorisation au titre de l’article L.511-1 et suivants du Code de l’environnement. Les rejets dans l’environnement d’une telle installation sont encadrés par des limites établies sur la base d’une évaluation quantitative des risques sanitaires (EQRS). En 2017, Sanofi Chimie a réalisé une évaluation de l’impact sur la santé et l’environnement des rejets atmosphériques de valproate, en utilisant des valeurs toxicologiques de référence (VTR) à seuil par voie orale, cutanée et respiratoire proposées par le bureau d’étude CEHTRA (Consultancy for Environmental & Human Toxicology and Risk Assessment). Parmi les différentes VTR proposées par CEHTRA, Sanofi a utilisé les VTR fondées sur des effets tératogènes. L’EQRS conduite par la société AECOM pour le compte de Sanofi, en vue d’estimer les risques pour les riverains et les professionnels travaillant à proximité du site, a conclu que « les risques sanitaires liés aux rejets actuels et passés de valproate [étaient] inférieurs aux valeurs de référence » proposées par CEHTRA. L’Anses a été saisie le 29 juin 2018 par la DGS et la DGPR afin de mener, en urgence, une analyse critique des VTR du valproate élaborées pour le compte de Sanofi et utilisées dans le cadre de cette EQRS. Dans son avis du 12 juillet 2018, l’Anses n’a pas remis en cause le choix de construire une VTR à seuil mais n’a pas retenu les VTR élaborées par les deux bureaux d’études, EQUITOX (2015) et CEHTRA (2017), à partir des données animales et/ou humaines car de nombreuses données chez l’Homme disponibles dans la littérature n’avaient pas été prises en compte (Anses, 2018). Dans ce contexte, et au titre de la sécurité des professionnels exposés au valproate, une campagne de mesures de la concentration d’acide valproïque (VPA) dans le sang des employés de l’usine a été organisée par le service de santé au travail de l’entreprise du 27 novembre à la mi-décembre 2018. Le groupe d'alerte en santé travail (GAST) de Nouvelle-Aquitaine a été associé au suivi de cette campagne. Pour l’analyse de cette campagne de mesures, l’entreprise Sanofi s’est référée à une valeur biologique repère dans le sang de 5 mg.L-1. Ainsi, la DGT, la DGS et la DGPR ont saisi l’Anses, le 5 avril 2019, pour mener, en urgence, une analyse critique de la valeur biologique utilisée comme repère par Sanofi pour évaluer l’imprégnation de ses travailleurs. Au vu des données disponibles, le choix du dosage du valproate dans le sang n’a pas été remis en cause. Néanmoins, au regard de la cinétique d’élimination plasmatique de cette substance et de l’existence de métabolites urinaires, il n’a pas été exclu qu’un autre biomarqueur puisse être un meilleur témoin de l’exposition agrégée sur une période plus longue. Concernant le calcul de la valeur limite biologique (VLB), l’approche basée sur la dose thérapeutique est à privilégier mais la dose thérapeutique de 1200 mg.j-1 retenue pour le calcul de la VLB est critiquable compte tenu des données actuellement disponibles. En effet, des effets indésirables, notamment reprotoxiques, pourraient être observés à des doses inférieures à 1200 mg.j-1. Par ailleurs, plusieurs incohérences ou un manque de justification de certains choix ont été relevés lors du calcul de VLB, en particulier au niveau de l’application des facteurs d’incertitude/de protection. Par conséquent, la VLB de 5 mg.L-1 utilisée par Sanofi n’a pas été retenue. Enfin, ne disposant pas de suffisamment d’informations, il n’a pas été possible d’apporter un regard critique et de se prononcer sur la méthode d’analyse et les modalités de prélèvement. L’Anses a, par conséquent, recommandé : ‐ de réaliser une revue approfondie de la littérature prenant en compte les données les plus récentes, en particulier chez l’Homme ; ‐ d’évaluer de manière approfondie la possibilité de recommander des valeurs de référence pouvant être utilisées pour la surveillance biologique des expositions professionnelles au valproate (Anses, 2019). Au regard des différents éléments, l’Anses a été saisie le 28 septembre 2018 par la DGS et la DGPR pour élaborer une VTR chronique par inhalation pour le valproate de sodium, puis en avril 2019 par la DGT, la DGS et la DGPR pour définir des valeurs de référence pouvant être utilisées pour la surveillance des expositions professionnelles au valproate