Expressed sequence tags (ESTs) from immune tissues of turbot (Scophthalmus maximus) challenged with pathogens

Background: The turbot (Scophthalmus maximus; Scophthalmidae; Pleuronectiformes) is a flatfish species of great relevance for marine aquaculture in Europe. In contrast to other cultured flatfish, very few genomic resources are available in this species. Aeromonas salmonicida and Philasterides dicentrarchi are two pathogens that affect turbot culture causing serious economic losses to the turbot industry. Little is known about the molecular mechanisms for disease resistance and hostpathogen interactions in this species. In this work, thousands of ESTs for functional genomic studies and potential markers linked to ESTs for mapping (microsatellites and single nucleotide polymorphisms (SNPs)) are provided. This information enabled us to obtain a preliminary view of regulated genes in response to these pathogens and it constitutes the basis for subsequent and more accurate microarray analysis. Results: A total of 12584 cDNAs partially sequenced from three different cDNA libraries of turbot (Scophthalmus maximus) infected with Aeromonas salmonicida, Philasterides dicentrarchi and from healthy fish were analyzed. Three immune-relevant tissues (liver, spleen and head kidney) were sampled at several time points in the infection process for library construction. The sequences were processed into 9256 high-quality sequences, which constituted the source for the turbot EST database. Clustering and assembly of these sequences, revealed 3482 different putative transcripts, 1073 contigs and 2409 singletons. BLAST searches with public databases detected significant similarity (e-value ≤ 1e-5) in 1766 (50.7%) sequences and 816 of them (23.4%) could be functionally annotated. Two hundred three of these genes (24.9%), encoding for defence/immunerelated proteins, were mostly identified for the first time in turbot. Some ESTs showed significant differences in the number of transcripts when comparing the three libraries, suggesting regulation in response to these pathogens. A total of 191 microsatellites, with 104 having sufficient flanking sequences for primer design, and 1158 putative SNPs were identified from these EST resources in turbot. Conclusion: A collection of 9256 high-quality ESTs was generated representing 3482 unique turbot sequences. A large proportion of defence/immune-related genes were identified, many of them regulated in response to specific pathogens. Putative microsatellites and SNPs were identified. These genome resources constitute the basis to develop a microarray for functional genomics studies and marker validation for genetic linkage and QTL analysis in turbot.This study was supported by a Consellería de Pesca e Asuntos Marítimos and the Dirección Xeral de I+D – Xunta de Galicia project (2004/CP480)S

Termite sensitivity to temperature affects global wood decay rates.

Deadwood is a large global carbon store with its store size partially determined by biotic decay. Microbial wood decay rates are known to respond to changing temperature and precipitation. Termites are also important decomposers in the tropics but are less well studied. An understanding of their climate sensitivities is needed to estimate climate change effects on wood carbon pools. Using data from 133 sites spanning six continents, we found that termite wood discovery and consumption were highly sensitive to temperature (with decay increasing >6.8 times per 10°C increase in temperature)-even more so than microbes. Termite decay effects were greatest in tropical seasonal forests, tropical savannas, and subtropical deserts. With tropicalization (i.e., warming shifts to tropical climates), termite wood decay will likely increase as termites access more of Earth's surface

A bending and stretching asymptotic theory for general elastic shallow arches

We present a bending model for a shallow arch, namely the type of curved rod where the curvature is of the order of the diameter of the cross section. The model is deduced in a rigorous mathematical way from classical tridimensional linear elasticity theory via asymptotic techniques, by taking the limit on a suitable re-scaled formulation of that problem as the diameter of the cross section tends to zero. This model is valid for general cases of applied forces and material, and it allows us to calculate displacements, axial stresses, bending moments and shear forces. The equations present a more general form than in the classical Bernoulli-Navier bending theory for straight slender rods, so that flexures and extensions are proved to be coupled in the most general case

Expressed sequence tags (ESTs) from immune tissues of turbot (<it>Scophthalmus maximus</it>) challenged with pathogens

Abstract Background The turbot (Scophthalmus maximus; Scophthalmidae; Pleuronectiformes) is a flatfish species of great relevance for marine aquaculture in Europe. In contrast to other cultured flatfish, very few genomic resources are available in this species. Aeromonas salmonicida and Philasterides dicentrarchi are two pathogens that affect turbot culture causing serious economic losses to the turbot industry. Little is known about the molecular mechanisms for disease resistance and host-pathogen interactions in this species. In this work, thousands of ESTs for functional genomic studies and potential markers linked to ESTs for mapping (microsatellites and single nucleotide polymorphisms (SNPs)) are provided. This information enabled us to obtain a preliminary view of regulated genes in response to these pathogens and it constitutes the basis for subsequent and more accurate microarray analysis. Results A total of 12584 cDNAs partially sequenced from three different cDNA libraries of turbot (Scophthalmus maximus) infected with Aeromonas salmonicida, Philasterides dicentrarchi and from healthy fish were analyzed. Three immune-relevant tissues (liver, spleen and head kidney) were sampled at several time points in the infection process for library construction. The sequences were processed into 9256 high-quality sequences, which constituted the source for the turbot EST database. Clustering and assembly of these sequences, revealed 3482 different putative transcripts, 1073 contigs and 2409 singletons. BLAST searches with public databases detected significant similarity (e-value ≤ 1e-5) in 1766 (50.7%) sequences and 816 of them (23.4%) could be functionally annotated. Two hundred three of these genes (24.9%), encoding for defence/immune-related proteins, were mostly identified for the first time in turbot. Some ESTs showed significant differences in the number of transcripts when comparing the three libraries, suggesting regulation in response to these pathogens. A total of 191 microsatellites, with 104 having sufficient flanking sequences for primer design, and 1158 putative SNPs were identified from these EST resources in turbot. Conclusion A collection of 9256 high-quality ESTs was generated representing 3482 unique turbot sequences. A large proportion of defence/immune-related genes were identified, many of them regulated in response to specific pathogens. Putative microsatellites and SNPs were identified. These genome resources constitute the basis to develop a microarray for functional genomics studies and marker validation for genetic linkage and QTL analysis in turbot.</p

Anales de Edafología y Agrobiología Tomo 23

Determinación de agua interlaminar de la montmorillonita con el reactivo Karl Fischer, por S. González García. y C. E. Labarta Carreño.-- Clases de fósforo inorgánico cambiable isotópicamente en los suelos calizos. II. Relación entre el fósforo cambiable isotópicamente en forma rápida y el contenido en arcilla de los suelos calizos, por P. de Arambarri.-- Variaciones de la adsorción de cationes por el suelo con la concentración y la temperatura. Comprobación de la ecuación hiperbólica de Vageler, por Carlos C. Prelat, Carlos A. Mazza, Reynaldo L. Grassi y Waldo Vallejos.-- Nutrizione idrica e metabolismo dei vegetali in funzione delle diferenti dis ponibilita idriche del suo’o, por Luciano Tombesi y Mª Teresa Cale .-- Poder generador de radón en suelos gallegos en relación con otros grandes grupos mundiales y con el contenido en plomo total, por Ramón Dios Vidal.-- Estudio del estado de nutrición de las tomateras mediante el análisis de la savia, por V. Hernando, L. Jimeno y C. Cadahia.-- Estudio comparativo de distintos métodos de extracción de hierro, cobre y manganeso, de suelos torestales, por R. Lagunas Gil.-- Relación del contenido de hierro, cobre, manganeso y molibdeno en plantas con el contenido y pH del suelo. l. Especies del género «Quercus», por .R. Lagunas Gil.-- Contribución a la segunda cadena internacional para la normalización de los métodos de análisis de los alimentos del ganado, por Gaspar González, Carlos Cosín y Mª Eulalia Pérez.—Notas.-- Necrológicas: Excmo. Sr. D. Joaquín Benjumea y Burín, Conde de Benjumea.-- Profesor Dr. Hans Kuron (1904-1963).-- Profesor Dr. Cario Ferrari (1910-1963).-- Curso Internacional de Edafolügía (II Parte).-- Asistencia a Congresos.-- Actividad de los Centros.-- Cursos del International Training Center for Postgraduate Soil Scientist Fundación de la European Grassland Federation.—III. Reunión Técnica de la Sección de Refractarios.-- III. Salón de la Cerámica. Feria Muestrario Internacional.-- VII Congreso Internacional del Vidrio.-- Estudio de suelos sobre peridotitas de la serranía de Ronda, por Angel Hoy os y Margarita González.-- Clases de fósforo inorgánico cambiable isotópicamente en los suelos calizos. III. Relación entre el fósforo cambiable isotópicamente en forma lenta y el contenido en carbonato ele los suelos calizos, por P. de Arambarri.-- Diagnóstico foliar de las condiciones nutritivas de la caña de azúcar. I. Relación entre la cosecha y el contenido de nutrientes en la hoja, por Luis Recalde, Vicente Lombardía, José Bonel y Antonio de Valdivia.-- Diagnóstico foliar de las condiciones nutritivas de la caña de azúcar. II. Relación entre la cosecha y el contenido de nutrientes en la hoja, por Luis Recalde, Vicente Lombardía, José Bonel y Antonio de Valdivia.-- Relación del contenido de hierro, cobre, manganeso y molibdeno en plantas, con el contenido y el pH del suelo. II. Especies del género Pinus, por H. Lagunas Gil.-- Puesta a punto del método de diagnóstico precoz del «repilo» del olivo (Cycloconium oleaginum Cast.), por Eugenio Laborda Rodríguez.-- Mineralogía de un podsol húmico férrico, por L. J. .-- Fluctuaciones de los niveles de manganeso en órganos de Citrus durante la floración primaveral, por Angel Otuño Martínez, Carlos Alvanz Molina y Maria Parra Gilabert .-- Acción del ácido clorhídrico sobre los minerales de la arcilla. IV. Cambios en su deshidratación y rehidratación, por T. Fernández Alvarez y A. Hernandez Chesa.-- Punto de compensación entre fotosíntesis y respiración en función del estado de hidratación de las hojas del tomate, por Femando González Notas. Aniyersario del Prof. Taboadela .-- Conmemoración del XXV aniversario del Consejo Superior de Investigaciones Científicas.-- Conferencia por el Prof. H. A. Krebs.-- Ciclo de conferencias.-- Conferencia del Pro!. Dr. H. C. Fritz Baade.-- Conferencia de la Dra. Elizabeth Work.-- Curso internacional de radioisótopos y radiación en Entomología.-- Coloquio internacional sobre virus de la remolacha azucarera.-- Investidura de doctor honoris causa del Prof. Baade, por la Universidad Hispalense.-- Fundación alemana para los países en desarrollo.-- Real Sociedad Española de Historia Natural.-- Publicación de una Colección de obras científicas.-- Concurso científico para 1964.-- Bibliografía. Fitotopografía, por Pedro Montserrat Recoder.-- Espectros de absorción infrarroja de la fracción arcilla de suelos volcánicos de Chile, por E. Besoain, J. M. Serratosa y A. Hidalgo.-- Geoquímica de cobalto en los suelos de Andalucía occidental. I. Contenido en cobalto total y caracteres generales de .los suelos del valle del Guadalquivir, por F. González García y A. M. García Gómez.-- Relaciones entre los suelos y la vegetación en la comarca de la Puebla de Lillo (León), por Salvador Rivas Martínez.-- Productos obtenidos en la degradación de la materia húmica de suelos calizos andaluces. I. Degradación ácida de una xerorrendsina de Sevilla, por F. Martín Martínez.-- Contenido de hierro. cobre y manganeso en hojas de Fagus silvática y su relación con las fracciones del suelo, solubles en distintas soluciones extractoras, por R. Lagunas Gil.-- Diagnóstico foliar de los cereales. II. Interacciones de los nutrientes de la hoja y obtención del equilibrio NPK óptimo para la avena sativa, por L. Sánchez de la Puente y F. Lucena Conde.-- Experimentación con urea y sulfato amónico en patatas, pimientos y algodón, por V. Remando, L. Jimeno, A. Guerra y J. Rodríguez.-- Estudio químico de suelos naturales y agrícolas gallegos y de. las relaciones entre su contenido en nutrientes. I. Acidez, materia orgánica y nitrógeno, por Benito Sánchez y Ramón Dios.-- Estudio químico de suelos naturales y agrícolas gallegos y de las relaciones entre su contenido en nutrientes. II. Fósforo y potasio, por Benito Sánchez y Ramón Dios.-- Estudio químico de suelos naturales y agrícolas gallegos, y de las relaciones entre su contenido en nutrientes. IV. Manganeso, hierro y aluminio, por Benito Sánchez y Ramón Dios.-- La economía del sur de España en la Europa del mañana, por el Prof. Dr. H. C. Fritz Baade.-- Notas. El Dr. Hernando visita Centros de Investigación Agrícola de Estados Unidos.-- Visita a Centros de Investigación extranjeros.-- Invitaciones a profesores extranjeros.-- Instituto Nacional de Edafología y Agrobiología.-- Noticias de los Centros.-- Congresos y Reuniones Internacionales.-- Becas nacionales.-- XXV Aniversario de la Fundación del Consejo Superior de Investigacione~ Científicas. Madrid, 20-25 octubre 1964.-- BrBLIOGRAFÍA.-García Lozano, F. y González Bcrnáldez, F.: Métodos en uso y su empleo para cálculo de la evapo-transpiración, por Pedro Monserrat Recoder.-- Geoquímica del cobalto en los suelos de Andalucía occidental. II. 'Dist,·ibución del cobalto total en las fracciones del suelo de distinto diámetro de partícuia, por F. González Garcia y A. M. García Gómez.-- Geoquímica del cobalto en los suelós de Andalucía occidental. III. Cobalto total en relación con la composición mineralógica de los suelos y rocas, por F. Gonzáles García y A. M. García Gómez.-- Ensayos con urea en frutales, por V. Remando, L. Jimeno y A. Guerra.-- Estudio mineralógico de la fracción arcilla de los suelos de la Vega de Granada, por J. L. Martín Vivaldi y M. Rodríguez Gallego.-- El hinchamiento de la montmorillonita sódica y del complejo montmorillonita-krilium en electrolitos, por J. R. Rausell Colom y D. M. C. MacEtvan.-- Contribución a la caracterización química de las formas de humus, por Francisco Guitián Ojea.--Clases de fósforo inorgánico cambiable isotópicamente en los suelos calizos. IV. El potencial de calcio y fosfato como índice de la clase de fosfatos presentes en los suelos calizos, por P. de Arambarri .-- Contribución al conocimiento de la ecología y la distribución geográfica del género Eremaeus C. L. Koch., por Franz Mihelcic.-- Notas.-Necrología: Prof. Dr. Cornelis Hendrik Edeiman (1903-1964).-- Sociedad Española de Ciencia del Suelo.-- Centro de Edafología y Biología Aplicada del Cuarto, de Sevilla.-- Misión científica a las Islas Columbretes.-- Clausura del" Curso de Edafología y Biología Vegetal.-- Premios «Alonso de Herrera» del C. S. l. C.-- XXV Aniversario del C. 5. l. C. Patronato «Alonso de Herrera».-- Coloquios sobre a Investigación e Industria.-- Conferencia del Pro f. Odum.-- Patronato Juan de la Cierva.-- III Salón de la Cerámica.—Aclaración.-- Geoquímica del cobalto en los suelos de Andalucía occidental. IV. Formas de cobalto en la arcilla y correlaciones entre el contenido en cobalto y el de hierro arcilla y manganeso, por F. González García y A. M. García Gómez.-- Los suelos de la cuenca media del río Tormes. III. Mineralogía de la fracción arena, por T. Martín Patiño, J. J. Alonso Pascual y F. Lucena Conde .-- Estudio mineralógico de la fracción arcilla de los suelos de la vega de Granada, por J. L. Martín Vivaldi y M. Rodríguez Gallego.-- Pruebas comparativas de alimentación de pollos de carne con raciones isocalóricas e isoproteicas y proporciones variables de cereales y grasa animal. I. Efectos de la sustitución del maíz por cebada, avena, salvado y grasa sobre la velocidad de crecimiento e índice de transformación del pienso, por G. González y F. B. Briones.-- Método polarográfico para la determinación de cobre, níquel, cinc y cobalto. Aplicación a suelos de Fernando Poo, por R. Gallego, F. Burriel y P. Pérez Carretero.- Experiencias iniciales con pavos españoles, por R. Sanz Alias y E. Zorita.-- Oligoelementos en distintos tipos .de suelos del norte de España, por R. Gallego y E. Fernández.-- Acción del ácido clorhídrico sobre los minerales de la arcilla. V. Influencia en su actividad catalítica, mezclados con hidróxido magnésico, para la síntesis del butadieno a partir del alcohol etílico, por T. Fernández Alvarez y A. Hernandez.-- Una contribución al conocimiento de los oribátidos del norte y centro de Europa en España, por Franz Mihelcic.-- Notas.-Necrología: Jacobo Samuel Joffe (1886-1968). Coloquio sobre problemas actuales· de Biología.-- Simposio sobre Química física de procesos en superficies sólidas.-- Simposio de Genética.-- Congresos y reuniones internacionales.-- Becas de intercambio.-- Noticias de los Centros.-- Visita del Dr. F. Zumpt.-- Biblografía. Guitián Ojea, F.: Técnicas de análisis de suelos, por G. Bilbao.-- Geoquímica del cobalto en los suelos de Andalucía occidental. V. Cobalto extraíble por acetato amónico y disoluciones ácidas, por F. González Garcia y A. M. García Gómez.-- Productos obtenidos en la degradación de la materia húmica de suelos calizos andaluces. -- Degradación alcalina de una xerorrendsina. de Sevilla, por Francisco Martín Martínez.-- Productos obtenidos en la degradación de la materia húmica de suelos calizos andaluces. III. Degradación de sustancias modelo, por Francisco Martín Martínez.—Estudio de las arenas del litoral catalán. l. Tramo Barcelona-Mongat, por E. Sáinz-Amor y M. Font-Altaba.-- Evoluciones de los niveles de nitrógeno en órganos de Citrus durante la floración primaveral, por Angel Ortuño Martínez, María Parra Gilabert y Carlos Alcaraz Molina.-- La composición de la savia como índice de fertilidad de los suelos, por L. limeno, C. Cadallia y Mª Ayabe.-- Estudio de deficiencias minerales en el cultivo de lechuga romana, por V. Hernando y Mª P. Sánchez Conde.-- The first steps in the isolation of plant hormones associated with the ; ooting capacity of the woody cuttings, por Ernesto Vieitez, Eliseo Seoane María Dolores V. Gesto, Jesús Méndez, Mª Cruz Mato and Adelina Vázquez.-- Características y variabilidad del balance de agua en la provincia de Sevilla, por José Martín Granda.-- Características y variabilidad del balance de agua en la provincia de Sevilla, por José Martín Granda.-- Estudio de varios insecticidas fosfóricos en el control del Prays Oleellus, F., por Eugenio Laborda Rodríguez y José Mª Fenoliera Gutiérrez.-- United Nations Educational Scientific and Cultural Organization. Programa de Ciencias del Suelo. Memoria de las Actividades de la U. N. E. S. C. O. en Ciencias del Suelo.-- Notas.--XXV .Aniversario de la Fundación del C. S. l. C.-- Profesor De Turk (1887-1963).-- Sociedad Española. de Ciencia del Suelo. 11 Reunión General 1964.-- III Reunión del Grupo Español de Sedimentología.-- Nombramiento de Consejeros Adjuntos del Patronato «Alonso de Herrera».-- Nombramiento de Catedrático de Agricultura y Economía Agraria.-- Congresos, reuniones y becas.-- Visitas de profesores extranjeros.-- Noticias de los Centros.-- Bibliografía.Symposium 1962 .Institut International de la Potasse. Berne (Switzerland), por Pilar Sánchez CondePeer reviewe

Termite sensitivity to temperature affects global wood decay rates

Deadwood is a large global carbon store with its store size partially determined by biotic decay. Microbial wood decay rates are known to respond to changing temperature and precipitation. Termites are also important decomposers in the tropics but are less well studied. An understanding of their climate sensitivities is needed to estimate climate change effects on wood carbon pools. Using data from 133 sites spanning six continents, we found that termite wood discovery and consumption were highly sensitive to temperature (with decay increasing >6.8 times per 10°C increase in temperature)-even more so than microbes. Termite decay effects were greatest in tropical seasonal forests, tropical savannas, and subtropical deserts. With tropicalization (i.e., warming shifts to tropical climates), termite wood decay will likely increase as termites access more of Earth's surface

Termite sensitivity to temperature affects global wood decay rates

Deadwood is a large global carbon store with its store size partially determined by biotic decay. Microbial wood decay rates are known to respond to changing temperature and precipitation. Termites are also important decomposers in the tropics but are less well studied. An understanding of their climate sensitivities is needed to estimate climate change effects on wood carbon pools. Using data from 133 sites spanning six continents, we found that termite wood discovery and consumption were highly sensitive to temperature (with decay increasing >6.8 times per 10°C increase in temperature)—even more so than microbes. Termite decay effects were greatest in tropical seasonal forests, tropical savannas, and subtropical deserts. With tropicalization (i.e., warming shifts to tropical climates), termite wood decay will likely increase as termites access more of Earth’s surface