Bayesian models and algorithms for protein beta-sheet prediction

Prediction of the three-dimensional structure greatly benefits from the information related to secondary structure, solvent accessibility, and non-local contacts that stabilize a protein's structure. Prediction of such components is vital to our understanding of the structure and function of a protein. In this paper, we address the problem of beta-sheet prediction. We introduce a Bayesian approach for proteins with six or less beta-strands, in which we model the conformational features in a probabilistic framework. To select the optimum architecture, we analyze the space of possible conformations by efficient heuristics. Furthermore, we employ an algorithm that finds the optimum pairwise alignment between beta-strands using dynamic programming. Allowing any number of gaps in an alignment enables us to model beta-bulges more effectively. Though our main focus is proteins with six or less beta-strands, we are also able to perform predictions for proteins with more than six beta-strands by combining the predictions of BetaPro with the gapped alignment algorithm. We evaluated the accuracy of our method and BetaPro. We performed a 10-fold cross validation experiment on the BetaSheet916 set and we obtained significant improvements in the prediction accuracy

Rate-distortion and complexity optimized motion estimation for H.264 video coding

11.264 video coding standard supports several inter-prediction coding modes that use macroblock (MB) partitions with variable block sizes. Rate-distortion (R-D) optimal selection of both the motion vectors (MVs) and the coding mode of each MB is essential for an H.264 encoder to achieve superior coding efficiency. Unfortunately, searching for optimal MVs of each possible subblock incurs a heavy computational cost. In this paper, in order to reduce the computational burden of integer-pel motion estimation (ME) without sacrificing from the coding performance, we propose a R-D and complexity joint optimization framework. Within this framework, we develop a simple method that determines for each MB which partitions are likely to be optimal. MV search is carried out for only the selected partitions, thus reducing the complexity of the ME step. The mode selection criteria is based on a measure of spatiotemporal activity within the MB. The procedure minimizes the coding loss at a given level of computational complexity either for the full video sequence or for each single frame. For the latter case, the algorithm provides a tight upper bound on the worst case complexity/execution time of the ME module. Simulation results show that the algorithm speeds up integer-pel ME by a factor of up to 40 with less than 0.2 dB loss in coding efficiency.Publisher's Versio

Bayesian models and algorithms for protein beta-sheet prediction

Prediction of the three-dimensional structure greatly benefits from the information related to secondary structure, solvent accessibility, and non-local contacts that stabilize a protein's structure. Prediction of such components is vital to our understanding of the structure and function of a protein. In this paper, we address the problem of beta-sheet prediction. We introduce a Bayesian approach for proteins with six or less beta-strands, in which we model the conformational features in a probabilistic framework. To select the optimum architecture, we analyze the space of possible conformations by efficient heuristics. Furthermore, we employ an algorithm that finds the optimum pairwise alignment between beta-strands using dynamic programming. Allowing any number of gaps in an alignment enables us to model beta-bulges more effectively. Though our main focus is proteins with six or less beta-strands, we are also able to perform predictions for proteins with more than six beta-strands by combining the predictions of BetaPro with the gapped alignment algorithm. We evaluated the accuracy of our method and BetaPro. We performed a 10-fold cross validation experiment on the BetaSheet916 set and we obtained significant improvements in the prediction accuracy

Cognitive functions in neurofibromatosis type 1 patients and unaffected siblings

Attention, learning, and perceptual problems have been reported at various degrees and rates in neurofibromatosis type 1 (NF1). We aimed to define the cognitive profiles frequently associated with NF1. Children and adolescents with NF1 (n=58) were tested using Wechsler Intelligence Scales for Children-Revised (WISC-R), Judgment of Line Orientation, and Bender Visual-Motor Gestalt tests. Comparison groups were unaffected siblings of NF1 patients (n=20), children with attention deficit and hyperactivity disorder (ADHD, n=40), and normal children (n=40). No difference was found between familial or sporadic NF1 cases. Seventeen/58 (29%) of NF1 cases had a full scale IQ 80 (n=27) scored lower in WISC-R subtests measuring visual perception when compared to a healthy control group of similar intelligence, and lower in arithmetic but better in Bender-Gestalt and Judgment of Line Orientation tests when compared to an ADHD group of similar intelligence. These results indicate a high prevalence of mental retardation in a clinical NF1 series. NF1 patients who have normal intelligence may have impaired visual perception, but their visual perceptual problems are less than in ADHD. The tendency of unaffected siblings of NF1 patients to have mildly but consistently low test scores compared to healthy controls needs to be studied further for underlying genetic or environmental factors

Cognitive functions in neurofibromatosis type 1 patients and unaffected siblings

Attention, learning, and perceptual problems have been reported at various degrees and rates in neurofibromatosis type 1 (NF1). We aimed to define the cognitive profiles frequently associated with NF1. Children and adolescents with NF1 (n=58) were tested using Wechsler Intelligence Scales for Children- Revised (WISC-R), Judgment of Line Orientation, and Bender Visual-Motor Gestalt tests. Comparison groups were unaffected siblings of NF1 patients (n=20), children with attention deficit and hyperactivity disorder (ADHD, n=40), and normal children (n=40). No difference was found between familial or sporadic NF1 cases. Seventeen/58 (29%) of NF1 cases had a full scale IQ 80 (n=27) scored lower in WISC-R subtests measuring visual perception when compared to a healthy control group of similar intelligence, and lower in arithmetic but better in Bender-Gestalt and Judgment of Line Orientation tests when compared to an ADHD group of similar intelligence. These results indicate a high prevalence of mental retardation in a clinical NF1 series. NF1 patients who have normal intelligence may have impaired visual perception, but their visual perceptual problems are less than in ADHD. The tendency of unaffected siblings of NF1 patients to have mildly but consistently low test scores compared to healthy controls needs to be studied further for underlying genetic or environmental factors

Yetim proteinlerde ikincil yapı öngörüsü için eğitim kümesi indirgeme yöntemleri = Training set reduction methods for single sequence protein secondary structure prediction

Orphan proteins are characterized by the lack of significant sequence similarity to almost all proteins in the database. To infer the functional properties of the orphans, more elaborate techniques that utilize structural information are required. In this regard, the protein structure prediction gains considerable importance. Secondary structure prediction algorithms designed for orphan proteins (also known as single-sequence algorithms) cannot utilize multiple alignments or aligment profiles, which are derived from similar proteins. This is a limiting factor for the prediction accuracy. One way to improve the performance of a single-sequence algorithm is to perform re-training. In this approach, first, the models used by the algorithm are trained by a representative set of proteins and a secondary structure prediction is computed. Then, using a distance measure, the original training set is refined by removing proteins that are dissimilar to the initial prediction. This step is followed by the re-estimation of the model parameters and the prediction of the secondary structure. In this paper, we compare training set reduction methods that are used to re-train the hidden semi-Markov models employed by the IPSSP algorithm. We found that the composition based reduction method has the highest performance compared to the other reduction methods. In addition, threshold-based reduction performed bettern than the reduction technique that selects the first 80% of the dataset proteins

Turkish English teachers’ beliefs about grammar teaching and their grammar teaching practices = Türkiye’deki ingilizce öğretmenlerinin dilbilgisi ve öğretimi ile ilgili görüşleri ve uygulamaları

TÜRKİYE’DEKİ İNGİLİZCE ÖĞRETMENLERİNİN DİLBİLGİSİ VE ÖĞRETİMİ İLE İLGİLİ GÖRÜŞLERİ VE UYGULAMALARI Bu çalışma Türk İngilizce öğretmenlerinin dilbilgisi ve dilbilgisi öğretimi hakkındaki inanışlarını ve bu inanışların onların sınıf içi uygulamalarına ve dilbilgisi öğretiminde ana ders kitabının kullanımına yansıyıp yansımadığını ve nasıl yansıdığını araştırmayı amaçlamıştır. Çalışma 2008-2009 öğretim yılı bahar dönemi ve 2009-2010 öğretim yılı güz döneminde İstanbul’daki özel ilköğretim okulları ve liselerde yapılmıştır. Çalışmaya liselerin hazırlık ve 9. sınıfları ile ilköğretim okullarının 6. , 7. ve 8. sınıflarında İngilizce derslerine giren 98 öğretmen katılmıştır. Araştırmanın veri toplama ve analiz aşamalarında nicel ve nitel yöntemler kullanılmıştır. Nicel veri elde etme aşamasında 2006 yılında Mohamed tarafından geliştirilen öğretmen inanışları dökümü anketi kullanıldı. Anket sonuçları, çalışmanın nitel kısmını oluşturan ders gözlemleri ve yarı yapılandırılmış öğretmen görüşmelerinin kullanımıyla geliştirilmiştir. Ders gözlemleri öğretmenlerin sınıfta neler yaptığıyla ilgili doğrudan bilgi verirken, öğretmen görüşmeleri onların sınıf içi uygulamaları için öne sürdükleri gerekçeleri sağlamıştır. Anket çalışması sonucunda elde edilen nicel veri bilgisayarda SPSS yazılımı vasıtasıyla analiz edilmiştir. Nitel analiz için, tanımlayıcı istatistikler kullanılmıştır. Nitel veri içerik analizi yoluyla incelenmiştir. Sonuçlar çalışmaya katılan Türk İngilizce öğretmenlerinin büyük bir bölümünün dilbilgisi öğretiminin dil öğreniminde etkili olduğuna ve dil gelişimine katkıda bulunduğuna inandıklarını göstermiştir. Öğretmenlerin, öğrenilen dilde düzenli olarak yapılan alıştırmaların dilbilgisi öğrenimini geliştirdiğine inandıklarıyla ilgili sonuçlar elde edilmiştir. Çalışmaya katılan öğretmenlerin belirttikleri inanışlar ile onların sınıf içi uygulamaları arasında dilbilgisi öğretiminde benimsenen yaklaşım açısından bir uyum gözlenmiştir. Bununla birlikte, benimsediklerini ileri sürdükleri alıştırma türleri ile dilbilgisi öğretiminde kullandıkları arasında ve dilbilgisi öğretiminde terminoloji kullanımı ve öğrencilerin dilbilgisi hatalarının düzeltilmesi hakkındaki inanışları ve öğretim esnasındaki uygulamaları arasında uyumsuzluklar gözlemlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Öğretmen inançları, dilbilgisi öğretimi, sınıf içi uygulamalar, İngilizce ders kitapları ABSTRACT TURKISH ENGLISH TEACHERS’ BELIEFS ABOUT GRAMMAR TEACHING AND THEIR GRAMMAR TEACHING PRACTICES The present study aimed to investigate the beliefs of Turkish teachers of English on the role of grammar and grammar instruction, and, whether and how these beliefs are reflected in their classroom teaching and use of main course books while teaching grammar. The study was conducted at private primary schools and private high schools in Istanbul in 2008-2009 academic year spring term and 2009-2010 academic year fall term. It included 98 participants teaching English at primary schools (6th, 7th and 8th grades) and high schools (prep class and 9th grades). The study combined both qualitative and quantitative approaches during the data collection and data analysis phases. In order to obtain quantitative data, the belief inventory questionnaire developed by Mohamed (2006) was used. Results of the questionnaire were extended by using semi-structured interviews, and observations of classes, which constituted the qualitative part of the present study. Lesson observations provided direct access to what teachers did in classrooms and interviews provided teachers’ rationales for their actual classroom practices. The quantitative data yielded by the questionnaire were analyzed with the computer software SPSS (Statistical Package for the Social Sciences) 15.0 for Windows. For the quantitative analysis descriptive statistics were used. The qualitative data was analyzed through content analysis. The results have revealed that the majority of the Turkish teachers of English believe formal grammar teaching has a value in language learning and assists language development. Concerning language practice, the great majority of the teachers in this study have indicated that regular practice of the target language facilitates grammar learning. The congruence between participating teachers’ stated beliefs and their actual teaching was observed in teachers’ approach to grammar teaching. However, there were mismatches between teachers’ stated preferences for activity types and the activities they actually used in grammar teaching, and, their beliefs and actual teaching practices concerning the use of grammatical terminology and corrective feedback. Key Words: Teachers’ beliefs, grammar teaching, classroom practice, main course book

Turkish English teachers’ beliefs about grammar teaching and their grammar teaching practices = Türkiye’deki ingilizce öğretmenlerinin dilbilgisi ve öğretimi ile ilgili görüşleri ve uygulamaları

ÖZET TÜRKİYE’DEKİ İNGİLİZCE ÖĞRETMENLERİNİN DİLBİLGİSİ VE ÖĞRETİMİ İLE İLGİLİ GÖRÜŞLERİ VE UYGULAMALARIBu çalışma Türk İngilizce öğretmenlerinin dilbilgisi ve dilbilgisi öğretimi hakkındakiinanışlarını ve bu inanışların onların sınıf içi uygulamalarına ve dilbilgisi öğretiminde ana ders kitabının kullanımına yansıyıp yansımadığını ve nasıl yansıdığını araştırmayı amaçlamıştır.Çalışma 2008-2009 öğretim yılı bahar dönemi ve 2009-2010 öğretim yılı güz döneminde İstanbul’daki özel ilköğretim okulları ve liselerde yapılmıştır. Çalışmaya liselerin hazırlık ve 9. sınıfları ile ilköğretim okullarının 6. , 7. ve 8. sınıflarında İngilizce derslerine giren 98 öğretmen katılmıştır.Araştırmanın veri toplama ve analiz aşamalarında nicel ve nitel yöntemler kullanılmıştır. Nicel veri elde etme aşamasında 2006 yılında Mohamed tarafından geliştirilen öğretmen inanışları dökümü anketi kullanıldı. Anket sonuçları, çalışmanın nitel kısmını oluşturan ders gözlemleri ve yarı yapılandırılmış öğretmen görüşmelerinin kullanımıyla geliştirilmiştir. Ders gözlemleri öğretmenlerin sınıfta neler yaptığıyla ilgili doğrudan bilgi verirken, öğretmen görüşmeleri onların sınıf içi uygulamaları için öne sürdükleri gerekçeleri sağlamıştır.Anket çalışması sonucunda elde edilen nicel veri bilgisayarda SPSS yazılımı vasıtasıyla analiz edilmiştir. Nitel analiz için, tanımlayıcı istatistikler kullanılmıştır. Nitel veri içerik analizi yoluyla incelenmiştir.Sonuçlar çalışmaya katılan Türk İngilizce öğretmenlerinin büyük bir bölümünün dilbilgisi öğretiminin dil öğreniminde etkili olduğuna ve dil gelişimine katkıda bulunduğuna inandıklarını göstermiştir. Öğretmenlerin, öğrenilen dilde düzenli olarak yapılan alıştırmaların dilbilgisi öğrenimini geliştirdiğine inandıklarıyla ilgili sonuçlar elde edilmiştir.Çalışmaya katılan öğretmenlerin belirttikleri inanışlar ile onların sınıf içi uygulamaları arasında dilbilgisi öğretiminde benimsenen yaklaşım açısından bir uyum gözlenmiştir. Bununla birlikte, benimsediklerini ileri sürdükleri alıştırma türleri ile dilbilgisi öğretiminde kullandıkları arasında ve dilbilgisi öğretiminde terminoloji kullanımı ve öğrencilerin dilbilgisi hatalarının düzeltilmesi hakkındaki inanışları ve öğretim esnasındaki uygulamaları arasında uyumsuzluklar gözlemlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Öğretmen inançları, dilbilgisi öğretimi, sınıf içi uygulamalar, İngilizce ders kitaplarıABSTRACTTURKISH ENGLISH TEACHERS’ BELIEFS ABOUT GRAMMAR TEACHING AND THEIR GRAMMAR TEACHING PRACTICESThe present study aimed to investigate the beliefs of Turkish teachers of English on the role of grammar and grammar instruction, and, whether and how these beliefs are reflected in their classroom teaching and use of main course books while teaching grammar. The study was conducted at private primary schools and private high schools in Istanbul in 2008-2009 academic year spring term and 2009-2010 academic year fall term. It included 98 participants teaching English at primary schools (6th, 7th and 8th grades) and high schools (prep class and 9th grades).The study combined both qualitative and quantitative approaches during the data collection and data analysis phases. In order to obtain quantitative data, the belief inventory questionnaire developed by Mohamed (2006) was used. Results of the questionnaire were extended by using semi-structured interviews, and observations of classes, which constituted the qualitative part of the present study. Lesson observations provided direct access to what teachers did in classrooms and interviews provided teachers’ rationales for their actual classroom practices. The quantitative data yielded by the questionnaire were analyzed with the computer software SPSS (Statistical Package for the Social Sciences) 15.0 for Windows. For the quantitative analysis descriptive statistics were used. The qualitative data was analyzed through content analysis. The results have revealed that the majority of the Turkish teachers of English believe formal grammar teaching has a value in language learning and assists language development. Concerning language practice, the great majority of the teachers in this study have indicated that regular practice of the target language facilitates grammar learning. The congruence between participating teachers’ stated beliefs and their actual teaching was observed in teachers’ approach to grammar teaching. However, there were mismatches between teachers’ stated preferences for activity types and the activities they actually used in grammar teaching, and, their beliefs and actual teaching practices concerning the use of grammatical terminology and corrective feedback. Key Words: Teachers’ beliefs, grammar teaching, classroom practice, main course book

Dirençli parsiyel epilepsili çocuklarda dirençli olmayı haber veren risk faktörlerinin araştırılması

TEZ4706Tez (Uzmanlık) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2004.Kaynakça (s. 45-48) var.v, 48 s. ; 30 cm.

A new concept for philosophical counseling: Crisis

Felsefi danışmanlık, psikolojik danışmanlığa alternatif bir danışmanlık türü olduğu iddiasını taşır. Bu iddia felsefi danışmanlığa alternatifi olduğu psikolojik danışmanlıktan farkının ne olduğu konusunu açık kılma ödevi yükler. Felsefi danışmanlar, söz konusu farkın danışanın sıkıntı ve sorunlarının hangi boyutta ele alındığında yattığını ileri sürerler. Felsefi danışmanlara göre sıkıntı ve sorunların kaynağı her zaman bireyin duygu durumları değildir. Bir kısım sıkıntı ve sorunların nedeni, bireyin inançları, düşünce kalıpları, önyargıları, hayatı kavrayış şekli, kısaca, çerçeve bir kavram olarak, onun dünya-hayat görüşüdür. Buna bağlı olarak da felsefi danışmanlıkta sıkıntı ve sorunlar kavramsal boyutta ele alınır; bir başka deyişle, danışanın sıkıntı ve sorunlarının nedeni olabilecek muhtemel duygu durumlarından uzak durulur. Dolayısıyla literatürde geçen sıkıntı ve sorun kavramları psikolojik yükler taşımaz. Peki, felsefi danışmanlık için, sıkıntı ve sorun kavramlarının yanında yine psikolojik yüklerden uzak yeni bir kavram belirlenebilir mi? Çalışma soruya olumlu cevap verdiği ve literatüre bu konuda yeni bir kavram kazandıracağı iddiasını taşıyor. Batı dillerinde kullanılan ve Türkçeye “kriz” olarak geçen kelime anlamında bunalım, Nermi Uygur’un felsefi söyleminde yer aldığı haliyle felsefi danışmanlık için yeni bir çalışma alanı olabilir. Bu aynı zamanda kendini psikolojik danışmanlıktan ayırt etme ve kuramsal alt yapısını kurma çalışmalarında felsefi danışmanlığa önemli katkılar sağlayacaktır.Philosophical counseling claims to be an alternative counseling type to psychological counseling. This claim imposes on the philosophical counseling a task of clarifying its difference from psychological counseling, to which it is alternative. Philosophical counselors argue that the main difference lies in the extent to which the counselee’s predicaments and problems are addressed. According to philosophical counselors, the source of predicaments and problems is not always the individual's emotional states. The reasons for some predicaments and problems are the individual's thought patterns, prejudices, understanding of life, in short, his world-life view as a frame concept. Accordingly, the predicaments and problems are dealt with in philosophical counseling in the conceptual dimension; in other words, predicaments and problems caused by the counselee’s emotional states are avoided. Therefore, the concepts of predicaments and problems taken place in the literature do not bear psychological burdens. For philosophical counseling, can a new concept that is far from psychological factors besides predicaments and problems be determined? The study asserts that it answers the question positively and will bring a new concept to the literature. The word “crisis” used in Western languages and referred to as “kriz” in Turkish can be a new concept for philosophical counseling as it is included in the philosophical discourse of Nermi Uygur. As well as this makes important contributions to philosophical counseling in differentiating itself from psychological counseling and establishing its theoretical infrastructure