Gene Similarity-based Approaches for Determining Core-Genes of Chloroplasts

In computational biology and bioinformatics, the manner to understand evolution processes within various related organisms paid a lot of attention these last decades. However, accurate methodologies are still needed to discover genes content evolution. In a previous work, two novel approaches based on sequence similarities and genes features have been proposed. More precisely, we proposed to use genes names, sequence similarities, or both, insured either from NCBI or from DOGMA annotation tools. Dogma has the advantage to be an up-to-date accurate automatic tool specifically designed for chloroplasts, whereas NCBI possesses high quality human curated genes (together with wrongly annotated ones). The key idea of the former proposal was to take the best from these two tools. However, the first proposal was limited by name variations and spelling errors on the NCBI side, leading to core trees of low quality. In this paper, these flaws are fixed by improving the comparison of NCBI and DOGMA results, and by relaxing constraints on gene names while adding a stage of post-validation on gene sequences. The two stages of similarity measures, on names and sequences, are thus proposed for sequence clustering. This improves results that can be obtained using either NCBI or DOGMA alone. Results obtained with this quality control test are further investigated and compared with previously released ones, on both computational and biological aspects, considering a set of 99 chloroplastic genomes.Comment: 4 pages, IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2014

Kepemimpinan Politik Kepala Desa Dalam Mengembangkan BUMDes Periode 2013-2019 Di Desa Wlahar Wetan, Kecamatan Kalibagor, Kabupaten Banyumas

Penelitian ini bertujuan untuk memahami kepemimpinan politik Dodiet Prasetyo sebagai Kepala Desa Wlahar Wetan serta memahami faktor pendukung dan faktor penghambat kepemimpinan politik Dodiet Prasetyo sebagai Kepala Desa Wlahar Wetan dalam mengembangkan Badan Usaha Milik Desa (BUMDes) Karya Kusuma Mandiri, Wlahar Wetan Penelitian ini menggunakan metode penelitian kualitatif dengan pendekatan fenomenologi. Hasil dari penelitian ini adalah sebagai berikut: Pertama, kepemimpinan politik Dodiet Prasetyo menunjukan tipe kepemimpinan transformatif, sehingga dalam masa kepemimpinannya Dodiet Prasetyo berhasil membentuk dan mengembangkan BUMDes Karya Kusuma Mandiri dengan cara melakukan musyawarah desa yang bertujuan untuk mengangkat tingkat kegiatan masyarakat yang lebih tinggi, lalu melaksanakan pelatihan perihal pemasaran produk BUMDes untuk meningkatkan motivasi dan moral kelompok BUMDes Wlahar Wetan, yang kemudian berimbas pada berkembangnya perekonomian Desa Wlahar Wetan. Hal tersebut terjadi karena Dodiet Prasetyo sebagai kepala desa mempunyai kualitas personal yang sangat baik dan memiliki kompetensi sebagai seorang pemimpin. Selain itu, Dodiet Prasetyo memiliki tipe kepemimpinan yang inovatif, dengan membentuk beberapa unit bidang usaha untuk mengembangkan BUMDes Wlahar Wetan. Dodiet Prasetyo juga memiliki sifat responsive leader yang cepat tanggap dalam menangani masalah yang terjadi dalam pengembangan BUMDes Karya Kusuma Mandiri. Kedua, faktor yang mendukung keberhasilan kepemimpinan politik Dodiet Prasetyo dalam mengembangkan BUMDes, antara lain: Kualitas personal dan manageraial pemerintahan yang sangat baik. Sedangkan belum menyeluruhnya masyarakat yang ikut berpartisipasi aktif mengikuti program menjadi penghambat kepemimpinan politik Dodiet Prasetyo dalam mengembangkan BUMDes Wlahar Wetan

ANALISA DEBIT ANDALAN DAN DEBIT BANJIR RENCANA SUNGAI KRUENG ACEH KABUPATEN ACEH BESAR

Sungai memiliki peran penting bagi kehidupan manusia untuk dimanfaatkan dalam berbagai kebutuhan seperti pertanian, industri, peternakan, sumber air baku dan berbagai kebutuhan lainnya. Khususnya di bidang pertanian, sungai sangat bermanfaat sebagai sumber air untuk irigasi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui debit banjir kreung Aceh menggunakan metode Metode Debit Andalan Statistik pada DAS Krueng Aceh. Data ini diambil adalah data yang berkesinambungan selama kurun waktu untuk diperoleh data selama 8 tahun dari tahun 2012 sampai tahun 2019. Hasil yang di dapatkan menggunakan metode Debit andalan Statistik Rangking pada DAS Krueng Aceh adalah Data Debit yang digunakan adalah data Debit bulanan maksimum tiap tahun dari stasiun penakar hujan. Debit tertinggi terjadi pada tahun 2017 sebesar 2156,92 m3. . Dan debit terkecil terjadi pada tahun 2019 sebesar 40,16 m3. metode yaitu Metode Metode Normal, Metode Log Normal, Metode Gumbel dan Metode Log Person III. Dari hasil perhitungan uji keselarasan Chi- Kuadrat perhitungan yang memenuhi syarat adalah Metode Gumbel. Hasil perhitungan metode gumbel dengan periode ulang 2 tahun sebesar 92,541 mm, periode ulang 5 tahun sebesar 150,396 mm, periode ulang 10 tahun sebesar 187,820 mm, periode ulang 25 tahun sebesar 235,865mm, periode ulang 50 tahun sebesar 271,266 mm, dan periode ulang 100 tahun sebesar 306,667mm. Pada das Kreung Aceh dihasilkan Perhitungan debit andalan tertinggi terjadi pada Probabilitas 98.9 % yaitu sebesar 6,98 (m3)/Det

Finding the Core-Genes of Chloroplasts

Due to the recent evolution of sequencing techniques, the number of available genomes is rising steadily, leading to the possibility to make large scale genomic comparison between sets of close species. An interesting question to answer is: what is the common functionality genes of a collection of species, or conversely, to determine what is specific to a given species when compared to other ones belonging in the same genus, family, etc. Investigating such problem means to find both core and pan genomes of a collection of species, \textit{i.e.}, genes in common to all the species vs. the set of all genes in all species under consideration. However, obtaining trustworthy core and pan genomes is not an easy task, leading to a large amount of computation, and requiring a rigorous methodology. Surprisingly, as far as we know, this methodology in finding core and pan genomes has not really been deeply investigated. This research work tries to fill this gap by focusing only on chloroplastic genomes, whose reasonable sizes allow a deep study. To achieve this goal, a collection of 99 chloroplasts are considered in this article. Two methodologies have been investigated, respectively based on sequence similarities and genes names taken from annotation tools. The obtained results will finally be evaluated in terms of biological relevance

KAWASAN RUMAH PINTAR MASYARAKAT TAMANSARI KOTA BANDUNG

Kepeduliaan masyarakat Indonesia tentang pentingnya pendidikan mulai disadari, hal ini terbukti dengan adanya sebuah program yang bernama Pusat Kegiatan Belajar Masyarakat (PKBM) tentang pendidikan non-formal yang dikemas secara progresif oleh masyarakat dan untuk masyarakat. Secara substansial program PKBM ini turut mendukung kemajuan pembangunan di Indonesia yang sesuai dengan UUD 1945 karena pendidikan menjadi salah satu kunci pembangunan. Oleh sebab itu diperlukannya sebuah wadah yang dapat mendidik masyarakat dimana proses PKBM dapat berlangsung dan sedikit demi sedikit mengubah pandangan masyarakat tentang pentingnya sebuah keahlian. Namun pada saat ini belum terdapat pengorganisasian ruang yang baik dalam mewadahi kegiatan PKBM yang saling terintegrasi dalam satu fungsi bangunan. Pada perancangan ini bangunan yang dirancang adalah bangunan pendidikan non-formal. Bangunan tersebut bernama “Rumah Pintar Masyarakat” untuk mewadahi kegiatan PKBM yang mempunyai visi membuat masyarakat lebih berdaya dan mandiri dengan misi menyadarkan masyarakat akan pentingnya kearifan lokal. Dengan pengorganisasian fungsi dan ruang yang optimal, dan dengan menggunakan teknologi yang memadukan antara material alam dan material modern pada bangunan tersebut dapat memberikan nilai-nilai estetis arsitektural hingga secara tidak langsung memberikan pendidikan arsitektur kepada masyarakat khususnya warga Tamansari, Bandung untuk lebih menghargai nilai- nilai lokal yang ada disekitar mereka. Sehingga masyarakat dapat bergerak secara mandiri utamanya dalam kemajuan pembangunan infrastruktur di kemudian ha

PENANAMAN NILAI-NILAI MULTIKULTURAL DALAM PENDIDIKAN AGAMA ISLAM DI MAN 13 JAKARTA

Indonesia yang merupakan bangsa dengan tingkat keberagaman yang tinggi. Beberapa dekade terakhir ini kita dihadapkan dengan beberapa konflik yang berlatar belakangkan perbedaan, baik itu perbedaan agama, suku atau budaya. Dalam hal ini, pendidikan agama dinilai gagal dalam menjalankan salah satu perannya, yaitu mewujudkan masyarakat Indonesia yang dapat menciptakan kerukunan dan kedamaian. Penelitian ini berusaha mendeskripsikan dan menganalisis tentang pendidikan multikulturalisme. Penelitian sebelumnya lebih banyak melakukan penelitian di sekolah umum yang dimana tidak menggambarkan secara detail bagaimana agama islam mengajarkan tentang toleransi karna minimnya waktu yang bisa dipakai dalam pelajaran agama, dan dengan hadirnya murid beragama selain islam tidak dapat menggambarkan bagaimana agama islam mengajarkan tentang toleransi karena seringnya interaksi dengan murid beragama lain tanpa ada ajaran agama didalamnya. Peneliti tertarik untuk meneliti di madrasah karena materi agama yang diajarkan khususnya tentang multikulturalisme akan lebih detail. Penelitian ini akan dilakukan pada MAN 13 Jakarta dengan menggunakan pendekatan deskriptif kualitatif dengan rancangan studi lapangan. Pengumpulan data dilakukan dengan teknik wawancara, observasi, dan dokumentasi. Teknik analisis data meliputi reduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan. Hasil dari penelitian ini adalah 1) Perencanaan Pendidikan Agama Islam di MAN 13 Jakarta diatur oleh Kementrian Agama melalui Keputusan Menteri Agama Nomor 183 Tahun 2019 Tentang Kurikulum PAI dan Bahasa Arab Pada Madrasah. Pengembangan kurikulum dan pembelajaran PAI di Madarasah harus berbasis kepada pembiasaan, pembudayaan dan pemberdayaan untuk membentuk peradaban bangsa. 2) Pelaksanaan pembelajaran PAI di Madrasah dilaksanakan dalam rangka memenuhi dinamika kehidupan keberagamaan, bermasyarakat, berbangsa, dan bernegara. PAI di Madrasah dirancang untuk mendukung terwujudnya Madrasah sebagai agent of change (agen perubahan) yang bertujuan untuk menyiapkan peserta didik yang memiliki sikap moderasi keberagamaan dan berkontribusi secara optimal dalam upaya membangun masyarakat berbasis pengetahuan dalam bingkai Negara Kesatuan Republik Indonesia. 3) Para guru menjelaskan bahwa bagaimana sikap kita sebagai umat muslim yang sebagai mayoritas di Indonesia tidak boleh ada niatan untuk merendahkan maupun mendiskriminasi agama lain. Indonesia, which is a nation with a high level of diversity. In the last few decades, we have been faced with several conflicts based on differences, be it religious, ethnic or cultural differences. In this case, religious education is considered to have failed in carrying out one of its roles, namely creating Indonesian society that can create harmony and peace. This study seeks to describe and analyze multiculturalism education. Previous research conducted more research in public schools which did not describe in detail how Islam teaches about tolerance because of the lack of time that can be used in religious lessons, and the presence of students of religions other than Islam cannot describe how Islam teaches about tolerance because of frequent interaction with students of other religions without any religious teachings in it. Researchers are interested in researching in madrasas because the religious material taught, especially about multiculturalism, will be more detailed. This research will be conducted at MAN 13 Jakarta using a qualitative descriptive approach with a field study design. The data were collected by means of interview, observation, and documentation techniques. Data analysis techniques include data reduction, data presentation, and drawing conclusions. The results of this study are 1) Planning for Islamic Religious Education in MAN 13 Jakarta is regulated by the Ministry of Religion through the Decree of the Minister of Religion Number 183 of 2019 concerning Islamic Education Curriculum and Arabic in Madrasas. The development of the Islamic education curriculum and learning in Madarasah must be based on habituation, culture and empowerment to form the nation's civilization. 2) Implementation of Islamic Education in Madrasahs is carried out in order to meet the dynamics of religious, social, national and state life. PAI in Madrasah is designed to support the realization of Madrasas as agents of change which aim to prepare students who have an attitude of religious moderation and contribute optimally in efforts to build a knowledge-based society within the framework of the Unitary State of the Republic of Indonesia. 3) The teachers explain that our attitude as Muslims, as the majority in Indonesia, should not have any intention to demean or discriminate against other religions

Improved Core Genes Prediction for Constructing well-supported Phylogenetic Trees in large sets of Plant Species

The way to infer well-supported phylogenetic trees that precisely reflect the evolutionary process is a challenging task that completely depends on the way the related core genes have been found. In previous computational biology studies, many similarity based algorithms, mainly dependent on calculating sequence alignment matrices, have been proposed to find them. In these kinds of approaches, a significantly high similarity score between two coding sequences extracted from a given annotation tool means that one has the same genes. In a previous work article, we presented a quality test approach (QTA) that improves the core genes quality by combining two annotation tools (namely NCBI, a partially human-curated database, and DOGMA, an efficient annotation algorithm for chloroplasts). This method takes the advantages from both sequence similarity and gene features to guarantee that the core genome contains correct and well-clustered coding sequences (\emph{i.e.}, genes). We then show in this article how useful are such well-defined core genes for biomolecular phylogenetic reconstructions, by investigating various subsets of core genes at various family or genus levels, leading to subtrees with strong bootstraps that are finally merged in a well-supported supertree.Comment: 12 pages, 7 figures, IWBBIO 2015 (3rd International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering