Reference intervals for acetylated fetal hemoglobin in healthy newborns

The acetylated fetal hemoglobin (AcHbF) derives from an enzyme-mediated post-translational modification occurring on the N-terminal glycine residues of g-chains. At present, no established data are available on reference intervals for AcHbF in newborns. A total of 92 healthy infants, with gestational age between 37 and 41 weeks were selected for the establishment of AcHbF reference intervals. Blood samples were collected by heel pricking, when collecting routine neonatal screening, and the hemoglobin pattern was analyzed by high-performance liquid chromatography. AcHbF results were then normalized for HbF content in order to account for differences in hemoglobin switch. No difference was found in AcHbF values between genders (P=0.858). AcHbF results were as follow: 12.8\ub10.8% (mean\ub1standard deviation), reference interval: 11.3-14.3%. This finding could facilitate further studies aimed to assess the possible use of AcHbF, for instance as a possible fetal metabolic biomarker during pregnancy

Growth hormone therapy and respiratory disorders: Long-term follow-up in PWS children

Context: Adenotonsillar tissue hypertrophy and obstructive sleep apnea have been reported during short-term GH treatment in children with Prader-Willi syndrome (PWS). Objective: We conducted an observational study to evaluate the effects of long-term GH therapy on sleep-disordered breathing and adenotonsillar hypertrophy in children with PWS. Design: This was a longitudinal observational study. PatientsandMethods:Weevaluated 75 children with genetically confirmedPWS,ofwhom50 fulfilled the criteria and were admitted to our study. The patients were evaluated before treatment (t0), after 6 weeks (t1), after 6 months (t2), after 12 months (t3), and yearly (t4-t6) thereafter, for up to 4 years of GH therapy. The central apnea index, obstructive apnea hypopnea index (OAHI), respiratory disturbance index, and minimal blood oxygen saturation were evaluated overnight using polysomnography. We evaluated the adenotonsillar size using a flexible fiberoptic endoscope. Results: The percentage of patients with an OAHI of 1 increased from 3 to 22, 36, and 38 at t1, t4, and t6, respectively (2 12.2; P .05). We observed a decrease in the respiratory disturbance indexfrom1.4 (t0) to 0.8 (t3) (P.05)andthe centralapneaindexfrom1.2 (t0) to 0.1 (t4) (P.0001). We had to temporarily suspend treatment for 3 patients at t1, t4, and t5 because of severe obstructive sleep apnea. The percentage of patients with severe adenotonsillar hypertrophy was significantly higher at t4 and t5 than at t0. The OAHI directly correlated with the adenoid size (adjusted for age) (P .01) but not with the tonsil size and IGF-1 levels. Conclusion: Long-termGHtreatment in patients withPWSis safe; however,werecommend annual polysomnography and adenotonsillar evaluation

A computational approach to identify whole genome homozygosity mapping across multiple SNP mapping experiments

The recent development of microarray platforms, capable to genotype more than thousands of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in individuals, had provided an opportunity to rapidly identify susceptibility loci for complex phenotypes. High density SNP mapping arrays have been widely applied to association studies, to copy number (CN) analysis in cancers and recently to investigate the role of homozygosity extended regions in individuals. Long stretches of CN neutral and homozygous SNPs, defined as runs of homozygosity (ROHs) can be found either in a single individual or shared across samples. The identification of ROHs among affected individuals of the same family or among unrelated ones with same disease, can underline loci potentially implicated in the genetic basis of the disease under study. Therefore the identification of ROHs in affected individuals or pathological datasets gives a chance to identify disease associated loci and new causative mutations. In order to identify ROHs pattern across Affymetrix SNP mapping datasets, we developed a computational strategy including several computational steps: 1) loss of heterozygosity analysis by dChip2007 software; 2) a within-subject step allowing the identification of ROHs in a single sample; 3) an across-subject step extracting the ROH fingerprint of the dataset and 4) the identification of a common ROHs pattern based on frequency across the dataset under study, varying the number of individuals carrying common ROHs; 5) the annotation step allowing the association of genes to selected ROHs. In order to obtain an effective ROHs visualization, we use dChip software for the entire samples dataset. We assess our strategy to two SNP mapping datasets including 100K leukemia and 250K congenital recessive diseases. The procedure allowed the identification of a unique genetic ROH fingerprint of clinical datasets potentially important to discover new diseases associated loci suitable for further investigations

A Multicenter Retrospective Survey regarding Diabetic Ketoacidosis Management in Italian Children with Type 1 Diabetes

We conducted a retrospective survey in pediatric centers belonging to the Italian Society for Pediatric Diabetology and Endocrinology. The following data were collected for all new-onset diabetes patients aged 0-18 years: DKA (pH < 7.30), severe DKA (pH < 7.1), DKA in preschool children, DKA treatment according to ISPAD protocol, type of rehydrating solution used, bicarbonates use, and amount of insulin infused. Records (n = 2453) of children with newly diagnosed diabetes were collected from 68/77 centers (87%), 39 of which are tertiary referral centers, the majority of whom (n = 1536, 89.4%) were diagnosed in the tertiary referral centers. DKA was observed in 38.5% and severe DKA in 10.3%. Considering preschool children, DKA was observed in 72%, and severe DKA in 16.7%. Cerebral edema following DKA treatment was observed in 5 (0.5%). DKA treatment according to ISPAD guidelines was adopted in 68% of the centers. In the first 2 hours, rehydration was started with normal saline in all centers, but with different amount. Bicarbonate was quite never been used. Insulin was infused starting from third hour at the rate of 0.05-0.1 U/kg/h in 72% of centers. Despite prevention campaign, DKA is still observed in Italian children at onset, with significant variability in DKA treatment, underlying the need to share guidelines among centers

Studio di linkage in famiglie di pazienti affetti da Iperinsulinismo Congenito dell'Infanzia (CHI) mediante tecnologie di genotipizzazione ad alta risoluzione di SNP

L' Iperinsulinismo Congenito dell'Infanzia (CHI, MIM # 256450) \ue8 una patologia grave caratterizzata da una inappropriata secrezione di insulina da parte delle beta-cellule pancreatiche, che causa severa ipoglicemia spesso pericolosa per la stessa vita del paziente. La patologia si presenta eterogenea dal punto di vista clinico, genetico, morfologico e funzionale e comporta un'estrema variabilit\ue0 nell'et\ue0 dell'esordio della malattia, nella severit\ue0 con cui si manifesta e nella risposta alle cure mediche; \ue8 una delle principali cause di danni neurologici e diabete iatrogeno (Aynsley-Green 2000; Cosgrove 2004; Dunne 2005). Nei pazienti affetti da CHI sono state evidenziate mutazioni in differenti geni, ed \ue8 stata dimostrata un' ereditariet\ue0 di tipo sia autosomico recessivo che dominante (de Lonlay 2005; Henwood 2004). Circa il 50% casi sono causati da mutazioni sui geni ABCC8 (MIM # 600509) e KCNJ11 (MIM # 600937) che codificano per entrambe le subunit\ue0 (KIR6.2 e SUR1) costituenti il canale del potassio ATP dipendente nelle beta--cellule (KATP). Circa il 5% dei pazienti affetti da CHI ha mutazioni dominanti nel gene che codifica per la glutammatodeidrogenasi (GDH) (Stanley 1998). Sono noti anche rari casi di CHI causata da mutazioni attivanti sul gene della glucokinasi (GCK) (Glaser 1998). Recentemente sono state trovate mutazioni nel gene dell'idrossi-L-3-acildeidrogenasi a catena corta (SCHAD) (Clayton 2001). E' stata anche descritta, in pochi pazienti, una sindrome singolare di ipoglicemia, conseguente all'esercizio fisico, la cui eziologia genetica rimane sconosciuta (Meissner 2001). Dal punto di vista istopatologico sono state distinte due diverse forme: si pu\uf2 avere un coinvolgimento diffuso delle beta-cellule nel pancreas (forma diffusa, Di-HI), o un'iperplasia adenomatosa focale (forma focale, Fo-HI), dove regioni distinte del pancreas appaiono essere coinvolte, mentre le aree circostanti sono istologicamente e funzionalmente normali. La forma diffusa della malattia \ue8 causata da mutazioni germinali e interessa l'intero corpo del pancreas (Goossens 1989). La forma focale invece \ue8 causata dalla perdita di una porzione del cromosoma materno (11p15) associata a mutazioni ereditate dall'allele paterno (Verkarre 1998). In questo panorama comunque, per circa il 50% dei pazienti affetti, non \ue8 stata ancora determinata un'eziologia genica precisa, suggerendo cos\uec l'ipotesi che altri geni ad oggi sconosciuti possano essere coinvolti. Sono stati proposti molti geni quali candidati (Sund 2001; Molven 2002; Ashcroft 2005) ad esempio fattori di trascrizione che regolano lo sviluppo del pancreas, molti dei quali regolano anche la trascrizione di geni codificanti ormoni, oppure enzimi o recettori che intervengono nell' omeostasi del glucosio (Molven 2002). Vista la lunga lista di geni candidati i Polimorfismi a Singolo Nucleotide (SNPs) costituiscono dei marcatori validi per evidenziare nuovi loci genici nelle famiglie di pazienti con CHI, negativi per mutazioni, e quindi contribuire a comprendere il ruolo dei canali KATP dipendenti sull'eziologia di patologie che coinvolgano la funzionalit\ue0 delle beta cellule (Ashcroft 2006). Gli SNPs rappresentano variazioni del genoma generate dalla mutazione di una singola base nel DNA e costituiscono la fonte pi\uf9 semplice e comune del polimorfismo genico nel genoma umano. Gli SNPs sono circa il 90% di tutti i polimorfismi del DNA e il singolo nucleotide alterato pu\uf2 essere compreso sia nelle regioni codificanti che in quelle non codificanti. La frequenza degli SNPs \ue8 di uno ogni 100-300 basi distribuite lungo i 3 miliardi di basiche costituiscono il genoma umano (The International HapMap Consortium 2005). Molti SNPs non influenzano la biologia o le funzioni fisiologiche dell'ospite, tuttavia i ricercatori ritengono che alcuni SNP favoriscano la predisposizione alla malattia o influenzino la risposta a farmaci ed altre terapie (Ventre 2001). L'avanzamento senza precedenti nella mappatura degli SNPs del genoma umano ha avuto un effetto notevole sul progresso della ricerca delle malattie genetiche. Le mappature degli SNPs stanno contribuendo ad identificare migliaia di marcatori lungo tutto il genoma facilitando l'analisi di mappe pi\uf9 grandi generate dai ricercatori nel Progetto Genoma che con la ditta "Celera Genetics" ha fornito, nel 2000, la descrizione completa del genoma umano (Ventre 2001; Goddard 2002). Da un punto di vista analitico, la possibilit\ue0 di identificare marcatori multipli implica la necessit\ue0 di applicare metodi statistici avanzati e strumenti bioinformatici applicati alla genetica molecolare per l'identificazione di correlazioni tra aplotipi e fenotipi in gruppi familiari. I test statistici multivariati, opportunamente corretti per limitare l'effetto delle comparazioni multiple sulle soglie di confidenza, possono essere applicati per individuare marcatori specifici e associazioni tra l' aplotipo di un locus e i geni che influenzano il fenotipo patologico (Di 2005; Liu 2003; Freimer 2005). Dai dati della letteratura si evince che l'analisi di SNPs ha contribuito ad identificare i geni multipli connessi con malattie complesse (Meaburn 2006; Carlson 2004) quali la malattia di Alzheimer (Strittmatter 1996), il diabete di tipo 2 (Altshuler 2000), il diabete di tipo I (Florez 2003) ed altre malattie autoimmuni (Ueda 2003). Queste associazioni sono difficili da rivelare con i metodi convenzionali di "gene-hunting" perch\ue9 un singolo gene alterato pu\uf2 dare soltanto un piccolo contributo alla genesi della malattia. Parallelamente all'utilizzo degli SNPs per studi di associazione in malattie poligeniche si \ue8 pensato che questi marcatori potessero essere altrettanto validi se impiegati per l'analisi di linkage in malattie monogeniche (Matise 2000; Wilson 2000; Shepard 2000; Sellick 2004). Pochi studi fino ad ora hanno utilizzato l'analisi di SNPs per studi di linkage in patologie genetiche con trasmissione di tipo mendeliano, anche se molti studi supportano l'ipotesi che un set di SNPs ad alta densit\ue0 possa fornire un numero di informazioni equiparabile a quelle ottenute con screening genomici che utilizzano altri marcatori quali microsatelliti o short-tandem-repeat polymorphisms (STRPs) (Wilson 2000; Matise 2003; Shepard 2004; Sellick 2004). Negli ultimi due anni tuttavia sono comparsi in letteratura studi che hanno utilizzato piattaforme ad alta densit\ue0 di SNPs per individuare nuovi geni coinvolti in malatie autosomiche, sia dominanti che recessive, quali diabete neonatale, craniosinostosi, displasia renale (Sellick 2004), leucodistrofia di Pelizaeus-Merzbacher (Uhlenberg 2004), Congenital vertical Talus e Charcot-Marie Tooth (Shrimpton 2004) e microcefalia primaria (Shen 2005). Il sequenziamento dei geni candidati evidenziati con l'analisi di linkage ha permesso di riscontrare nei casi descritti la presenza di mutazioni puntiformi. In questo contesto di analisi genomiche si sono sviluppate negli ultimi anni numerose piattaforme (Affymetrix, Applied Biosystems, Illumina) per l'analisi simultanea di migliaia di SNPs, attraverso le quali \ue9 possibile identificare loci genici interessanti, associati a patologie a caratteri complessi (Butcher 2004). In particolare con i 2 Array che costituiscono il GeneChip Human Mapping 100K Set della ditta Affymetrix si possono analizzare contemporaneamente pi\uf9 di 100000 SNPs con un intervallo medio tra i vari marcatori di 23.6 Kb (Meaburn 2006; Matsuzaki 2004). Sulla base di queste considerazioni intendiamo utilizzare la piattaforma Affymetrix per lo studio della variabilit\ue0 genetica e studio di linkage in famiglie di pazienti affetti da Iperinsulinismo Congenito dell'Infanzi