Emergence and spread of SARS-CoV-2 lineage B.1.620 with variant of concern-like mutations and deletions

Distinct SARS-CoV-2 lineages, discovered through various genomic surveillance initiatives, have emerged during the pandemic following unprecedented reductions in worldwide human mobility. We here describe a SARS-CoV-2 lineage - designated B.1.620 - discovered in Lithuania and carrying many mutations and deletions in the spike protein shared with widespread variants of concern (VOCs), including E484K, S477N and deletions HV69Delta, Y144Delta, and LLA241/243Delta. As well as documenting the suite of mutations this lineage carries, we also describe its potential to be resistant to neutralising antibodies, accompanying travel histories for a subset of European cases, evidence of local B.1.620 transmission in Europe with a focus on Lithuania, and significance of its prevalence in Central Africa owing to recent genome sequencing efforts there. We make a case for its likely Central African origin using advanced phylogeographic inference methodologies incorporating recorded travel histories of infected travellers

The Spectrum of FANCM Protein Truncating Variants in European Breast Cancer Cases

Germline protein truncating variants (PTVs) in the FANCM gene have been associated with a 2–4-fold increased breast cancer risk in case-control studies conducted in different European populations. However, the distribution and the frequency of FANCM PTVs in Europe have never been investigated. In the present study, we collected the data of 114 European female breast cancer cases with FANCM PTVs ascertained in 20 centers from 13 European countries. We identified 27 different FANCM PTVs. The p.Gln1701* PTV is the most common PTV in Northern Europe with a maximum frequency in Finland and a lower relative frequency in Southern Europe. On the contrary, p.Arg1931* seems to be the most common PTV in Southern Europe. We also showed that p.Arg658*, the third most common PTV, is more frequent in Central Europe, and p.Gln498Thrfs*7 is probably a founder variant from Lithuania. Of the 23 rare or unique FANCM PTVs, 15 have not been previously reported. We provide here the initial spectrum of FANCM PTVs in European breast cancer cases

Numanomo pokyčio aptikimas: ar galime apsieiti be sąmonės įsiterpimo?

D. Fernandez-Duque and I. M. Thornton (2000) seemingly demonstrated “unconscious detection of change” (p. 338), i.e. a person being able to register stimulus change without being aware of it. However, as the authors themselves point out, their experiment might harbor a potential flaw: the failure to include a control condition. In a series of two experiments, we tested participants’ ability to detect change, while not being aware of it, both in the absence and in the presence of a control condition. With the control condition absent, both experiments failed to replicate D. Fernandez-Duque and I. M. Thornton’s finding of an increase in change detection for unaware trials. With the control condition present, change detection did exceed the chance level. We argue that a correlated conscious strategy hypothesis offers a better account of the change detection results for unaware trials than the unconscious change detection hypothesis.D. Fernandez-Duque ir I. M. Thornton (2000) tariamai atrado, kad asmuo gali užfiksuoti pakitimą ir be sąmonės įsiterpimo. Tačiau šį atradimą gerokai menkina vienas pačių autorių pripažintas metodologinis trūkumas – kontrolinių bandymų nebuvimas. Siekdami tiksliau nustatyti, ar norint pastebėti pakitimą reikia sąmonės tarpininkavimo, ar jo užfiksavimas gali vykti ir be sąmonės įsiterpimo, dar kartą tyrėme, kaip matomame objekte aptinkamas pasikeitimas, tačiau šį kartą tyrėmė dvejopai: vienu atveju be kontrolinių bandymų, kaip ir D. Fernandez-Duque ir I. M. Thorntonas, o kitu atveju atlikome ir kontrolinius bandymus.Pirmasis tyrimas bendrais bruožais pakartojo D. Fernandez-Duque ir I. M. Thorntono atliktą tyrimą. Norėta pažiūrėti, ar rasis nesąmoningas pasikeitimo pastebėjimas, kaip buvo D. Fernandez-Duque ir I. M. Thorntono tyrime, darant ir kontrolinius bandymus. Kompiuterio ekrane vienas po kito buvo rodomi laikrodžio pavidalo apskritimai, kuriuose vietoj skaičių buvo matyti aštuoni nedideli stačiakampiai, kurių keturi stovėjo stačiomis ir keturi gulėjo gulsčiomis (žr. 1-ą pav.). Per kiekvieną bandymą buvo paeiliui pateikiami trys apskritimai. Pirmas bandymas truko 250 ms, paskui buvo 250 ms tarpelis. Antrame bandyme, irgi trukusiame 250 ms, pasirodžius apskritimui, vieno stačiakampio padėtis buvo pakeista iš stačios į gulsčią ar priešingai. Apskritimui su stačiakampiais pasirodžius trečią kartą, jame ryškumu išsiskyrė du priešiais stovintys stačiakampiai – tas, kuris buvo patyręs pokytį, ir stovintis priešingoje pusėje. Dabar dalyvis pelytės rodykle turėjo nurodyti, kurio iš tų dviejų stačiakampių padėtis buvo pakeista. Tai atlikęs, mygtuko nuspaudimu nurodė, ar vertinamą pokytį buvo suvokęs sąmoningai, ar ne. Atlikus nesuvoktų pasirinkimų įvertinimą paaiškėjo, kad rezultatai nėra vienodi. Viena vertus, grupėje, kurioje buvo pakartojamas tyrimas nedarant kontrolinių bandymų, nesuvoktų pokyčių tikslus pasirinkimas, priešingai D. Fernandez-Duque ir I. M. Thorntono bandymui, neviršijo atsitiktinumo lygio. Kita vertus, grupėje, kurioje kontroliniai bandymai buvo atlikti, nesuvoktų pokyčių tikslus pasirinkimas atsitiktinumo lygį viršijo.Šie rezultatai neteikia aiškios paramos hipotezei, kad galima nesąmoningai pastebėti pakitimą. Todėl ryžtasi antrą kartą tirti nesuvokto pokyčio patyrimo reiškinį, bet šį kartą taikant sudėtingesnio turinio užduočių. Antrame tyrime taip pat norėta įvertinti du galimus nesuvokto pokyčio pasirinkimo aiškinimus: nesuvokto pokyčio užfiksavimo hipotezė ir santykinio sąmonės pasireiškimo hipotezė. Pagal pastarąją, nors pokytis ir nėra pastebimas, jis vis dėlto gali būti pasirinktas sąmoningomis pastangomis. Pavyzdžiui, nurodydamas, kurio stačiakampip padėtis keitėsi, dalyvis gali sąmoningai taikyti atmetimo strategiją. Pagal ją jis renkasi stačiakampį, stovintį priešais tą, kurio padėtis nesikeitė, taip didindamas galimybę atlikti teisingą pasirinkimą.Šios dvi hipotezės buvo tikrintos antrame tyrime. Bendrais bruožais šis tyrimas buvo panašus į pirmąjį, tik sudėtingesnė pasirinkimo užduotis. Šiuo atveju pasirinkimui pateiktos stačiakampių poros apėmė visus galimus derinius: poras, kurių stačiakampiai stovėjo šalimais, per vieną tarpinį stačiakampį, per du ir per tris (priešingos poros). Suvedus rezultatus, ir šį kartą kontrolinių bandymų nedariusiųjų grupės nesuvoktų pokyčių tikslus pasirinkimas neviršijo atsitiktinumo lygio. Tačiau grupės, kurioje buvo atlikti kontroliniai bandymai, rezultatai buvo kiek sudėtingesni. Nustatyta, kad rodant poras su šalimais esančiais stačiakampiais, tikslus pokyčių pasirinkimas vyko atsitiktinumo lygiu. Tačiau rodant tarpines stačiakampių poras jis buvo aukštesnis, pasiekė net statistiškai aukštą lygį, kai poras skyrė vienas ir du stačiakampiai. Autorių nuomone, šiuos rezultatus santykinio sąmonės pasireiškimo hipotezė paaiškina tinkamiau, negu nesuvokto pokyčio užfiksavimo hipotezė

Intelligent process monitoring by interfacing knowledge-based systems and multivariate statistical monitoring

An intelligent process monitoring and fault diagnosis environment has been developed by interfacing multivariate statistical process monitoring (MSPM) techniques and knowledge-based systems (KBS) for monitoring multivariable process operation. The real-time KBS developed in G2 is used with multivariate SPM methods based on canonical variate stare space (CVSS) process models. Fault detection is based on T-2 charts of state variables. Contribution plots in G2 are used for determining the process variables that have contributed to the out-of-control signal indicated by large T-2 values, and G2 Diagnostic Assistant (GDA) is used to diagnose the source causes of abnormal process behavior. The MSPM modules developed in Matlab are linked with G2. This intelligent monitoring and diagnosis system can be used to monitor multivariable processes with autocorrelated, cross-correlated, and collinear data. The structure of the integrated system is described and its performance is illustrated by simulation studies.Endnote format citatio