Polimorfizmy typu SNP w obrębie genu LGALS3BP u chorych z łagodnymi i złośliwymi nowotworami tarczycy

Introduction: The aim of the study was estimation of occurrence of SNP (single nucleotide polymorphism) sites in LGALS3BP gene in patients with benign and malignant thyroid tumors and analysis of correlation between their frequency and the histological type of thyroid lesions. Material and methods: The studied group consisted of 58 patients, 24 with papillary thyroid carcinomas, 19 with nodular goiters and 15 with follicular adenomas. Control group included 180 healthy volunteers. Four different SNP polymorphisms were analysed in PCR products using the SNaPshot test, on genetic analyser ABI Prism 310; these can be found in NCBI database under rs numbers: 1803938 (a/g), 11024 (g/c), 1801463 (a/c) and 1131516 (c/t). Results: In all patients analysis of SNP sites revealed: lack of polymorphism in a/g rs 18039380; polymorphism identical to database in g/c rs 11024 and polymorphism different from database in a/g rs 1801463 and c/g rs 131516. There were no significant differences between patients with thyroid lesions and group of healthy controls. Conclusion: Single nucleotide polymorphism (SNP) of LGALS3BP gene (found in NCBI) database are not characteristic for papillary thyroid cancer, follicular adenomas and nodular goiter.Wstęp: Badanie polimorfizmu genetycznego jest w ostatnich latach coraz częściej wykorzystywane w ocenie predyspozycji dziedzicznej do chorób nowotworowych i metabolicznych. Gen LGALS3BP kodujący galektynę-3 (Gal-3), białko ulegające nadekspresji w komórkach raka brodawkowatego tarczycy (PTC, papillary thyroid carcinoma), posiada w swym obrębie kilka miejsc polimorficznych typu SNP (single nucleotide polymorphism). Poznanie ewentualnych zależności pomiędzy zmianami patologicznymi w gruczole tarczowym a polimorfizmem omawianego genu może mieć znaczenie w badaniu patogenezy raka tarczycy. Cel pracy: Ocena występowania wybranych miejsc polimorficznych typu SNP genu LGALS3BP u pacjentów z łagodnymi i złośliwymi guzami tarczycy oraz analiza korelacji pomiędzy częstością występowania danej formy allelicznej genu a typem histologicznym zmiany w obrębie gruczołu tarczowego. Materiał i metody: Badana grupa obejmowała 58 osób, w tym 24 chorych z rakiem brodawkowatym, 19 chorych z wolem guzowatym i 15 chorych z gruczolakiem pęcherzykowym. Grupę kontrolną stanowiło, w zależności od konkretnie badanego polimorfizmu, 130-180 osób zdrowych. DNA izolowano z leukocytów krwi obwodowej i z guzów tarczycy pacjentów oraz z krwi grupy kontrolnej za pomocą zestawu "Sherlock" do izolacji DNA. Po dokonaniu oceny ilościowej i jakościowej, DNA posłużył jako matryca do amplifikacji in vitro wybranego fragmentu genu za pomocą reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR, polymerase chain reaction). Produkty PCR analizowano w kierunku polimorfizmu typu SNP techniką "SNaPshot", wykorzystując analizator genetyczny ABI Prism 310. Do porównania otrzymanych sekwencji użyto programu SeqEval (Applied Biosystems). Oceniono 4 miejsca polimorficzne typu SNP genu LGALS3BP znalezione w bazie danych NCBI o numerach rs: 1803938 (a/g), 11024 (g/c), 1801463 (a/c) i 1131516 (c/t). W badanych grupach w analizowanych miejscach polimorficznych stwierdzono: brak polimorfizmu (a/g rs 18039380), polimorfizm zgodny z bazą danych (g/c rs 11024 ), a u pozostałych niezgodny z bazą danych (a/g rs 1801463) i (c/g rs 1131516). Nie stwierdzono istotnych różnic w występowaniu zbadanych polimorfizmów genu LGALS3BP pomiędzy analizowanymi grupami. Wnioski: Wykazane w bazie danych NCBI polimorfizmy SNP genu LGALS3BP nie są charakterystyczne dla raka brodawkowatego tarczycy, gruczolaka pęcherzykowego i wola guzowatego

Comparison of three methods of DNA extraction from human bones with different degrees of degradation

There is a necessity for deceased identification as a result of many accidents and sometimes bones are the only accessible source of DNA. So far, a universal method that allows for extraction of DNA from materials at different stages of degradation does not exist. The aims of this study were: the comparison of three methods of DNA extraction from bones with different degree of degradation and an evaluation of the usefulness of these methods in forensic genetics. The efficiency of DNA extraction, the degree of extract contamination by polymerase chain reaction (PCR) inhibitors and the possibility of determining the STR loci profile were especially being compared. Nuclear DNA from bones at different states of degradation was isolated using three methods: classical, organic phenol–chloroform extraction, DNA extraction from crystal aggregates and extraction by total demineralisation. Total demineralisation is the best method for most cases of DNA extraction from bones, although it does not provide pure DNA. DNA extraction from aggregates removes inhibitors much better and is also a good method of choice when identity determination of exhumed remains is necessary. In the case of not buried bones (remains found outside) total demineralisation or phenol–chloroform protocols are more efficient for successful DNA extraction

Online forum as a source of support for teenage mothers

Badanie przeprowadzone w ramach tej pracy magisterskiej składało się z trzech części:badania kwestionariuszowego online (N=68), badania z wykorzystaniem wywiadów (N=7)oraz analizy postów pochodzących z forów internetowych dla młodych matek i ciężarnych(N=60). Celem przeprowadzonych badań było określenie roli forum internetowegooraz innych źródeł wsparcia emocjonalnego i informacyjnego dla nastoletnich matek,zebranie informacji dotyczących doświadczeń związanych z ciążą i macierzyństwem,poznanie najważniejszych źródeł wsparcia, a także określenie rodzaju przekazu zawartegow wypowiedziach pisemnych na forach internetowych – wspierający czy agresywny.Badania przeprowadzono za pomocą kwestionariusza skonstruowanego na potrzeby pracymagisterskiej oraz indywidualnego wywiadu pogłębionego. W niniejszej pracy podjęto próbęodpowiedzi na postawione pytania badawcze oraz weryfikacji hipotez. Wyniki uzyskanew badaniach wskazują na ważną rolę wsparcia udzielanego młodym matkom przez osobybliskie. Istotne były również takie źródła wsparcia jak przyjaciele, znajomi, a także forainternetowe. Podczas analizy postów okazało się, że 70% wypowiedzi zawierało co najmniejjeden rodzaj wsparcia: emocjonalne, informacyjne lub instrumentalne. Na podstawiewyników przeprowadzonych badań oraz prac badaczy przytoczonych w pracy magisterskiejmożna stwierdzić, że dyskusje na forach internetowych są coraz bardziej popularnymsposobem uzyskania wsparcia wśród nastoletnich matek, przy czym najważniejszymjego źródłem są osoby najbliższe.The research consisted of three parts: online questionnaire survey (N = 68), interviewresearch (N = 7) and analysis of posts from online forums for young mothers and pregnantwomen (N = 60). The purpose of the research was to identify the role of the online forumand other sources of emotional and informational support for teenage mothers, to gatherinformation about pregnancy and maternity experiences, to identify the most importantsources of support, to determine the type of messages on online forums - supportiveor aggressive. In the study was used the questionnaire and Individual In-depth Interview.The most important source of support was parents and partners, but also important werefriends and online forums. During the analysis of posts, it turned out that 70% of thestatements contained at least one type of support: emotional, informational or instrumental.Based on the results and the work of the researchers, it can be inferred that online forums arean increasingly popular way to get support for teenage mothers, but the most importantsource is the closest ones

Comparison of various decalcificators in preparation of DNA from human rib bone

Various calcium-binding buffers and agents in DNA preparation from fresh human rib bones were compared. We showed that the buffer described by Kuntze et al. [1996] yielded the highest quantaties of DNA, but the obtained DNA was strongly degraded. The best quality DNA was obtained using two buffers: of Hänni et al. [1994] and Ivanov et al. [1995]. Among the new calcium-binding agents that were not examined before, the most efficient were Bismuth III Oxide and Na/FeEDTA, and - in two-step decalcification - sodium citrate