Catches, bycatches and stock indicators of fisheries targeting cyprinids along the Swedish Baltic Sea coast

Decreasing abundance of many traditionally exploited fish stocks in the Baltic Sea force small-scale fisheries to find new ways to make a living. In line with Swedish national strategies on food supply there is an interest to develop commercial cyprinid fisheries. In the Bothnian Bay in the northern part of the Baltic Sea, annual catches have increased from zero-catches 2018-30 tonnes 2021. To aid a sustainable development of these cyprinid fisheries that target mainly bream (Abramis brama) and ide (Leuciscus idus), we study catch efficiency of target species and bycatch in different gears and seasons using logbook data from the Bothnian Bay. Using cameras, we also assessed bycatch rates. To assist the sustainability of the fishery we develop potential stock indicators. Our results suggests that larger gear (pound-nets) are more effective in catching bream, and that the proportion of bycatch decreased with gear size, being < 10% in the largest gear, which is similar or lower than many other Baltic Sea fisheries. By-catches of salmon is of concern in the Bothnian Bay, but the camera study indicates that salmon bycatches are sporadic. Catch per unit effort (CPUE) of bream was highest in spring and fall, and we conclude that site specific median CPUE is the most suitable stock abundance indicator. The size indicator L90, the 90th percentile of the length distribution, was similar among areas and we propose it as a suitable indicator of the demographic structure of the targeted bream stocks. Our results provide reference points for relatively unfished conditions, but as the study was based on mainly fishery dependent data, it is important to also include fishery independent data to assess ecosystem effects of a future and intensified cyprinid fishery

Genome-Wide Survey for Biologically Functional Pseudogenes

According to current estimates there exist about 20,000 pseudogenes in a mammalian genome. The vast majority of these are disabled and nonfunctional copies of protein-coding genes which, therefore, evolve neutrally. Recent findings that a Makorin1 pseudogene, residing on mouse Chromosome 5, is, indeed, in vivo vital and also evolutionarily preserved, encouraged us to conduct a genome-wide survey for other functional pseudogenes in human, mouse, and chimpanzee. We identify to our knowledge the first examples of conserved pseudogenes common to human and mouse, originating from one duplication predating the human–mouse species split and having evolved as pseudogenes since the species split. Functionality is one possible way to explain the apparently contradictory properties of such pseudogene pairs, i.e., high conservation and ancient origin. The hypothesis of functionality is tested by comparing expression evidence and synteny of the candidates with proper test sets. The tests suggest potential biological function. Our candidate set includes a small set of long-lived pseudogenes whose unknown potential function is retained since before the human–mouse species split, and also a larger group of primate-specific ones found from human–chimpanzee searches. Two processed sequences are notable, their conservation since the human–mouse split being as high as most protein-coding genes; one is derived from the protein Ataxin 7-like 3 (ATX7NL3), and one from the Spinocerebellar ataxia type 1 protein (ATX1). Our approach is comparative and can be applied to any pair of species. It is implemented by a semi-automated pipeline based on cross-species BLAST comparisons and maximum-likelihood phylogeny estimations. To separate pseudogenes from protein-coding genes, we use standard methods, utilizing in-frame disablements, as well as a probabilistic filter based on Ka/Ks ratios

Första linjens chefers upplevelser av balans i yrket : En kvalitativ intervjustudie om enhetschefers upplevelse av dualism i arbetet

Att verka som första linjens chef i en vård och omsorgsorganisation är en viktig del i leveransen av välfärdstjänster av god kvalité. Införandet av New public management i offentlig sektor har över tid lett till en ökad centralisering på bekostnad av kärnverksamhetens självstyre. Syftet med uppsatsen är att undersöka första linjens chefers upplevelser av balans i sin yrkesroll samt upplevelser av sin position i en vård och omsorgsorganisation. Genom en hermeneutisk intervjustudie av tio erfarna enhetschefers tankar och upplevelser kring sin arbetsinsats och sin arbetssituation inom en vård och omsorgsorganisation. Intervjustudiens resultat visar att enhetschefer påverkas av en rad olika faktorer såsom hanterandet av olika relationer inom ramen för sitt yrke.Acting as the first-line manager in a care and nursing organization is an important part of the delivery of good quality welfare services. The introduction of New public management in the public sector has over time led to an increased centralization at the expense of the core business's autonomy. The purpose of the thesis is to describe the first-line managers' perceived work situation in a care and nursing organization. Through a hermeneutic interview study of ten experienced unit managers' thoughts and experiences about their work effort and their work situation within a care and nursing organization. The results of the interview study show that unit managers are affected by a number of different factors, such as the handling of different relationships within the framework of their profession

Första linjens chefers upplevelser av balans i yrket : En kvalitativ intervjustudie om enhetschefers upplevelse av dualism i arbetet

Att verka som första linjens chef i en vård och omsorgsorganisation är en viktig del i leveransen av välfärdstjänster av god kvalité. Införandet av New public management i offentlig sektor har över tid lett till en ökad centralisering på bekostnad av kärnverksamhetens självstyre. Syftet med uppsatsen är att undersöka första linjens chefers upplevelser av balans i sin yrkesroll samt upplevelser av sin position i en vård och omsorgsorganisation. Genom en hermeneutisk intervjustudie av tio erfarna enhetschefers tankar och upplevelser kring sin arbetsinsats och sin arbetssituation inom en vård och omsorgsorganisation. Intervjustudiens resultat visar att enhetschefer påverkas av en rad olika faktorer såsom hanterandet av olika relationer inom ramen för sitt yrke.Acting as the first-line manager in a care and nursing organization is an important part of the delivery of good quality welfare services. The introduction of New public management in the public sector has over time led to an increased centralization at the expense of the core business's autonomy. The purpose of the thesis is to describe the first-line managers' perceived work situation in a care and nursing organization. Through a hermeneutic interview study of ten experienced unit managers' thoughts and experiences about their work effort and their work situation within a care and nursing organization. The results of the interview study show that unit managers are affected by a number of different factors, such as the handling of different relationships within the framework of their profession

Vibrationsanalys : Vibrationsproblem i travers

Som en del i Maskiningenjörsutbildningen vid Karlstads Universitet har detta examensarbete utförts under en 15 veckors period. Uppdragsgivare är Scana Steel AB:s stålverk i Björneborg och arbetet behandlar en av deras traverser. Arbetet bestod i att lokalisera och om möjligt förinta vibrationer som uppfattas som störande i förarhytten till traversen. För att lokalisera vibrationerna har olika analyser genomförts med hjälp av SpectraPro samt Vibshape, vilket är två mjukvaror tillhörande mätutrustningen Easy Viber. Dessa två program ger oss möjlighet att se animeringar av traverskroppens rörelse och visa spektran för specifika punkter. Analyserna visar på att förarhytten huvudsakligen rör sig vid tre olika frekvenser. Frekvenserna i hytten visar sig överensstämma med frekvenserna från det sista kuggingreppet på växellådan samt från kopplingen mellan motor och växellåda. En del resonansfenomen har tagits i beaktning. Metoderna för att undvika att föraren känner obehagliga vibrationer är flera och skiljer sig stort i hur omfattande operationer som krävs. Det finns dock några åtgärder som smidigt kan prövas. Föreslagna åtgärder för avhjälpning av vibrationerna innefattar bland annat frekvensstyrning, dynamisk dämpare och dämpande maskinfötter.As a part of the Machine engineer-program at Karlstad University this dissertation has been in progress for 15 weeks. The principal is Scana Steel AB, a steelworks in Björneborg and the dissertation concerns one of their cranes. The task was to find sources to vibration and, if possible, eliminate the vibrations that the driver in the wheelhouse finds uncomfortable. To locate the source of the vibrations different analyses have been made with the help of SpectraPro and Vibshape, which are two softwares belonging to the measuring instrument Easy Viber. These two programs gave us the possibility to animate the movements of different components and they also gave us different spectra to analyze. The analyses show that the wheelhouse mainly vibrates in three different frequencies. These frequencies appear to be the same as the frequencies from the last cogwheel and the coupling. When determining the frequencies we have also taken some resonance phenomena into consideration. The methods how to avoid that the driver is uncomfortable due to the vibrations are numerous and require different sizes of operation. Some actions can, however, easily be tried without any bigger problems. Suggested actions are among others dynamic damper, frequency control and damping machine shoes

Vibrationsanalys : Vibrationsproblem i travers

Som en del i Maskiningenjörsutbildningen vid Karlstads Universitet har detta examensarbete utförts under en 15 veckors period. Uppdragsgivare är Scana Steel AB:s stålverk i Björneborg och arbetet behandlar en av deras traverser. Arbetet bestod i att lokalisera och om möjligt förinta vibrationer som uppfattas som störande i förarhytten till traversen. För att lokalisera vibrationerna har olika analyser genomförts med hjälp av SpectraPro samt Vibshape, vilket är två mjukvaror tillhörande mätutrustningen Easy Viber. Dessa två program ger oss möjlighet att se animeringar av traverskroppens rörelse och visa spektran för specifika punkter. Analyserna visar på att förarhytten huvudsakligen rör sig vid tre olika frekvenser. Frekvenserna i hytten visar sig överensstämma med frekvenserna från det sista kuggingreppet på växellådan samt från kopplingen mellan motor och växellåda. En del resonansfenomen har tagits i beaktning. Metoderna för att undvika att föraren känner obehagliga vibrationer är flera och skiljer sig stort i hur omfattande operationer som krävs. Det finns dock några åtgärder som smidigt kan prövas. Föreslagna åtgärder för avhjälpning av vibrationerna innefattar bland annat frekvensstyrning, dynamisk dämpare och dämpande maskinfötter.As a part of the Machine engineer-program at Karlstad University this dissertation has been in progress for 15 weeks. The principal is Scana Steel AB, a steelworks in Björneborg and the dissertation concerns one of their cranes. The task was to find sources to vibration and, if possible, eliminate the vibrations that the driver in the wheelhouse finds uncomfortable. To locate the source of the vibrations different analyses have been made with the help of SpectraPro and Vibshape, which are two softwares belonging to the measuring instrument Easy Viber. These two programs gave us the possibility to animate the movements of different components and they also gave us different spectra to analyze. The analyses show that the wheelhouse mainly vibrates in three different frequencies. These frequencies appear to be the same as the frequencies from the last cogwheel and the coupling. When determining the frequencies we have also taken some resonance phenomena into consideration. The methods how to avoid that the driver is uncomfortable due to the vibrations are numerous and require different sizes of operation. Some actions can, however, easily be tried without any bigger problems. Suggested actions are among others dynamic damper, frequency control and damping machine shoes

Hållbart nyttjande av lågt exploaterade fiskbestånd : ett pilotprojekt om ökat fiske på braxen

I linje med Sveriges livsmedelsstrategi finns det i dag ett intresse av att nyttja fler arter inom svenskt fiske. Målsättningen är att nyttja potentialen i arter och bestånd som i nuläget kan anses vara lågt exploaterade, det vill säga där uttaget förväntas kunna ökas utan att reproduktionsöverskottet minskar. För att belysa hur uppföljning och säkerställande av ett hållbart nyttjande kan gå till har vi sammanställt kunskap om braxen (Abramis brama), som är en av de arter som i dag kan anses ha bestånd med lågt eller inget fiske. Vår genomgång av befintliga underlag gjorde oss positivt överraskade. Braxen, och troligen flera andra potentiellt intressanta arter, fångas relativt väl upp av befintlig resurs- och miljöövervakning, vilket möjliggör användande av både storleks- och abundansindikatorer i flera sjöar och kustområden. Att dessutom åldersläsning av braxen har genomförts i vissa mindre sjöar är mycket positivt då det möjliggjorde exemplifiering av mer avancerade indikatorer och förvaltningsmål för ett bestånd baserat på demografi, kroppstillväxt och dödlighet, till exempel beräkningar av ’Optimal längd’, lämpliga fönsteruttag och uppföljning av andelen stor lekfisk (s.k. ’mega-spawners’). Vilka indikatorer som är lämpligast att använda i praktiken är dock avhängigt tillgängliga data och vilka mål som förvaltningen sätter upp för beståndet i fråga. De indikatorer som väljs ut för att mäta måluppfyllelsen kommer också att behöva referenspunkter, d.v.s. indikatorvärden som signalerar att åtgärder behövs. Vi fann dock stor geografisk variation i biologiska egenskaper som både täthet, tillväxt och demografisk struktur, varför vi anser att regionalt anpassade förvaltningsplaner och förvaltningsmål är det mest lämpliga. För att ta fram regionalt anpassade indikatorer och referenspunkter till dessa mål krävs en initial datainsamlingsinsats. Bland de mest prioriterade underlagen i en fortsatt kunskapsuppbyggnad är en systematisk åldersläsning och bedömning av könsmognad. Vi ser det som mest prioriterat att samla information från de stora sjöarna (utom Vättern) och från havsbassängerna Bottenviken, Bottenhavet och Egentliga Östersjön, åtminstone under ett år för att möjliggöra en statusbedömning av indikatorer relaterade till naturlig demografi och hållbart uttag. Särskilt för braxen som blir könsmogen relativt sent, är långlivad och relativt stor, är längd och åldersfördelning vitala parametrar för att kunna skatta effekten av uttag på bestånden. Dessutom behövs en väl fungerande journalföring av fiskets fångster. I de fall där åldersläsning och fiskerioberoende underlag saknas anser vi att enklare längdbaserade indikatorer ska tas fram inom självskattningsprogram. Genom kontinuerlig längdmätning av fångsterna i ett fiske kan exempelvis indikatorn L10-median-L90 användas för en enklare uppföljning av rekryteringen till fisket och samtidigt indikera om fisketrycket är för högt, vilket förväntas visa sig genom en minskande andel stora individer. I vår sammanställning redovisas ett antal indikatorer av varierande komplexitet men vilka som blir aktuella beror av vilka mål förvaltningen sätter upp. Vi har inte kunnat sätta referenspunkter eftersom det är beroende av de lokala förutsättningarna för just det förvaltningsområdet - men vi visar vilka indikatorer som fungerar för vad och bör kunna användas med relativt liten arbetsinsats. Vi har utgått från braxen, men vår målsättning är att indikatorerna skall vara användbara också i andra sammanhang där livsmedelsstrategins mål om ett ökat inhemskt resursutnyttjande i framtiden också inkluderar andra arter och bestånd

Histogram of Likelihood Quotients when Comparing Scenarios <i>S</i>1 and <i>S</i>2

<p>Histogram of Likelihood Quotients when Comparing Scenarios <i>S</i>1 and <i>S</i>2</p

Conservation between Human and Mouse Gene and Pseudogene Sequences for the 20 Syntenic <i>S</i>1 Sequences

<p>Blue stars indicate genes. Red circles indicate pseudogenes. The histogram shows, for reference, the conservation of all genes giving rise to pseudogenes. Compare with <a href="http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.0020046#pcbi-0020046-t005" target="_blank">Table 5</a>, which lists the same data.</p