Radyolojik Olarak Aktif Hidatik Kisti Olan Olgulardan Perkütan Aspire Edilen Kist Sıvılarında Protoskoleks Varlığı ile PCR Sonuçları Arasındaki Korelasyonun Araştırılması

Amaç: Kistik Ekinokokkozis, Echinococcus cinsi parazitlerin larva formunun insanlarda neden olduğu zoonotik bir hastalıktır. Tanı temelde invaziv olmayan görüntüleme tekniklerine dayanmaktadır. Tedavide görüntüleme eşliğinde yapılan perkütan girişimler büyük öneme sahiptir. Tedavi sırasında elde edilen kist içeriğine yapılan protoskoleks incelemesi tanının doğrulanmasında kullanılmaktadır. Ancak, negatif sonuç alınması tanıyı dışlamamaktadır. Bunun yanı sıra, moleküler yöntemler de kullanılmakta ancak her zaman saptanabilir DNA elde edilememektedir. Bu çalışmada, perkütan aspire edilmiş kist sıvılarında protoskoleks varlığı ile PCR sonuçları arasındaki korelasyonun araştırılması amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Çalışmaya, görüntüleme yöntemleri ile aktif hastalık tanısı almış ve perkütan giriş sırasında, diğer bir canlılık bulgusu olan, kaya suyu barındırdığı saptanan kistler dahil edilmiştir. Toplamda aspire edilen 71 hidatik kist sıvısı protoskoleks varlığı açısından incelenmiş, sonrasında ise mitokondriyal bir gen olan sitokrom oksidaz 1’i hedefleyen PCR gerçekleştirilmiştir. PCR sonucu pozitif olan tüm örnekler dizi analizi ile doğrulanmıştır.Bulgular: Protoskoleks incelemesine göre, 71 kist örneğinin, 32 %45 tanesinin pozitif, 39 tanesinin negatif olduğu saptanmıştır. Yapılan PCR sonucu örneklerin 54 %76 tanesinde pozitif, 17 tanesinde negatif sonuç izlenmiştir. İki inceleme karşılaştırıldığında, protoskoleks varlığı ile pozitif PCR sonucu arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmuştur

Co-circulation of West Nile virus and distinct insect-specific flaviviruses in Turkey

Background: Active vector surveillance provides an efficient tool for monitoring the presence or spread of emerging or re-emerging vector-borne viruses. This study was undertaken to investigate the circulation of flaviviruses. Mosquitoes were collected from 58 locations in 10 provinces across the Aegean, Thrace and Mediterranean Anatolian regions of Turkey in 2014 and 2015. Following morphological identification, mosquitoes were pooled and screened by nested and real-time PCR assays. Detected viruses were further characterised by sequencing. Positive pools were inoculated onto cell lines for virus isolation. Next generation sequencing was employed for genomic characterisation of the isolates. Results: A total of 12,711 mosquito specimens representing 15 species were screened in 594 pools. Eleven pools (2%) were reactive in the virus screening assays. Sequencing revealed West Nile virus (WNV) in one Culex pipiens (s.l.) pool from Thrace. WNV sequence corresponded to lineage one clade 1a but clustered distinctly from the Turkish prototype isolate. In 10 pools, insect-specific flaviviruses were characterised as Culex theileri flavivirus in 5 pools of Culex theileri and one pool of Cx. pipiens (s.l.), Ochlerotatus caspius flavivirus in two pools of Aedes (Ochlerotatus) caspius, Flavivirus AV-2011 in one pool of Culiseta annulata, and an undetermined flavivirus in one pool of Uranotaenia unguiculata from the Aegean and Thrace regions. DNA forms or integration of the detected insect-specific flaviviruses were not observed. A virus strain, tentatively named as “Ochlerotatus caspius flavivirus Turkey”, was isolated from an Ae. caspius pool in C6/36 cells. The viral genome comprised 10,370 nucleotides with a putative polyprotein of 3,385 amino acids that follows the canonical flavivirus polyprotein organisation. Sequence comparisons and phylogenetic analyses revealed the close relationship of this strain with Ochlerotatus caspius flavivirus from Portugal and Hanko virus from Finland. Several conserved structural and amino acid motifs were identified. Conclusions: We identified WNV and several distinct insect-specific flaviviruses during an extensive biosurveillance study of mosquitoes in various regions of Turkey in 2014 and 2015. Ongoing circulation of WNV is revealed, with an unprecedented genetic diversity. A probable replicating form of an insect flavivirus identified only in DNA form was detected

İnsan Kaynaklı Kistik Ekinokokkozis'in Moleküler Epidemiyolojisi

Cystic Echinococcosis (CE) is a zoonotic disease caused by larval forms of parasites of the genus Echinococcus in humans. CE is one of the most common zoonotic diseases in the world, particularly in regions where the local population is active with animal breeding, being in close contact with sheep, cattle and dogs. Members of the Echinococcus circulate between domestic / wild carnivores and herbivores, and humans become incidental hosts. The genus includes mainly 4 species which comprise E.granulosus, E.multilocularis, E.oligarthrus and E.vogeli. Significant genetic variability has been demonstrated on CE agents and has been associated with life cycle and host specificity. According to recent findings, E.granulosus complex are divided into 10 genotypes (G1-G10). The proposed study aims to determine the genotypes of E.granulosus isolates, detected in CE cases from endemic regions including Turkey and various Eastern European countries and investigate the epidemiology and impact of genotypes on clinical progress.ONAY SAYFASI iii TEŞEKKÜR iv ÖZET v ABSTRACT vi İÇİNDEKİLER vii SİMGELER VE KISALTMALAR x ŞEKİLLER DİZİNİ xi TABLOLAR DİZİNİ xii 1. GİRİŞ 1 2. GENEL BİLGİLER 2 2.1 Tarihçe 2 2.2 Sınıflandırma 3 2.2.1 Suşlar ve Genotipler 3 2.3 Parazit Yapısı ve Morfolojik Özellikler 5 2.4 Yaşam Döngüsü 8 2.5 İmmünoloji 11 2.6 Klinik 11 2.7 Tanı 12 2.7.1 Radyolojik Tanı 12 2.7.2 Serolojik Tanı 14 2.7.3 Mikroskobik İnceleme 15 2.7.4 Moleküler Yöntemler 15 2.8 Tedavi 18 2.8.1 Cerrahi Tedavi 19 2.8.2 Ponksiyon, aspirasyon, enjeksiyon, reaspirasyon 19 2.8.3 Kemoterapi 20 2.9 Epidemiyoloji 20 2.10 Koruma ve Kontrol 23 2.10.1 Aşı Çalışmaları 23 3.GEREÇ VE YÖNTEM 24 3.1 Örneklerin Toplanması 24 3.2 Örneklerin Hazırlanması 24 3.3 DNA Ekstraksiyonu 25 3.4 Polimeraz Zincir Reaksiyonu 26 3.5 Elektroforez 27 3.6 PCR Ürünlerinin Temizlenmesi 28 3.7 DNA Dizi Analizi Sonuçlarının Değerlendirilmesi 28 3.8 İstatistiksel Analiz 29 4. BULGULAR 30 4.1 İncelenen Olguların Genel Özellikleri ve Dağılımlar 30 4.2 Kist Materyallerinin Mikrobiyolojik İncelenmesi 33 4.3 Genotiplerin Belirlenmesi ve Haplotip Analizi 33 4.4 Genetik Çeşitlilik ile Hastaların Demografik Özellikleri Arasındaki 36 İlişkinin İncelenmesi 4.5 Genetik Çeşitlilik ile Hastaların Klinik Özellikleri Arasındaki 37 İlişkinin İncelenmesi 5. TARTIŞMA 41 6. SONUÇ ve ÖNERİLER 52 7. KAYNAKLAR 53 8. EKLER EK-1: Tez Çalışması ile ilgili Etik Kurul İzni 9. ÖZGEÇMİŞKistik Ekinokokkozis (KE), Echinococcus cinsi parazitlerin larva formunun insanlarda neden olduğu zoonotik bir hastalıktır. KE dünya genelinde en yaygın zoonotik hastalıklardan biri olup, özellikle kırsal kesimlerde besi hayvanları ve köpeklerle yakın temasta olan kişilerde görülmektedir. Echinococcus cinsinin yaşam döngüsü temel olarak evcil/ vahşi etobur ve otobur hayvanlar arasında devam etmekte, insan bu döngüde rastlantısal olarak yer almaktadır. Cins içerisinde temel olarak E. granulosus, E. multilocularis, E.oligarthrus ve E. vogeli olmak üzere 4 türün varlığı kabul edilmektedir. Dizi analizleri sonucu, KE etkenlerinin genetik çeşitlilik gösterdiği saptanmış; bu çeşitliliğin parazitin yaşam döngüsü ve konak özgüllüğünde çeşitli farklılıklarla ilişkili olduğu gösterilmiştir. Güncel verilere göre, E.granulosus türü içerisinde 10 genotip (G1-G10) tanımlanmaktadır. Bu çalışma ile KE açısından endemik olan Türkiye ve çeşitli Doğu Avrupa ülkelerinde olgularda saptanan izolatların genotiplerinin saptanması, genotip dağılımının çeşitli epidemiyolojik özellikler ve klinik takibe etkilerinin değerlendirilmesi amaçlanmaktadır

Ankara Bölgesinde Batı Nil Virusu ve Toskana Virus Vektörlerinin Araştırılması

West Nile Virus (WNV) and Toscana virus (TOSV) may cause febrile diseases and central nervous system infections and even severe meningoencephalitis in susceptible individuals. Major transmission route is via blood sucking of infected mosquitoes/sandflies, acting as arthropod vectors. Turkey is located in the endemic region for these viruses and activity of sandfly/mosquito species with vector competence have been detected. The circulation of WNV and TOSV in Ankara province have also been previously reported. The aim of this study is to identify mosquito and sandfly species that may act as WNV and TOSV vectors in Ankara region and detection of viral infections in vector arthropods. Sampling was carried out during July-September 2012 in 19 localities in 6 regions. The specimens were processsed via standard protocols and subjected to WNV antigen detection via a commercial immunochromatographic assay and WNV/TOSV/phlebovirus nucleic acid detection via nested PCR assays. A total of 1006 specimens were collected which include 23.75% mosquitoes and 76.25% sandflies. Species distribution in mosquitoes were observed as 74.5% C.pipiens, 20.9% An.maculipennis, 2.1% An.claviger, %1.6 Culiseta annulata and 1% C.theileri. Virus antigens and RNA could not be detected in 65 mosquito pools formed according to the species, date and sampling site. Species distribution in 384 male sandflies were noted as P.papatasi (36.2%), P.halepensis (27.3%), P.major s.l. (19.3%), P.sergenti (8.9%), P.perfiliewi (4.4%), P.simici (2.6%), P. tobbi (0.8%) and Sergentomyia sp. (0.6%). A total of 383 female sandflies evaluated individually for TOSV/phlebovirus RNA were negative. Although species established as WNV and TOSV vectors have been identified, infections were not detected in mosquitoes or sandflies in this study.Nil virusu (BNV) ve Toskana virus (TOSV), duyarlı kişilerde ateşli hastalık ve merkezi sinir sistemi enfeksiyonu etkeni olabilen viruslardır. Bu virusların insana bulaşması, vektör rolü oynayan sivirisinek ve kum sineklerinin kan emmesi yoluyla gerçekleşir. Ülkemiz, her iki virus için de endemik bölgede yer almaktadır ve vektör rolü oynayabilecek türlerin varlığı ortaya konulmuştur. Yapılan çalışmalar BNV ve TOSV'un Ankara ilinde aktivitesini göstermiştir. Bu çalışmada Ankara bölgesinde BNV ve TOSV için vektör özelliğine sahip sivrisinek ve kum sineklerinin araştırılması ve vektörlerde BNV ve TOSV saptanması amaçlanmıştır. Çalışma 2012 yılı Temmuz-Eylül aylarında yapılmış; 6 bölgede belirlenen 19 lokalitede standart örnekleme gerçekleştirilmiştir. Örneklerin işlenmesi standart yöntemlerle yapılmış; BNV antijenlerinin saptanması için ticari bir immünokromatografik test, BNV ve TOSV/phlebovirus nükleik asitlerinin saptanması için de "nested" PCR yöntemleri uygulanmıştır. Çalışma süresince toplanan 1006 örneğin %23.75'ini sivrisinekler, %76.25'ini kum sinekleri oluşturmuştur. Sivrisineklerde tür dağılımları %74.5 C.pipiens, %20.9 An.maculipennis, %2.1 An.claviger, %1.6 Culiseta annulata ve %1 C.theileri olarak izlenmiştir. Örnekleme tarihi, lokalite ve türlere göre oluşturulmuş 65 havuzda BNV antijen ve nükleik asit incelemeleri yapılmış ve negatif olarak saptanmıştır. Tür tayini yapılan 384 erkek kum sineği P.papatasi (%36.2), P.halepensis (%27.3), P.major s.l. (%19.3), P.sergenti (%8.9), P.perfiliewi (%4.4), P.simici (%2.6), P.tobbi (%0.8) ve Sergentomyia sp. (%0.6) olarak belirlenmiş; 383 dişi kumsineği örneğinde TOSV/phlebovirus nükleik asitleri bulunmamıştır. Araştırmada BNV ve TOSV vektörü olan türlerin varlığı saptanmış ancak viruslara yönelik çalışmalar negatif olarak izlenmiştir

Phlebovirus and Leishmania detection in sandflies from eastern Thrace and northern Cyprus

Background: Phlebotomine sandflies are vectors of several pathogens with significant impact for public health. This study was conducted to investigate and characterize phlebovirus and Leishmania infections in vector sandflies collected in the eastern Thrace region in Turkey and Northern Cyprus, where previous data indicate activity of these agents