k-core decomposition: a tool for the visualization of large scale networks

We use the k-core decomposition to visualize large scale complex networks in two dimensions. This decomposition, based on a recursive pruning of the least connected vertices, allows to disentangle the hierarchical structure of networks by progressively focusing on their central cores. By using this strategy we develop a general visualization algorithm that can be used to compare the structural properties of various networks and highlight their hierarchical structure. The low computational complexity of the algorithm, O(n+e), where 'n' is the size of the network, and 'e' is the number of edges, makes it suitable for the visualization of very large sparse networks. We apply the proposed visualization tool to several real and synthetic graphs, showing its utility in finding specific structural fingerprints of computer generated and real world networks

Codage et classification non supervisée d'un corpus maya : extraire des contextes pour situer l'inconnu par rapport au connu

International audienceL'écriture logosyllabique des anciens Mayas comprend plus de 500 signes et est en bonne partie déchiffrée, avec des degrés de certitude divers. Nous avons appliqué au codex de Dresde, l'un des trois seuls manuscrits qui nous soient parvenus, codé sous LATEX avec le système mayaTEX, notre méthode de représentation graduée, par apprentissage non supervisé hybride entre clustering et analyse factorielle oblique, sous la métrique de Hellinger, afin d'obtenir une image nuancée des thèmes traités : les individus statistiques sont les 212 segments de folio du codex, et leurs attributs sont les 1687 bigrammes de signes extraits. Pour comparaison, nous avons introduit dans cette approche endogène un élément exogène, la décomposition en éléments des signes composites, pour préciser plus finement les contenus. La rétro-visualisation dans le texte original des résultats et expressions dégagées éclaire la signification de certains glyphes peu compris, en les situant dans des contextes clairement interprétables

Robustesse des classements bibliométriques, à travers la convergence des thèmes obtenus par citations et lexiques : une méthode hybride pour une représentation mixte

17 pagesNational audienceAlors que les méthodes d'analyse multidimensionnelles habituelles considèrent les objets étudiés sous un seul point de vue, nous présentons ici une exploration méthodologique autour de la prise en compte de points de vue multiples, dans le prolongement d'une étude précédente de 4 années de nanosciences sur le WoS. Nous avons utilisé une méthode hybride entre clustering et décomposition matricielle pour comparer deux partitions des articles, l'une, lexicale, à partir de l'extraction de termes simples et composés, l'autre à partir des citations émises. Méthode qui nous a permis de placer les clusters des deux types dans un espace commun, et de conclure en présentant son apport par rapport à nos résultats antérieurs

One-dimensional layout optimization, with applications to graph drawing by axis separation

AbstractIn this paper we discuss a useful family of graph drawing algorithms, characterized by their ability to draw graphs in one dimension. We define the special requirements from such algorithms and show how several graph drawing techniques can be extended to handle this task. In particular, we suggest a novel optimization algorithm that facilitates using the Kamada and Kawai model [Inform. Process. Lett. 31 (1989) 7–15] for producing one-dimensional layouts. The most important application of the algorithms seems to be in achieving graph drawing by axis separation, where each axis of the drawing addresses different aspects of aesthetics

IMPLEMENTASI ALGORITME A-STAR UNTUK PEMETAAN KOORDINAT TUMBUHAN LANGKA BERBASIS WEB

The path finding optimization is the most widely discussed issues in the informatics scope. This was related to the increased needs of the transportation, distribution and industry. The method for solving search problems for the shortest path can be done using two methods, namely the conventional method and the heuristic method. The conventional method uses a mathematical approach that is easy to understand, but the search results require a relatively long time. In order for search time to be faster, a heuristic approach is needed, although it requires more parameters. A-star algorithm is a heuristic route search method that is very effective in finding the shortest route. In this study a web-based application was developed by integrating the A-star algorithm to find the location of rare plants in the conservation area. As for determining the distance between the coordinates of the plant using haversine formula. This application is very important because of the large number of plants and the limited guidance of researchers in finding the location of rare plants in conservation areas. The guide is presented in the form of an easy-to-understand graph accompanied by information about the plants sought

Hubs of knowledge: using the functional link structure in Biozon to mine for biologically significant entities

BACKGROUND: Existing biological databases support a variety of queries such as keyword or definition search. However, they do not provide any measure of relevance for the instances reported, and result sets are usually sorted arbitrarily. RESULTS: We describe a system that builds upon the complex infrastructure of the Biozon database and applies methods similar to those of Google to rank documents that match queries. We explore different prominence models and study the spectral properties of the corresponding data graphs. We evaluate the information content of principal and non-principal eigenspaces, and test various scoring functions which combine contributions from multiple eigenspaces. We also test the effect of similarity data and other variations which are unique to the biological knowledge domain on the quality of the results. Query result sets are assessed using a probabilistic approach that measures the significance of coherence between directly connected nodes in the data graph. This model allows us, for the first time, to compare different prominence models quantitatively and effectively and to observe unique trends. CONCLUSION: Our tests show that the ranked query results outperform unsorted results with respect to our significance measure and the top ranked entities are typically linked to many other biological entities. Our study resulted in a working ranking system of biological entities that was integrated into Biozon at

Robustesse des classements bibliométriques, à travers la convergence des thèmes obtenus par citations et lexiques : une méthode hybride pour une représentation mixte

17 pagesNational audienceAlors que les méthodes d'analyse multidimensionnelles habituelles considèrent les objets étudiés sous un seul point de vue, nous présentons ici une exploration méthodologique autour de la prise en compte de points de vue multiples, dans le prolongement d'une étude précédente de 4 années de nanosciences sur le WoS. Nous avons utilisé une méthode hybride entre clustering et décomposition matricielle pour comparer deux partitions des articles, l'une, lexicale, à partir de l'extraction de termes simples et composés, l'autre à partir des citations émises. Méthode qui nous a permis de placer les clusters des deux types dans un espace commun, et de conclure en présentant son apport par rapport à nos résultats antérieurs