Specialized dynamical properties of promiscuous residues revealed by simulated conformational ensembles

The ability to interact with different partners is one of the most important features in proteins. Proteins that bind a large number of partners (hubs) have been often associated with intrinsic disorder. However, many examples exist of hubs with an ordered structure, and evidence of a general mechanism promoting promiscuity in ordered proteins is still elusive. An intriguing hypothesis is that promiscuous binding sites have specific dynamical properties, distinct from the rest of the interface and pre-existing in the protein isolated state. Here, we present the first comprehensive study of the intrinsic dynamics of promiscuous residues in a large protein data set. Different computational methods, from coarse-grained elastic models to geometry-based sampling methods and to full-atom Molecular Dynamics simulations, were used to generate conformational ensembles for the isolated proteins. The flexibility and dynamic correlations of interface residues with a different degree of binding promiscuity were calculated and compared considering side chain and backbone motions, the latter both on a local and on a global scale. The study revealed that (a) promiscuous residues tend to be more flexible than nonpromiscuous ones, (b) this additional flexibility has a higher degree of organization, and (c) evolutionary conservation and binding promiscuity have opposite effects on intrinsic dynamics. Findings on simulated ensembles were also validated on ensembles of experimental structures extracted from the Protein Data Bank (PDB). Additionally, the low occurrence of single nucleotide polymorphisms observed for promiscuous residues indicated a tendency to preserve binding diversity at these positions. A case study on two ubiquitin-like proteins exemplifies how binding promiscuity in evolutionary related proteins can be modulated by the fine-tuning of the interface dynamics. The interplay between promiscuity and flexibility highlighted here can inspire new directions in protein-protein interaction prediction and design methods. © 2013 American Chemical Society

Analisis Pengaruh Harmonisa terhadap Rugi - Rugi Daya pada Transformator Distribusi ULP Karebosi

Masalah kualitas daya adalah persoalan perubahan bentuk tegangan, arus maupun frekuensi yang dapat menyebabkan kegagalan operasi peralatan, baik peralatan milik penyedia suplai listrik maupun milik pengguna atau konsumen. Salah satu masalah menyangkut kualitas daya adalah harmonisa. Penelitian ini dilakukan unutk menetukan besar kandungan harmonisa dan menjelaskan pengaruh harmonisa terhadap rugi – rugi daya  pada transformator ULP Karebosi. Metode yang digunakan pada penelitin ini adalah obsevasi dengan melakukan pengukuran secara langsung menggunakan alat ukur Power Quality Analyzer pada objek penelitian yakni transformator distribusi KAPBL 200 KVA dan EX UWBI 250 KVA pada penyulang Ahmad Yani area kerja PT. PLN (Persero) UP3 Makassar Utara, ULP Karebosi. Data yang digunakan berupa hasil pengukuran daya, arus, tegangan dan Total Harmonic Distortion Arus dan Tegangan.Berdasarkan hasil penelitian didapatkan hasil Total Harmonic Distortion Arus pada Transforamtor KAPBL sebesar  R: 12.03%, S: 7.903%, T: 9,568% dan transformator EX UWBI 1 R: 9.259%, S: 7,031% T: 9,714% sedangkan kandungan nilai THD tegangan pada transformator KAPBL 200 KVA R: 2.105%, S: 1.689%, T: 1.960% dan transformator EX UWBI 1 250 KVA R: 2.308%, S: 1.907% T: 2.022%  yang dapat menimbulkan rugi rugi daya pada transformator KAPBL 200 KVA sebesar 1561.208567 W dengan rugi rugi daya akibat adanya kandungan harmonisa sebesar 904.81228 W dan transformator EX UWBI 1 sebesar 989.9600137 W dengan rugi rugi daya akibat adanya kandungan harmonisa sebesar 495.52576 W

Persepsi Kumpulan Sasar Terhadap Skim Bantuan Jabatan Kebajikan Masyarakat Di Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur

Kajian-kajian mengenai kemiskinan di Malaysia sering dilakukan oleh penyelidik daripada perspektif yang berbeza-beza kerana banyak program yang dilaksanakan oleh pelbagai pihak termasuk agensi kerajaan dan swasta. Bagaimanapun program skim bantuan kepada kumpulan sasar seringkali kurang mendapat maklum balas daripada penerima bantuan. Justeru itu, sukar bagi agensi pelaksana untuk mengenal pasti kekuatan dan kelemahan yang ada dalam program berkenaan. Oleh itu adalah penting untuk mengetahui persepsi penerima bantuan terhadap JKMM dan juga perubahan yang dilalui dari segi ekonomi, sosial dan jati diri mereka. Tujuan utama kajian ini ialah untuk mengenal pasti persepsi kumpulan sasar terhadap skim bantuan JKMM WP. Seramai 157 responden yang terdiri daripada penerima bantuan telah dipilih secara persampelan mudah. Pengumpulan data menggunakan soal selidik berstruktur. Data yang diperoleh telah dianalisis dengan menggunakan perisian SPSS versi 15.0. Hasil kajian menunjukkan golongan wanita lebih ramai menerima bantuan berbanding lelaki. Daripada keseluruhan penerima, mereka yang berumur lebih 55 tahun adalah paling ramai mendapat bantuan (57.3%). Sebahagian besar penerima terdiri dari etnik Melayu (45.2%), diikuti India (33.1%) dan Cina (16.6%), berpendapatan di bawah RM500 sebulan dan majoritinya menerima bantuan di bawah skim Bantuan Am (56.7%). Kajian juga mendapati terdapat perkaitan yang signifikan di antara persepsi penerima bantuan ke atas perkhidmatan pelanggan JKMM dengan faktor demografi taraf pendidikan dan pendapatan keluarga. Dapatan ini menunjukkan persepsi perkhidmatan pelanggan yang lebih baik akan meningkatkan kesan umum penerima ke atas skim bantuan berkenaan. Hasil kajian juga menunjukkan persepsi penerima terhadap skim bantuan berada pada tahap tinggi di mana nilai min keseluruhan pemboleh ubah yang dikaji adalah 3.71. Perkaitan di antara faktor demografi dengan persepsi perubahan yang dilalui dari segi ekonomi tidak menunjukkan sebarang perkaitan yang signifikan. Namun wujud hubungan yang signifikan di antara faktor demografi dengan perubahan sosial dan jati diri bagi etnik dan pendapatan keluarga. Beberapa cadangan telah dikemukakan kepada pihak pengurusan bagi meningkatkan pelaksanaan skim bantuan yang disediakan. Kajian pada masa hadapan juga harus melihat kepada usaha-usaha memperkasa keupayaan penerima bantuan supaya mereka dapat berdikari dan tidak bergantung pada bantuan pihak-pihak berkaitan

Integration, implementation and testing of the X-Band SASAR II system

Includes abstract.Includes bibliographical references (leaves 122-123).This dissertation focuses on the integration, implementation and testing of the X-Band (9.3 GHz) South African Synthetic Aperture Radar project (SASAR II). The SASAR II system was divided into three main subsystems for design and implementation at M.Sc. level. The three main systems were the transmitter and frequency distribution unit (FDU), the receiver and the radar digital unit (RDU). Although all subsystems are separate units, the design process was a collaborative effort. The purpose of a synthetic aperture radar (SAR) is to provide high resolution images of extensive areas from airborne platforms operating from long ranges. The SASAR II project was born out of the success of its predecessor, SASAR, which was a VHF SAR commissioned in 2000. The SASAR II system is a wide bandwidth X-Band radar system with a high resolution of 2x2m. The processed resolution of the SASAR II system is enhanced through design improvements of the transmitted bandwidth, pulse coding and the overall system coherency. The purpose of this dissertation is to verify the original design specifications of the system and to test its integrity when all subsystems are combined. The critical parameters for monitoring and testing are the power budget levels for each RF unit. An insufficient input drive for a mixer may result in a null output. Conversely a high input drive will result in the saturation of the device and the generation of intermodulation products and higher conversion losses. Testing of the digital pulse generator (DPG), which is part of the RDU, showed a drop in the specified output power of 10 dB. The power budget calculations made for the transmitter were made based on the input power of the DPG. The DPG unit also failed to provide adequate port to port isolation between the input trigger and the I & Q output channels. Spurious harmonics signals from the trigger resulted in aliasing with the IF frequencies. An extra filtering stage was added at the front end to isolate these harmonics. The sensitivity time control (STC) and the manual gain control (MGC) form the final amplification/attenuation stages of the receiver unit. The combination of the two units results in final output signal amplitudes of between 2.15 dBm and 32.5 dBm. The specified maximum input power of the ADC is 10 dBm. The additional gain stages in the MGC would drive the ADC into saturation and possibly result in permanent damage. The testing of the receiver and the ADC was therefore limited to low power testing. The complete system response closely matched that of the design specification. The sources of the spurious signals described in the previous dissertations were isolated and filtered out. This however required the use of pulsed RF measurement techniques, specifically regarding the use of the pulse desensitization factor (PDF). Since the tested signals have a PRF, the measurement equipment takes an average of the peak pulse power distributed over all the spectral components over a given PRI. The PDF therefore compensates for the drop in signal power

MENUMBUHKAN KESADARAN DAN KOMPETENSI INTERKULTURAL DALAM KELOMPOK MASYARAKAT YANG BERAGAM DI KABUPATEN SIKKA MELALUI PROYEK INTERKULTURAL

Penelitian ini bertujuan untuk (1) memahami interkulturalitas sebagai salah satu cara mengelola keberagaman di tengah masyarakat dan (2) mengembangkan kesadaran serta kompetensi interkultural di tengah masyarakat yang plural di kabupaten Sikka melalui proyek interkultural yang terencana, sistematis, dan terjadwal. Metode yang digunakan dalam penelitian ini ialah deskriptif kualitatif. Subjek dalam penelitian ini mencakup lima kelompok sasar. Wujud data dalam penelitian ini berupa sumber data primer dan sekunder dari hasil wawancara, observasi partisipatoris, pembicaraan tidak resmi, dan focus group discussion dengan kelompok sasar. Selain itu, peneliti juga memperoleh data dari sejumlah referensi yang berhubungan dengan tema ini. Penelitian ini menemukan bahwa alih-alih dijadikan sebagai sumber konflik dalam kehidupan bersama, perbedaan dan keberagaman perlu diatur dan dikelola dengan baik sebagai potensi kultural dalam membangun kehidupan bersama yang damai, ramah, harmonis dan interaktif. Pendekatan interkultural menjadi salah satu pendekatan yang memprioritaskan semangat saling menghormati, membangun kesatuan dalam keragaman, membina interaksi, dialog timbal balik, menghidupkan semangat persaudaraan dan saling belajar lintas batas. Kesadaran demikian perlu dibina melalui proyek interkultural yang dirancang secara terencana, sadar, partisipatif, sistematis dan diterapkan secara tetap dan berkesinambungan demi mencapai kebaikan bersama

Pengaruh Harmonik Terhadap Peningkatan Panas Pada Transformator 400 kVA di Politeknik Negeri Semarang

Komputer, printer, lampu hemat energi dan peralatan pengatur kecepatan motor yang merupakan beban-beban non linier yang menyebabkan timbulnya harmonik pada jaringan sistem tenaga listrik. Kandungan harmonik yang tinggi pada jaringan sistem tenaga listrik akan menyebabkan trafo distribusi mengalami panas berlebih dan apabila tidak segera ditangani akan menyebabkan life time trafo menjadi pendek. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui besar harmonik dan pengaruhnya terhadap peningkatan panas pada trafo distribusi di Polines dengan cara melakukan pengukuran harmonik trafo dalam keadaan keadaan berbeban. Pembebanan trafo sesuai dengan beban yang dibutuhkan Polines dalam melaksanakan kegiatan akademik dan admistratif. Dari hasil penelitian ini menunjukkan bahwa trafo dengan kandungan harmonik THD I tinggi menyebabkan efek pemanasan yang lebih tinggi