Application of Semantics to Solve Problems in Life Sciences

Fecha de lectura de Tesis: 10 de diciembre de 2018La cantidad de información que se genera en la Web se ha incrementado en los últimos años. La mayor parte de esta información se encuentra accesible en texto, siendo el ser humano el principal usuario de la Web. Sin embargo, a pesar de todos los avances producidos en el área del procesamiento del lenguaje natural, los ordenadores tienen problemas para procesar esta información textual. En este cotexto, existen dominios de aplicación en los que se están publicando grandes cantidades de información disponible como datos estructurados como en el área de las Ciencias de la Vida. El análisis de estos datos es de vital importancia no sólo para el avance de la ciencia, sino para producir avances en el ámbito de la salud. Sin embargo, estos datos están localizados en diferentes repositorios y almacenados en diferentes formatos que hacen difícil su integración. En este contexto, el paradigma de los Datos Vinculados como una tecnología que incluye la aplicación de algunos estándares propuestos por la comunidad W3C tales como HTTP URIs, los estándares RDF y OWL. Haciendo uso de esta tecnología, se ha desarrollado esta tesis doctoral basada en cubrir los siguientes objetivos principales: 1) promover el uso de los datos vinculados por parte de la comunidad de usuarios del ámbito de las Ciencias de la Vida 2) facilitar el diseño de consultas SPARQL mediante el descubrimiento del modelo subyacente en los repositorios RDF 3) crear un entorno colaborativo que facilite el consumo de Datos Vinculados por usuarios finales, 4) desarrollar un algoritmo que, de forma automática, permita descubrir el modelo semántico en OWL de un repositorio RDF, 5) desarrollar una representación en OWL de ICD-10-CM llamada Dione que ofrezca una metodología automática para la clasificación de enfermedades de pacientes y su posterior validación haciendo uso de un razonador OWL

Affective graphs: the visual appeal of linked data

The essence and value of Linked Data lies in the ability of humans and machines to query, access and reason upon highly structured and formalised data. Ontology structures provide an unambiguous description of the structure and content of data. While a multitude of software applications and visualization systems have been developed over the past years for Linked Data, there is still a significant gap that exists between applications that consume Linked Data and interfaces that have been designed with significant focus on aesthetics. Though the importance of aesthetics in affecting the usability, effectiveness and acceptability of user interfaces have long been recognised, little or no explicit attention has been paid to the aesthetics of Linked Data applications. In this paper, we introduce a formalised approach to developing aesthetically pleasing semantic web interfaces by following aesthetic principles and guidelines identified from literature. We apply such principles to design and develop a generic approach of using visualizations to support exploration of Linked Data, in an interface that is pleasing to users. This provides users with means to browse ontology structures, enriched with statistics of the underlying data, facilitating exploratory activities and enabling visual query for highly precise information needs. We evaluated our approach in three ways: an initial objective evaluation comparing our approach with other well-known interfaces for the semantic web and two user evaluations with semantic web researchers

Making linked-data accessible: A review

Linked-Data (LD) is a paradigm that utilises the RDF triplestore to describe numerous pieces of knowledge linked together. When an entity is retrieved in LD, its associated data becomes instantly obtainable. SPARQL is the query language that allows users to access LD. On the other hand, SPARQL has a complicated syntax that necessitates previous knowledge. Thus, in order to encourage the end-users to use LD, it is crucial to allow them to obtain the data efficiently, in addition to improving their overall experience. Instead of manually constructing SPARQL queries, this paper investigates and reviews existing methods in which LD can be accessed using various tools and techniques, including query builders, visualisation approaches, and several LD applications. We then identify gaps within the literature and highlight future research directions

Semantic Systems. In the Era of Knowledge Graphs

This open access book constitutes the refereed proceedings of the 16th International Conference on Semantic Systems, SEMANTiCS 2020, held in Amsterdam, The Netherlands, in September 2020. The conference was held virtually due to the COVID-19 pandemic