a correlation with the genetic background and molecular determinants

Trabalho Final de Mestrado Integrado, Ciências Farmacêuticas, 2022, Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia.O aparecimento de novas estirpes resistentes aos antibióticos tem vindo a aumentar nos últimos anos. Cada vez mais há falência terapêutica devido ao aumento da resistência das bactérias a um grande número de antibióticos pertencentes a diferentes classes e, por isso é importante estudar e caracterizar a evolução dessa resistência e a sua corelação com determinantes moleculares. O objetivo deste estudo é tentar perceber os níveis de resistência a diferentes cefalosporinas de terceira geração e aos carbapenemos, da Klebsiella pneumoniae, comparar diferentes metodologias, a sua congruência e correlacioná-las com os determinantes moleculares de resistência. Um total de 106 isolados foram incluídos no estudo, para os quais, foi determinada a concentração mínima inibitória (MIC) para o meropenem (MER), a ceftazidima (CTZ) e a cefotaxima (CTA) através do ensaio de microdiluição (BMD) e as suas zonas de inibição (IZ), pelo método de difusão em disco (DD). Além disso, as zonas de inibição para o imipenem (IMI) e o ertapenem (ERT) foram determinadas com o objetivo de comparar a sensibilidade do método de difusão em disco usando fármacos pertencentes à mesma classe (carbapenemos). Os resultados demonstraram que a maioria das estirpes apresentavam resistência à CTZ e à CTA, enquanto, por outro lado, a maioria dos isolados apresentavam-se suscetíveis ao MER. No geral, os resultados obtidos nos dois métodos eram maioritariamente concordantes. Em relação aos determinantes moleculares de resistência, sabe-se que as beta-lactamases de largo espectro (ESBL) e as carbapenemases (CARB) estão entre as principais enzimas que conferem resistência bacteriana às cefalosporinas e carbapenemos e que são codificadas na sequência genômica de cada estirpe bacteriana. Utilizando a ferramenta AMRFinder e o NCBI Bacterial Antimicrobial Resistance Reference Gene Database, foi possível a identificação desses genes de resistência, em que, de entre os 106 isolados, 53 e 20 estirpes tinham genes que codificavam para ESBL e CARB no seu genoma, respetivamente. Os genes mais frequentes observados foram o blaCTX-M-15, blaKPC-3 e blaTEM-10.The emergence of strains resistant to different antibiotics has been increasing in the last few years. The increasing therapeutic failure due to the rise in bacterial resistance to a large number of different classes of antibiotics demonstrates the importance of studying and characterizing the evolution of drug resistance and its correlation with its molecular determinants. This work aims to study the resistance levels towards different third-generation cephalosporins and carbapenems, by Klebsiella pneumoniae, compare different methodologies, their congruence and correlate these with molecular determinants of resistance. A total of 106 isolates were included in the study, for which, the minimum inhibitory concentration (MIC) was determined for meropenem (MER), ceftazidime (CTZ), and cefotaxime (CTA) by broth microdilution along with the distribution of the diameter of inhibition zones (IZ) obtained by Kirby-Bauer disk diffusion. Also, the IZs for imipenem (IMI) and ertapenem (ERT) were determined by Kirby-Bauer disk diffusion with the aim of comparing the sensitivity of disk diffusion using drugs within the same drug class (carbapenems). The results showed that for CTZ and CTA, the majority of the clinical isolates, presented higher levels of resistance, meanwhile, MER demonstrated that most strains were susceptible to this antibiotic. Overall, both methods demonstrated similar results. Regarding the molecular determinants of resistance, it is known that extended spectrum beta-lactamases (ESBL) and carbapenemases (CARB) are among the main enzymes that mediate bacterial resistance to cephalosporins and carbapenems and those are encoded in the genomic sequence of the bacterial strain. Using an AMRFinder tool and the NCBI Bacterial Antimicrobial Resistance Reference Gene Database, the identification of these resistance genes was possible, in which, among the 106 clinical isolates, 53 and 20 strains had ESBL, and CARB genes encoded in their genome, respectively. The most frequent genes observed were the blaCTX-M-15, blaKPC-3, and blaTEM-10.Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa

Jo-Ann W. Kilpatrick, George L. Gonzales, Joseph C. Lee, David B. Lee, Marilyn D. Lee, Sidney W. Foulger, Clayton F. Fougler, Bryant F. Foulger, Brent K. Pratt, and MWT Corporation, a Utah Corporation v. Wiley, Rein & Fielding, a professional law partnerhsip, and Richard E. Wiley : Brief of Appellant

BRIEF OF APPELLANTS APPEAL FROM THE ORDER OF THE THIRD JUDICIAL DISTRICT COURT, HONORABLE GLENN K. IWASAKI PRESIDING, SALT LAKE CITY, STATE OF UTA

Contemporary Practice of the United States Relating to International Law (113:1 Am J Int\u27l L)

This article is reproduced with permission from the January 2019 issue of the American Journal of International Law © 2019 American Society of International Law. All rights reserved

Contemporary Practice of the United States Relating to International Law (113:1 Am J Int\u27l L)

This article is reproduced with permission from the January 2019 issue of the American Journal of International Law © 2019 American Society of International Law. All rights reserved

TDRSS telecommunications study. Phase 1: Final report

A parametric analysis of the telecommunications support capability of the Tracking and Data Relay Satellite System (TDRSS) was performed. Emphasis was placed on maximizing support capability provided to the user while minimizing impact on the user spacecraft. This study evaluates the present TDRSS configuration as presented in the TDRSS Definition Phase Study Report, December 1973 to determine potential changes for improving the overall performance. In addition, it provides specifications of the user transponder equipment to be used in the TDRSS

Um modelo de planejamento do sequenciamento de corte da cana-de-açucar

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro TecnologicoO presente trabalho tem por objetivo o desenvolvimento de um sistema de planejamento do seqüênciamento de corte de lavouras de cana-de-açúcar, através dos cronogramas de corte de um ciclo completo desta cultura. Isto é conseguido através da maximização do valor presente das várias alternativas de corte, segundo um modelo de programação linear 0-1,com solução heurística. Na introdução do trabalho são abordados a importância do setor sucroalcooleiro, o objetivo a ser alcançado e a metodologia aplicada. É também apresentada a revisão de modelos propostos por outros autores para resolver o problema de planejamento. É apresentado um novo modelo para sequênciamento de corte de lavouras de cana-de-açúcar. Ao final, é apresentada uma análise do modelo, quanto as suas limitações e a seus resultados

Molecular evolution of tropinone-reductase-like and tau GST genes duplicated in tandem in Brassicaceae

Gene duplication is an opportunity for evolving new functions from the newer gene, but also has a disadvantage due to local gene-rearrangement effects and, if duplications are numerous, through alterations of genome size. Therefore, selection is playing a central role in determining the fate of a duplicate gene. Plants are known to harbor numerous gene families, and are thus an ideal system to test the fate of gene duplicates. This thesis tackles the tropinone-reductase like enzymes (further TRL) and the tau GSTs located upstream from this gene family. TRL enzymes are short-chain dehydrogenases that are involved in a reduction step downstream in the synthesis of tropane alkaloids in Solanaceae, important defense compounds of plants. The function of TRLs in Brassicaceae is not clear, since most of the plants in this family do not produce tropane alkaloids, but some have been associated with the oxidative-stress response. This gene family contains 80\% of its members duplicated in tandem in Arabidopsis thaliana. We profited from this fact to isolate 12 TRL (+ pseudogenes) from this species, further six species of Brassicaceae (A. thaliana, A. lyrata, A. cebennensis, Capsella rubella, Boechera divaricarpa and Brassica rapa), and one species from a closely related plant family, Cleome spinosa. We tested the role that selection plays in maintaining large numbers of this gene family. We used phylogenetic methods to analyze non-coding sequence evolution and identified regulatory motifs. We analyzed non-coding sequence evolution. Microarray expression data from A. thaliana and qPCR for A. thaliana and A. lyrata were analyzed to detect divergence in the expression patterns of orthologs and paralogs. TRL genes follow a gene birth and death dynamics. More probable, they originated from non-equal recombination of tandem duplicated genes. Positive selection at the origin of the duplicated genes allowed these to acquire differential expression patterns, leading to the preservation of numerous TRLs. The analysis of coding and non-coding sequences shows them to display correlated evolution, particularly in species recently separated by speciation. We further tested for selection on the tau glutathione-S-transferases (GST) enzymes, adjacent 3' in the genome to TRLs. Tau GSTs are unique to plants and are involved in detoxification. Multiple copies of these enzymes will allow flexibility in substrate specificity, which is important for the detoxification function. We detected positive selection among paralogs of tau GSTs supporting their potential of functional diversity, but we also detected negative selection among paralogs and groups of orthologs, indicating that more often their functions are conserved

İstanbul’a Ait Yapılardaki Kayıp Türk Çinileri

“İstanbul’a ait yapılardaki kayıp Türk Çinileri”ni belirlemeyi amaçladığımız tezimizde, gerek Osmanlı gerekse Cumhuriyet Dönemlerinde yaşanmış olan çini kayıpları ile ilgili belgeler incelenerek ele alınmışlardır. Çalışmamızın, yurt dışına kaçırılmış çinilerin envanterine önemli katkı sağlayacağı inancındayız. Tez, giriş ve sonuç bölümleri dışında yedi bölümden oluşmaktadır. Giriş bölümünde konunun ulusal ve ulusal ve uluslararası boyutları yanında, kayıp ve çalıntıların belirlenmesindeki temel yöntem özetlendi. Birinci bölümde ülkemizdeki kültür varlıklarını koruma kanunları ve politikaları ele alınmıştır. Önce Osmanlı Döneminde, taşınır ve taşınmaz kültür varlıklarının önemi araştırılmış ve o dönemde çıkan bu konudaki düzenlemeler incelenmiştir. Her iki dönemde de yaşanmış kültür varlıkları kayıplarının nedenleri ve Avrupa’nın eski eserlere olan ilgisinin buna katkıları ve bize yansımaları irdelenmiştir. Bunların ışığında, günümüzde kültürel varlıkların korunmasına yönelik kanunlar ele alınarak değerlendirilmiş, 2863 sayılı Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kanunu’na da kısaca yer verilmiştir. İkinci bölümde, İstanbul’daki sivil mimaride yaşanmış çini kayıpları ele alınmış ve yapılan tespitler listelenmiştir. Üçüncü bölümde, dinî mimaride yaşanmış çini kayıpları incelenmiş, iki başlık altında, (camilerde ve türbelerde) tespit edilen çini kayıpları belirlenmiştir. İstanbul’daki çalınmış çiniler hedeflenerek başlanan çalışmanın dördüncü bölümünde; örnek olarak diğer bazı illerdeki (Bursa, Edirne, Adana ve Diyarbakır) kayıplara da yer verilmiştir. Beşinci bölümde, yurt dışında müze veya müzayedelerde tespit edilmiş, fakat yerleri tam olarak bulunamamış çiniler, ait olabilecekleri düşünülen yapılardaki örneklerle karşılaştırılarak incelenmiş, bizi bu kanıya götüren benzerlikler ve ipuçları ortaya konmuştur. Altıncı bölümde, Türkiye’deki resmi kurumların çini kayıpları ve hırsızlık vakaları ile ilgili raporlarına yer verilmiştir. Bu bölümde, çeşitli yapılara ait bazı kayıp çinilerin; sergilendikleri veya satıldıkları yerler, zamanlar, açık arttırma tutarları ile ilgili elde edilen bilgiler raporlanmıştır. Yedinci bölümde ise, gerek eski gazete arşivleri gerekse son dönemde basında yer almış çini hırsızlığı haberlerine yer verilmiştir. Amacımız geçmişte yaşanmış çini kayıplarının günümüzdeki yansımalarını görmek ve karşılaştırmalar yapmaktır. “Değerlendirme ve Sonuç” bölümünde, yerleri tespit edilmiş veya edilememiş olan çinilerimiz hakkındaki istatistik veriler sunulmuş, bu kayıpların boyutlarının derecesi ortaya konmuştur. Taşınır veya taşınmaz kültür varlıklarımızın bu hazin öyküsünde, Türk Çini Sanatımızdaki yüzyıllardan günümüze gelen eser kayıplarının ancak küçük bir kısmını tespit edebildiğimizin bilincindeyiz. Umudumuz, bundan sonra da, birçok araştırmacının bu önemli konuya değinmesi ve çalışmamızın bu yönde yeni adım oluşturarak rehber görevi görebilmesidir.In this thesis, we aimed at an inventory of Turkish tile art works that were stolen or lost in Istanbul, during Ottoman and Republican eras. We believe that our work will be an important contribution to the complete inventory of stolen and smuggled tiles from Turkey. The thesis includes an “Introduction” followed by seven chapters and ends with a final section of “Results, Evaluations and Conclusions”. In “Introduction”, national and international dimensions of the problem as well as the basic methods used in the identification of lost or stolen items are discussed. The first chapter is about the policies and laws for the protection of such cultural entities. We start our search, by investigating the values of such objects and rules or laws for their protection. We continued our analysis by searching the reasons for the losses including the European interest in such objects of art and relicts and reflection of such losses into Ottoman life. In the light of this background, we also evaluated the present laws and rules for the protection, including the act (with order number 2863) on the ‘Preservation of Cultural and Natural Assets’. Second chapter is about the tile art losses in the civic architectural works. In this respect, we prepared a list of tile losses in such buildings. In the third chapter, we turn our attention to the tile losses in the religious architecture. We give an updated list of losses in mosques and then, in the tombs, as two separate sections of the chapter. Chapter four is devoted to a list of tile art losses outside İstanbul, with examples from Bursa, Edirne, Adana and Diyarbakır. In chapter five, we concentrated on the tile works in foreign museums and auctions, with the existing clues that hint toward such illegal removals. In the next chapter six, we noted the official reports about losses and stolings by the Turkish government offices. Here are also the reports about exhibitions, auctions and sales where some of the lost tiles were seen or exhibited. Chapter seven is a collection of news and reports about such losses and stealings, printed in the old newspapers. This way, we can see the popular and official reactions and compare the effects of such losses and stolen art pieces on the present environment of art in Turkey. In the last chapter about the "Results, Evaluations and Conclusions", a summary of statistical results about such stolen and lost items, in order to show the size of such loses. As a final remark, we note that our present work will be a small but meaningful contribution to the sad story of such dramatic losses especially of Turkish tile art. Our hope is that new researchers also deal with this important topic and our present work becomes a small guide to such new undertakings