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Inferring Geodesic Cerebrovascular Graphs: Image Processing, Topological Alignment and Biomarkers Extraction
A vectorial representation of the vascular network that embodies quantitative features - location, direction, scale, and bifurcations - has many potential neuro-vascular applications. Patient-specific models support computer-assisted surgical procedures in neurovascular interventions, while analyses on multiple subjects are essential for group-level studies on which clinical prediction and therapeutic inference ultimately depend. This first motivated the development of a variety of methods to segment the cerebrovascular system. Nonetheless, a number of limitations, ranging from data-driven inhomogeneities, the anatomical intra- and inter-subject variability, the lack of exhaustive ground-truth, the need for operator-dependent processing pipelines, and the highly non-linear vascular domain, still make the automatic inference of the cerebrovascular topology an open problem. In this thesis, brain vessels’ topology is inferred by focusing on their connectedness. With a novel framework, the brain vasculature is recovered from 3D angiographies by solving a connectivity-optimised anisotropic level-set over a voxel-wise tensor field representing the orientation of the underlying vasculature. Assuming vessels joining by minimal paths, a connectivity paradigm is formulated to automatically determine the vascular topology as an over-connected geodesic graph. Ultimately, deep-brain vascular structures are extracted with geodesic minimum spanning trees. The inferred topologies are then aligned with similar ones for labelling and propagating information over a non-linear vectorial domain, where the branching pattern of a set of vessels transcends a subject-specific quantized grid. Using a multi-source embedding of a vascular graph, the pairwise registration of topologies is performed with the state-of-the-art graph matching techniques employed in computer vision. Functional biomarkers are determined over the neurovascular graphs with two complementary approaches. Efficient approximations of blood flow and pressure drop account for autoregulation and compensation mechanisms in the whole network in presence of perturbations, using lumped-parameters analog-equivalents from clinical angiographies. Also, a localised NURBS-based parametrisation of bifurcations is introduced to model fluid-solid interactions by means of hemodynamic simulations using an isogeometric analysis framework, where both geometry and solution profile at the interface share the same homogeneous domain. Experimental results on synthetic and clinical angiographies validated the proposed formulations. Perspectives and future works are discussed for the group-wise alignment of cerebrovascular topologies over a population, towards defining cerebrovascular atlases, and for further topological optimisation strategies and risk prediction models for therapeutic inference. Most of the algorithms presented in this work are available as part of the open-source package VTrails
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The role of HG in the analysis of temporal iteration and interaural correlation
Development of an MRI Template and Analysis Pipeline for the Spinal Cord and Application in Patients with Spinal Cord Injury
La moelle épinière est un organe fondamental du corps humain. Étant le lien entre le cerveau et le
système nerveux périphérique, endommager la moelle épinière, que ce soit suite à un trauma ou
une maladie neurodégénérative, a des conséquences graves sur la qualité de vie des patients. En
effet, les maladies et traumatismes touchant la moelle épinière peuvent affecter l’intégrité des
neurones et provoquer des troubles neurologiques et/ou des handicaps fonctionnels. Bien que de
nombreuses voies thérapeutiques pour traiter les lésions de la moelle épinière existent, la
connaissance de l’étendue des dégâts causés par ces lésions est primordiale pour améliorer
l’efficacité de leur traitement et les décisions cliniques associées. L’imagerie par résonance
magnétique (IRM) a démontré un grand potentiel pour le diagnostic et pronostic des maladies
neurodégénératives et traumas de la moelle épinière. Plus particulièrement, l’analyse par template
de données IRM du cerveau, couplée à des outils de traitement d’images automatisés, a permis une
meilleure compréhension des mécanismes sous-jacents de maladies comme l’Alzheimer et la
Sclérose en Plaques. Extraire automatiquement des informations pertinentes d’images IRM au sein
de régions spécifiques de la moelle épinière présente toutefois de plus grands défis que dans le
cerveau. Il n’existe en effet qu’un nombre limité de template de la moelle épinière dans la
littérature, et aucun ne couvre toute la moelle épinière ou n’est lié à un template existant du cerveau.
Ce manque de template et d’outils automatisés rend difficile la tenue de larges études d’analyse de
la moelle épinière sur des populations variées.
L’objectif de ce projet est donc de proposer un nouveau template IRM couvrant toute la moelle
épinière, recalé avec un template existant du cerveau, et intégrant des atlas de la structure interne
de la moelle épinière (e.g., matière blanche et grise, tracts de la matière blanche). Ce template doit
venir avec une série d’outils automatisés permettant l’extraction d’information IRM au sein de
régions spécifiques de la moelle épinière. La question générale de recherche de ce projet est donc
« Comment créer un template générique de la moelle épinière, qui permettrait l’analyse non
biaisée et reproductible de données IRM de la moelle épinière ? ». Plusieurs contributions
originales ont été proposées pour répondre à cette question et vont être décrites dans les prochains
paragraphes.
La première contribution de ce projet est le développement du logiciel Spinal Cord Toolbox (SCT).
SCT est un logiciel open-source de traitement d’images IRM multi-parametrique de la moelle
épinière (De Leener, Lévy, et al., 2016). Ce logiciel intègre notamment des outils pour la détection
et la segmentation automatique de la moelle épinière et de sa structure interne (i.e., matière blanche
et matière grise), l’identification et la labellisation des niveaux vertébraux, le recalage d’images
IRM multimodales sur un template générique de la moelle épinière (précédemment le template
MNI-Poly-AMU, maintenant le template PAM50, proposé içi). En se basant sur un atlas de la
moelle, SCT intègre également des outils pour extraire des données IRM de régions spécifiques de
la moelle épinière, comme la matière blanche et grise et les tracts de la matière blanche, ainsi que
sur des niveaux vertébraux spécifiques. D’autres outils additionnels ont aussi été proposés, comme
des outils de correction de mouvement et de traitement basiques d’images appliqués le long de la
moelle épinière. Chaque outil intégré à SCT a été validé sur un jeu de données multimodales.
La deuxième contribution de ce projet est le développement d’une nouvelle méthode de recalage
d’images IRM de la moelle épinière (De Leener, Mangeat, et al., 2017). Cette méthode a été
développée pour un usage particulier : le redressement d’images IRM de la moelle épinière, mais
peut également être utilisé pour recaler plusieurs images de la moelle épinière entre elles, tout en
tenant compte de la distribution vertébrale de chaque sujet. La méthode proposée se base sur une
approximation globale de la courbure de la moelle épinière dans l’espace et sur la résolution
analytique des champs de déformation entre les deux images. La validation de cette nouvelle
méthode a été réalisée sur une population de sujets sains et de patients touchés par une compression
de la moelle épinière.
La contribution majeure de ce projet est le développement d’un système de création de template
IRM de la moelle épinière et la proposition du template PAM50 comme template de référence pour
les études d’analyse par template de données IRM de la moelle épinière. Le template PAM50 a été
créé à partir d’images IRM tiré de 50 sujets sains, et a été généré en utilisant le redressement
d’images présenté ci-dessus et une méthode de recalage d’images itératif non linéaire, après
plusieurs étapes de prétraitement d’images. Ces étapes de prétraitement incluent la segmentation
automatique de la moelle épinière, l’extraction manuelle du bord antérieur du tronc cérébral, la
détection et l’identification des disques intervertébraux, et la normalisation d’intensité le long de
la moelle. Suite au prétraitement, la ligne centrale moyenne de la moelle et la distribution vertébrale
ont été calculées sur la population entière de sujets et une image initiale de template a été générée.
Après avoir recalé toutes les images sur ce template initial, le template PAM50 a été créé en
utilisant un processus itératif de recalage d’image, utilisé pour générer des templates de cerveau.
Le PAM50 couvre le tronc cérébral et la moelle épinière en entier, est disponible pour les contrastes
IRM pondérés en T1, T2 et T2*, et intègre des cartes probabilistes et atlas de la structure interne
de la moelle épinière. De plus, le PAM50 a été recalé sur le template ICBM152 du cerveau,
permettant ainsi la tenue d’analyse par template simultanément dans le cerveau et dans la moelle
épinière.
Finalement, plusieurs résultats complémentaires ont été présentés dans cette dissertation.
Premièrement, une étude de validation de la répétabilité et reproductibilité de mesures de l’aire de
section de la moelle épinière a été menée sur une population de patients touchés par la sclérose en
plaques. Les résultats démontrent une haute fiabilité des mesures ainsi que la possibilité de détecter
des changements très subtiles de l’aire de section transverse de la moelle, importants pour mesurer
l’atrophie de la moelle épinière précoce due à des maladies neurodégénératives comme la sclérose
en plaques. Deuxièmement, un nouveau biomarqueur IRM des lésions de la moelle épinière a été
proposé, en collaboration avec Allan Martin, de l’Université de Toronto. Ce biomarqueur, calculé
à partir du ratio d’intensité entre la matière blanche et grise sur des images IRM pondérées en T2*,
utilise directement les développements proposés dans ce projet, notamment en utilisant le recalage
du template de la moelle épinière et les méthodes de segmentation de la moelle. La faisabilité
d’extraire des mesures de données IRM multiparamétrique dans des régions spécifiques de la
moelle épinière a également été démontrée, permettant d’améliorer le diagnostic et pronostic de
lésions et compression de la moelle épinière. Finalement, une nouvelle méthode d’extraction de la
morphométrie de la moelle épinière a été proposée et utilisée sur une population de patients touchés
par une compression asymptomatique de la moelle épinière, démontrant de grandes capacités de
diagnostic (> 99%).
Le développement du template PAM50 comble le manque de template de la moelle épinière dans
la littérature mais présente cependant plusieurs limitations. En effet, le template proposé se base
sur une population de 50 sujets sains et jeunes (âge moyen = 27 +- 6.5) et est donc biaisée vers
cette population particulière. Adapter les analyses par template pour un autre type de population
(âge, race ou maladie différente) peut être réalisé directement sur les méthodes d’analyse mais aussi
sur le template en lui-même. Tous le code pour générer le template a en effet été mis en ligne
(https://github.com/neuropoly/template) pour permettre à tout groupe de recherche de développer
son propre template. Une autre limitation de ce projet est le choix d’un système de coordonnées
basé sur la position des vertèbres. En effet, les vertèbres ne représentent pas complètement le
caractère fonctionnel de la moelle épinière, à cause de la différence entre les niveaux vertébraux et
spinaux. Le développement d’un système de coordonnées spinal, bien que difficile à caractériser
dans des images IRM, serait plus approprié pour l’analyse fonctionnelle de la moelle épinière.
Finalement, il existe encore de nombreux défis pour automatiser l’ensemble des outils développés
dans ce projet et les rendre robuste pour la majorité des contrastes et champs de vue utilisés en
IRM conventionnel et clinique.
Ce projet a présenté plusieurs développements importants pour l’analyse de données IRM de la
moelle épinière. De nombreuses améliorations du travail présenté sont cependant requises pour
amener ces outils dans un contexte clinique et pour permettre d’améliorer notre compréhension des
maladies affectant la moelle épinière. Les applications cliniques requièrent notamment
l’amélioration de la robustesse et de l’automatisation des méthodes d’analyse d’images proposées.
La caractérisation de la structure interne de la moelle épinière, incluant la matière blanche et la
matière grise, présente en effet de grands défis, compte tenu de la qualité et la résolution des images
IRM standard acquises en clinique. Les outils développés et validés au cours de ce projet ont un
grand potentiel pour la compréhension et la caractérisation des maladies affectant la moelle
épinière et aura un impact significatif sur la communauté de la neuroimagerie.----------ABSTRACT
The spinal cord plays a fundamental role in the human body, as part of the central nervous system
and being the vector between the brain and the peripheral nervous system. Damaging the spinal
cord, through traumatic injuries or neurodegenerative diseases, can significantly affect the quality
of life of patients. Indeed, spinal cord injuries and diseases can affect the integrity of neurons, and
induce neurological impairments and/or functional disabilities. While various treatment procedures
exist, assessing the extent of damages and understanding the underlying mechanisms of diseases
would improve treatment efficiency and clinical decisions. Over the last decades, magnetic
resonance imaging (MRI) has demonstrated a high potential for the diagnosis and prognosis of
spinal cord injury and neurodegenerative diseases. Particularly, template-based analysis of brain
MRI data has been very helpful for the understanding of neurological diseases, using automated
analysis of large groups of patients. However, extracting MRI information within specific regions
of the spinal cord with minimum bias and using automated tools is still a challenge. Indeed, only a
limited number of MRI template of the spinal cord exists, and none covers the full spinal cord,
thereby preventing large multi-centric template-based analysis of the spinal cord. Moreover, no
template integrates both the spinal cord and the brain region, thereby preventing simultaneous
cerebrospinal studies.
The objective of this project was to propose a new MRI template of the full spinal cord, which
allows simultaneous brain and spinal cord studies, that integrates atlases of the spinal cord internal
structures (e.g., white and gray matter, white matter pathways) and that comes with tools for
extracting information within these subregions. More particularly, the general research question of
the project was “How to create generic MRI templates of the spinal cord that would enable
unbiased and reproducible template-based analysis of spinal cord MRI data?”. Several original
contributions have been made to answer this question and to enable template-based analysis of
spinal cord MRI data.
The first contribution was the development of the Spinal Cord Toolbox (SCT), a comprehensive
and open-source software for processing multi-parametric MRI data of the spinal cord (De Leener,
Lévy, et al., 2016). SCT includes tools for the automatic segmentation of the spinal cord and its
internal structure (white and gray matter), vertebral labeling, registration of multimodal MRI data
(structural and non-structural) on a spinal cord MRI template (initially the MNI-Poly-AMU
template, later the PAM50 template), co-registration of spinal cord MRI images, as well as the
robust extraction of MRI metric within specific regions of the spinal cord (i.e., white and gray
matter, white matter tracts, gray matter subregions) and specific vertebral levels using a spinal cord
atlas (Lévy et al., 2015). Additional tools include robust motion correction and image processing
along the spinal cord. Each tool included in SCT has been validated on a multimodal dataset.
The second contribution of this project was the development of a novel registration method
dedicated to spinal cord images, with an interest in the straightening of the spinal cord, while
preserving its topology (De Leener, Mangeat et al., 2017). This method is based on the global
approximation of the spinal cord and the analytical computation of deformation fields
perpendicular to the centerline. Validation included calculation of distance measurements after
straightening on a population of healthy subjects and patients with spinal cord compression.
The major contribution of this project was the development of a framework for generating MRI
template of the spinal cord and the PAM50 template, an unbiased and symmetrical MRI template
of the brainstem and full spinal cord. Based on 50 healthy subjects, the PAM50 template was
generated using an iterative nonlinear registration process, after applying normalization and
straightening of all images. Pre-processing included segmentation of the spinal cord, manual
delineation of the brainstem anterior edge, detection and identification of intervertebral disks, and
normalization of intensity along the spinal cord. Next, the average centerline and vertebral
distribution was computed to create an initial straight template space. Then, all images were
registered to the initial template space and an iterative nonlinear registration framework was
applied to create the final symmetrical template. The PAM50 covers the brainstem and the full
spinal cord, from C1 to L2, is available for T1-, T2- and T2*-weighted contrasts, and includes
probabilistic maps of the white and the gray matter and atlases of the white matter pathways and
gray matter subregions. Additionally, the PAM50 template has been merged with the ICBM152
brain template, thereby allowing for simultaneous cerebrospinal template-based analysis.
Finally, several complementary results, focused on clinical validation and applications, are
presented. First, a reproducibility and repeatability study of cross-sectional area measurements
using SCT (De Leener, Granberg, Fink, Stikov, & Cohen-Adad, 2017) was performed on a
Multiple Sclerosis population (n=9). The results demonstrated the high reproducibility and
repeatability of SCT and its ability to detect very subtle atrophy of the spinal cord. Second, a novel
biomarker of spinal cord injury has been proposed. Based on the T2*-weighted intensity ratio
between the white and the gray matter, this new biomarker is computed by registering MRI images
with the PAM50 template and extracting metrics using probabilistic atlases. Additionally, the
feasibility of extracting multiparametric MRI metrics from subregions of the spinal cord has been
demonstrated and the diagnostic potential of this approach has been assessed on a degenerative
cervical myelopathy (DCM) population. Finally, a method for extracting shape morphometrics
along the spinal cord has been proposed, including spinal cord flattening, indentation and torsion.
These metrics demonstrated high capabilities for the diagnostic of asymptomatic spinal cord
compression (AUC=99.8% for flattening, 99.3% for indentation, and 98.4% for torsion).
The development of the PAM50 template enables unbiased template-based analysis of the spinal
cord. However, the PAM50 template has several limitations. Indeed, the proposed template has
been generated with multimodal MRI images from 50 healthy and young individuals (age = 27+/-
6.5 y.o.). Therefore, the template is specific to this particular population and could not be directly
usable for age- or disease-specific populations. One solution is to open-source the templategeneration
code so that research groups can generate and use their own spinal cord MRI template.
The code is available on https://github.com/neuropoly/template. While this project introduced a
generic referential coordinate system, based on vertebral levels and the pontomedullary junction
as origin, one limitation is the choice of this coordinate system. Another coordinate system, based
spinal segments would be more suitable for functional analysis. However, the acquisition of MRI
images with high enough resolution to delineate the spinal roots is still challenging. Finally, several
challenges in the automation of spinal cord MRI processing remains, including the robust detection
and identification of vertebral levels, particularly in case of small fields-of-view.
This project introduced key developments for the analysis of spinal cord MRI data. Many more
developments are still required to bring them into clinics and to improve our understanding of
diseases affecting the spinal cord. Indeed, clinical applications require the improvement of the
robustness and the automation of the proposed processing and analysis tools. Particularly, the
detection and segmentation of spinal cord structures, including vertebral labeling and white/gray
matter segmentation, is still challenging, given the lowest quality and resolution of standard clinical
MRI acquisition. The tools developed and validated here have the potential to improve our understanding and the characterization of diseases affecting the spinal cord and will have a significant impact on the neuroimaging community
Comparative primate birth mechanics and the evolution of human childbirth
Modern humans have large, encephalized neonates, delivered through an anteroposteriorly narrow maternal pelvis constrained by adaptation to bipedality. As a result, human birth is unusually laborious, difficult, and dangerous. The evolutionary background for these difficulties is unclear. Previous comparative studies of nonhuman primates have focused on the pelvic inlet, which is a region of constraint in humans but not in other primates. Therefore, the true obstetric constraints in other species remain unknown.
This dissertation documents and quantifies human and other primate birth-canal morphology between the three traditional obstetric planes (inlet, midplane, and outlet). Computer-generated images of scanned specimens of 23 extant anthropoid species and five fossil hominins are used to compare the entire birth canals as three-dimensional entities, documenting and analyzing the functionally relevant metrics of the maternal pelvis and the fetus and their species-specific obstetric constraints. In fossil hominin species for which pelvic material is fragmentary, composite pelves were reconstructed. Measurements on these pelves allow for an estimation of the factors (fetal head and shoulders, pelvic morphology) that produce points of potential dystocia, and shed light on how the modern human birth mechanism evolved.
The results of these analyses indicate that some non-human primates have obstetric constraints that exceed those of modern humans. The cephalopelvic disproportion in these species is alleviated through various mechanisms which are unattainable in humans, such as a face-first fetal presentation. Human childbirth can no longer be described as uniquely difficult compared to that of the other primates.
Among fossil hominins, birth canal morphology exhibits shape variations that differ from those in modern humans and would have promoted different patterns and mechanisms of birth. The locations of maximum obstetric constraints also vary among hominin species, and the pattern of interspecific variation does not present a linear evolutionary trajectory from “easy” to “difficult” childbirth. The risk of prolapse that accompanies hominin bipedality does result in an adaptation to reduce obstetric constraints, fetal cranial molding, which may have arisen in the hominin lineage ~700,000 years earlier than previously thought
Development of Efficient Intensity Based Registration Techniques for Multi-modal Brain Images
Recent advances in medical imaging have resulted in the development of many imaging techniques that capture various aspects of the patients anatomy and metabolism. These are accomplished with image registration: the task of transforming images on a common anatomical coordinate space. Image registration is one of the important task for multi-modal brain images, which has paramount importance in clinical diagnosis, leads to treatment of brain diseases. In many other applications, image registration characterizes anatomical variability, to detect changes in disease state over time, and by mapping functional information into anatomical space. This thesis is focused to explore intensity-based registration techniques to accomplish precise information with accurate transformation for multi-modal brain images. In this view, we addressed mainly three important issues of image registration both in the rigid and non-rigid framework, i.e. i) information theoretic based similarity measure for alignment measurement, ii) free form deformation (FFD) based transformation, and iii) evolutionary technique based optimization of the cost function. Mutual information (MI) is a widely used information theoretic similarity measure criterion for multi-modal brain image registration. MI only dense the quantitative aspects of information based on the probability of events. For rustication of the information of events, qualitative aspect i.e. utility or saliency is a necessitate factor for consideration. In this work, a novel similarity measure is proposed, which incorporates the utility information into mutual Information, known as Enhanced Mutual Information(EMI).It is found that the maximum information gain using EMI is higher as compared to that of other state of arts. The utility or saliency employed in EMI is a scale invariant parameter, and hence it may fail to register in case of projective and perspective transformations. To overcome this bottleneck, salient region (SR) based Enhance Mutual Information (SR-EMI)is proposed, a new similarity measure for robust and accurate registration. The proposed SR-EMI based registration technique is robust to register the multi-modal brain images at a faster rate with better alignment
Kombinierte histologische und Magnetresonanztomografie-basierte Betrachtung der Volumina des menschlichen Nucleus subthalamicus und deren Verhalten bei Alterung
Die hochfrequente Stimulation des Nucleus subthalamicus (STN) ist ein seit 25 Jahren durchgeführtes Prozedere, um die motorischen Symptome von Patienten mit bestimmten Formen des idiopathischen Morbus Parkinson effektiv zu lindern. Unter dieser Therapie könne Betroffene unter anderem an Manie oder einer gehäuften Suizidalität leiden. Genaue Kenntnisse der anatomischen Verhältnisse des STN sind essenziell für eine sichere Elektrodenplatzierung. Da der STN eine im klinischen Alltag häufig unzureichend zu lokalisierende Struktur darstellt, basiert die Zielpunktbestimmung in vielen Kliniken auf Hirnatlanten. Der am häufigsten eingesetzte Schaltenbrand-Wahren Atlas wurde mithilfe von nur drei menschlichen Hirnen erstellt und berücksichtigt weder interindividuelle Größenunterschiede von Hirnstrukturen noch deren Veränderung im Altersverlauf. Die große Spannweite bisher ermittelter STN Volumina von 20 mm3 bis 457 mm3 lässt den STN hinsichtlich des Volumens als inkonsistente Struktur erscheinen. Vor
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diesem Hintergrund ist die indirekte Zielpunktbestimmung zu hinterfragen, um mögliche Risikofaktoren für das Auftreten von stimulationsassoziierten Nebenwirkungen zu minimieren. Eine Abhängigkeit des STN-Volumens vom Alter ist bisher nicht hinreichend geklärt und es ist offen, ob indirekte Zielpunktbestimmungen altersabhängig anzupassen sind.
Das Ziel der vorliegenden Arbeit war, das Volumen des STN mittels 3T MRT T2-gewichteter Datensätze ex vivo zu ermitteln. Im Anschluss wurden die Gewebe histologisch aufgearbeitet und mithilfe stereologischer Verfahren erneut die STN-Volumina bestimmt. Eine vergleichende Untersuchung von histologischen und MRT-basierten Volumina derselben Gewebe ist in der Literatur nicht beschrieben.
Die Untersuchungen erfolgten an 25 STN von 14 Körperspendern (10 weibliche, 4 männliche). Die STN-Volumina zeigten sowohl in der Histologie als auch im MRT eine hohe Konsistenz. Die hohen interindividuellen STN-Volumenunterschiede der Literatur konnten in der vorliegenden Studie in gesteigerter Fallzahl nicht bestätigt werden. MRT basierte STN-Volumina waren mit einem durchschnittlichen Volumen von 99 ± 6 mm3 kleiner als die histologisch ermittelten Volumina von 132 ± 20 mm3. Eine mögliche Ursache ist die aufgrund des niedrigen Eisengehaltes unzureichende Visualisierung des dorso-lateralen STN in der verwendeten T2-gewichteten Bildgebung. Weiterhin ist im T2-gewichteten Bild die Abgrenzung zur Substantia nigra schwierig. Die histologische Identifikation der STN-Grenzen mithilfe der Luxol-Fast-Blue-Färbung erlaubt eine eindeutige Identifikation der STN-Grenzen. Dies führt möglicherweise zur Unterschätzung des STN-Volumens in T2-gewichteter MRT-Bildgebung. Während in der Histologie eine Abnahme des STN-Volumens im Altersverlauf beobachtet wurde, konnte dies in der MRT bei den vorliegenden Fällen nicht bestätigt werden. Die 3T T2 MRT Bildgebung ist möglicherweise nicht sensitiv genug, um derartige Abhängigkeiten in einer zwischen 65 bis 96 Jahre alten und 25 STN umfassenden Spendergruppe adäquat abzubilden. Die erhobenen MRT-Volumina komplettieren jedoch kürzlich von einer anderen Gruppe erhobene Daten, welche, MRT-basiert, in einer größeren Altersspanne die Abnahme des STN-Volumens im Altersverlauf ermittelte.
Die vorliegenden Ergebnisse zeigen, dass bei der Tiefen Hirnstimulation weitgehend interindividuell konsistente STN-Volumina erwartet werden können. Dies ist als Argument zu werten, weshalb trotz der Verwendung einer indirekten Zielpunktbestimmung die Tiefe Hirnstimulation in der Mehrzahl der Fälle ein zufriedenstellendes klinisches Ergebnis liefert. Weiterhin verdeutlicht die vorliegende Arbeit die Unterschätzung des STN-Volumens bei der Verwendung eines 3T MRT T2-TSE Datensatzes. Der in dieser MRT-Wichtung nicht hinreichend visualisierbare Teil des STN betrifft überwiegend den als klinisch bedeutsam eingeschätzten dorso-lateralen Teil des STN. Das bei der Elektrodenimplantation erwartbare STN-Volumen ist umso geringer, je älter der Patient ist. Dies sollte bei der indirekten Planung Berücksichtigung finden. Eine Untersuchung mit einer größeren Probenanzahl gestaffelt nach verschiedenen Altersgruppen wird daher für zukünftige Untersuchungen vorgeschlagen. Derartige Befunde können helfen zu quantifizieren, in welchem Umfang ein zu erwartendes „Standard-STN-Volumen“ nach dem Alter zu korrigieren ist, um das reale STN-Volumen möglichst genau abzubilden.
Die Limitierungen dieser Arbeit bestehen in der eingeschränkten Fallzahl und der relativ geringen Altersspanne der untersuchten Spender. Weiterhin kann nicht ausgeschlossen werden, dass die pharmakologische Behandlung der Spender zu Lebzeiten und die postmortalen Veränderungen der Spendergewebe einen Einfluss auf die STN-Volumina haben. Zur Ermittlung des Korrekturfaktors aufgrund der Schrumpfung des Gewebes im Rahmen der histologischen Aufarbeitung wurden dem STN benachbarte Gewebsblöcke verwendet. Es bleibt unklar, ob diese Gewebe ein identisches Schrumpfungsverhalten wie die STN-Region zeigen.:I INHALTSVERZEICHNIS
II ABKÜRZUNGSVERZEICHNIS
1 EINFÜHRUNG IN DIE THEMATIK
1.1 ANATOMIE UND FUNKTION DES NUCLEUS SUBTHALAMICUS
1.1.1 ANATOMIE DES NUCLEUS SUBTHALAMICUS
1.1.2 FUNKTIONELLE BEDEUTUNG DES NUCLEUS SUBTHALAMICUS
1.1.3 DER NUCLEUS SUBTHALAMICUS ALS ZIELPUNKT DER TIEFEN HIRNSTIMULATION BEI IDIOPATHISCHEM MORBUS PARKINSON
1.2 DAS VOLUMEN DES NUCLEUS SUBTHALAMICUS
1.2.1 VOLUMINA DES NUCLEUS SUBTHALAMICUS AUF BASIS DER MAGNETRESONANZTOMOGRAFIE
1.2.2 VOLUMINA DES NUCLEUS SUBTHALAMICUS AUF BASIS DER HISTOLOGIE
1.2.3 VOLUMINA DES NUCLEUS SUBTHALAMICUS AUF BASIS ANDERER METHODEN
1.2.4 DAS VOLUMEN DES NUCLEUS SUBTHALAMICUS IM ALTERSVERLAUF
1.3 METHODIK
1.3.1 DER NUCLEUS SUBTHALAMICUS IN DER MAGNETRESONANZTOMOGRAFIE
1.3.2 DER NUCLEUS SUBTHALAMICUS IN DER LUXOL-FAST-BLUE-FÄRBUNG
1.4 ZIELE DER ARBEIT
2 PUBLIKATIONSMANUSKRIPT
3 ZUSAMMENFASSUNG DER ARBEIT
4 LITERATURVERZEICHNIS
5 BEIBLATT ZUR PUBLIKATIONSPROMOTION BEI GETEILTER ERSTAUTORSCHAFT
6 ERKLÄRUNG ÜBER DIE EIGENSTÄNDIGE ABFASSUNG DER ARBEIT
7 LEBENSLAUF
8 PUBLIKATIONEN
9 DANKSAGUN
Biotribology of the ageing skin—why we should care
Ageing of populations has emerged as one of the most pressing societal, economic and healthcare challenges currently facing most nations across the globe. The ageing process itself results in degradation of physiological functions and biophysical properties of organs and tissues, and more particularly those of the skin. Moreover, in both developed and emerging economies, population ageing parallels concerning increases in lifestyle-associated conditions such as Type 2 diabetes, obesity and skin cancers. When considered together, these demographic trends call for even greater urgency to find clinical and engineering solutions for the numerous age-related deficits in skin function.
From a tribological perspective, detrimental alterations of skin biophysical properties with age have fundamental consequences on how one interacts with the body's inner and outer environments. This stems from the fact that, besides being the largest organ of the human body, and also nearly covering its entirety, the skin is a multifunctional interface which mediates these interactions.
The aim of this paper is to present a focused review to discuss some of the consequences of skin ageing from the viewpoint of biotribology, and their implications on health, well-being and human activities. Current and future research questions/challenges associated with biotribology of the ageing skin are outlined. They provide the background and motivation for identifying future lines of research that could be taken up by the biotribology and biophysics communities
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Developing a Computer System for the Generation of Unique Wrinkle Maps for Human Faces. Generating 2D Wrinkle Maps using Various Image Processing Techniques and the Design of 3D Facial Ageing System using 3D Modelling Tools.
Facial Ageing (FA) is a very fundamental issue, as ageing in general, is part of our daily life process. FA is used in security, finding missing children and other applications. It is also a form of Facial Recognition (FR) that helps identifying suspects. FA affects several parts of the human face under the influence of different biological and environmental factors. One of the major facial feature changes that occur as a result of ageing is the appearance and development of wrinkles. Facial wrinkles are skin folds; their shapes and numbers differ from one person to another, therefore, an advantage can be taken over these characteristics if a system is implemented to extract the facial wrinkles in a form of maps.
This thesis is presenting a new technique for three-dimensional facial wrinkle pattern information that can also be utilised for biometric applications, which will back up the system for further increase of security. The procedural approaches adopted for investigating this new technique are the extraction of two-dimensional wrinkle maps of frontal human faces for digital images and the design of three-dimensional wrinkle pattern formation system that utilises the generated wrinkle maps.
The first approach is carried out using image processing tools so that for any given individual, two wrinkle maps are produced; the first map is in a binary form that shows the positions of the wrinkles on the face while the other map is a coloured version that indicates the different intensities of the wrinkles.
The second approach of the 3D system development involves the alignment of the binary wrinkle maps on the corresponding 3D face models, followed by the projection of 3D curves in order to acquire 3D representations of the wrinkles. With the aid of the coloured wrinkle maps as well as some ageing parameters, simulations and predictions for the 3D wrinkles are performed
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