Genetic basis of between-individual and within-individual variance of docility

Funded by Alces Software UCLA Academic Senate Division of Life Sciences National Geographic Society National Science Foundation. Grant Numbers: IDBR-0754247, DEB-1119660, DBI-0242960, DBI-0731346 University of Aberdeen Data deposited at Dryad: doi:10.5061/dryad.11vf0.Peer reviewedPostprin

Variabilités de la Taille de Portée des Ovins

Study the variabilities the litter size in sheepCe travail de recherche a été mené dans l’équipe MODGEN du département GenPhySE, 1388 UMR de l’INRA. Il avait pour perspectives de modéliser les variabilités de la taille de portée des ovins pour une meilleure évaluation génétique et de proposer des modèles d’analyse adoptés à ce type de caractère.Les objectifs de l’étude étaient d'identifier, et d'analyser les facteurs environnementaux et génétiques des variabilités des tailles de portée des brebis et de proposer une méthode adaptée pour canaliser les caractères discretsqui prenne en compte conjointement des objectifs sur la moyenne et sur la variabilité du caractère. La thèse s’appuyait sur des données issues de la chaîne nationale de contrôle de performances en relation avec des organismes de sélection ovin qui sont particulièrement intéressés par les résultats de ces recherches (CORAM).Choix des racesNous avons considéré trois races dont les fréquences de la taille de portée sont plus ou moins élevées. La race Romane connue par sa forte prolificité ainsi des effectifs contrôlés importants a permis des analyses précises. Les deux autres races choisies sont la race Suffolk et la race Rouge de l’Ouest qui ont servi à tester les modèles sur des populations comportant de moins en moins de portées multiples. La taille de portée des ovins considérée comme une variable continueAu cours de l’étude, nous avons identifié et hiérarchisé les facteurs de variation environnementaux du niveau de prolificité et de de sa variance pour trois races ovines (Suffolk, Rouge de l’Ouest et Romane). Si les facteurs de variation environnementaux du niveau de prolificitéétaient déjà bien connus, peu de données concernaient les facteurs de variation environnementaux de la variance. Nous avons également estimé les paramètres génétiques du niveau de prolificité et de sa variance, ils sont cohérents entre eux. Les héritabilités estimées sur la moyenne sont faibles, en cohérences entre les trois races et avec des études antérieures. La non homogénéité des corrélations estimées par le modèle à deux étapes peut s’expliquer par la relation structurelle entre la moyenne et la variance sur l’échelle observée qui n'est pas prise en compte dans ce type d'analyse. A l'échelle d'une race, cette relation dépend de l’écart spécifique entre les seuils; elle est différente de la relation moyenne – variance observée pour l’ensemble des races et qui est calculée sur des données brutes. La taille de portée des ovins considérée comme une variable discrète Nous avons montré l’existence d’une variabilité d’origine génétique dans les trois races étudiées et nous avons montré que le modèle à seuils homothétique [HTM] s’ajustait mieux aux données et qu'il permettait de calculer conjointement l’effet génétique sur la moyenne et sur la variance. Nous avons aussi montré les limites de ce modèle et nous avons proposé une solution afin de donner un cadre plus général à son utilisation et l’utiliser dans les évaluations génétiques. Nous avons également identifié un critère de sélection pertinent qui permet de sélectionner les individus de même moyenne ayant des variances différentes.Nous avons proposé le modèle à seuils indépendants [ITM] ou le modèle multi caractères avec contrainte, ce modèle considère que chaque réalisation est un caractère. Nous avons montré la faisabilité de cemodèle sur les trois races. Ceci nous a permis de mettre en évidence les problèmes liés à la convergence du programme utilisé, et nous avons proposé d’implémenter ce modèle en modifiant le programme TM

Rethinking the nature of mental disorder: a latent structure approach to data from three national psychiatric morbidity surveys

High levels of comorbidity between the anxiety and depressive disorders have raised questions about whether the diagnostic boundaries between these disorders need to be redrawn, or even whether both should be considered as different facets of a single disease process. Accordingly, latent class analysis has been used in several attempts to find data-driven groupings of individuals based on the symptoms of anxiety and depression. However, the assumption of conditional independence in this approach risks the extraction of spurious ‘severity classes’, making findings difficult to interpret. Factor mixture analysis relaxes that assumption by incorporating a common factor within each class, thereby overcoming the problem. This project investigated whether factor mixture analysis can suggest a data-driven classification of individuals based on the symptoms of common mental disorders. The analysis was based on pooled symptom-level data from three national psychiatric morbidity surveys of adults living in Great Britain carried out in 1993, 2000 and 2007. A comparison of the fit from the various latent variable models indicated that factor mixture models provided the best fit to the data, both in terms of model parsimony and goodness-of-fit. However, subsequent investigations suggested that the classes did not represent true groups in the population, but were rather accommodating violations of key assumptions in the standard factor model. Therefore, the results provide little guidance for revising the psychiatric classification. This is the first study to carry out an in-depth investigation into the interpretation of the extracted classes after applying factor mixture models to investigate the latent structure of mental disorders; its findings highlight the difficulties of interpreting the results of these models. Consequently, the thesis questions whether factor mixture models are actually useful for exploring the true nature of psychiatric disorders, and whether the present heavy use of such models is justified. An investigation of previously published examples suggests that their results may be prone to misinterpretation. The thesis concludes with a set of recommendations for the reporting of these models that may help to minimise the risks of such misinterpretation

A comparison of methods to assess diagnostic performance when using imperfect reference standards

Ph. D. Thesis.Background: Estimating the diagnostic accuracy (sensitivity and specificity) of a new medical test in the absence of a gold standard or perfect reference standard is a common problem in diagnostic accuracy studies. Failing to correct for this imperfection risks under- or overestimating the accuracy measures of the index test. Aim: To identify and compare methods employed to evaluate the diagnostic accuracy of medical tests in the absence of a gold standard. Methodology: A systematic review was conducted to identify methods employed to evaluate the diagnostic accuracy in the absence of a gold standard. Promising correction methods and latent class models were explored and compared using simulation studies and clinical datasets. Results: The methods identified from the systematic review were classified into four main groups: methods employed when there is a missing gold standard; when there are multiple imperfect reference standards; correction methods; and other methods such as the test positivity rate. Following the simulation studies undertaken to compare the correction methods, the Staquet et al method was found to outperform the Brenner method. Investigation of the latent class models alongside the analysis of a clinical dataset indicates that the assumptions made on the tests being evaluated affect the estimates obtained and clinical decisions. Given three conditionally dependent tests, the fixed effect model and random effect model via logit link tended to be preferred to the finite mixture model and random effect model via probit link because they are less impacted by the choice of priors. Conclusion: Many methods have been developed to estimate the diagnostic accuracy of a medical test in the absence of a gold standard. The choice of method employed depends on the varying assumptions or characteristics of the tests under investigation as this can affect the estimates obtained and the decisions made in practice.Newcastle University Research Excellence Award, the School of Mathematics, Statistics and Physics, the Health Economics Group in the Population Health Sciences Institute (previously known as the Institute of Health and Society), and the National Institute for Health Research, Newcastle In-Vitro Diagnostics Co-operativ

Proceedings of the 35th International Workshop on Statistical Modelling : July 20- 24, 2020 Bilbao, Basque Country, Spain

466 p.The InternationalWorkshop on Statistical Modelling (IWSM) is a reference workshop in promoting statistical modelling, applications of Statistics for researchers, academics and industrialist in a broad sense. Unfortunately, the global COVID-19 pandemic has not allowed holding the 35th edition of the IWSM in Bilbao in July 2020. Despite the situation and following the spirit of the Workshop and the Statistical Modelling Society, we are delighted to bring you the proceedings book of extended abstracts

Proceedings of the 35th International Workshop on Statistical Modelling : July 20- 24, 2020 Bilbao, Basque Country, Spain

466 p.The InternationalWorkshop on Statistical Modelling (IWSM) is a reference workshop in promoting statistical modelling, applications of Statistics for researchers, academics and industrialist in a broad sense. Unfortunately, the global COVID-19 pandemic has not allowed holding the 35th edition of the IWSM in Bilbao in July 2020. Despite the situation and following the spirit of the Workshop and the Statistical Modelling Society, we are delighted to bring you the proceedings book of extended abstracts