Automated Genome-Wide Protein Domain Exploration

Exploiting the exponentially growing genomics and proteomics data requires high quality, automated analysis. Protein domain modeling is a key area of molecular biology as it unravels the mysteries of evolution, protein structures, and protein functions. A plethora of sequences exist in protein databases with incomplete domain knowledge. Hence this research explores automated bioinformatics tools for faster protein domain analysis. Automated tool chains described in this dissertation generate new protein domain models thus enabling more effective genome-wide protein domain analysis. To validate the new tool chains, the Shewanella oneidensis and Escherichia coli genomes were processed, resulting in a new peptide domain database, detection of poor domain models, and identification of likely new domains. The automated tool chains will require months or years to model a small genome when executing on a single workstation. Therefore the dissertation investigates approaches with grid computing and parallel processing to significantly accelerate these bioinformatics tool chains

High Performance Computing Techniques to Better Understand Protein Conformational Space

This thesis presents an amalgamation of high performance computing techniques to get better insight into protein molecular dynamics. Key aspects of protein function and dynamics can be learned from their conformational space. Datasets that represent the complex nuances of a protein molecule are high dimensional. Efficient dimensionality reduction becomes indispensable for the analysis of such exorbitant datasets. Dimensionality reduction forms a formidable portion of this work and its application has been explored for other datasets as well. It begins with the parallelization of a known non-liner feature reduction algorithm called Isomap. The code for the algorithm was re-written in C with portions of it parallelized using OpenMP. Next, a novel data instance reduction method was devised which evaluates the information content offered by each data point, which ultimately helps in truncation of the dataset with much fewer data points to evaluate. Once a framework has been established to reduce the number of variables representing a dataset, the work is extended to explore algebraic topology techniques to extract meaningful information from these datasets. This step is the one that helps in sampling the conformations of interest of a protein molecule. The method employs the notion of hierarchical clustering to identify classes within a molecule, thereafter, algebraic topology is used to analyze these classes. Finally, the work is concluded by presenting an approach to solve the open problem of protein folding. A Monte-Carlo based tree search algorithm is put forth to simulate the pathway that a certain protein conformation undertakes to reach another conformation. The dissertation, in its entirety, offers solutions to a few problems that hinder the progress of solution for the vast problem of understanding protein dynamics. The motion of a protein molecule is guided by changes in its energy profile. In this course the molecule gradually slips from one energy class to another. Structurally, this switch is transient spanning over milliseconds or less and hence is difficult to be captured solely by the work in wet laboratories

New computational methods for structural modeling protein-protein and protein-nucleic acid interactions

Programa de Doctorat en Biomedicina[eng] The study of the 3D structural details of protein-protein and protein-DNA interactions is essential to understand biomolecular functions at the molecular level. Given the difficulty of the structural determination of these complexes by experimental techniques, computational tools are becoming a powerful to increase the actual structural coverage of protein-protein and protein-DNA interactions. pyDock is one of these tools, which uses its scoring function to determine the quality of models generated by other tools. pyDock is usually combined with the model sampling methods FTDOCK or ZDOCK. This combination has shown a consistently good prediction performance in community-wide assessment experiments like CAPRI or CASP and has provided biological insights and insightful interpretation of experiments by modeling many biomolecular interactions of biomedical and biotechnological interest. This software combination has demonstrated good predictive performance in the blinded evaluation experiments CAPRI and CASP. It has provided biological insights by modeling many biomolecular interactions of biomedical and biotechnological interest. Here, we describe a pyDock software update, which includes its adaptation to the newest python code, the capability of including cofactor and other small molecules, and an internal parallelization to use the computational resources more efficiently. A strategy was designed to integrate the template-based docking and ab initio docking approaches by creating a new scoring function based on the pyDock scoring energy basis function and the TM-score measure of structural similarity of protein structures. This strategy was partially used for our participation in the 7th CAPRI, the 3rd CASP-CAPRI and the 4th CASP-CAPRI joint experiments. These experiments were challenging, as we needed to model protein-protein complexes, multimeric oligomerization proteins, protein-peptide, and protein-oligosaccharide interactions. Many proposed targets required the efficient integration of rigid-body docking, template-based modeling, flexible optimization, multi- parametric scoring, and experimental restraints. This was especially relevant for the multi- molecular assemblies proposed in the 3er and 4th CASP-CAPRI joint experiments. In addition, a case study, in which electron transfer protein complexes were modelled to test the software new capabilities. Good results were achieved as the structural models obtained help explaining the differences in photosynthetic efficiency between red and green algae

I IS ANOTHER: The fabulative filmic collaboration with someone recovering from addiction

The research is a critical exploration of the fabulative filmic collaboration with Petra, a participant recovering from heroin addiction. This fabulative approach articulates a cinema practice that seeks to address the issue of addictive behaviours in a way that has rarely been investigated, with a focus on the recovery process in the long-term. The research lies at the intersection of Film Studies, Performance Studies, Philosophy, Psychiatry and Anthropology. Theoretical insights obtained through primary practice-led film research make contributions to addiction studies by reconsidering biomedical, sociocultural and psychological research on addiction; questioning past and contemporary performative nonfiction filmmaking strategies addressing mental health narratives thereby offering a new model of filmic collaboration in relation to practice-led findings in long durational performance art. The collective filmic enquiry explores alternative safe spaces for people recovering from addiction to current cognitive-behavioural therapeutic models by addressing the crucial issue of hidden or neglected forms of mental health narratives. The doctoral research aims at exploring duration in nonfiction filmmaking and during the recovery process, shifting from rather implicit, anticipated and impressive performances to more explicit, spontaneous, subtle and durational ones. This helps to remain focused on nonverbal and more-than corporeal dimensions of addiction, which also generally remain underresearched. The research hypothesises that recovery from addiction is an explicit performance. Instead of only seeing addiction as an issue to solve, a set of symptoms to address or an urge that needs to be controlled, each new step is also a complex and rich performative experience to understand, cope with and re-enact. The model of working tests the hypothesis with help of performative techniques initially practiced in the context of long durational performance art

Predictive Medicine for Chronic Patients in an Integrated Care Scenario. Chronic Obstructive Pulmonary Disease as Use Case

[cat] INTRODUCCIÓ La proliferació de les malalties no contagioses i la creixent necessitat de reduir costos està desencadenant una remodelació estructural de l’atenció sanitària envers el model d’atenció a crònics, involucrant la implementació de serveis d’atenció integrada (SAI) amb el suport de les tecnologies de la informació i la comunicació (SAI-TIC). En aquest escenari, la emergent medicina de sistemes, amb un aproximació holística basada en els mecanismes de les malalties, juga un rol rellevant a l’avaluació del risc per la salut i la estratificació de pacients. L’objectiu principal de Synergy-COPD ha estat la exploració del potencial de una aproximació de la medicina de sistemes per tal de millorar el coneixement dels mecanismes subjacents a la heterogeneïtat de la malaltia pulmonar obstructiva crònica (MPOC). Fent èmfasi als efectes sistèmics de la malaltia, així com en la comorbiditat. La transferència de nous coneixements a l’atenció sanitària ha estat també un dels objectius principals d’aquest projecte. A més, Synergy-COPD ha explorat noves interaccions envers la investigació biomèdica i l’atenció sanitària, amb la darrera finalitat de promoure la medicina 4P (predictiva, preventiva, personalitzada i participatòria) per a pacients amb malalties cròniques. Aquesta tesi doctoral contribueix amb Synergy-COPD en dos aspectes específics: 1. Un anàlisi quantitatiu de la relació entre la oxigenació cel•lular i la producció de radicals lliures d’oxigen (ROS) a nivell mitocondrial. 2. Diversos desenvolupament tecnològics adreçats a la transferència de coneixement biomèdic envers a l’atenció sanitària i la investigació biomèdica. HIPÒTESIS La hipòtesi general d’aquesta tesi doctoral és que una personalització de l’avaluació del risc per a la salut i la estratificació de pacients ha de desencadenar en una atenció sanitària més eficient i orientada envers pacient. Específicament aquesta tesi doctoral planteja la hipòtesi de que el modelatge mecanicista del sistema de transport i utilització d’oxigen, tenint en compte la funció mitocondrial, pot contribuir a avaluar els efectes biològics d ela hipòxia cel•lular i el seu paper a la disfunció del múscul esquelètic a la MPOC. D’altra banda, aquesta tesi doctoral planteja també la hipòtesi referent a que un disseny holístic basat en les TIC pot contribuir a un desplegament efectiu de SAI-TIC per a pacients crònics, fomentant l’aplicació dels assoliments de la investigació orientada a sistemes a l’assistència sanitària. OBJECTIUS La integració de un modelatge fisiològic del sistema de transport i utilització d’oxigen amb el modelatge bioquímic de la generació mitocondrial de ROS, amb la finalitat d’analitzar les relacions entre la oxigenació del múscul esquelètic i la producció mitocondrial de ROS. El desenvolupament d’eines TIC que donin suport a Serveis d’Atenció Integrada (SAI-TIC) per a pacients crònics, i per tal de fomentar la interacció entre la investigació biomèdica basada en la medicina de sistemes i l’atenció sanitària. RESULTATS PRINCIPALS Anàlisi quantitatiu de la relació entre oxigenació cel•lular i la generació mitocondrial de ROS El modelatge realitzat en aquesta tesi doctoral analitza tots els factor determinants del sistema de la cadena de transport d’oxigen. S’ha demostrat que donat un cert grau d’heterogeneïtat al múscul esquelètic es disminueix la transferència global d’oxigen més de lo que la redueix la heterogeneïtat pulmonar. D’altra banda, la heterogeneïtat observada actualment a nivell pulmonar es major que la observada al múscul, per tant la heterogeneïtat pulmonar en general té un impacte més gran sobre la transferència total d’oxigen. A més, es demostra que la heterogeneïtat muscular incrementa el rang de nivells d’oxigenació cel•lular (PmO2), i a regions del múscul esquelètic amb una major aportació sanguínia en comparació a la capacitat metabòlica, els valors de PmO2 poden excedir els valors d’oxigenació venosa mixta. Malauradament, la mesura del nivell d’heterogeneïtat funcional al múscul esquelètic és molt insuficient degut a les limitacions tecnològiques. El model indica que la relació entre la capacitat de transport d’oxigen i utilització d’oxigen determina principalment els valors d’oxigenació cel•lular PmO2. Aquest fenomen, pot ser molt rellevant després d’un procés d’entrenament d’alta intensitat a pacients MPOC amb limitacions de transport d’oxigen degut a la malaltia pulmonar. Les simulacions utilitzant dades mesurades en subjectes sans realitzant exercici màxim han desvelat que l’altitud desencadena una alta producció de ROS mitocondrial a les regions del múscul esquelètic amb una altra capacitat mitocondrial però amb una limitada capacitat d’aportació d’oxigen. Aquesta observació és evident a partir d’una altitud corresponent a uns 5000 metres sobre el nivell del mar. Per sobre d’aquesta altitud no existeix cap assentament humà permanentment habitat i els humans experimenten una pèrdua inexorable de massa corporal. Però, es conclou que l’ús del model integrat en condicions de malaltia requereix una millor estimació dels paràmetres mitocondrials. Suport TIC per al desplegament de serveis d’atenció integrada (SAI-TIC) i la interacció entre l’atenció sanitària i la investigació biomèdica basada en la medicina de sistemes S’ha desenvolupat una plataforma tecnològica modular que proporciona un conjunt bàsic d’eines i tecnologies per donar suport a la implementació de SAI-TIC per a pacients crònics. Aquesta plataforma tecnològica ha suportat de manera eficient els quatre SAI dissenyats i avaluats en el context del projecte europeu NEXES (2008-2013, www.nexeshealth.eu) a un dels districtes sanitaris de Barcelona, amb un total de 540.000 habitants, i ha mostrat potencial d’escalabilitat a nivell regional. El concepte de “Digital Health Framework (DHF)” ha estat articulat amb la finalitat d’enllaçar l’atenció sanitària i a la investigació biomèdica basada en la medicina de sistemes. La base de coneixement de Synergy-COPD ha estat desenvolupada com a un component d’investigació del DHF per tal de fomentar la transició envers una medicina 4P. CONCLUSIONS 1. El model que integra els determinants fisiològics de la cadena de transport d’oxigen i els elements bioquímics moduladors de la formació a nivell mitocondrial de ROS, ha proporcionat, per primera vegada, un anàlisi quantitatiu de la relació entre la oxigenació cel•lular i la producció mitocondrial de ROS. El model genera resultats consistents en salut, però una millor estimació dels paràmetres mitocondrials és necessària quan s’aplica a MPOC. 2. La plataforma tecnològica per al suport de serveis d’atenció integrada (SAI) per a pacients crònics ha cobert de forma efectiva els requisits funcionals per al desplegament d’un entorn amb un únic proveïdor. Els reptes que cal afrontar per a un desplegament a nivell regional de SAI han estat identificats i s’han proposat estratègies per a la seva adopció. 3. El concepte de “Digital Health Framework (DHF)” representa un escenari on l’enllaç entre l’atenció integrada i la investigació biomèdica de medicina de sistemes han de promoure el desplegament de la medicina 4P. S’ha proposat les línies estratègiques per a una correcta adopció del DHF. 4. La base del coneixement específica per a MPOC (COPDkb) ha estat desenvolupada i analitzada en aquesta tesi doctoral, constitueix un component principal de la investigació biomèdica basada en la medicina de sistemes.[eng] BACKGROUND The epidemics of non-communicable diseases and the need for cost-containment are triggering a profound reshaping of healthcare delivery toward adoption of the Chronic Care model, involving deployment of integrated care services (ICS) with the support of information and communication technologies (ICS-ICT). In this scenario, emerging systems medicine, with a holistic mechanism-based approach to diseases, may play a relevant role in health risk assessment and patient stratification. The general aim of Synergy-COPD was to explore the potential of a systems medicine approach to improve knowledge on underlying mechanisms of chronic obstructive pulmonary disease (COPD) heterogeneity, focusing on systemic effects of the disease and co-morbidity clustering. The transfer of acquired knowledge to healthcare was also a core aim of the project. Moreover, Synergy-COPD explored novel cross talk between biomedical research and healthcare to foster deployment of 4P (Predictive, Preventive, Personalized and Participatory) Medicine for patients with chronic disorders. The current PhD thesis contributed to Synergy-COPD focusing on two specific areas: i) a quantitative analysis of the relationships between cellular oxygenation and mitochondrial reactive oxygen species (ROS) generation; and, ii) different ICT developments addressing transfer of knowledge to healthcare and the interplay with biomedical research. HYPOTHESIS The overarching hypothesis of this PhD thesis is that subject-specific health risk assessment and stratification may lead to novel and a more efficient patient-oriented healthcare delivery. Specifically, the current PhD studies hypothesize that predictive mechanistic modeling integrating oxygen pathway and mitochondrial function can contribute to assess the biological effects of cellular hypoxia and its role on skeletal muscle dysfunction in COPD. Moreover, it is hypothesized that a holistic design of the ICT support may contribute to a successful deployment of ICS-ICT for chronic patients fostering the transfer of the achievements of systems-oriented research into healthcare. OBJECTIVES To integrate physiological modeling of the O2 pathway and biochemical modeling of mitochondrial ROS generation to quantitatively analyze the relationships between skeletal muscle oxygenation and mitochondrial ROS generation. To develop ICT tools supporting Integrated Care Services (ICS-ICT) for chronic patients, as well as innovative cross talk between systems-oriented biomedical research and healthcare. MAIN FINDINGS Quantitative analysis between cellular oxygenation and mitochondrial ROS generation The model analyzed the role of all the physiological determinants of the O2 pathway. It was shown that a given degree of heterogeneity in the skeletal muscle reduces overall O2 transfer more than does lung heterogeneity, but actually observed heterogeneity in lung is greater than in muscle, so that lung heterogeneity has a greater impact on overall O2 transport. In addition, muscle heterogeneity showed to increase the range of skeletal muscle PmO2 values, and in regions with a low ratio of metabolic capacity to blood flow, mitochondrial PO2 (PmO2) could exceed that of mixed tissue venous blood. Unfortunately, assessment of skeletal muscle functional heterogeneities is highly limited due to technological constraints. The model indicates that the ratio between O2 transport capacity and mitochondrial O2 utilization potential determines PmO2. The phenomenon might be highly relevant after high intensity resistance training in COPD patients with limitation of O2 transport due to the pulmonary disease. Simulations using data from healthy subjects during maximal exercise revealed that altitude triggers high mitochondrial ROS production in skeletal muscle regions with high metabolic capacity, but limited O2 delivery, already evident at approx. 17,000 ft. above sea level. This is the altitude above which permanent human habitation does not occur, and the altitude above which humans experience inexorable loss of body mass. However, it is concluded that the use of the integrated model in disease conditions requires further refinement of mitochondrial parameter estimation. ICT-support to the deployment of integrated care services (ICS-ICT) and to the cross talk between healthcare and systems-oriented biomedical research An open and modular platform was developed to provide the common basic set of tools and technologies to support the implementation of ICS-ICT for chronic patients. The platform has effectively covered the four ICS developed and assessed within the NEXES European project (2008-2013, www.nexeshealth.eu) in one of Barcelona’s Health Care Districts accounting for 540.000 inhabitants, and has shown potential for further deployment at regional level. The concept of the Digital Health Framework (DHF) was articulated to provide linkage between healthcare and innovative systems-oriented biomedical research. The Synergy-COPD knowledge base was developed as a component of the DHF-research to enforce the transition toward 4P medicine. CONCLUSIONS 1. The model integrating physiological determinants of the O2 pathway and biochemical modulators of mitochondrial ROS formation provides, for the first time, a quantitative assessment of the relationships between cellular oxygenation and mitochondrial ROS production. The model generates consistent results in health, but parameter estimations when applied to COPD needs refinement. 2. The ICT-platform supporting integrated care services (ICS) for chronic patients effectively covered the functional requirements for deployment within a single-provider environment. The challenges to be faced for regional deployment of the ICS were identified and strategies for adoption have been proposed. 3. The Digital Health Framework (DHF) conceptualizes a scenario for an effective cross talk between integrated care and systems-oriented biomedical research that should foster deployment of 4P medicine. Future steps for adoption of the DHF have been proposed. 4. The COPD-specific knowledge base (COPDkb), developed and assessed in the current PhD thesis, constitutes a pivotal component of systems-oriented biomedical research.[spa] INTRODUCCIÓN La proliferación de enfermedades no transmisibles y la creciente necesidad de contención de costes están desencadenando un profundo rediseño de la atención sanitaria hacia la adopción de un modelo de atención a crónicos, involucrando la implementación de servicios de atención integrada (SAI) con el soporte de las tecnologías de la información y de la comunicación (SAI-TIC). En este escenario, la emergente medicina de sistemas, con una aproximación holística basada en los mecanismos de las enfermedades, juega un papel muy relevante en la evaluación del riesgo para la salud y la estratificación de pacientes. El objetivo principal de Synergy-COPD ha sido la exploración del potencial de una aproximación de medicina de sistemas para mejorar el conocimiento de los mecanismos subyacentes a la heterogeneidad de la enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC). Haciendo énfasis en los efectos sistémicos de la enfermedad, así como en la comorbilidad. La transferencia de nuevos conocimiento a la atención sanitaria ha sido también un objetivo principal del proyecto. Por otro lado, Synergy-COPD ha explorado nuevas interacciones entre investigación biomédica y atención sanitaria, con la finalidad última de promover la medicina 4P (Predictiva, Preventiva, Personalidad y Participativa) para pacientes con enfermedades crónicas. Esta tesis doctoral contribuye con Synergy-COPD en dos aspectos específicos: 1. Un análisis cuantitativo de la relación entre la oxigenación celular y la producción de radicales libres de oxígeno (ROS) a nivel mitocondrial. 2. Diversos desarrollos tecnológicos dirigidos a la trasferencia de conocimiento biomédico a la atención sanitaria y la investigación biomédica. HIPÓTESIS La hipótesis general de esta tesis doctoral es que una personalización de la evaluación del riesgo para la salud y la estratificación, tiene que desencadenar una atención sanitaria más eficiente y orientada al paciente. Específicamente, esta tesis doctoral plantea la hipótesis de que un modelado mecanicista del sistema de transporte y utilización de oxígeno, teniendo en cuenta la función mitocondrial, puede contribuir a evaluar los efectos biológicos de la hipoxia celular y su papel en la disfunción del músculo esquelético en la EPOC. Por otra parte, se plantea la hipótesis de que un diseño holístico basado en las TIC puede contribuir a una implementación exitosa de SAI-TIC para los pacientes crónicos, fomentando la transferencia de los logros de la investigación orientada a sistemas en la asistencia sanitaria. OBJETIVOS La integración del modelado fisiológico del sistema de transporte y utilización de oxígeno con el modelado bioquímico de la generación mitocondrial de ROS, con la finalidad de analizar las relaciones entre la oxigenación del músculo esquelético y la producción mitocondrial de ROS. El desarrollo de herramientas TIC que den soporte a servicios de atención integrada (SAI-TIC) para pacientes crónicos, y que fomenten la interacción entre la investigación biomédica basada en la medicina de sistemas y la atención sanitaria. RESULTADOS PRINCIPALES Análisis cuantitativo de la relación entre oxigenación celular y la generación mitocondrial de ROS El modelaje realizado en esta tesis doctoral analiza todos los factores determinantes de la cadena de transporte de oxígeno. Se ha mostrado que un determinado grado de heterogeneidad en el músculo esquelético reduce la transferencia global de oxígeno más de lo que la reduce la heterogeneidad pulmonar. Sin embargo, la heterogeneidad observada actualmente a nivel pulmonar es mayor que la observada en músculo, por lo tanto, la heterogeneidad pulmonar en general tiene un impacto mayor sobre la transferencia total de oxígeno. Por otra parte, hemos mostrado que la heterogeneidad muscular incrementa el rango de niveles de oxigenación celular (PmO2), y en regiones del músculo esquelético con un mayor aporte sanguíneo en comparación con la capacidad metabólica, los valores de PmO2 pueden exceder los correspondientes valores de oxigenación venosa mixta. Desafortunadamente, la medición del nivel de heterogeneidad funcional en músculo esquelético es muy insuficiente debido a las limitaciones tecnológicas. El modelo indica que la relación entre la capacidad de transporte y utilización de oxígeno determina principalmente los valores de oxigenación celular (PmO2). Este fenómeno, puede que sea muy relevante después de un proceso de entrenamiento de alta intensidad en pacientes EPOC con limitaciones de transporte de oxígeno debido a la enfermedad pulmonar. Simulaciones utilizando datos medidos en sujetos sanos realizando ejercicio máximo han desvelado que la altitud desencadena una alta producción de ROS mitocondrial en las regiones del músculo esquelético con una alta capacidad metabólica pero con una limitada capacidad de aporte de oxígeno. Esta observación, es evidente a partir de una altitud correspondiente a 5000 metros sobre el nivel del mar. Por encima de esta altitud no existe ningún asentamiento humano permanentemente habitado y los humanos experimentan una perdida inexorable de masa corporal. Sin embargo, se concluye que el uso del modelo integrado en condiciones de enfermedad requiere una mejor estimación de los parámetros mitocondriales. Soporte TIC para el despliegue de servicios de atención integrada (SAI-TIC) y la interacción entre la atención sanitaria y la investigación biomédica basada en la medicina de sistemas Se ha desarrollado una plataforma tecnológica modular que proporciona un conjunto básico de herramientas y tecnologías para dar soporte a la implantación de SAI-TIC para pacientes crónicos. Esta plataforma tecnológica ha soportado de manera eficiente los cuatro SAI diseñados y evaluados en el contexto del proyecto europeo NEXES (2008-2013, www.nexeshealth.eu) en uno de los distritos sanitarios de Barcelona, con un total de 540.000 habitantes, y ha mostrado potencial de escalabilidad a nivel regional. El concepto de “Digital Health Framework (DHF)” ha sido articulado con el fin de enlazar la atención sanitaria y la investigación biomédica basada en la medicina de sistemas. La basa de conocimiento de Synergy-COPD ha sido desarrollada como un componente de investigación del DHF para fomentar la transición hacia una medicina 4P. CONCLUSIONES 1. El modelo que integra los determinantes fisiológicos de la cadena de transporte de oxígeno y los elementos bioquímicos moduladores de la formación a nivel mitocondrial de ROS, ha proporcionado, por primera vez, un análisis cuantitativo de la relación entre la oxigenación celular y la producción mitocondrial de ROS. El modelo genera resultados consistentes en salud, pero una mejor estimación de los parámetros mitocondriales es necesaria cuando se aplica en EPOC. 2. La plataforma tecnológica para el soporte de servicios de atención integrada (SAI) pra pacientes crónicos ha cubierto de forma efectiva los requisitos funcionales para el despliegue en un entorno con un único proveedor. Los retos que se han afrontar un despliegue regional de SAI, han sido identificados y se han propuesto estrategias para su adopción. 3. El concepto de “Digital Health Framework (DHF)” representa un escenario en el que el enlace entre atención integrada e investigación biomédica de medicina de sistemas debe promover el despliegue de la medicina 4P. Se han propuesto líneas estratégicas para una correcta adopción del DHF. 4. La base de conocimiento específica para EPOC (COPDkb) que ha sido desarrollada y analizada en esta tesis doctoral, constituye un componente principal de la investigación biomédica basada en la medicina de sistemas

Functional divergence and age distribution of vertebrate gene families

Gene family proliferation has provided raw material for functional innovation in higher eukaryotes. It is important to understand the functional divergence among homologous gene clusters in a gene family. Predicting functional divergence from sequence information is one of the challenge tasks in functional divergence. We developed a statistic model to estimate the level of functional divergence and further predict critical amino acid residues. The studies in vertebrate gene families show that functional divergence is a general pattern, and the three components of our new method PHYBA (coefficient of functional divergence, site-specific profile, and functional branch length) can make statistically sound and biologically meaningful predictions. In particular, the case study in Caspase gene family has shown the structural base of functional divergence.;Functional divergence in gene families is highly correlated with the gene duplication, which provides opportunity for generating novelty of protein function. We investigate 49 vertebrate gene families that were generated in the early stage of vertebrates, each of which consists of three or four member genes. The age distribution of these gene families suggest that two round of large-scale gene duplications is still a valid working hypothesis: the means of the first and the second gene duplication times are 594 mya and 488 mya. Moreover, these two duplication events seem to be independent

Principles for composing genetic circuits in mammalian cells with a focus on miRNA sensing

Thesis: Ph. D., Massachusetts Institute of Technology, Department of Biological Engineering, 2018.This electronic version was submitted by the student author. The certified thesis is available in the Institute Archives and Special Collections.Cataloged from student-submitted PDF version of thesis.Includes bibliographical references.In this thesis, we developed two synthetic biology frameworks to facilitate the construction of useful genetic circuits, with a focus on circuits that sense miRNAs. miRNAs are an attractive biomarker for sensing since they regulate virtually all biological pathways in plants and animals, and because miRNA sensors can be easily designed by incorporating sequences complementary to the miRNA into a genetic circuit. Therefore, circuits that sense endogenous miRNAs can dynamically respond to cellular signaling or classify between cell types. However, the development of genetic circuits, and especially multi-input miRNA sensors, has traditionally been iterative, costly, and time-consuming. To this end, we have developed a framework to measure miRNA activity and generate accurate predictions for sensors with multiple miRNA inputs. We started by building the largest library of miRNA sensors to date (620 sensors) and used the library to measure miRNA activity in several cell lines. We then constructed multi-input sensors and determined design rules for predicting their function, namely that miRNAs repress targets synergistically in opposite UTRs and antagonistically within the same UTR. In our second framework, we developed a 'one-pot' method for high-information transfection and analysis that allows researchers to quickly determine performance of many tuned circuit variants in a single well. We used our one-pot method to quickly characterize a variety of genetic elements and to optimize the design of a miRNA sensor with inverted logic, a circuit topology we found difficult to design using traditional methods.by Jeremy Jonathan Gam.Ph. D