Vascular Calcifications

Calcium-phosphate levels have an effect on the vascular wall. Calcium is a cation in human body. It is has a crucial effect on intracellular and extracellular mechanisms. Extracellular calcium levels are more than intracellular levels. In total serum, the calcium level is approximately 8.8–10.4. Parathormone and vitamin D regulate blood calcium levels. Phosphorus is more common than calcium in the human body. Most of the phosphorus is present in the skeletal system. Phosphorus level is approximately 2.5–4.5 mg/dl in blood. It is often observed calcification in cardiovascular system in some diseases such as chronic renal failure due to increased calcium-phosphate levels. While the calcification seems in tunica intima layer of the vessel in atherosclerotic disease, it seems in tunica media layer of vessel in chronic renal failure with high uremic level. Vascular calcification is due to arterial stiffness, stenosis, and occlusion. Vascular and valvular calcifications are irreversible. Increased arterial stiffness destroys vascular compliance, causes left ventricular hypertrophy, and disrupts coronary perfusion. As a result, increased vascular calcification is associated with cardiovascular mortality

Coupled mutation finder: A new entropy-based method quantifying phylogenetic noise for the detection of compensatory mutations

Background: The detection of significant compensatory mutation signals in multiple sequence alignments (MSAs) is often complicated by noise. A challenging problem in bioinformatics is remains the separation of significant signals between two or more non-conserved residue sites from the phylogenetic noise and unrelated pair signals. Determination of these non-conserved residue sites is as important as the recognition of strictly conserved positions for understanding of the structural basis of protein functions and identification of functionally important residue regions. In this study, we developed a new method, the Coupled Mutation Finder (CMF) quantifying the phylogenetic noise for the detection of compensatory mutations.Results: To demonstrate the effectiveness of this method, we analyzed essential sites of two human proteins: epidermal growth factor receptor (EGFR) and glucokinase (GCK). Our results suggest that the CMF is able to separate significant compensatory mutation signals from the phylogenetic noise and unrelated pair signals. The vast majority of compensatory mutation sites found by the CMF are related to essential sites of both proteins and they are likely to affect protein stability or functionality.Conclusions: The CMF is a new method, which includes an MSA-specific statistical model based on multiple testing procedures that quantify the error made in terms of the false discovery rate and a novel entropy-based metric to upscale BLOSUM62 dissimilar compensatory mutations. Therefore, it is a helpful tool to predict and investigate compensatory mutation sites of structural or functional importance in proteins. We suggest that the CMF could be used as a novel automated function prediction tool that is required for a better understanding of the structural basis of proteins. The CMF server is freely accessible at http://cmf.bioinf.med.uni-goettingen.de

Developing a computer assisted education material related to thermochemistry

In this study, computer assisted education (CAE) material was developed according to the Meaningful Learning Theory and its effectiveness on the students' success and their attitudes towards computer and chemistry was researched. The research was applied to 10th class science students at Buca High School in İzmir. 56 students attending this research were randomly divided into two groups; experimental group (EG) and control group (CG). While the material was applied to EG by CAE, traditional method (TM) was applied to CG. In order to evaluate the effectiveness of the material, Scientific Success Test (SST), Chemistry Attitude Scale (ChAS) and Computer Attitude Scale (CAS) of which validity and reliability calculated before were applied to both EG and CG as pre-test and post-test. The data obtained from tests were analyzed by using SPSS program. The results of analysis indicated that Computer Assisted Education method has more effect on students7; chemistry success, attitudes towards chemistry and computer than Traditional Method

CEP TELEFONU MARUZİYETİ KAYNAKLI RF DOZİMETRİNİN FDTD YÖNTEMİ İLE BELİRLENMESİ

Son yıllarda hızla gelisen teknoloji ile insanlar doğal alan kaynaklarının yanısıra yapay alanlara daha fazla maruz kalmaktadır. Özellikle kablosuz iletisim teknolojilerinin günlük yasamının her alanında, giderek daha fazla yaygınlasması ve beyin gibi hassas bir organa yakın olması insan sağlığı üzerinde olusturabileceği olası risklerin ve endiselerin artmasına neden olmustur. Bu tez çalısmasında, insan kafasının cep telefonu kullanımı ile maruz kalabileceği EM alan etkileri; farklı frekans, anten konumları, kafa boyutu, kafanın dielektrik özellikleri, cep telefonu kullanım pozisyonları ve günlük hayatta yaygın olarak kullanılan küpe ve gözlük gibi metalik aksesuarlar göz önüne alınarak ayrıntılı olarak incelendi. Böylece cep telefonu maruziyetinden kaynaklı SAR değerine bu parametrelerin etkisi kontrollü deneyler ile saptanmaya çalısıldı. Bu amaçla dokuda olusan doz değeri, incelenen her kosul için 1 gr ve 10 gr uzaysal tepe SAR değerleri ile maksimum SAR değerleri FDTD yöntemini kullanan SEMCAD X yazılımı ile hesaplandı. Bu çalısma kapsamında gelisim sürecinde bulunan ve dıs etkilere karsı yetiskinlere oranla daha hassas olan çocuklar da SAR değerleri hesaplandı ve buna iliskin risk değerlendirmesi yapıldı. Çalısmada elde edilen bulgular sonucunda SAR değerini en fazla etkileyen parametrenin cep telefonu kullanım pozisyonu olduğu saptandı. Yanak konumunda eğik konumuna kıyasla önemli oranda artıs gözlendi. Dokuların dielektrik özellikleri SAR değerlerinde önemli bir artısa neden olan bir parametre olduğu doğrulandı. Çocuk dielektrik özellikleri, yetiskin dielektrik özelliklerine kıyasla daha fazla SAR değerleri olusturdu. Çocuklarda kafa boyutundan kaynaklı SAR değerindeki artıs önemli oranda olmamasına rağmen, yüksek dielektrik özelliklerinin katkısı ile çocukların yetiskinlere göre önemli oranda daha yüksek SAR değerleri aldığı saptandı. Cep telefonunun kullanım frekansına, antenin konumuna, küpe ve gözlük gibi metalik aksesuarların kullanımına bağlı olarak farklı oranlarda SAR değerlerine etki tespit edildi. Böylece hangi parametrenin daha önemli olduğu ve alan maruziyetini en aza indirebilmek için neler yapılabileceği belirlendi. izmir gundem komik videolar cizgi film izle cizgi film 3d oyunlar oyunlar In recent years humans are more exposed to human-made fields than natural fields with developing technologies. Especially, widespread of wireless communication technologies in all areas of daily life and getting closer to sensitive organs like brain caused an increase in possible risks and worries about human health. In this study, effects of EM field exposure on human head while using mobile phone have been investigated in detail considering different frequencies, antenna locations, head dimension, dielectric properties of head, usage positions of mobile phone and widespread usage metallic accessories like earrings and glasses. So, an effect of these parameters on SAR values, caused by mobile phone exposure, was determined by controlled experiments. With this aim, dose value in the tissue, for each condition 1 gr and 10 gr spatial-peak SAR values and maximum SAR values were calculated by SEMCAD X software which uses FDTD method. Within the scope of this study, SAR values were calculated in growingup children, who are more sensitive to external impacts than adults, and risk evaluation was done. As a result of findings obtained in the study, it was determined that the most affectional parameter on SAR value was mobile phone usage position. In the cheek position, it was observed a crucial increase compared to tilt position. The increase in dielectric properties of tissues was confirmed as a parameter causing a significant increase in SAR values. Child tissue s dielectric properties contributed more SAR values when compared to adults . Although the increase in SAR values due to child s head dimension was not enough considerable, it was observed that children absorbed higher SAR values with respect to adults because of high dielectric properties. Effects on SAR values in different ratios depending on mobile phone frequency, antenna position, usage of metallic accessories like earrings and glasses were determined. Thus, which parameter is most important and what can be done to minimize the field exposure was defined

In Vıtro Rf Exposure System Desıgn And ınvestıgatıon The Effect Of Rf Fıelds On Braın Cancer

Hızla gelişen ve yaygınlaşan kablosuz iletişim teknolojileri nedeniyle, insanların maruz kaldığı RF alan seviyesi güçlü şekilde artmaktadır. IARC tarafından, RF alanlar muhtemel karsinojen (Grup 2B) ilan edilmiştir. Buna rağmen, RF alanların hücre kültürleriyle etkileşimi ile ilgili deneysel veriler hem yetersizdir hem de çelişkili sonuçlar içermektedir. Literatürdeki bu çelişkili sonuçların nedeni olarak iyi tanımlanmamış maruziyet koşulları ve RF alan maruziyet sistemleri gösterilmektedir. Deneylerin kalitesini ve bulguların güvenilirliğini arttırmak amacıyla, in vitro RF alan maruziyet sisteminin tasarımı ve üretimi öncelikli hale gelmiştir. İn vitro RF alan maruziyet sisteminin tasarım ve optimizasyon aşamaları, FDTD tabanlı SEMCAD X üç boyutlu EM alan simülasyon programı yardımıyla bilgisayar ortamında gerçekleştirilmiştir. Tasarım aşamasının tamamlanmasıyla birlikte, in vitro RF alan maruziyet sisteminin üretimi gerçekleştirilmiştir. Literatürde, astrositlerin merkezi sinir sistemi hücrelerinden önemli bir grubu oluşturdukları ve RF alan maruziyetine karşı diğer hücrelerden daha hassas oldukları rapor edilmiştir. Bu tez çalışması kapsamında U-118 MG (astrosit kökenli) hücre kültüründe, maruziyet süresine bağlı olarak, RF alanların hücre canlılığına (WST-1), apoptoza (Annexin V-FITC/PI) ve mRNA düzeylerine (qRTPCR) etkileri incelenmiştir. Deney sonuçları, 2.1 GHz, 3G modülasyonlu RF alana 48 saat süre ile maruz bırakılan U-118 MG hücrelerinin; hücre canlılığı, apoptoz ve gen ekspresyonu açısından önemli ölçüde etkilendiğini göstermiştir. 1 saat ve 24 saat RF alan maruziyeti uygulanan U-118 MG hücrelerinde, hücre canlılığı ve apoptozda önemli bir etki gözlenmemiştir. 24 saat ve 48 saat, 2.1 GHz'lik RF alan maruziyetinin gen ekspresyonu üzerinde istatistiksel açıdan önemli değişime neden olduğu belirlenmiştir. Etkinin açığa çıkmasında hücre tipinin astrosit kökenli olmasının önemli olduğu görüşünü destekleyen bulgular elde edilmiştir. Hücrelerin RF alanlara maruz bırakıldıkları sürenin; en az hücrenin kendi sayısının ikiye katlanma zamanı kadar ya da daha uzun olmasının etki oluşmasında önemli olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak, RF alanların hücre kültürü üzerindeki etkisi, hücre tipine ve maruziyet süresine bağlı olarak değişmektedir.Due to the rapidly developing widespread wireless communication technologies, the level of RF field that people are exposed to is increasing strongly. By IARC, RF fields have been declared as possible carcinogen (Group 2B). Nevertheless, experimental data on the interaction of RF fields with cell cultures are both insufficient and contain conflicting results. These contradictory results in the literature are due to not well-defined exposure conditions and RF field exposure systems. In order to improve the quality of the experiments and the reliability of the findings, the design and production of the in vitro RF field exposure system has become a priority. The design and optimization steps of the in vitro RF field exposure system were performed in computer environment with the aid of FDTD based SEMCAD X three dimensional EM field simulation program. Upon completion of the design phase, an in vitro RF field exposure system was produced. It has been reported in the literature that astrocytes constitute an important group of central nervous system cells and are more susceptible to RF field exposure than other cells. In this thesis, the effects of RF fields on cell viability (WST-1), apoptosis (Annexin V-FITC / PI) and mRNA levels (qRT-PCR) were investigated in U-118 MG (astrocyte-derived) cell culture depending on the duration of exposure. Experimental results have shown that U-118 MG cells exposed to the 2.1 GHz, 3G modulated RF field for 48 hours are significantly influenced by cell viability, apoptosis and gene expression. No significant effect on cell viability and apoptosis was observed in U-118 MG cells exposed to 1 and 24 h RF field. It was determined that exposure to RF field at 2.1 GHz for 24 and 48 hours causes statistically significant change in gene expression. In this context, findings, supporting the idea that the cell type to be astrocyte origin is important, are obtained. It has been found that the time the cells are exposed to RF fields, which should be at least as long as the number of times the cell doubles its number, is important in terms of effect formation. As a result, the effect of RF fields on cell culture varies depending on cell type and duration of exposure

Energy‐efficient IEEE 802.11 PSM Approaches and Their Comparison

IEEE 802.11 kablosuz ağları sağladığı esneklik, uygun fiyatlandırma ve kolay kurulum avantajları ile akıllı cihazlar tarafından günümüzde en çok kullanılan kablosuz ağ  erişim teknolojilerinden biri haline gelmiştir. Yalnız kablosuz bir ağ  arayüzünün akıllı cihazlarda aktif olarak kullanılması, bataryanın hızlı tüketimine ve etkin kullanım süresinin önemli derecede azalmasına sebep olmaktadır. IEEE 802.11 kablosuz ağ standardları (IEEE 802.11a/b/g/n/ac) kullanıcıların ağa erişiminde Çarpışmadan Kaçınmalı Taşıyıcı Duyarlı Çoklu Erişim (Carrier Sense Multiple Access with Collision Avoidance (CSMA/CA)) yaklaşımını kullanmaktadır. Bu yaklaşım cihazlar arası paket gönderim işlemlerinin çarpışmaması için ağın dinlenmesine dayanır. Bu dinleme işlemi sırasında cihazlar önemli derecede güç tüketirler. Bu sorunun çözümü için kablosuz ağ  standardında tanımlanan Güç‐Tasarruf‐Modu (PSM) kulanılabilir. Kablosuz ağ  standardında bu kısım tanımlansa da, kabul edilen herhangi bir standard algoritma bulunmamaktadır. Dolayısıyla, optimal enerji verimliliği için literatürde sunulan bir çok PSM temelli yaklaşım mevcuttur. Bu çalışma kapsamında öncelikle literatürde sunulan ve PSM protokolünü etkin kullanan güncel PSM önerileri incelenmektedir. Sonrasında ise bahsi geçen öneriler OMNET benzetim ortamına aktarılarak enerji verimliliği mukayese edilmektedir.IEEE 802.11 wireless networking technology is now one of the most utilized Radio Access Technologies (RAT) as it provides mobility, low cost and easy deployment. However, activating Wi‐Fi interface of a smart mobile device causes reduction on active use‐time of the battery with rapid power consumption.   IEEE 802.11 wireless network standards let devices perform Carrier Sense Multiple Access with Collision Avoidance (CSMA/CA) to access the channel. This method is based on sensing the medium and scheduling channel access to reduce probability of collision. Yet, it results in high amount of power consumption. In order to address this problem, Power Save Mode (PSM) has been declared in the amendment, but procedure of the PSM left open to researchers. Therefore, there have been many PSM‐based energy‐efficient channel access approaches proposed in the literature. Throughout this paper, we first examine existing well‐performed state of the art PSM approaches. Second, we evaluate and compare energy efficiency ratios of these approaches via OMNET network simulator. 

Batı Pontid’lerde Üst Kretase Volkanizmasının Stratigrafisi, Petrojenezi ve Jeodinamik Konumu

Batı Pontid Magmatik Kuşağı, birbirlerinden bölgesel bir uyumsuzluk ile ayrılan iki farklı magmatik seriden oluşmaktadır. Magmatizmanın ilk evresi ve buna eşlik eden gerilmeli tektonik rejim, bölgede Orta Turoniyen ile Santoniyen arasında hüküm sürmüştür. İlk evrede magmalar, belirgin bir yitim bileşeni içeren tüketilmiş bir manto kaynağından türemişlerdir. Jeokimyasal ve çökelme özelliklerine göre ilk evre bu çalışmada (1) Pontidler’in güneyinde Tetis Okyanusu’nun kuzeye doğru dalmasına bağlı olarak gelişen bir yay magmatizması ve (2) Batı Karadeniz’in bir yay içi rift havzası şeklinde açılmasına bağlı olarak riftleşme ile eş zamanlı volkano-sedimenter bir istif şeklinde yorumlanmıştır. Geç Santoniyen’deki bölgesel subsidans, ilk evre magmatizmasının bitişini ve kıtasal kabuğun kırılmasına işaret eden ince ancak yanal yönde devamlı bir pelajik kireçtaşı istifinin çökelmesine neden olmuştur. Bu evrede Pontid kuşağı bir bütün olarak çökerek derin deniz ortamı ile kaplanmıştır. Bu, kıtasal kabuğun Geç Santoniyen’de koparak Batı Karadeniz havzasını oluşturduğunu göstermektedir. Kampaniyen’de hüküm sürmüş ikinci evrede magmalar birbirinden çok farklı iki manto kaynağından türemişlerdir: (1) yitim bileşeni ile zenginleşen tüketilmiş bir manto kaynağı ve (2) OIB’lere benzer zenginleşmiş astenosferik bir manto kaynağı. Zenginleşmiş kaynaktan türeyen ergiyikler, levha-içi bileşeni içermekte olup, ikinci evre istiflerinin en üst kesimlerinde yaygındırlar. Zenginleşmiş astenosferik kaynak, riftleşmenin ileri evrelerinde litosferin incelip astenosferin yükseldiğini gösterir. Tüketilmiş litosferik kaynak ise, aktif bir yitimden ziyade önceki yitimler ile metasomatize olmuş bir mantoya bağlanabilir. Bu çalışmada hem riftleşme hem de magma gelişiminde ve karakterindeki zamana bağlı değişimin nedeninin, kuzeye doğru dalan Tetis okyanus tabanının dikleşerek geri çekilmesi olduğu savunulmaktadır. Stratigrafik, paleontolojik ve jeokimyasal veriler ışığında bu çalışmada Batı Karadeniz Havzasının Turoniyen-Santoniyen döneminde bir yay içi havza şeklinde açıldığı modelini ileri sürmekteyiz. Anahtar kelimeler: Karadeniz, Pontidler, Geç Kretase, farklı manto kaynakları, yay-içi havza

Semantic analysis of natural language

Bu çalışmada Türkçe komutlar verilerek emir kipinde cümleler için anlam analizi yapılarak ara gösterim üreten bir program ve bu programın dayandığı temeller açıklanmıştır. Birinci bölümde tezimizin amacı ana hatlarıyla verilmiştir. İkinci bölümde programımız için örnek teşkil eden SHRDLU isimli programın yapısı hakkında bilgi verilmiştir. Üçüncü bölümde programlamamızda kullandığımız temel teorilerden olan Montague Anlambilimi açıklanmıştır. Dördüncü bölümde yine Montague Anlambilimi ile birlikte kullandığımız Durum Teorisi hakkında genel bilgi verilmiştir. Beşinci bölümde programımızın genel yapısı ve dayandığı prensipler hakkında bilgi verildi. Sırasıyla altıncı bölümde programımızın sözdizimsel yapısı, yedinci bölümde de anlambilimsel yapısı ayrıntılarıyla açıklanmıştır. Sekizinci bölümde elde ettiğimz sonuçlar, programımızın değerlendirmesi ve gelecekte yapıalbilecek çalışmalardan bahsedilmiştir. Sonuç olarak varolan teoriler ışığında Türkçe için emir kipinde cümleler için anlambilimsel olarak ara bir gösterim elde edilmesi için temel bir program geliştirilmiş, dayandığı temeller/teoriler açıklanmıştır.In this study, a program which makes a semantic analysis for some Turkish imperative sentences is described along with the underlying theories and principles. Chapter 1 gives an overview of the aim of the thesis. Chapter 2 explains an example program called SHRDLU. Chapter 3 describes Montague Semantics, which is one of the underlying theories for our program. Chapter 4 provides some background information about Situation Theory, which is used in the implementation of our program in connection with Montague Semantics. Chapter 5 gives a bird eye view of the general structure of the program and the principles it is constructed upon. Chapters 6 and 7 present the details of the syntactic and semantic analyses of the program, respectively. The results arrived at, a critical evaluation of the program and work to be done in the future are discussed in Chapter 8. To sum up, as a result of this study a program which expects as input a Turkish imperative sentence and outputs a logical representation of the input sentence has been developed and explained in detail in the thesis

Evaluation of the discriminatory powers of the features used in the field of supervised word sense disambiguation via formal concept analysis

Doktora TeziKelime Anlamı Belirginleştirme (KAB) alanında Denetimli Makine Öğrenmesi (DMÖ) teknikleri yoğun olarak kullanılmaktadır. Makine öğrenmesi alanındaki en önemli problemlerden biri kullanılacak özelliklerin seçimidir. Çünkü öğrenme algoritmalarının başarımı ve çalışma zamanı buna bağlıdır. Bu çalışmada, özellik seçimi için Biçimsel Kavram Analizi (BKA) tabanlı bir filtrenin kullanılabileceği geliştirilen bir uygulama aracılığı ile gösterilmiştir. Birinci bölümde, tezin amacı ana hatlarıyla verilmiştir. İkinci bölümde, Kelime Anlamı Belirginleştirme alanına ilişkin kapsamlı bir bilgi verilmiştir. Üçüncü bölümde, Denetimli Makine Öğrnemesi konusu KAB alanından basit bir örnek yardımı ile açıklanmıştır. Dördüncü bölümde, Biçimsel Kavram Analizine ilişkin temel kavramlar ve yazılımlar matematiksel ayrıntılara girilmeden verilmiştir. Beşinci bölümde, KAB alanında sınırlı bir veri seti aracılığı ile denetimli makine öğrenmesi uygulandığında ortaya çıkabilecek durumlar ve bu durumların BKA tabanlı bir filtre yardımı ile görselleştirilmesi sonucu elde edilecek bilgiler uygulama yardımı ile verilmiştir. Sonuç olarak, bir uygulama aracılığı ile BKA tabanlı bir filtrenin denetimli makine öğrenmesinden teknikleri kullanan KAB yöntemlerinin başarımına nasıl katkı sağlayacağı açıklanmıştır.AbstractSupervised Machine Learning techniques are frequently used in the field of Word Sense Disambiguation (WSD). One of the most important problems of machine learning is the selection of features which will be used for learning process. Performance and time requirements of learning algorithms are affected by this selection. In this study, it is shown that a Formal Concept Analysis (FCA) based filter can be used for the selection of features. Chapter 1 gives an overview of the aim of the thesis. Chapter 2 provides some background information about Word Sense Dismabiguation. Chapter 3 explains Supervised Machine Learning with the help of a simple WSD application. Chapter 4 introduces FCA related basic concepts and software without formal/mathematical definitions. Chapter 5 presents the details of application with a limited data set to show that an FCA-based filter usage. The evaluation of filter and work to be done in the future are discussed in Chapter 6. To sum up, as a result of this study, an FCA-based filter has been developed to be used with WSD techniques which benefit from supervised machine learning methods and has been explained in details