SSAGES : Software Suite for Advanced General Ensemble Simulations

Molecular simulation has emerged as an essential tool for modern-day research, but obtaining proper results and making reliable conclusions from simulations requires adequate sampling of the system under consideration. To this end, a variety of methods exist in the literature that can enhance sampling considerably, and increasingly sophisticated, effective algorithms continue to be developed at a rapid pace. Implementation of these techniques, however, can be challenging for experts and non-experts alike. There is a clear need for software that provides rapid, reliable, and easy access to a wide range of advanced sampling methods and that facilitates implementation of new techniques as they emerge. Here we present SSAGES, a publicly available Software Suite for Advanced General Ensemble Simulations designed to interface with multiple widely used molecular dynamics simulations packages. SSAGES allows facile application of a variety of enhanced sampling techniques—including adaptive biasing force, string methods, and forward flux sampling—that extract meaningful free energy and transition path data from all-atom and coarse-grained simulations. A noteworthy feature of SSAGES is a user-friendly framework that facilitates further development and implementation of new methods and collective variables. In this work, the use of SSAGES is illustrated in the context of simple representative applications involving distinct methods and different collective variables that are available in the current release of the suite. The code may be found at: https://github.com/MICCoM/SSAGES-public

A study on the construction component spoilages occuring during the usage period in traditional wooden constructions in the Cumalıkızık example

Geçmişten günümüze, insanın barınma ihtiyacını karşılamakta kullandığı ahşap malzeme; fiziksel, kimyasal, biyolojik ve insan kaynaklı nedenlerle bozulmaya uğramaktadır. Önemli kültürel ve mimari mirasımız olan geleneksel ahşap yapılar ise bu nedenlerle gün geçtikçe yıpranmakta ve yok olmaktadır. Bu çalışmanın amacı; geleneksel ahşap yapılarımızda meydana gelen yapı elemanı bozulmalarını örnek bir yerleşkede inceleyerek tanınmasını sağlamak ve koruma sürecine ışık tutmaktır. Seçilen örnek yerleşke Bursa'nın Cumalıkızık Mahallesi'dir. 700 yıllık tarihi ile günümüze olabildiğince korunarak gelen Cumalıkızık'da Osmanlı Sivil Mimarisi'nin özelliklerini taşıyan geleneksel ahşap konutlar bulunmaktadır. Bu konutların önemli bir bölümünün yıkılmaya yüz tutmuş olması, bu çalışmada Cumalıkızık' m örnek yerleşke olarak seçilmesinin ana nedeni olmuştur. Giriş bölümünün hemen ardından yapı malzemesi olarak ahşap, ahşap yapı elemanlarında oluşan bozulmanın nedenleri ve geleneksel ahşap yapılanınız, "Kuramsal Bilgiler" başlığı altında ele alınmıştır. Materyal ve Yöntem Bölümü'nde ise kuramsal bilgiler ışığında oluşturulan bir sistematik ile ahşap yapı elemanlarında meydana gelen bozulmaların Cumalıkızık konutlarındaki durumu; fiziksel, kimyasal, biyolojik ve insan kaynaklı nedenlere bağlı olarak irdelenmiştir. İrdeleme sonucunda yüzyıllar öncesinden bugüne aktarılan Cumalıkızık konutlarının ana yapı malzemesi olan ahşabın büyük ölçüde yıpranmış olduğu ve yapıların günümüzde endişe edilir bir durum sergiledikleri görülmüştür. Ayrıca yerleşkede yaşayan insanların geleneksel ahşap konutlarına ve yerleşkeye ilişkin sorunlarının saptanmasına yönelik olarak yapılan anket çalışmasına da bu bölümde yer verilmiştir. Araştırma Sonuçlan ve Tartışma Bölümü'nde ise; Materyal ve Yöntem Bölümü'nde irdelenen tüm bulgular ışığında; Cumalıkızık konutlarındaki ahşap yapı elemanlarının korunmasına yönelik öneriler ile Cumalıkızık Yerleşkesi'nin sürdürülebilirliğinin sağlanmasına yönelik öneriler sunulmuştur.From past to today, the wooden material used to meet the shelter requirement of human; faced with spoilage because of physical, chemical, biological and human originated reasons. The traditional wooden constructions which are our important cultural and architectural inheritances, get worn - out and vanish every day because of these reasons. The aim of this study is; to observe the construction component spoilages occuring in the traditional wooden constructions in a sample residence to make it recognized and to lighten the protection period. The chosen sample residence is Cumalikizik district of Bursa. In Cumalikizik, which has reached to today with its 700 year history under as much protection as possible, there are traditional wooden houses which carry the characteristics of Ottoman Civilian Architecture. The reason for chosing Cumalikizik as sample residence in this study is mat, important part of these houses have been close to collapse. Just after the introduction part, wood as construction component, reasons of spoilage occuring in the wooden construction components and our traditional wooden constructions have been handled under the title "Theoretical Information". In the Material and Method Section,^tne situation of spoilage occured in the wooden construction components in the Cumalikizik houses has been investigated in relation to physical, chemical, biological and human originated reasons in the lightening of theoretical information. As a result of the investigation, it has been seen that, wood which is the main construction component of the Cumalikizik houses which have been transferred to today from hundreds of years before, has so much been worn - out and the houses show thoughtful situation. In addition, the questionnaire strudy regarding the determination of the attitude of people living in this residence against traditional wooden houses and problems of the residence. In the Research Results and Discussion Section; suggestions for protecting the wooden construction components in Cumalikizik houses and suggesitons for carrying on with Cumalikizik residence are presented under the lightening of the results investigated under Material and Method Section

Trabzon’dan Ahşap Bir Cami Örneği: Of – Bölümlü Mithat Paşa Camii / A Wooden Mosque from Trabzon: Of – Bolumlu Mithat Pasha Mosque

Abstract Trabzon, which is located on the shore of Black Sea and one of the oldest centers in Anatolia, has included many cultural heritage factors due to its historical importance and background. Mosques have an important role in shaping cultural heritage of the region. One of them is a wooden mosque which located in Bolumlu suburban area at Of District in Trabzon province. The wooden mosque is one of the historical and important models in Anatolia in terms of wooden material use in the traditional architecture. The wooden material which has an important role in Black Sea Region's building culture was widely and ingeniously used on bearing systems and other components of Bolumlu Mithat Pasha Mosque. The objective of this study is to examine and promotion of this mosque’s architectural properties and discussion of current situation of this mosque.  Öz Trabzon, geçirdiği tarihsel süreç nedeniyle çok sayıda kültürel miras unsurunu bünyesinde barındırmaktadır. Sözü edilen kültürel miras unsurlarından bir tanesi de Trabzon’un Of İlçesi'ne bağlı Bölümlü Beldesi, Mithatpaşa Mahallesi’nde bulunan ve geleneksel mimaride ahşap kullanımının Anadolu'daki tarihi ve önemli örneklerinden bir tanesi olan camidir. Karadeniz Bölgesi yapı kültürü için önemli bir malzeme olan ahşap, Of Bölümlü Mithat Paşa Camii'nin hem taşıyıcı sisteminde hem de diğer elemanlarında ustalıkla kullanılmıştır. Söz konusu tarihi yapının mimari özelliklerinin araştırılması, tanıtılması ve güncel durumunun değerlendirilmesi bu çalışmanın amacını oluşturmaktadır