Le réel et la raison 1

Publication de l'IREM de Montpellier - production du groupe Mathématiques et PhilosophieCette ressource présente un scénario pédagogique qui a été expérimenté en cours de philosophie de Terminale. Ce scénario se base sur la discussion, à l'oral et à partir d'un questionnaire, du fonctionnement des mathématiques et de leur rapport au réel. Les prérequis sont : un cours sur les complexes en mathématiques (cf. ressource « L’équation du troisième degré : une histoire complexe ») et une application des nombres complexes à la physique (cf. ressource « Nombres complexes en physique : le cas de la réflexion totale frustrée »). L'activité poursuit différents objectifs : promouvoir une réflexion critique sur l'origine des êtres mathématiques et sur la « coïncidence » entre la raison et le réel ; donner les moyens aux élèves de préciser leurs représentations et connaissances approximatives, voire de dépasser des représentations erronées concernant les mathématiques et le rapport philosophie / sciences ; aborder quelques problèmes en relation avec les programmes pour lesquels un travail interdisciplinaire est pertinent ; promouvoir une synergie entre les enseignants de mathématiques, de physique et de philosophie. La ressource inclut également un document satellite présentant quelques repères historiques et épistémologiques sur les nombres complexes

Une science de la nature : la cosmologie

Publication de l'IREM de Montpellier - production du groupe Mathématiques et PhilosophieCette ressource présente un dispositif pédagogique organisé autour d'une conférence donnée par un chercheur en cosmologie. L'activité poursuit différents objectifs : découvrir une discipline scientifique contemporaine : la cosmologie ; donner les moyens aux élèves de préciser leurs représentations et connaissances approximatives, voire de dépasser des représentations erronées concernant la connaissance scientifique ; vérifier la compréhension de la conférence et assoir les notions apportées ; promouvoir une synergie entre les enseignants de physique et de philosophie, pour autant que ce travail puisse servir de point de départ à une réflexion épistémologique sur les sciences de la nature, à mener en cours de philosophie

Epistémologie d'une science de la nature

Publication de l'IREM de Montpellier - production du groupe Mathématiques et PhilosophieCette ressource présente une activité menée en cours de philosophie en classe de Terminale. Un débat sur l’épistémologie d’une science de la nature précède l’exploitation d’une analyse d’un texte de Popper qui conduit à une institutionnalisation des concepts suivans : Théorie scientifique / raison / réel / vérité / Connaissance / interprétation. La ressource inclut également deux fichiers satellites : l'un qui questionne les démarches de classification des sciences, en lien avec leurs épistémologies ; l'autre qui vise à éclairer le concept de falsification de Popper du point de vue de la logique. Ces documents sont rédigés à destination des professeurs de philosophie et de sciences, en tant que ressource pour la classe et pour l'auto-formation des enseignants

In Vivo Evolution of Bacterial Resistance in Two Cases of Enterobacter aerogenes Infections during Treatment with Imipenem

International audienceInfections caused by multidrug resistant (MDR) bacteria are a major concern worldwide. Changes in membrane permeability, including decreased influx and/or increased efflux of antibiotics, are known as key contributors of bacterial MDR. Therefore, it is of critical importance to understand molecular mechanisms that link membrane permeability to MDR in order to design new antimicrobial strategies. In this work, we describe genotype-phenotype correlations in Enterobacter aerogenes, a clinically problematic and antibiotic resistant bacterium. To do this, series of clinical isolates have been periodically collected from two patients during chemotherapy with imipenem. The isolates exhibited different levels of resistance towards multiple classes of antibiotics, consistently with the presence or the absence of porins and efflux pumps. Transport assays were used to characterize membrane permeability defects. Simultaneous genome-wide analysis allowed the identification of putative mutations responsible for MDR. The genome of the imipenem-susceptible isolate G7 was sequenced to closure and used as a reference for comparative genomics. This approach uncovered several loci that were specifically mutated in MDR isolates and whose products are known to control membrane permeability. These were omp35 and omp36, encoding the two major porins; rob, encoding a global AraC-type transcriptional activator; cpxA, phoQ and pmrB, encoding sensor kinases of the CpxRA, PhoPQ and PmrAB two-component regulatory systems, respectively. This report provides a comprehensive analysis of membrane alterations relative to mutational steps in the evolution of MDR of a recognized nosocomial pathogen

A complete collection of single-gene deletion mutants of Acinetobacter baylyi ADP1

We have constructed a collection of single-gene deletion mutants for all dispensable genes of the soil bacterium Acinetobacter baylyi ADP1. A total of 2594 deletion mutants were obtained, whereas 499 (16%) were not, and are therefore candidate essential genes for life on minimal medium. This essentiality data set is 88% consistent with the Escherichia coli data set inferred from the Keio mutant collection profiled for growth on minimal medium, while 80% of the orthologous genes described as essential in Pseudomonas aeruginosa are also essential in ADP1. Several strategies were undertaken to investigate ADP1 metabolism by (1) searching for discrepancies between our essentiality data and current metabolic knowledge, (2) comparing this essentiality data set to those from other organisms, (3) systematic phenotyping of the mutant collection on a variety of carbon sources (quinate, 2-3 butanediol, glucose, etc.). This collection provides a new resource for the study of gene function by forward and reverse genetic approaches and constitutes a robust experimental data source for systems biology approaches

Clinical management of molecular alterations identified by high throughput sequencing in patients with advanced solid tumors in treatment failure: Real-world data from a French hospital

BackgroundIn the context of personalized medicine, screening patients to identify targetable molecular alterations is essential for therapeutic decisions such as inclusion in clinical trials, early access to therapies, or compassionate treatment. The objective of this study was to determine the real-world impact of routine incorporation of FoundationOne analysis in cancers with a poor prognosis and limited treatment options, or in those progressing after at least one course of standard therapy.MethodsA FoundationOneCDx panel for solid tumor or liquid biopsy samples was offered to 204 eligible patients.ResultsSamples from 150 patients were processed for genomic testing, with a data acquisition success rate of 93%. The analysis identified 2419 gene alterations, with a median of 11 alterations per tumor (range, 0–86). The most common or likely pathogenic variants were on TP53, TERT, PI3KCA, CDKN2A/B, KRAS, CCDN1, FGF19, FGF3, and SMAD4. The median tumor mutation burden was three mutations/Mb (range, 0–117) in 143 patients with available data. Of 150 patients with known or likely pathogenic actionable alterations, 13 (8.6%) received matched targeted therapy. Sixty-nine patients underwent Molecular Tumor Board, which resulted in recommendations in 60 cases. Treatment with genotype-directed therapy had no impact on overall survival (13 months vs. 14 months; p = 0.95; hazard ratio = 1.04 (95% confidence interval, 0.48–2.26)].ConclusionsThis study highlights that an organized center with a Multidisciplinary Molecular Tumor Board and an NGS screening system can obtain satisfactory results comparable with those of large centers for including patients in clinical trials

Le réel et la raison 1

Publication de l'IREM de Montpellier - production du groupe Mathématiques et PhilosophieCette ressource présente un scénario pédagogique qui a été expérimenté en cours de philosophie de Terminale. Ce scénario se base sur la discussion, à l'oral et à partir d'un questionnaire, du fonctionnement des mathématiques et de leur rapport au réel. Les prérequis sont : un cours sur les complexes en mathématiques (cf. ressource « L’équation du troisième degré : une histoire complexe ») et une application des nombres complexes à la physique (cf. ressource « Nombres complexes en physique : le cas de la réflexion totale frustrée »). L'activité poursuit différents objectifs : promouvoir une réflexion critique sur l'origine des êtres mathématiques et sur la « coïncidence » entre la raison et le réel ; donner les moyens aux élèves de préciser leurs représentations et connaissances approximatives, voire de dépasser des représentations erronées concernant les mathématiques et le rapport philosophie / sciences ; aborder quelques problèmes en relation avec les programmes pour lesquels un travail interdisciplinaire est pertinent ; promouvoir une synergie entre les enseignants de mathématiques, de physique et de philosophie. La ressource inclut également un document satellite présentant quelques repères historiques et épistémologiques sur les nombres complexes

Le réel et la raison 1

Publication de l'IREM de Montpellier - production du groupe Mathématiques et PhilosophieCette ressource présente un scénario pédagogique qui a été expérimenté en cours de philosophie de Terminale. Ce scénario se base sur la discussion, à l'oral et à partir d'un questionnaire, du fonctionnement des mathématiques et de leur rapport au réel. Les prérequis sont : un cours sur les complexes en mathématiques (cf. ressource « L’équation du troisième degré : une histoire complexe ») et une application des nombres complexes à la physique (cf. ressource « Nombres complexes en physique : le cas de la réflexion totale frustrée »). L'activité poursuit différents objectifs : promouvoir une réflexion critique sur l'origine des êtres mathématiques et sur la « coïncidence » entre la raison et le réel ; donner les moyens aux élèves de préciser leurs représentations et connaissances approximatives, voire de dépasser des représentations erronées concernant les mathématiques et le rapport philosophie / sciences ; aborder quelques problèmes en relation avec les programmes pour lesquels un travail interdisciplinaire est pertinent ; promouvoir une synergie entre les enseignants de mathématiques, de physique et de philosophie. La ressource inclut également un document satellite présentant quelques repères historiques et épistémologiques sur les nombres complexes

Coelomocyte Control of Bacteria Population by Phagocytosis in Eisenia fetida

Earthworm immunity is characterized by coelomocytes, leukocytes housed in the coelomic cavity of earthworms. Coelomic cells are a mixed population that phagocytize and detoxify chemicals. Earthworms also have several symbitotic bacteria that are passed from parent to offspring eggs. The population size of the symbionts must be controlled or they would kill the earthworm. My hypothesis is that coelomic cells aid control of bacterial number by phagocytosis. To test this hypothesis coelomic cells binding of a symbiont from earthworm cocoons was examined. The symbiont used was identified as a Citrobacter. Coelomic cells were collected from earthworms, Eisenia fetida. Coelomic cells were mixed with freshly cultured symbionts, and examined for their ability to bind the symbionts. Binding was assessed at 30 minutes and at 60 minutes using a gram stain method. In Phosphate Buffered Saline (PBS) 80% of the coelomic cells bound the symbionts. The greatest adherence was after 30 minute incubation. When glucose was added to PBS the cells binding bacteria decreased to 20%. Other sugars, galactose and mannose, had no affect on adherence. The data indicates that coelomic cells recognize and bind to the symbiont, and adherence is mediated by sugar binding. Two populations of coelomic cells exist. One population adheres rapidly to glass. When this rapid adhering coelomic cell population was excluded from the cell/symbiont suspension adherence increased to 93%. Further research is being conducted to examine coelomic cell adherence with live versus dead bacteria

Le réel et la raison 2

Publication de l'IREM de Montpellier - production du groupe Mathématiques et PhilosophieCette ressource fait suite à la ressource "le réel et la raison 1". Elle présente un scénario pédagogique expérimenté en cours de philosophie de Terminale, autour de l'analyse de textes de philosophes et de mathématiciens sur l'origine des êtres mathématiques. Il s'agit donc de promouvoir une réflexion critique sur l'origine des êtres mathématiques et sur la « coïncidence » entre la raison et le réel. Les objectifs pédagogiques poursuivis sont les suivants : donner les moyens aux élèves de préciser leurs représentations et connaissances approximatives, voire de dépasser des représentations erronées concernant les mathématiques et le rapport philosophie / sciences ; aborder quelques problèmes en relation avec les programmes pour lesquels un travail interdisciplinaire est pertinent ; promouvoir une synergie entre les enseignants de mathématiques, de physique et de philosophie ; préparer à l’explication de texte. La ressources inclut également différents documents satellites : un glossaire des théories de la connaissance, un satellite sur la théorie de la connaissance de Kant et un dernier satellite sur la théorie de la connaissance de Platon. Ces différents documents visent l'auto-formation des enseignants de philosophie et de sciences, en complément de la ressource pour la classe.